genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65103848--65103965	25	4.8	25	67	3	69	20	24	19	35	1.96
65119194--65119231	17	2.3	17	90	4	60	7	23	0	68	1.16
65119234--65119280	10	4.9	9	80	17	51	72	0	4	23	1.02
65122529--65122564	17	2.1	17	100	0	72	41	11	30	16	1.83
65145835--65145886	11	4.9	11	79	9	63	30	28	0	40	1.57
65145839--65145876	20	1.9	20	94	0	67	34	26	0	39	1.57
65145914--65145944	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
65147561--65147624	30	2.1	30	85	0	83	31	46	15	6	1.71
65147678--65147720	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
65148105--65148586	116	4.2	116	96	0	883	40	3	9	47	1.53
65148383--65148565	54	3.2	54	72	17	190	42	2	7	48	1.42
65151528--65151586	22	2.7	21	76	15	57	18	5	22	54	1.63
65154803--65155340	126	4.3	126	91	0	837	26	20	18	33	1.96
65154803--65155345	251	2.2	252	91	1	856	27	20	18	33	1.96
65155450--65155622	96	1.8	96	84	3	242	40	13	2	43	1.56
65155617--65155648	15	2.1	15	94	0	55	53	15	0	31	1.43
65157630--65157661	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
65157376--65157784	214	2.0	201	85	7	554	51	7	6	35	1.55
65158247--65158279	16	2.1	16	94	0	57	54	3	6	36	1.41
65171823--65171882	27	2.3	26	88	5	93	31	25	26	16	1.96
65173836--65173888	23	2.3	23	83	6	63	60	0	1	37	1.08
65179579--65179611	11	3.0	11	86	13	50	0	3	9	87	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65179582--65179611	10	2.9	10	95	5	51	0	3	6	90	0.56
65179775--65179817	18	2.3	18	84	11	52	23	0	11	65	1.25
65179817--65179853	11	3.1	13	81	18	53	67	0	0	32	0.91
65181548--65181614	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
65187502--65187614	9	11.9	9	74	10	100	32	1	20	45	1.62
65187506--65187623	57	2.1	57	85	0	155	33	1	18	46	1.59
65187535--65187612	39	2.0	39	89	0	120	34	1	19	44	1.59
65187751--65188392	241	2.7	241	98	0	1212	32	15	17	34	1.91
65191205--65191258	25	2.2	25	93	0	90	38	20	40	0	1.53
65191421--65191475	26	2.0	26	82	6	65	34	18	16	30	1.93
65191524--65191871	158	2.2	156	79	9	377	29	21	15	33	1.94
65192844--65192888	14	3.2	14	81	12	65	48	26	0	24	1.51
65192837--65192876	21	1.9	21	84	0	53	45	27	0	27	1.54
65193160--65193286	7	18.1	7	77	8	107	40	40	0	19	1.52
65193329--65193459	21	5.9	21	70	13	100	43	24	1	30	1.63
65193313--65193448	46	3.0	46	95	0	245	41	24	2	31	1.67
65193414--65193462	7	7.0	7	78	0	53	48	28	0	22	1.50
65193624--65193843	41	5.4	41	87	2	293	17	21	23	37	1.94
65193624--65193872	123	2.0	123	83	6	308	17	20	23	37	1.94
65193988--65194057	25	2.8	25	71	0	68	21	22	18	37	1.94
65197000--65197075	34	2.3	34	95	4	138	34	9	10	46	1.70
65206303--65206344	17	2.4	18	81	18	54	73	2	7	16	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65207200--65207255	29	2.0	29	89	3	87	42	7	1	48	1.41
65209565--65209875	146	2.1	148	98	1	599	38	10	16	34	1.83
65213038--65213449	204	2.0	204	99	0	815	23	10	23	42	1.85
65216619--65216670	19	2.7	18	80	16	52	42	1	3	51	1.31
65228199--65228247	25	1.9	26	87	4	73	63	4	2	30	1.24
65230181--65230478	147	2.0	147	96	0	551	38	12	8	40	1.72
65236478--65236532	24	2.3	23	84	9	67	32	0	3	63	1.12
65236493--65236546	24	2.3	23	90	9	90	29	0	3	66	1.09
65236494--65236545	25	2.1	25	96	3	97	26	0	3	69	1.06
65253684--65253729	10	4.4	11	74	20	53	30	0	6	63	1.20
65254509--65254553	20	2.3	20	79	17	51	48	0	4	46	1.22
65256216--65256256	18	2.2	20	82	8	50	19	0	12	68	1.21
65256257--65256289	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
65272161--65272194	6	5.8	6	86	6	52	32	32	2	32	1.73
65274353--65274400	21	2.2	21	79	13	53	47	2	2	47	1.25
65277286--65277319	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
65277269--65277328	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
65279655--65279693	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
65281086--65281119	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
65281069--65281128	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
65288999--65289094	34	2.8	34	67	22	83	60	7	6	26	1.47
65290443--65290740	133	2.2	133	87	0	434	30	20	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65290582--65291152	177	3.2	176	88	1	811	29	21	18	29	1.97
65290350--65290942	311	1.9	311	85	2	791	29	22	19	28	1.98
65295787--65295832	21	2.2	21	84	7	58	56	8	10	23	1.61
65300873--65301043	47	3.6	47	80	4	166	30	26	16	25	1.97
65304568--65304613	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
65304575--65304619	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
65323507--65323571	28	2.3	28	91	0	103	35	27	7	29	1.85
65323678--65323767	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
65323678--65323792	55	2.1	56	82	8	137	19	23	21	35	1.96
65327674--65327726	5	10.8	5	81	18	67	20	1	0	77	0.87
65329296--65329345	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
65337174--65337311	42	3.3	41	85	5	161	33	2	9	54	1.48
65338171--65338208	20	1.9	20	88	0	58	52	2	0	44	1.14
65340476--65340534	25	2.3	26	94	2	102	40	6	11	40	1.68
65340967--65341028	18	3.3	18	69	20	54	56	0	6	37	1.25
65341470--65341496	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
65354025--65354065	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
65356783--65356974	96	2.0	96	98	0	375	25	25	16	32	1.96
65362354--65362476	42	2.9	42	86	0	165	43	17	20	17	1.88
65365051--65365077	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
65384945--65385037	38	2.3	40	76	18	97	41	6	4	47	1.49
65385472--65385540	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65385472--65385540	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
65385776--65385810	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
65385759--65386021	120	2.2	120	98	0	508	47	6	1	44	1.38
65406667--65406725	28	2.1	28	100	0	118	30	20	6	42	1.78
65415978--65416014	16	2.3	17	81	13	51	59	0	0	40	0.97
65416027--65416053	7	3.9	7	100	0	54	44	11	0	44	1.39
65420496--65420716	43	5.2	43	83	5	252	31	20	21	26	1.98
65424964--65424992	11	2.7	11	94	5	51	0	27	62	10	1.28
65425095--65425124	5	5.8	5	96	4	51	3	60	36	0	1.14
65425159--65425208	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
65425195--65425237	22	2.0	22	86	4	61	74	9	0	16	1.06
65425284--65425316	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
65429022--65429107	28	3.0	28	87	1	127	19	3	29	47	1.66
65429025--65429119	28	3.6	26	81	13	106	16	3	32	47	1.63
65429309--65429391	21	3.9	21	81	7	96	18	22	22	36	1.95
65429309--65429391	44	2.0	41	83	7	103	18	22	22	36	1.95
65430477--65430663	46	3.9	48	74	15	154	26	15	28	29	1.96
65434146--65434312	9	17.6	9	77	10	163	31	0	21	46	1.56
65434179--65434295	39	3.0	39	96	0	207	32	0	22	45	1.53
65434161--65434300	39	3.4	43	83	13	170	31	0	22	45	1.58
65434146--65434312	57	2.9	58	82	6	198	31	0	21	46	1.56
65434146--65434301	48	3.2	48	80	3	188	32	0	22	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65434492--65434978	241	2.0	241	95	0	875	33	14	17	34	1.90
65435444--65435473	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
65438532--65438647	37	3.1	37	83	8	128	26	12	46	14	1.80
65440023--65440073	21	2.4	21	96	0	93	47	15	7	29	1.74
65440065--65440107	14	3.0	14	75	3	50	53	25	0	20	1.46
65440541--65440644	40	2.6	38	78	14	104	21	20	20	38	1.94
65441182--65441232	25	2.0	25	100	0	102	52	3	11	31	1.56
65451815--65451866	15	3.2	15	73	19	50	53	1	1	42	1.23
65452225--65452278	26	2.2	24	87	12	74	44	3	7	44	1.49
65452243--65452315	37	2.0	37	100	0	146	49	1	8	41	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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