Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  252  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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Indices
Period
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Copy
Number
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Indels
Score
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Indices
Period
Size
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Number
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Score
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1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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Entropy
(0-2)
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325
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20
27
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1.99
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256
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20
27
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26
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3
48.3
3
66
16
55
29
3
2
63
1.25
79315130--79315162
14
2.4
14
94
0
57
33
0
0
66
0.92
79315115--79315191
40
1.9
39
84
7
102
29
2
2
64
1.20
79315149--79315215
24
2.8
23
74
14
64
28
5
1
64
1.26
79315538--79315691
82
1.9
81
81
6
186
27
11
2
59
1.45
79340750--79340800
24
2.1
24
88
0
75
25
11
33
29
1.91
79342917--79342969
27
1.9
28
81
11
65
35
3
3
56
1.35
79345418--79345460
20
2.2
20
83
8
52
51
2
0
46
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79346708--79346747
21
1.9
21
85
10
55
15
5
20
60
1.53
79347796--79348123
172
1.9
172
99
0
647
24
17
14
43
1.86
79351136--79351532
216
1.9
208
80
8
469
28
13
25
33
1.93
79353632--79353706
32
2.3
32
68
20
50
44
1
1
53
1.17
79353666--79353718
8
6.3
9
79
16
53
47
0
0
52
1.00
79353632--79353719
39
2.4
39
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109
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1
1
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1.15
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2.6
22
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14
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1.88
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19
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29
1.98
79357751--79357919
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22
20
28
28
1.98
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2.8
93
95
0
467
22
20
28
29
1.98
79362143--79362287
52
2.7
53
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29
27
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26
1.96
79362174--79362307
52
2.6
52
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4
182
28
26
17
28
1.97
79365417--79365453
18
2.1
18
100
0
74
48
0
0
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1.00
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29
2.0
30
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3
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2.0
21
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22
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0
1.50
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7
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12
0
3
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0.72
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2.0
63
100
0
254
25
17
14
43
1.86
79378106--79378180
13
6.2
13
70
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0
0
40
0.97
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11
5.0
11
76
13
58
61
0
0
38
0.96
79378113--79378180
14
4.5
15
73
18
52
60
0
0
39
0.97
79378099--79378178
34
2.4
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13
103
61
0
0
38
0.96
79378208--79378252
15
3.1
15
84
6
58
53
0
0
46
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79378196--79378276
28
2.9
28
75
14
78
46
1
1
50
1.17
79378355--79378393
16
2.5
15
84
12
51
58
0
2
38
1.12
79379746--79379790
19
2.2
20
84
7
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66
0
4
28
1.11
79379797--79379832
18
2.0
18
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0
54
55
8
5
30
1.52
79383803--79383855
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1.9
27
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3
1
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79383787--79383868
27
2.9
27
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2
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1.31
79383858--79383905
21
2.2
21
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2
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16
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29
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29
1
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1.23
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23
2.0
23
95
0
85
44
0
8
46
1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259