genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26442105--26442168	22	2.9	22	80	15	69	39	43	0	17	1.49
26443083--26443192	49	2.3	49	84	4	134	19	17	22	40	1.91
26451750--26452004	130	2.0	130	91	1	413	21	22	9	45	1.81
26454922--26454946	13	1.9	13	100	0	50	8	36	8	48	1.62
26460943--26460996	27	2.0	28	89	7	85	35	0	3	61	1.14
26460949--26461011	26	2.4	26	84	5	74	36	0	3	60	1.13
26461513--26461566	16	3.4	16	87	5	74	38	5	25	29	1.79
26461812--26461844	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
26463657--26463704	19	2.5	19	82	3	51	22	4	4	68	1.24
26463675--26463719	19	2.4	19	82	10	56	17	0	6	75	1.01
26471467--26471799	50	6.8	49	75	8	266	27	17	29	25	1.97
26471471--26471797	100	3.4	97	79	9	310	27	17	29	25	1.97
26471521--26471808	145	2.0	147	82	4	359	26	19	29	24	1.98
26478854--26479029	46	3.8	46	78	10	205	21	21	28	28	1.98
26478851--26479021	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
26485734--26485870	43	3.2	42	71	10	109	28	25	18	27	1.98
26488124--26488155	6	5.3	6	100	0	64	34	0	15	50	1.45
26488225--26488494	48	5.6	48	85	0	342	26	17	30	25	1.98
26488228--26488542	96	3.3	96	82	3	269	27	18	28	25	1.98
26488228--26488543	144	2.2	144	80	1	346	28	18	28	25	1.98
26488468--26488589	42	2.7	48	72	11	121	30	20	22	26	1.98
26491069--26491109	17	2.4	17	91	0	64	21	17	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26495936--26496172	43	5.5	43	85	2	152	30	24	16	27	1.97
26495982--26496204	43	5.2	43	86	0	293	29	26	17	27	1.97
26500587--26500639	27	2.0	27	92	0	88	32	18	18	30	1.96
26516472--26516646	27	6.4	27	83	3	172	29	27	15	27	1.96
26528502--26528584	40	2.1	40	88	0	121	32	16	19	31	1.94
26528518--26528654	40	3.4	40	80	2	141	26	19	24	29	1.98
26533359--26533766	47	8.6	47	90	2	600	29	29	8	33	1.86
26533359--26533757	194	2.1	190	93	2	676	29	29	8	33	1.87
26533361--26533766	147	2.8	141	89	4	537	29	29	8	33	1.86
26541956--26542067	58	1.9	58	98	0	215	41	13	21	23	1.88
26543801--26543971	93	1.8	93	88	0	261	23	20	27	28	1.99
26543805--26543976	46	3.7	46	71	13	163	23	20	26	29	1.99
26545649--26545828	28	6.5	28	96	1	312	33	28	11	26	1.91
26553930--26554111	28	6.5	28	96	0	303	33	29	12	24	1.92
26562686--26562858	46	3.7	46	75	13	183	23	20	27	29	1.99
26562683--26562853	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	28	1.99
26565268--26565341	24	3.1	24	88	0	112	24	12	31	32	1.92
26572830--26572920	32	2.7	34	79	6	96	37	13	7	41	1.73
26576976--26577180	40	5.2	40	89	4	258	24	22	27	24	2.00
26581706--26581782	27	2.9	27	88	0	118	12	20	19	46	1.83
26584568--26584630	30	2.1	30	90	0	99	55	14	4	25	1.58
26584660--26584701	22	1.9	22	85	0	57	52	9	16	21	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26586856--26587033	54	3.3	54	82	8	200	28	14	28	28	1.95
26586857--26587007	82	1.9	81	85	4	214	28	15	28	27	1.96
26586856--26587033	27	6.6	27	83	3	178	28	14	28	28	1.95
26586853--26587033	82	2.2	81	81	2	211	28	14	28	28	1.96
26592712--26592859	44	3.4	43	77	8	149	25	16	24	33	1.96
26592712--26592870	43	3.7	43	77	7	162	25	16	24	33	1.96
26605333--26605381	20	2.5	20	86	0	62	40	14	12	32	1.83
26607503--26607568	33	2.0	33	96	0	123	39	16	15	28	1.89
26608926--26608982	27	2.1	27	100	0	114	40	0	17	42	1.49
26609847--26609912	33	2.0	34	82	8	82	28	18	25	27	1.98
26616177--26616295	46	2.6	44	81	10	125	27	20	27	24	1.99
26616269--26616379	48	2.3	50	85	3	154	28	18	29	23	1.97
26619874--26619959	28	3.0	29	78	9	97	34	26	13	24	1.93
26623582--26623757	46	3.8	46	77	16	193	30	28	19	21	1.98
26623591--26623760	93	1.8	93	93	2	297	29	28	20	21	1.98
26630690--26630816	46	2.8	46	93	0	209	31	29	18	19	1.96
26635511--26635615	23	4.4	23	85	9	140	25	19	20	35	1.95
26641607--26641964	47	7.6	47	93	1	581	32	8	29	28	1.87
26647339--26647363	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
26648530--26648636	42	2.5	41	83	4	133	24	18	28	28	1.98
26648474--26648636	43	3.8	44	75	12	151	25	17	26	30	1.98
26656592--26656656	33	2.0	33	100	0	130	33	6	3	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26657743--26657772	10	3.0	10	100	0	60	0	20	20	60	1.37
26660185--26660237	19	2.8	19	100	0	106	32	26	20	20	1.98
26669843--26669877	16	2.2	16	100	0	70	31	0	25	42	1.55
26675680--26675799	60	2.0	61	83	6	154	27	26	19	26	1.99
26680578--26680684	28	3.8	28	83	13	105	36	24	13	26	1.92
26680623--26680931	29	10.8	29	77	7	197	37	21	17	23	1.94
26680613--26680932	87	3.7	87	78	8	282	37	21	16	23	1.94
26680594--26680931	58	5.9	58	81	6	284	37	21	16	24	1.94
26685883--26686066	67	2.8	64	75	7	174	30	17	28	23	1.97
26687391--26687747	94	3.8	92	79	9	359	28	19	29	22	1.98
26687391--26687747	47	7.6	46	72	12	217	28	19	29	22	1.98
26690874--26691042	84	2.0	84	95	0	302	47	21	2	28	1.63
26695653--26695836	40	4.6	40	85	2	253	25	26	23	25	2.00
26703749--26703794	23	2.0	23	95	0	83	28	30	19	21	1.98
26703709--26703834	63	2.0	63	93	0	216	26	30	21	21	1.98
26717180--26717363	40	4.6	40	85	2	253	25	26	23	25	2.00
26725245--26725464	40	5.6	40	81	6	243	25	26	22	25	2.00
26728339--26728381	22	2.0	22	85	0	59	13	23	23	39	1.90
26729934--26729986	18	2.8	18	75	18	54	58	1	7	32	1.37
26734390--26734427	15	2.5	15	91	4	58	31	23	7	36	1.84
26740621--26740661	22	1.9	21	85	5	55	24	9	0	65	1.22
26753704--26753834	47	2.8	49	80	13	150	27	31	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26757139--26757172	17	2.1	15	89	10	50	64	2	11	20	1.39
26759406--26759447	18	2.2	20	91	8	70	52	2	19	26	1.58
26777098--26777199	45	2.2	45	89	8	152	50	10	18	19	1.75
26778316--26778562	40	6.2	40	90	3	349	25	22	26	25	2.00
26780633--26780748	42	2.7	42	77	4	117	30	27	20	21	1.98
26780633--26780789	43	3.7	43	76	7	124	30	28	21	20	1.98
26780631--26780794	44	3.8	42	71	17	124	32	27	20	20	1.97
26783200--26783241	20	2.1	20	90	0	66	16	26	35	21	1.94
26784812--26784863	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26801192--26801251	29	2.1	29	90	0	93	23	30	8	38	1.84
26803112--26803138	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
26807227--26807397	93	1.8	93	92	2	290	29	27	19	22	1.98
26807222--26807394	46	3.7	46	78	14	194	30	26	19	23	1.98
26809993--26810025	14	2.4	14	90	10	50	33	18	6	42	1.75
26812137--26812254	40	3.0	40	91	0	191	24	20	25	29	1.99
26812138--26812297	40	4.0	39	84	5	133	23	22	23	30	1.99
26812137--26812295	80	2.0	80	83	4	205	23	22	23	30	1.99
26814590--26814767	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
26814591--26814741	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
26832726--26832750	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
26837009--26837216	53	3.9	54	77	4	177	23	23	16	36	1.94
26837195--26837410	47	4.6	47	94	0	369	25	24	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26839311--26839374	31	2.1	31	87	0	92	21	21	17	39	1.93
26839588--26839679	25	3.7	25	71	16	75	29	21	22	26	1.99
26839630--26839685	24	2.3	25	84	3	69	25	26	25	23	2.00
26839820--26839865	24	1.9	24	86	0	65	30	17	21	30	1.96
26850323--26850418	26	3.8	26	86	5	119	27	21	23	27	1.99
26855934--26856054	43	2.9	41	80	6	127	27	14	23	33	1.94
26859388--26859743	81	4.4	82	83	4	436	41	21	17	19	1.90
26859388--26859743	27	13.2	27	84	2	369	41	21	17	19	1.90
26859889--26859959	36	2.0	36	85	0	97	25	28	29	16	1.97
26867239--26867463	80	2.8	80	88	6	307	23	22	27	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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