genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24357677--24358004	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
24359443--24359470	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
24360101--24360294	43	4.6	41	73	12	160	28	26	19	25	1.98
24360103--24360294	85	2.3	85	91	0	312	28	27	18	25	1.98
24363855--24363932	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
24363885--24364210	172	1.9	174	92	1	548	30	14	24	31	1.94
24368231--24368261	14	2.2	14	100	0	62	22	16	16	45	1.85
24377840--24377885	19	2.4	19	100	0	92	17	8	26	47	1.76
24381461--24381630	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
24381483--24381665	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
24389358--24389527	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
24389380--24389562	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
24408244--24408504	40	6.6	40	86	3	294	26	28	20	24	1.99
24408436--24408513	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
24410104--24410193	29	3.1	28	88	4	135	32	25	14	27	1.95
24410410--24410448	16	2.4	16	82	0	51	20	20	10	48	1.78
24425371--24425463	24	4.0	23	78	4	69	23	19	16	40	1.90
24425371--24425463	47	2.0	47	80	4	107	23	19	16	40	1.90
24426488--24426631	75	1.9	75	92	0	243	25	22	24	27	2.00
24426464--24426641	75	2.4	75	83	0	239	24	23	25	26	2.00
24427170--24427263	20	4.8	20	76	8	86	13	32	20	32	1.92
24427170--24427262	40	2.3	40	92	0	150	13	33	20	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24431186--24431229	23	2.0	22	86	4	61	15	4	27	52	1.63
24435455--24435631	27	6.5	27	79	3	113	28	31	15	24	1.96
24435455--24435631	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
24435476--24435631	82	1.9	81	82	3	197	27	30	16	25	1.96
24443508--24443680	26	6.5	27	76	11	144	28	30	16	25	1.96
24443529--24443680	81	1.9	78	84	6	198	27	30	16	25	1.97
24443508--24443680	53	3.3	51	78	13	172	28	30	16	25	1.96
24445412--24445501	39	2.3	39	90	0	135	28	21	26	23	1.99
24448734--24448888	38	4.1	38	82	1	168	37	23	20	19	1.94
24448734--24448888	76	2.0	76	82	2	186	37	23	20	19	1.94
24453813--24454106	78	3.8	78	92	2	468	31	17	25	25	1.97
24454047--24454274	45	5.1	45	73	10	207	30	14	27	26	1.95
24454624--24454721	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
24454624--24454714	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
24454624--24454737	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
24456166--24456383	39	5.6	38	85	4	222	23	18	27	29	1.98
24456166--24456355	38	4.9	39	88	2	233	23	17	28	30	1.97
24457522--24457560	20	2.0	20	100	0	78	28	10	15	46	1.78
24462820--24462954	53	2.5	53	78	7	130	23	25	16	34	1.95
24463006--24463127	47	2.6	47	90	0	190	26	22	13	36	1.92
24463142--24463265	45	2.7	46	78	13	130	20	22	20	36	1.95
24463886--24463946	30	2.0	30	90	0	95	34	24	6	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24467898--24467928	16	1.9	16	93	0	53	3	16	0	80	0.83
24472813--24472837	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24475744--24475912	48	3.6	46	81	6	178	27	19	28	24	1.98
24477063--24477163	43	2.3	43	86	5	150	32	16	14	35	1.90
24480352--24480561	39	5.3	39	90	2	298	25	26	22	25	2.00
24480352--24480612	78	3.3	78	81	13	281	24	26	22	26	2.00
24484003--24484268	94	2.8	91	80	9	254	25	19	28	25	1.98
24485456--24486003	47	11.6	47	94	1	952	29	29	8	33	1.86
24485456--24486003	190	2.9	190	95	0	983	29	29	8	33	1.86
24488076--24488266	40	4.8	40	88	1	276	25	27	21	24	2.00
24489680--24490274	47	12.6	47	93	1	983	29	29	8	33	1.86
24489680--24490274	190	3.1	190	95	0	1032	29	29	8	33	1.86
24496291--24496555	40	6.7	40	87	4	340	25	21	27	26	1.99
24496291--24496588	119	2.5	118	82	6	325	26	20	27	25	1.99
24509965--24510185	77	2.8	78	87	7	299	25	22	27	24	2.00
24509982--24510185	38	5.2	39	90	5	299	25	22	27	25	2.00
24509982--24510218	76	3.0	78	85	6	250	26	21	27	24	1.99
24517898--24518162	40	6.7	40	88	4	349	25	21	27	26	1.99
24517898--24518195	119	2.5	118	82	6	334	26	21	27	25	1.99
24526086--24526311	54	4.2	54	85	4	294	26	12	20	40	1.88
24526086--24526314	81	2.8	81	84	1	298	26	12	20	40	1.88
24526086--24526314	27	8.5	27	84	1	262	26	12	20	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24530203--24530303	43	2.3	43	84	5	141	32	16	15	34	1.91
24533915--24534180	94	2.8	92	80	10	265	25	19	28	25	1.98
24539376--24539552	27	6.5	27	79	3	113	28	31	15	24	1.96
24539376--24539552	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
24539397--24539552	82	1.9	81	82	3	197	27	30	16	25	1.96
24547440--24547616	27	6.5	27	79	3	113	28	31	15	24	1.96
24547440--24547616	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
24547461--24547616	82	1.9	81	82	3	197	27	30	16	25	1.96
24551237--24551261	6	4.2	6	100	0	50	32	16	0	52	1.44
24551599--24551641	13	3.3	13	78	12	52	30	20	0	48	1.50
24554513--24554687	46	3.8	46	77	13	178	29	29	20	20	1.98
24554520--24554692	93	1.9	93	90	0	274	28	30	20	20	1.98
24558890--24558922	15	2.2	15	100	0	66	24	6	6	63	1.40
24559986--24560160	46	3.8	46	77	13	196	28	29	21	20	1.98
24559993--24560165	93	1.9	93	92	0	292	27	30	21	21	1.98
24559989--24560180	46	4.2	45	68	18	108	28	28	20	21	1.98
24561647--24561709	32	2.0	32	100	0	126	33	6	22	38	1.79
24569957--24570479	48	10.9	48	80	0	562	28	19	26	25	1.99
24569957--24570479	96	5.4	96	92	0	839	28	19	26	25	1.99
24570928--24570953	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
24570991--24571107	50	2.3	53	88	8	172	35	13	13	37	1.85
24573583--24573641	6	9.3	6	75	17	57	76	1	18	3	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24573592--24573662	27	2.6	28	86	8	101	73	2	19	4	1.13
24573635--24573680	21	2.2	21	84	0	56	65	4	23	6	1.35
24573986--24574012	13	2.1	13	100	0	54	18	7	29	44	1.77
24575311--24575442	50	2.6	51	84	3	176	35	15	12	37	1.84
24576067--24576095	12	2.4	12	100	0	58	37	6	24	31	1.82
24577579--24577617	21	1.9	20	84	5	51	17	38	23	20	1.93
24579681--24579974	50	5.8	50	82	5	297	30	26	17	24	1.97
24579742--24579923	101	1.8	101	87	4	278	31	26	17	24	1.97
24586735--24587022	50	5.7	50	76	6	242	32	26	15	25	1.95
24586795--24586976	101	1.8	101	87	0	274	30	26	17	25	1.97
24586744--24587025	151	1.9	149	82	3	359	32	26	15	25	1.95
24589900--24589994	26	3.7	25	77	13	79	24	21	12	42	1.87
24595299--24595380	41	2.0	41	100	0	164	26	14	17	41	1.88
24599020--24599065	24	1.9	24	86	0	65	47	0	2	50	1.13
24603858--24603921	33	1.9	34	90	3	103	25	26	23	25	2.00
24603887--24603950	27	2.3	29	76	17	73	26	26	23	23	2.00
24604110--24604187	27	2.9	27	86	0	102	34	20	23	21	1.97
24604324--24604486	27	6.1	27	79	4	143	25	20	19	34	1.96
24604339--24604486	54	2.8	53	84	6	158	25	20	20	33	1.97
24604949--24604975	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
24614878--24614985	43	2.5	43	86	5	139	28	12	22	36	1.91
24618684--24618861	27	6.6	27	83	3	178	29	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24618705--24618860	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24620999--24621138	43	3.3	43	76	11	135	29	15	22	32	1.94
24622690--24622780	34	2.8	32	83	3	101	29	24	21	24	1.99
24630283--24630390	43	2.5	43	90	3	155	36	24	12	27	1.91
24630224--24630381	86	1.8	85	81	9	196	34	25	12	27	1.92
24631939--24632140	53	3.8	53	82	1	217	33	14	23	28	1.94
24632298--24632393	29	3.4	28	75	13	97	31	17	25	26	1.97
24632298--24632475	28	6.3	27	68	14	83	32	17	23	25	1.97
24632725--24632798	19	3.3	23	65	24	66	43	2	25	28	1.68
24632731--24632821	45	2.0	45	100	0	182	46	4	21	27	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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