genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71823746--71823920	72	2.4	73	86	2	246	26	15	25	33	1.95
71823945--71824277	88	3.8	88	89	3	479	24	18	21	34	1.96
71824174--71824208	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
71824189--71824347	73	2.1	76	86	6	218	28	18	21	31	1.97
71824353--71824514	74	2.1	76	86	6	222	27	20	21	29	1.98
71824112--71825304	167	7.3	163	80	10	1249	27	18	19	34	1.95
71824429--71824615	91	2.1	90	82	8	220	24	20	20	34	1.97
71824517--71824691	76	2.3	76	87	4	235	26	20	18	33	1.96
71824671--71824705	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
71824595--71824945	91	4.0	89	81	9	420	27	18	16	37	1.92
71823943--71825304	333	4.1	332	81	9	1395	27	18	19	34	1.96
71824858--71825306	86	5.8	75	75	12	214	28	17	18	36	1.93
71825159--71825191	13	2.6	13	85	4	50	24	15	6	54	1.63
71824930--71825477	241	2.2	249	84	7	697	28	16	18	36	1.93
71825097--71825262	86	1.9	88	85	4	230	25	18	18	37	1.93
71825463--71825492	15	2.0	15	100	0	60	20	13	46	20	1.83
71826181--71826227	18	2.5	19	96	3	87	63	31	0	4	1.13
71828675--71828709	12	2.9	12	86	0	52	25	25	5	42	1.77
71828682--71828713	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
71846343--71847156	161	4.9	163	74	14	618	28	18	18	34	1.95
71846414--71846577	77	2.1	77	86	4	224	28	20	18	32	1.97
71846491--71846805	91	3.6	87	83	8	392	29	17	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71846343--71846922	167	3.5	161	79	10	578	27	19	18	34	1.95
71846755--71846957	73	2.8	72	86	6	257	29	16	18	35	1.93
71846939--71847000	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
71847818--71847865	17	2.8	17	96	0	87	62	33	0	4	1.14
71850355--71850390	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
71850363--71850394	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
71854412--71854598	41	4.6	41	83	9	215	27	25	19	27	1.99
71861457--71861481	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
71862010--71862197	41	4.6	40	84	9	213	27	25	19	27	1.99
71862010--71862197	82	2.3	80	85	7	236	27	25	19	27	1.99
71868198--71868225	12	2.3	12	100	0	56	92	0	7	0	0.37
71869247--71869441	72	2.7	71	85	4	257	25	14	23	36	1.93
71869466--71869796	88	3.8	88	87	4	452	25	18	21	35	1.95
71869694--71869728	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
71869709--71869868	73	2.1	76	86	5	227	28	18	20	33	1.96
71869893--71870035	74	1.9	75	85	2	198	29	18	23	27	1.98
71869633--71870835	167	7.2	164	79	10	1148	28	18	19	34	1.95
71869950--71870137	92	2.1	90	83	6	227	24	21	19	34	1.96
71870039--71870214	77	2.3	77	87	1	244	27	19	18	34	1.96
71870194--71870228	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
71870117--71870471	91	4.0	89	82	8	408	28	17	16	37	1.92
71870367--71870402	14	2.7	13	83	8	54	25	16	0	58	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71870442--71871046	88	7.4	77	71	18	370	27	16	18	36	1.93
71870401--71870835	79	5.4	77	76	9	263	29	17	18	34	1.94
71870455--71871042	256	2.4	248	83	8	764	27	17	18	36	1.93
71870685--71870720	14	2.6	14	95	4	65	33	13	5	47	1.67
71870817--71870878	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
71870061--71870917	412	2.1	403	81	10	954	28	16	18	36	1.93
71871705--71871781	27	3.0	26	87	12	106	71	20	3	3	1.18
71871702--71871781	24	3.2	24	84	10	115	72	20	3	3	1.16
71873428--71873526	30	3.3	30	91	0	162	18	6	48	27	1.71
71873461--71873516	18	3.5	17	68	27	50	19	7	46	26	1.76
71881586--71881633	13	3.6	13	80	5	51	68	2	4	25	1.18
71889158--71889199	17	2.3	18	80	8	50	52	0	0	47	1.00
71890944--71890985	18	2.3	18	84	8	50	7	23	2	66	1.28
71902687--71902719	15	2.2	15	94	0	57	36	12	21	30	1.90
71903281--71903308	13	2.2	13	100	0	56	35	7	7	50	1.57
71919775--71919867	44	2.1	45	86	8	127	39	6	4	49	1.48
71922889--71922917	15	1.9	15	100	0	58	24	13	20	41	1.89
71924527--71924572	12	3.6	12	78	16	56	34	0	0	65	0.93
71926091--71926131	4	10.2	4	85	15	50	46	29	0	24	1.53
71927614--71927660	18	2.4	20	79	17	62	51	10	36	2	1.49
71927623--71927660	18	2.1	18	95	0	67	47	10	39	2	1.52
71927904--71927981	33	2.4	33	91	0	129	25	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71930998--71931061	29	2.2	30	86	8	96	45	1	0	53	1.10
71934311--71934464	76	2.0	76	94	0	272	31	8	24	35	1.85
71936381--71936454	36	2.1	36	89	5	114	37	0	5	56	1.22
71936942--71936976	6	5.8	6	100	0	70	31	51	0	17	1.45
71937947--71937986	15	2.8	14	85	7	53	32	0	2	65	1.06
71938548--71938588	18	2.3	18	95	0	73	58	2	4	34	1.32
71939018--71939150	66	2.0	66	97	0	248	44	13	12	30	1.80
71941552--71941606	21	2.8	21	71	18	55	49	7	3	40	1.48
71953181--71953231	25	2.0	25	96	0	93	49	3	25	21	1.67
71956235--71956276	5	8.6	5	85	15	61	38	2	0	59	1.10
71956226--71956276	13	3.7	13	82	14	66	37	1	1	58	1.20
71962584--71962665	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
71965554--71965596	15	2.9	15	82	3	52	44	4	11	39	1.62
71970484--71970634	76	2.0	76	90	1	241	40	9	6	43	1.63
71970684--71970742	25	2.5	23	79	12	66	66	5	1	27	1.22
71971113--71971137	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
71983318--71983367	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
71983368--71983623	72	3.6	72	99	0	503	27	6	24	42	1.78
71987839--71987879	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
71987880--71988135	72	3.6	72	99	0	503	27	6	24	42	1.78
71992224--71992314	45	2.0	45	100	0	182	34	10	17	37	1.85
71993460--71993489	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71993456--71993518	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
71993899--71993937	18	2.2	18	95	0	69	35	28	28	7	1.85
72000226--72000302	34	2.3	34	88	4	111	32	12	15	38	1.86
72010488--72010711	112	2.0	112	97	0	421	22	20	14	41	1.89
72010888--72010927	19	2.1	19	100	0	80	27	12	25	35	1.92
72012648--72012704	26	2.2	26	96	0	105	38	7	17	36	1.77
72028753--72028793	16	2.5	17	84	8	57	63	0	0	36	0.95
72030371--72030403	17	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
72030933--72030966	17	2.0	18	88	11	54	38	0	0	61	0.96
72031388--72031422	10	3.9	9	92	7	54	57	0	0	42	0.99
72034235--72034277	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
72039005--72039045	17	2.3	18	80	20	50	41	7	4	46	1.53
72046992--72047030	20	2.0	19	85	5	51	61	5	0	33	1.18
72052615--72052696	19	4.3	18	77	13	76	35	1	2	60	1.17
72055570--72055639	30	2.3	31	80	7	81	60	4	1	34	1.25
72055583--72055652	31	2.2	31	76	14	72	60	2	0	37	1.12
72056479--72056542	30	2.1	30	88	0	92	34	21	12	31	1.91
72059623--72059793	46	3.7	46	90	1	254	42	12	23	21	1.87
72062369--72062440	37	1.9	37	81	10	85	43	18	0	38	1.50
72062775--72062810	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
72063250--72063293	17	2.4	18	88	7	63	13	9	4	72	1.24
72063263--72063306	23	1.9	23	81	9	54	20	6	4	68	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72063302--72063350	18	2.9	18	79	11	59	53	2	0	44	1.12
72063464--72063506	8	6.0	8	79	20	51	60	0	0	39	0.97
72063473--72063517	19	2.3	20	88	3	65	57	2	0	40	1.11
72067124--72067169	19	2.5	19	86	10	60	32	4	2	60	1.28
72067618--72067672	27	2.0	29	86	13	80	30	7	3	58	1.43
72067718--72067784	27	2.5	26	83	9	82	32	5	5	55	1.49
72067718--72067775	25	2.2	27	84	6	75	32	6	6	53	1.54
72067803--72067894	22	4.3	21	76	15	66	33	1	7	57	1.34
72067916--72067958	21	2.1	21	95	4	79	34	6	4	53	1.49
72070317--72070370	23	2.4	23	82	14	69	59	0	1	38	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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