genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32994518--32994549	9	3.6	9	91	0	55	28	9	15	46	1.77
32995089--32995131	19	2.3	19	84	8	52	67	4	20	6	1.33
32996475--32996541	31	2.2	30	81	10	73	50	2	2	43	1.32
33001579--33001614	18	2.0	18	89	10	56	38	0	0	61	0.96
33001536--33001762	112	2.0	114	92	1	377	41	9	3	44	1.56
33008718--33008895	27	6.6	27	82	5	162	29	28	15	26	1.96
33008739--33008894	82	1.9	81	85	6	217	28	28	15	26	1.96
33026667--33026844	27	6.6	27	82	5	162	29	28	15	26	1.96
33026688--33026843	82	1.9	81	85	6	217	28	28	15	26	1.96
33028548--33028653	44	2.4	44	85	0	140	27	18	20	33	1.96
33028746--33029500	45	16.8	45	73	10	424	26	20	18	33	1.96
33028738--33029164	222	1.9	222	89	2	662	25	22	19	32	1.97
33028873--33029316	180	2.5	177	87	3	622	27	22	17	32	1.96
33029901--33030037	46	3.0	46	89	0	211	24	27	16	30	1.97
33032060--33032248	93	2.0	94	95	1	344	22	19	20	37	1.94
33038890--33039059	40	4.3	40	89	0	207	23	21	28	26	1.99
33038844--33039059	80	2.7	79	82	3	227	25	20	27	26	1.99
33038912--33039094	79	2.3	80	80	1	217	25	20	28	25	1.99
33043634--33043706	34	2.1	36	94	5	132	27	24	26	21	2.00
33046773--33046995	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
33046848--33047030	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
33053459--33053498	21	2.0	20	86	13	57	62	5	7	25	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33056313--33056539	112	2.0	114	90	1	359	40	9	4	44	1.58
33060208--33060233	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33066059--33066177	56	2.1	56	84	4	152	23	31	24	21	1.98
33068509--33068551	16	2.7	16	85	0	59	51	18	20	9	1.74
33068763--33068852	29	3.1	28	90	4	144	30	13	26	30	1.94
33071928--33072006	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
33074040--33074082	20	2.2	20	95	0	77	37	13	18	30	1.90
33074047--33074090	20	2.2	20	91	0	70	34	13	22	29	1.93
33074136--33074255	24	5.0	24	82	10	147	29	20	22	28	1.98
33074137--33074234	47	2.1	48	92	5	164	29	19	21	29	1.97
33074137--33074234	23	4.1	23	83	10	126	29	19	21	29	1.97
33074448--33074511	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
33082104--33082160	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
33082102--33082164	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
33082218--33082300	24	3.4	24	90	9	132	31	19	22	26	1.98
33082218--33082314	24	4.0	24	83	14	103	29	21	21	26	1.99
33082507--33082570	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
33084716--33084846	49	2.7	50	80	8	146	22	26	20	29	1.99
33093336--33093420	43	2.0	43	95	0	152	15	30	4	49	1.65
33095034--33095086	21	2.7	18	83	16	61	58	0	3	37	1.16
33095089--33095118	15	2.0	15	93	0	51	76	6	13	3	1.11
33095144--33095169	11	2.4	11	100	0	52	80	0	19	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33095785--33095821	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
33098997--33099023	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
33100310--33100482	45	3.8	44	76	13	188	23	20	26	29	1.99
33102134--33102167	8	4.2	8	100	0	68	11	23	52	11	1.70
33107477--33107516	21	1.9	21	90	10	64	55	0	2	42	1.13
33107593--33107626	11	3.0	11	91	4	50	73	0	26	0	0.83
33108236--33108262	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
33109154--33109205	24	2.2	24	96	0	95	40	7	21	30	1.81
33110339--33110390	27	2.0	27	84	3	70	46	23	15	15	1.83
33114306--33114404	27	3.6	27	83	6	103	38	17	10	34	1.83
33114339--33114414	27	2.8	26	80	7	89	39	21	10	28	1.86
33114310--33114431	54	2.2	54	78	9	133	38	19	9	31	1.85
33114356--33114748	81	4.9	81	74	5	265	33	20	8	37	1.84
33114413--33114620	27	7.7	27	86	2	240	28	21	8	41	1.82
33114613--33114850	27	8.7	27	76	9	207	39	18	8	32	1.81
33114869--33114946	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
33116092--33116139	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
33116183--33116246	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
33116187--33116241	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
33116293--33116438	25	6.0	24	85	7	181	28	19	22	28	1.98
33116292--33116417	48	2.6	47	87	7	189	30	19	22	28	1.98
33116632--33116692	31	2.0	31	90	0	95	31	16	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33120731--33120814	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
33122299--33122351	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
33122599--33122884	137	2.1	136	97	0	536	24	18	25	31	1.98
33126548--33126631	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
33128114--33128166	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
33128414--33128699	137	2.1	136	96	0	518	24	18	25	31	1.98
33129759--33129817	23	2.6	23	83	2	75	25	13	11	49	1.76
33130902--33130943	17	2.4	18	76	11	52	47	0	2	50	1.14
33134468--33134569	48	2.1	49	87	5	145	42	7	16	33	1.77
33137495--33137591	28	3.5	28	85	0	104	27	24	17	29	1.97
33140709--33140931	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
33140707--33140931	40	5.7	40	83	6	269	25	28	21	24	1.99
33145905--33146129	40	5.7	40	82	5	242	25	27	21	25	1.99
33145905--33146126	79	2.8	80	82	4	243	25	27	20	25	1.99
33145907--33146129	119	1.9	120	81	6	274	25	27	21	25	1.99
33151835--33151913	28	2.8	28	80	0	104	31	25	7	35	1.84
33155341--33155404	30	2.2	29	94	2	110	25	17	21	35	1.95
33162715--33162782	30	2.3	29	92	2	109	25	16	23	35	1.95
33166206--33166340	72	1.9	72	95	0	243	32	9	17	40	1.82
33188834--33188928	43	2.2	43	87	10	133	32	25	15	26	1.96
33203386--33203783	198	2.0	197	96	0	724	26	28	16	28	1.97
33208026--33208374	68	5.3	66	69	18	192	26	28	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33208021--33208410	198	2.0	198	97	1	737	26	29	15	29	1.96
33210712--33210801	29	3.1	29	87	4	121	30	30	13	26	1.94
33211012--33211062	16	3.2	16	80	2	68	5	23	21	49	1.71
33215255--33215408	29	5.3	29	88	0	229	29	29	13	26	1.94
33222267--33222433	43	3.9	43	75	10	110	34	22	13	29	1.93
33225996--33226127	27	4.9	27	81	9	135	34	20	25	20	1.97
33226014--33226127	54	2.1	54	88	3	167	34	21	24	19	1.96
33227722--33227803	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
33233958--33234113	27	5.8	27	81	11	169	32	20	25	21	1.98
33233976--33234113	54	2.6	54	91	2	215	33	21	24	20	1.97
33233958--33234113	81	1.9	80	84	3	206	32	20	25	21	1.98
33235186--33235246	20	3.0	20	100	0	122	31	19	14	34	1.92
33235753--33235834	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
33236136--33236259	46	2.6	48	79	3	135	29	18	28	24	1.98
33238413--33238676	46	5.7	46	78	9	234	29	17	28	24	1.97
33244194--33244448	46	5.5	47	93	3	446	32	12	29	25	1.93
33244194--33244448	139	1.8	139	95	3	469	32	12	29	25	1.93
33244200--33244504	46	6.6	47	85	8	158	32	11	28	27	1.91
33244650--33244758	37	2.9	37	93	0	173	22	17	31	28	1.97
33246015--33246326	40	7.8	40	89	1	473	24	22	27	25	2.00
33250326--33250588	47	5.7	47	93	3	444	33	11	28	26	1.92
33250340--33250644	47	6.6	47	84	10	162	32	11	28	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33250790--33250898	37	2.9	37	93	0	173	22	17	31	28	1.97
33252160--33252470	40	7.8	40	89	1	473	24	22	27	25	2.00
33256543--33256801	47	5.5	47	96	0	473	32	12	29	25	1.93
33256634--33256708	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
33256545--33256857	47	6.6	47	88	6	215	32	11	28	27	1.91
33257004--33257112	37	2.9	37	91	0	173	24	18	30	26	1.98
33259460--33259567	46	2.5	41	80	16	114	28	13	24	33	1.94
33259458--33259553	46	2.1	46	86	7	133	31	12	21	34	1.91
33273428--33273530	44	2.5	41	84	12	122	30	15	23	31	1.95
33273426--33273519	44	2.1	44	90	7	147	32	14	20	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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