genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25837415--25837481	27	2.5	27	87	0	89	35	20	20	22	1.96
25838223--25838282	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
25844883--25844940	27	2.1	27	93	0	98	32	20	24	22	1.98
25865271--25865454	40	4.6	40	83	9	216	24	21	28	25	1.99
25865271--25865487	79	2.7	78	80	12	237	25	21	27	25	1.99
25868148--25868505	47	7.6	47	94	1	590	32	8	30	29	1.86
25869877--25869901	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
25871200--25871424	50	4.5	50	78	8	208	23	17	27	31	1.97
25878420--25878648	49	4.6	50	82	6	261	25	18	25	30	1.98
25886326--25886469	46	3.1	46	70	15	118	31	27	18	22	1.97
25886875--25886934	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25891900--25891964	22	3.0	22	77	8	78	32	23	26	18	1.97
25892109--25892188	41	2.0	41	97	0	151	30	26	20	23	1.98
25892446--25892567	27	4.4	27	72	6	75	31	9	15	43	1.79
25893234--25893405	6	27.8	6	71	16	111	47	14	18	19	1.82
25893279--25893342	25	2.6	25	87	0	92	48	14	17	20	1.81
25893234--25893334	37	2.7	37	81	4	114	48	13	17	19	1.81
25893307--25893377	37	1.9	37	91	0	115	46	15	19	18	1.84
25893338--25893405	25	2.7	25	88	0	91	45	16	20	17	1.85
25893213--25893404	62	3.1	62	83	2	235	48	14	18	19	1.81
25893246--25893377	19	6.7	19	73	17	101	48	15	18	18	1.81
25893524--25893583	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25893851--25894075	27	8.4	27	82	4	206	24	18	18	37	1.93
25893855--25894072	81	2.7	80	89	4	314	24	19	18	37	1.94
25894067--25894139	27	2.7	27	89	2	94	38	5	24	31	1.78
25894148--25894482	27	12.4	27	80	7	107	31	8	20	39	1.82
25894093--25894719	81	7.8	80	83	3	616	31	8	21	38	1.83
25894192--25894719	27	19.6	27	87	0	691	31	8	21	39	1.82
25895577--25895637	27	2.3	27	86	11	81	22	8	19	49	1.75
25898576--25898640	22	3.0	22	80	8	78	32	23	23	21	1.98
25898782--25898904	41	3.0	41	89	0	174	26	29	21	22	1.99
25899142--25899503	27	13.4	27	79	6	261	30	9	18	40	1.84
25899142--25899503	80	4.5	80	76	4	260	30	9	18	40	1.84
25899453--25899509	26	2.1	27	93	3	98	35	12	19	33	1.89
25905640--25905788	42	3.5	43	76	11	146	32	23	15	28	1.95
25924237--25924424	40	4.7	40	90	3	299	25	26	22	25	2.00
25924204--25924424	119	1.9	119	86	5	322	24	25	22	27	2.00
25933582--25933694	40	2.8	40	89	4	167	25	29	22	23	1.99
25941264--25941409	40	3.7	38	83	8	168	27	26	21	24	1.99
25949710--25949872	27	6.1	26	81	9	168	41	20	17	20	1.91
25949710--25949872	53	3.1	54	84	1	186	41	20	17	20	1.91
25949710--25949845	27	5.1	27	85	8	172	41	20	17	19	1.90
25951502--25951531	15	1.9	16	93	6	53	63	6	3	26	1.35
25951757--25951874	28	4.1	28	91	1	155	27	12	29	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25951749--25951874	29	4.4	29	89	1	166	26	13	29	30	1.94
25951757--25951874	57	2.1	56	85	9	159	27	12	29	30	1.93
25960990--25961026	18	2.1	18	94	0	65	18	16	18	45	1.85
25964066--25964258	27	7.2	26	82	6	183	40	19	16	23	1.90
25964066--25964258	54	3.6	54	81	2	226	40	19	16	23	1.90
25964072--25964229	81	2.0	81	87	7	232	43	20	14	21	1.87
25964587--25964631	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
25967132--25967298	43	3.9	43	78	9	180	32	25	14	26	1.95
25967287--25967332	24	2.0	22	83	8	56	28	19	13	39	1.89
25975255--25975293	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
25975287--25975345	30	2.0	30	82	0	73	13	25	0	61	1.33
25975424--25975474	21	2.4	22	71	18	54	1	17	3	76	1.03
25976403--25976434	12	2.7	12	90	0	55	12	9	6	71	1.29
25980209--25980247	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
25980258--25980315	12	4.8	12	80	0	53	12	20	3	63	1.42
25980265--25980316	18	2.9	18	79	0	59	15	19	3	61	1.48
25980309--25980340	12	2.7	12	100	0	64	25	15	12	46	1.81
25980402--25980433	15	2.1	15	94	0	55	0	25	3	71	1.00
25981364--25981410	12	3.8	12	91	2	76	19	4	8	68	1.33
25981364--25981411	24	2.0	25	95	4	89	20	4	8	66	1.35
25985103--25985141	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
25985135--25985201	30	2.2	30	83	0	80	11	23	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25985159--25985210	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
25985177--25985201	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
25985270--25985325	5	11.0	5	75	17	53	1	16	3	78	0.97
25985270--25985332	16	4.2	14	80	13	72	1	15	4	77	1.01
25986249--25986283	12	2.8	12	95	4	61	17	5	8	68	1.35
25993402--25993434	9	3.7	9	95	0	57	54	12	30	3	1.52
25993819--25993897	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
25994016--25994404	47	8.2	47	92	2	625	28	30	9	31	1.88
25994016--25994404	95	4.1	94	92	2	625	28	30	9	31	1.88
25994016--25994404	142	2.7	141	92	2	634	28	30	9	31	1.88
25997744--25997859	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
25998236--25998307	29	2.5	29	86	4	92	27	31	13	26	1.94
25998289--25998434	43	3.4	43	99	0	274	26	34	15	23	1.94
25999882--25999914	9	3.7	9	95	0	57	54	12	30	3	1.52
26000299--26000377	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
26000496--26000931	47	9.2	47	93	2	728	28	30	8	31	1.88
26000496--26000931	95	4.6	94	93	2	728	28	30	8	31	1.88
26000496--26000931	142	3.1	142	94	1	748	28	30	8	31	1.88
26003578--26003615	20	1.9	20	88	0	58	21	10	31	36	1.87
26013738--26013908	46	3.7	46	78	6	173	29	16	28	24	1.97
26013738--26013951	94	2.3	94	79	1	223	29	18	28	23	1.98
26019867--26020033	45	3.7	45	88	0	226	28	20	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26021310--26021348	21	1.9	21	94	5	71	15	38	25	20	1.92
26024783--26025004	119	1.9	120	83	8	292	26	21	27	25	1.99
26024780--26025004	40	5.7	40	86	5	271	25	21	27	25	2.00
26024787--26025037	79	3.2	79	80	10	262	27	20	26	25	1.99
26032720--26032944	119	1.9	120	83	8	298	25	22	27	24	2.00
26032720--26032944	40	5.7	40	87	5	280	25	22	27	24	2.00
26032727--26032977	79	3.2	79	81	10	271	27	21	26	25	1.99
26052898--26053036	40	3.4	40	83	4	172	24	17	25	33	1.96
26053184--26053212	8	3.6	8	100	0	58	37	0	24	37	1.56
26054112--26054181	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
26054343--26054406	27	2.4	28	76	7	69	40	26	15	17	1.89
26054386--26054554	27	6.3	27	87	0	203	27	18	17	36	1.93
26054386--26054554	54	3.1	54	86	0	230	27	18	17	36	1.93
26054386--26054554	81	2.1	81	87	0	239	27	18	17	36	1.93
26054586--26054961	27	13.9	27	81	2	378	31	8	20	39	1.83
26056812--26056894	29	2.8	29	80	14	98	25	26	19	28	1.98
26057115--26057236	25	4.8	25	86	4	172	27	20	25	27	1.99
26057115--26057236	50	2.4	51	90	2	192	27	20	25	27	1.99
26057442--26057582	27	5.2	27	86	1	176	27	20	17	34	1.95
26057568--26058013	27	16.6	27	79	8	241	31	9	20	38	1.84
26057430--26057612	81	2.3	81	76	3	190	30	17	19	32	1.95
26057455--26058013	81	6.9	80	77	7	400	30	11	20	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26057604--26058013	54	7.6	54	79	5	368	31	9	20	38	1.85
26059897--26059979	31	2.8	30	78	14	91	27	24	15	32	1.95
26060200--26060294	25	3.8	25	97	0	172	25	22	26	26	2.00
26060187--26060296	50	2.2	49	84	6	159	26	21	23	28	1.99
26060500--26060667	27	6.2	27	87	0	237	27	20	16	35	1.94
26060651--26060804	27	5.7	27	74	10	91	32	9	20	37	1.85
26060706--26061095	27	14.7	26	79	8	308	31	10	19	38	1.85
26060735--26061092	185	1.9	186	84	5	483	32	9	19	38	1.84
26060735--26061095	53	6.8	52	79	9	320	32	9	19	38	1.84
26062897--26062921	12	2.1	12	100	0	50	32	40	20	8	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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