genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12721413--12721558	35	4.2	34	73	5	85	28	10	20	40	1.86
12751054--12751317	46	5.6	46	77	12	175	28	17	30	23	1.97
12751051--12751317	94	2.9	94	78	10	282	27	17	30	23	1.97
12752556--12752722	43	3.9	41	80	7	147	25	21	25	26	2.00
12752585--12752722	42	3.2	43	77	12	149	25	21	26	26	1.99
12752571--12752730	86	1.9	86	86	3	234	24	21	26	26	1.99
12755708--12755775	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
12755597--12755924	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.94
12755877--12755955	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
12763737--12764010	145	1.9	145	97	0	521	31	23	14	29	1.95
12763988--12764066	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
12782320--12782487	46	3.6	44	78	9	183	30	19	27	22	1.98
12785790--12785942	42	3.6	41	80	8	146	25	20	27	26	1.99
12785790--12785949	43	3.8	41	80	9	144	25	21	27	26	1.99
12788304--12788363	22	2.7	22	85	10	70	53	1	0	45	1.10
12794330--12794363	5	6.8	5	86	0	50	79	0	5	14	0.91
12794794--12794877	39	2.1	39	91	6	132	52	5	14	27	1.64
12813567--12813625	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
12814500--12814538	20	1.9	21	85	15	55	43	2	0	53	1.14
12814558--12814606	14	3.4	14	85	5	62	51	0	4	44	1.20
12814568--12814636	32	2.1	33	84	15	90	52	0	4	43	1.21
12815921--12815966	23	2.0	24	86	4	67	39	28	17	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12816217--12816246	14	2.1	14	93	0	51	30	20	6	43	1.77
12819289--12819443	27	5.7	27	93	3	238	27	12	29	30	1.93
12819289--12819443	55	2.8	55	93	0	247	27	12	29	30	1.93
12821720--12821891	94	1.8	94	82	0	218	36	18	22	23	1.95
12821708--12821927	94	2.3	93	75	6	217	33	18	25	23	1.97
12824318--12824425	36	2.9	37	93	2	182	27	29	19	23	1.98
12824634--12825016	47	8.1	47	91	2	586	25	30	12	30	1.93
12824746--12824823	23	3.2	25	63	17	65	30	32	10	26	1.90
12824724--12824798	22	3.3	22	65	17	62	26	32	13	28	1.94
12824634--12825016	192	2.0	188	92	2	640	25	30	12	30	1.93
12824634--12824994	145	2.5	145	92	1	586	25	30	13	31	1.93
12826958--12827221	85	3.1	85	99	0	519	26	27	8	37	1.85
12833621--12833708	26	3.4	26	68	6	79	59	3	13	23	1.50
12833614--12833732	52	2.3	52	88	2	159	61	5	10	21	1.50
12842551--12842596	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
12842558--12842602	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12847760--12847784	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
12848056--12848123	30	2.3	29	82	10	75	29	19	4	47	1.69
12849051--12849077	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
12849877--12849918	21	2.0	21	81	9	50	66	2	0	30	1.04
12853625--12853719	39	2.4	39	89	0	136	44	20	4	31	1.70
12857114--12857239	28	4.5	28	85	1	155	25	16	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12857114--12857223	56	2.0	56	90	0	175	23	17	25	33	1.96
12857280--12857315	18	2.0	18	88	0	54	44	25	5	25	1.75
12859717--12859773	22	2.6	22	82	0	78	21	35	29	14	1.92
12865253--12865348	40	2.4	40	85	0	129	35	8	6	50	1.58
12865253--12865359	40	2.7	40	82	2	108	32	7	7	52	1.58
12874049--12874177	46	2.8	46	91	2	206	31	29	20	19	1.97
12881570--12881826	46	5.6	46	89	0	354	41	12	23	22	1.88
12881662--12881732	21	3.2	21	66	21	54	39	7	26	26	1.82
12881568--12881826	138	1.9	138	89	1	403	41	12	23	22	1.88
12883562--12883608	16	2.8	17	77	6	51	40	2	4	53	1.32
12884102--12884178	31	2.5	31	83	10	88	37	10	2	49	1.51
12886603--12886669	4	16.8	4	100	0	134	25	0	23	50	1.49
12892040--12892140	39	2.6	39	91	0	157	36	22	26	13	1.92
12892038--12892142	18	5.5	18	68	16	68	35	24	25	14	1.93
12897902--12897987	34	2.5	34	88	0	127	33	31	12	22	1.91
12903410--12903459	24	2.1	24	96	0	91	14	26	30	30	1.94
12907148--12907193	16	2.9	16	81	9	51	39	0	2	58	1.10
12913644--12913945	153	2.0	152	90	2	475	38	7	10	42	1.69
12922162--12922186	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
12926842--12926980	65	2.1	66	90	4	228	35	14	24	25	1.93
12932386--12932419	3	11.3	3	100	0	68	35	0	32	32	1.58
12933491--12933543	18	3.0	17	79	15	63	37	1	0	60	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12946773--12946922	43	3.5	43	75	12	146	27	14	24	34	1.94
12948665--12948706	18	2.4	18	88	4	59	19	0	26	54	1.44
12949795--12949845	22	2.3	22	93	3	84	29	17	9	43	1.81
12957495--12957523	14	2.1	14	100	0	58	20	0	20	58	1.39
12961691--12961798	37	3.1	37	62	32	94	36	13	5	44	1.68
12961625--12961824	66	3.0	66	94	1	328	36	13	6	44	1.68
12969271--12969310	19	2.1	19	95	0	71	35	10	12	42	1.76
12973278--12973423	40	3.7	40	88	5	190	31	26	21	21	1.98
12989193--12989255	30	2.1	30	93	0	108	22	3	17	57	1.54
12989378--12989413	11	3.2	11	92	4	54	66	0	2	30	1.06
12991319--12991353	16	2.2	16	100	0	70	20	20	34	25	1.96
12993566--12993790	40	5.6	40	86	6	294	26	26	22	24	2.00
12993566--12993790	83	2.8	81	86	7	316	26	26	22	24	2.00
12995925--12995957	13	2.6	13	90	4	50	36	0	9	54	1.32
13000036--13000107	27	2.7	26	80	4	72	26	27	11	34	1.90
13011073--13011242	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
13011095--13011277	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
13020844--13021013	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
13020866--13021048	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
13058127--13058155	15	1.9	15	100	0	58	34	34	6	24	1.82
13061867--13062016	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
13061891--13062074	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13066046--13066142	43	2.2	44	78	8	110	31	23	15	28	1.95
13068681--13068739	29	2.0	29	96	0	109	37	33	8	20	1.83
13068744--13068841	40	2.5	40	88	5	137	20	29	25	24	1.99
13070720--13070824	52	2.0	52	100	0	210	22	17	15	44	1.86
13072514--13072545	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
13072776--13073530	376	2.0	375	99	0	1492	33	15	16	34	1.90
13074592--13074764	46	3.7	46	79	10	208	22	20	27	30	1.98
13074589--13074759	93	1.8	93	94	0	306	22	20	28	29	1.98
13074989--13075026	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
13082175--13082300	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
13082525--13082562	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
13087465--13087497	17	1.9	17	93	0	57	39	36	3	21	1.69
13093756--13093810	28	2.0	28	100	0	110	41	21	18	18	1.90
13102078--13102116	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
13104709--13104763	28	2.0	28	92	0	92	27	20	29	23	1.99
13104709--13104785	28	2.8	28	86	4	84	27	18	31	23	1.97
13106186--13106214	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
13136455--13136612	43	3.7	43	72	11	135	32	25	13	27	1.94
13142425--13142572	79	1.9	80	87	7	221	25	22	27	25	2.00
13142425--13142605	40	4.6	40	84	6	217	27	22	25	24	2.00
13142425--13142605	79	2.3	79	83	7	217	27	22	25	24	2.00
13145844--13145941	34	2.8	35	77	9	112	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13150029--13150195	43	3.9	43	78	6	187	32	26	13	27	1.94
13158014--13158038	7	3.6	7	100	0	50	44	12	0	44	1.41
13158088--13158136	10	4.7	10	80	9	53	55	4	0	40	1.19
13158112--13158655	252	2.2	251	84	6	703	45	7	10	36	1.67
13158112--13158759	252	2.6	249	80	9	701	45	7	10	37	1.66
13162097--13162148	20	2.7	21	83	16	60	42	0	21	36	1.53
13162797--13162965	48	3.6	48	72	7	157	29	17	26	26	1.98
13168023--13168060	19	2.0	19	89	0	58	26	10	34	28	1.90
13174433--13174562	47	2.8	47	85	4	165	22	16	26	33	1.96
13178118--13178157	19	2.2	18	86	4	53	27	0	15	57	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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