genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5227120--5227173	20	2.6	22	83	13	62	55	1	1	40	1.21
5236690--5236991	133	2.3	133	86	2	419	26	21	25	26	1.99
5239993--5240469	131	3.6	130	80	5	460	28	18	18	35	1.94
5242016--5242063	24	2.0	24	88	8	71	58	31	8	2	1.39
5246727--5246881	53	3.0	53	78	6	183	42	18	25	13	1.87
5255223--5255450	72	3.2	71	69	18	209	31	19	15	33	1.93
5257859--5257919	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
5259201--5259364	88	1.9	88	94	2	294	45	5	23	25	1.74
5270893--5270947	6	9.3	6	90	2	85	18	1	0	80	0.81
5272938--5272999	30	2.1	30	90	0	97	25	1	12	59	1.43
5273755--5273784	16	1.9	15	93	6	51	60	0	26	13	1.34
5276176--5276245	23	3.1	22	80	15	72	61	4	1	32	1.24
5276182--5276258	36	2.2	35	80	13	86	59	3	3	32	1.34
5276318--5276401	14	5.5	14	69	25	55	59	0	3	36	1.15
5276329--5276414	33	2.6	33	80	9	95	59	0	2	38	1.10
5276370--5276412	20	2.2	20	83	8	52	65	0	2	32	1.06
5276385--5276423	20	2.0	20	85	10	53	58	5	0	35	1.20
5276491--5276528	19	2.0	19	85	10	51	71	0	2	26	1.00
5277935--5278017	43	1.9	44	85	2	114	24	27	16	31	1.97
5277980--5278535	206	2.7	207	91	0	891	27	21	18	32	1.97
5290635--5290668	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
5290619--5290644	5	5.2	5	100	0	52	38	23	0	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5291070--5291234	87	1.9	87	79	2	188	26	21	18	33	1.96
5290958--5291472	261	2.0	256	86	3	710	27	23	17	32	1.96
5291308--5292116	205	4.0	205	92	2	1319	28	21	18	31	1.97
5293159--5293208	18	2.9	17	91	5	75	6	6	0	88	0.65
5294692--5294726	6	6.0	6	93	3	54	0	17	0	82	0.66
5299942--5300035	19	5.2	19	81	15	110	36	17	7	39	1.77
5301803--5301851	17	2.6	20	84	12	68	42	0	0	57	0.99
5301844--5301882	16	2.4	17	91	4	62	41	0	0	58	0.98
5301845--5301892	18	2.5	17	83	16	51	45	0	0	54	0.99
5304895--5304929	9	3.9	9	88	0	52	68	11	0	20	1.20
5305771--5305830	30	2.0	30	83	6	77	30	5	5	60	1.40
5306820--5306918	50	2.0	51	95	2	182	25	28	12	34	1.92
5307900--5307936	11	3.3	11	88	3	56	56	0	0	43	0.99
5312450--5312533	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
5315606--5315631	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5315684--5315722	9	4.6	8	84	9	51	82	0	2	15	0.79
5316226--5316266	17	2.4	17	84	15	50	19	7	2	70	1.22
5316302--5316391	3	29.0	3	69	18	51	30	3	5	61	1.35
5316351--5316391	16	2.6	16	88	7	57	29	2	4	63	1.28
5316692--5316746	21	2.5	22	77	20	60	27	9	0	63	1.24
5316841--5316872	17	1.9	17	93	6	57	12	0	0	87	0.54
5316899--5316959	16	3.6	16	72	12	50	29	4	3	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5317050--5317107	25	2.3	25	81	0	71	29	3	3	63	1.27
5317050--5317107	13	4.7	12	72	8	53	29	3	3	63	1.27
5317124--5317171	25	1.9	25	83	8	62	39	4	8	47	1.53
5323198--5323356	78	2.0	78	98	0	309	30	13	23	31	1.94
5329781--5329991	72	2.8	72	82	7	219	32	17	22	27	1.96
5329986--5330020	14	2.5	14	90	0	61	37	14	0	48	1.44
5329906--5330356	90	5.1	90	86	4	562	30	17	18	33	1.94
5329998--5330478	179	2.9	161	80	9	461	30	17	18	33	1.94
5330088--5330650	251	2.3	246	82	5	632	29	16	19	34	1.94
5330530--5330748	73	3.0	73	80	7	255	25	15	23	34	1.95
5330746--5330790	8	5.9	8	92	5	67	13	0	0	86	0.57
5330747--5330781	7	4.9	7	93	6	61	11	0	0	88	0.51
5332002--5332034	17	2.0	17	88	5	50	69	3	3	24	1.16
5333540--5334113	144	4.0	144	96	0	1015	28	23	15	32	1.95
5336067--5336124	29	2.0	29	86	6	82	43	8	6	41	1.62
5339223--5339262	17	2.3	18	86	4	55	72	7	15	5	1.24
5350944--5350988	20	2.2	21	84	4	56	28	2	0	68	1.01
5350924--5350988	21	3.1	21	78	8	62	33	1	1	63	1.13
5354058--5354141	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
5355020--5355132	57	2.0	58	96	1	210	7	42	29	21	1.79
5355684--5355715	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
5356318--5356362	17	2.6	18	89	10	76	31	8	8	51	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5361498--5362030	269	2.0	269	87	0	769	36	18	21	23	1.95
5363779--5363858	42	1.9	42	82	5	99	50	16	22	11	1.76
5364871--5365060	72	2.6	71	81	4	227	27	14	22	36	1.92
5364701--5365139	199	2.3	187	81	6	486	26	15	22	35	1.94
5365036--5365255	116	1.9	117	87	4	329	25	15	23	36	1.94
5364763--5366005	315	3.9	315	97	0	2344	26	15	22	36	1.93
5365186--5365375	72	2.6	71	84	4	245	25	14	23	35	1.93
5365351--5365570	116	1.9	117	86	2	318	25	15	22	36	1.94
5365501--5365690	72	2.6	71	81	4	227	25	14	23	36	1.93
5365666--5365885	116	1.9	117	87	2	327	25	15	22	36	1.94
5365829--5367066	74	16.5	74	79	7	1218	31	16	19	32	1.94
5365829--5367066	148	8.3	147	84	5	1437	31	16	19	32	1.94
5365829--5367066	222	5.5	222	85	5	1596	31	16	19	32	1.94
5366482--5367061	164	3.7	156	80	9	579	31	15	19	33	1.93
5367593--5367627	16	2.2	16	100	0	70	34	14	22	28	1.93
5368944--5368975	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
5369579--5369623	17	2.6	18	89	10	76	31	8	8	51	1.64
5376282--5376872	144	4.1	144	97	0	1110	34	15	19	30	1.93
5376798--5376939	72	2.0	72	97	0	266	30	11	21	36	1.89
5379385--5379483	11	9.9	10	70	14	62	56	1	4	38	1.25
5380390--5380444	24	2.2	25	79	17	62	38	10	27	23	1.88
5381787--5381820	11	3.1	11	91	8	52	11	8	0	79	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5382691--5382758	27	2.4	27	83	13	77	35	4	4	55	1.40
5382895--5382936	21	2.0	21	85	0	57	38	9	7	45	1.64
5383193--5383261	20	3.5	19	71	15	59	33	5	4	56	1.43
5383218--5383314	45	2.1	47	79	11	112	34	7	4	54	1.47
5395629--5395686	28	2.1	28	90	0	89	43	15	6	34	1.74
5403869--5403902	6	5.5	6	89	6	50	82	11	0	5	0.83
5405376--5405417	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
5408096--5408820	144	5.0	144	93	0	1171	31	16	24	27	1.96
5410928--5410974	24	2.0	23	84	12	60	53	4	6	36	1.46
5414695--5415014	144	2.2	144	87	2	455	32	17	22	27	1.97
5414984--5415045	31	2.0	31	93	0	106	37	20	11	30	1.88
5414840--5415185	174	2.0	175	86	2	491	31	17	21	29	1.96
5414696--5415333	318	2.0	319	89	2	987	31	16	23	28	1.96
5415015--5415442	144	3.0	144	90	1	671	31	15	24	29	1.95
5415015--5415496	144	3.4	144	85	5	600	31	15	23	29	1.95
5417033--5417081	22	2.3	23	80	16	61	42	16	0	40	1.48
5417215--5417349	48	2.8	47	83	8	166	31	10	5	52	1.57
5418948--5418982	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
5423046--5423078	17	2.0	17	94	5	59	36	24	0	39	1.56
5423167--5423213	22	2.1	22	84	0	58	51	34	0	14	1.43
5424802--5424843	19	2.2	20	83	12	52	35	2	0	61	1.09
5429345--5429408	18	3.4	18	80	6	56	14	1	6	78	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5430125--5430203	32	2.5	31	81	6	88	50	20	2	26	1.61
5432227--5432444	41	5.3	41	88	0	330	34	21	22	20	1.96
5432477--5432571	29	3.4	29	65	26	69	50	30	1	17	1.53
5433049--5433097	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
5435075--5435146	24	2.9	25	73	20	62	56	5	6	30	1.48
5435972--5436011	15	2.6	15	84	4	53	15	0	5	80	0.88
5440635--5440806	47	3.7	47	79	13	228	22	19	28	29	1.98
5440685--5440857	46	3.7	46	76	13	192	21	20	27	30	1.98
5440638--5440852	93	2.3	93	94	1	369	21	20	28	29	1.98
5452735--5452760	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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