genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19374270--19374311	21	2.0	21	81	9	50	40	7	4	47	1.52
19380200--19380240	22	1.9	21	85	14	57	58	2	4	34	1.32
19382251--19382471	47	4.7	47	80	8	220	26	19	31	22	1.98
19389742--19389960	46	4.7	46	74	12	178	27	19	29	23	1.98
19392519--19392574	28	2.0	28	89	0	85	42	32	12	12	1.80
19399842--19399908	30	2.3	30	94	2	118	37	7	11	43	1.70
19418013--19418052	21	2.0	21	85	5	55	22	25	12	40	1.89
19428868--19428973	43	2.5	43	81	10	128	32	23	13	31	1.93
19438017--19438152	46	2.9	50	77	15	169	29	28	19	22	1.98
19475654--19475703	9	5.6	9	82	0	55	30	10	20	40	1.85
19475630--19475666	17	2.2	17	90	0	56	35	10	10	43	1.75
19475654--19475703	18	2.8	18	84	6	66	30	10	20	40	1.85
19475654--19475712	18	3.3	18	74	9	57	30	8	18	42	1.80
19478831--19479040	47	4.5	47	91	0	332	32	12	28	26	1.92
19478965--19479042	22	3.4	22	66	27	63	33	12	29	24	1.92
19478831--19479086	94	2.7	93	86	3	291	33	11	28	26	1.91
19478800--19479086	47	6.1	46	85	3	236	32	10	28	27	1.90
19479057--19479147	46	2.0	46	85	8	123	35	5	29	29	1.80
19480587--19481183	40	14.9	40	93	1	995	24	22	27	25	2.00
19481195--19481379	28	6.5	28	76	7	140	21	19	28	30	1.98
19481195--19481379	85	2.2	85	86	0	253	21	19	28	30	1.98
19485040--19485249	47	4.5	47	91	0	332	32	12	28	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19485174--19485251	22	3.4	22	66	27	63	33	12	29	24	1.92
19485040--19485295	94	2.7	93	86	3	291	33	11	28	26	1.91
19485009--19485295	47	6.1	46	85	3	236	32	10	28	27	1.90
19485265--19485365	46	2.1	49	82	12	131	33	4	28	32	1.79
19487508--19487587	41	2.0	41	87	5	117	30	15	26	28	1.96
19495384--19495568	79	2.3	82	84	9	240	25	27	21	24	1.99
19495384--19495568	40	4.6	41	82	9	231	25	27	21	24	1.99
19502725--19502787	27	2.3	27	77	0	72	38	20	6	34	1.78
19502724--19503041	54	5.7	54	83	8	339	31	22	7	38	1.82
19502738--19502841	27	3.9	27	88	0	154	31	23	5	39	1.78
19502738--19503084	81	4.1	81	81	9	363	31	23	7	37	1.82
19502842--19503041	27	7.4	27	91	0	310	30	24	8	38	1.84
19502738--19503084	120	2.8	120	84	6	397	31	23	7	37	1.82
19502858--19503295	27	16.2	27	81	5	276	35	22	8	33	1.84
19502842--19503084	54	4.5	54	87	1	308	31	23	7	36	1.84
19503020--19503297	54	5.1	54	86	3	362	39	21	8	30	1.83
19503544--19503612	25	2.8	25	93	2	113	24	26	21	27	1.99
19503543--19503625	25	3.4	24	85	5	105	27	22	21	27	1.99
19503544--19503637	49	1.9	49	82	8	120	26	24	22	26	2.00
19505368--19505516	43	3.5	43	76	9	160	28	26	19	24	1.99
19505368--19505539	43	4.0	44	75	7	156	30	26	17	25	1.97
19508913--19509160	30	8.3	29	70	20	115	34	3	0	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19508906--19509168	3	86.0	3	68	21	99	34	3	0	61	1.17
19509053--19509159	19	5.7	19	72	19	57	33	5	0	59	1.27
19509009--19509156	78	2.0	73	82	9	181	34	4	0	60	1.20
19509412--19509480	31	2.2	33	82	12	83	31	1	1	65	1.11
19512408--19512663	40	6.4	40	89	2	347	23	22	28	25	2.00
19517820--19518004	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
19517820--19518004	79	2.3	80	79	8	207	25	27	22	24	2.00
19523878--19524095	40	5.5	40	90	3	300	22	24	28	24	1.99
19525733--19525767	15	2.2	16	95	5	63	45	25	8	20	1.79
19528040--19528089	15	3.5	15	82	15	61	24	24	10	42	1.85
19536141--19536639	205	2.4	205	86	0	701	31	18	20	29	1.96
19538291--19538483	31	6.5	30	69	20	90	35	3	1	60	1.20
19538284--19538544	3	86.0	3	67	23	88	34	3	1	60	1.22
19538288--19538494	29	8.1	24	65	31	62	34	2	0	61	1.18
19538483--19538525	19	2.3	19	92	4	70	27	4	2	65	1.25
19538387--19538532	76	2.0	75	82	9	183	34	4	1	60	1.24
19542006--19542699	47	14.6	47	91	3	1077	32	8	29	29	1.87
19542006--19542699	96	7.3	96	91	3	1120	32	8	29	29	1.87
19542005--19542695	239	2.9	237	93	2	1125	31	8	29	29	1.87
19545214--19545311	41	2.4	41	96	0	178	27	26	23	22	1.99
19546510--19546704	80	2.4	82	82	6	252	37	14	20	26	1.92
19551739--19552225	241	2.0	241	95	1	870	34	17	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19552405--19552493	9	9.7	9	78	8	90	47	20	0	32	1.50
19552422--19552481	21	3.0	21	83	7	72	46	23	0	30	1.52
19553335--19553513	81	2.2	79	86	3	250	39	18	8	33	1.81
19553335--19553568	27	8.7	27	81	3	222	39	19	8	32	1.81
19553609--19554189	27	21.1	27	82	3	613	36	17	19	26	1.94
19554537--19554595	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
19554752--19554816	27	2.4	27	84	5	87	18	23	23	35	1.96
19554959--19555046	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
19554959--19555037	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
19555690--19555761	9	7.7	9	78	9	81	45	23	1	29	1.61
19555693--19555745	27	2.0	27	96	0	97	45	22	1	30	1.63
19555815--19555854	17	2.4	16	88	12	55	42	17	0	40	1.49
19559641--19559818	27	6.6	27	81	5	180	28	28	16	26	1.97
19559662--19559817	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
19564456--19564503	21	2.3	21	96	0	87	20	20	58	0	1.40
19565253--19565297	20	2.2	20	80	7	56	33	2	0	64	1.06
19565253--19565296	21	2.2	20	84	12	54	31	2	0	65	1.05
19570801--19571013	49	4.5	48	76	11	181	24	28	19	26	1.99
19570801--19571042	47	5.1	46	74	11	152	23	30	19	26	1.98
19571375--19571412	18	2.1	18	90	0	58	21	15	23	39	1.92
19572248--19572279	15	2.1	15	100	0	64	56	0	6	37	1.25
19578117--19578295	47	3.8	47	70	12	125	22	32	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19582780--19582837	21	2.8	21	83	0	62	27	29	29	13	1.94
19588177--19588392	45	4.9	45	91	2	323	23	23	28	25	1.99
19592035--19592093	31	1.9	31	100	0	118	42	27	6	23	1.79
19595440--19595475	6	6.0	6	100	0	72	66	0	0	33	0.92
19596973--19597142	92	1.8	92	87	5	254	29	28	20	21	1.98
19596965--19597138	46	3.8	45	75	12	167	30	28	19	21	1.98
19599524--19599612	30	3.0	30	79	8	92	58	15	15	10	1.63
19599524--19599599	15	5.1	15	81	7	84	57	14	17	10	1.64
19602560--19602728	91	1.8	92	89	3	270	27	30	20	21	1.98
19602552--19602725	45	3.9	44	77	12	183	28	29	20	21	1.98
19613944--19613996	15	3.5	15	72	10	54	52	18	18	9	1.72
19616647--19616812	89	1.9	90	87	6	248	28	29	20	21	1.98
19616639--19616809	45	3.9	44	74	17	165	29	28	19	21	1.98
19619140--19619207	30	2.3	29	82	7	84	57	17	16	8	1.64
19619151--19619200	15	3.3	15	77	0	55	56	14	18	12	1.68
19622136--19622310	46	3.9	44	75	13	167	29	28	19	22	1.98
19622144--19622313	92	1.8	92	88	5	263	28	29	20	21	1.98
19633533--19633611	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
19633730--19633936	47	4.4	47	91	0	324	28	30	9	32	1.88
19636866--19636933	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
19636755--19637081	173	1.9	174	98	0	629	31	24	14	30	1.94
19637041--19637112	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19642831--19642902	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
19650882--19650991	39	2.8	38	86	5	139	22	21	29	26	1.99
19659918--19659942	13	1.9	13	100	0	50	20	32	32	16	1.94
19664346--19664507	83	2.0	83	100	0	324	37	20	12	28	1.90
19666882--19667088	43	4.9	43	83	7	271	29	25	15	28	1.96
19666882--19667078	85	2.3	85	96	0	367	28	25	16	29	1.97
19672286--19672542	43	6.0	43	87	4	333	33	26	13	26	1.93
19673167--19673206	19	2.1	19	86	9	55	42	22	10	25	1.84
19679595--19679660	33	2.0	33	93	0	114	36	15	9	39	1.79
19682945--19683094	43	3.5	43	89	5	205	36	26	13	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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