genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14368043--14368088	25	2.0	24	87	12	69	2	19	0	78	0.86
14371594--14371637	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
14372548--14372607	21	2.9	20	74	16	59	5	26	0	68	1.10
14372550--14372607	15	4.1	15	68	18	52	5	27	0	67	1.12
14373347--14373377	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
14374589--14374613	11	2.3	11	100	0	50	48	28	8	16	1.74
14375269--14375383	43	2.7	43	78	5	126	35	21	13	28	1.92
14378608--14378728	60	2.0	60	96	0	224	38	21	13	27	1.90
14379495--14379567	35	2.1	35	87	5	103	20	21	10	46	1.81
14383221--14383331	43	2.6	43	78	5	118	32	27	15	25	1.95
14386315--14386389	28	2.7	28	89	0	114	28	33	16	22	1.95
14388100--14388199	43	2.3	43	83	6	114	33	24	15	28	1.95
14394590--14394633	19	2.3	19	84	7	54	61	11	2	25	1.41
14408531--14408626	20	4.8	20	75	5	77	36	11	16	35	1.85
14410289--14410323	18	1.9	18	94	0	61	40	48	2	8	1.49
14410300--14410324	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
14410351--14410396	14	3.3	14	79	14	51	76	4	0	19	0.96
14410408--14410484	9	8.6	9	70	11	59	29	9	15	45	1.77
14410408--14410484	18	4.3	19	79	9	81	29	9	15	45	1.77
14410408--14410484	27	2.9	27	80	3	84	29	9	15	45	1.77
14410409--14410485	36	2.1	36	87	0	109	29	9	15	45	1.77
14410416--14410485	18	3.9	18	81	7	88	28	8	15	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14421260--14421481	118	1.9	120	83	7	292	25	28	22	23	1.99
14421239--14421481	40	6.1	40	84	6	275	25	28	22	24	1.99
14425513--14425676	46	3.6	45	73	17	149	21	18	28	30	1.97
14428060--14428101	18	2.2	20	83	8	52	52	11	0	35	1.38
14437035--14437360	130	2.5	129	79	4	325	36	18	18	27	1.94
14437295--14437634	130	2.6	132	80	4	368	35	17	18	29	1.93
14444448--14444668	90	2.4	93	80	11	238	22	27	20	28	1.99
14448374--14448551	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14448375--14448530	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14448371--14448551	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14448456--14448562	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
14452484--14452590	44	2.5	43	86	6	137	21	20	26	31	1.98
14452468--14452640	43	4.0	43	76	10	165	23	19	24	32	1.97
14454752--14454979	48	4.9	48	74	7	207	28	22	20	28	1.99
14457476--14457528	26	2.0	26	100	0	106	18	3	24	52	1.62
14462288--14462463	46	3.8	46	78	10	205	21	19	28	30	1.98
14462284--14462455	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
14465409--14465477	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
14465405--14465489	45	1.9	44	87	2	125	9	16	16	57	1.64
14465400--14465487	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
14475144--14475186	4	10.8	4	100	0	86	51	0	23	25	1.49
14479143--14479186	21	2.1	21	100	0	88	40	18	18	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14479996--14480102	53	2.0	53	98	0	205	46	9	8	35	1.66
14484227--14484320	46	2.0	46	81	8	109	54	4	1	40	1.27
14484503--14484535	16	2.0	17	88	5	50	42	9	3	45	1.51
14484689--14484724	17	2.1	17	89	0	54	58	0	0	41	0.98
14497628--14497676	25	1.9	26	84	12	66	42	2	6	48	1.39
14497596--14497733	69	2.0	68	88	2	206	41	5	4	48	1.47
14498962--14498989	14	2.0	14	100	0	56	64	7	7	21	1.43
14502235--14502426	48	4.0	48	77	4	199	33	29	15	21	1.94
14509298--14509395	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
14509326--14509408	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
14517560--14517657	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
14517588--14517670	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
14519600--14519660	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
14535708--14535752	6	7.5	6	100	0	90	64	0	0	35	0.94
14536576--14536629	26	2.1	26	82	6	65	24	3	0	72	1.01
14540636--14540699	29	2.2	29	88	0	92	32	25	1	40	1.65
14544137--14544169	17	2.0	17	88	5	50	39	3	9	48	1.50
14549308--14549352	23	2.0	23	86	0	63	40	11	8	40	1.72
14567034--14567148	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
14567034--14567167	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
14569027--14569113	39	2.2	39	93	0	147	27	26	22	22	2.00
14572653--14572746	43	2.2	42	84	7	118	34	26	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14577922--14577968	21	2.2	21	96	0	85	53	12	12	21	1.72
14579503--14579532	6	5.0	6	91	0	51	0	63	0	36	0.95
14579503--14579537	12	3.0	12	91	4	54	0	60	0	40	0.97
14589065--14589108	17	2.6	16	86	13	54	68	6	2	22	1.25
14590049--14590078	15	2.0	15	93	0	51	16	6	10	66	1.41
14591208--14591260	26	2.0	26	85	7	72	45	3	9	41	1.54
14597213--14597259	21	2.2	21	96	0	85	53	12	12	21	1.72
14598792--14598827	6	6.0	6	100	0	72	0	66	0	33	0.92
14608352--14608397	17	2.6	17	86	10	58	69	6	2	21	1.22
14608370--14608409	18	2.2	18	86	4	53	70	7	0	22	1.12
14609340--14609369	15	2.0	15	93	0	51	16	6	10	66	1.41
14610498--14610550	26	2.0	26	85	7	72	45	3	9	41	1.54
14616495--14616541	21	2.2	21	96	0	85	53	12	12	21	1.72
14618068--14618096	6	5.0	6	91	8	51	0	65	0	34	0.93
14618068--14618101	11	3.0	11	91	4	50	0	61	0	38	0.96
14627636--14627678	17	2.6	16	85	14	52	69	6	2	20	1.23
14628622--14628651	14	2.1	14	93	0	51	16	6	13	63	1.50
14629780--14629832	26	2.0	26	85	7	72	45	3	9	41	1.54
14638572--14638614	21	2.0	21	86	0	59	16	13	25	44	1.85
14641265--14641447	83	2.2	84	89	1	269	46	11	9	32	1.73
14641564--14641688	63	2.0	62	92	3	207	38	8	12	40	1.75
14641644--14641803	89	1.8	86	81	6	196	41	11	13	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14667833--14667866	14	2.4	14	90	0	50	44	0	2	52	1.16
14670225--14670249	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14671369--14671407	20	2.0	20	85	10	53	51	5	2	41	1.38
14681443--14681587	71	2.1	69	94	2	254	33	15	13	38	1.86
14682658--14682690	17	1.9	17	88	11	50	60	18	15	6	1.54
14686341--14686370	15	2.0	15	100	0	60	20	20	20	40	1.92
14686797--14686874	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
14686808--14686875	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
14687081--14687106	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
14688145--14688240	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
14697439--14697472	18	1.9	17	88	5	50	52	11	0	35	1.38
14703775--14703992	40	5.5	40	87	2	289	23	22	27	26	2.00
14711875--14712052	40	4.5	40	87	3	236	23	23	28	25	2.00
14717539--14717564	12	2.2	12	100	0	52	30	23	15	30	1.95
14719591--14719808	40	5.5	40	90	2	316	23	23	27	25	2.00
14725926--14726004	38	2.1	38	82	0	95	37	11	17	32	1.86
14725924--14726077	56	2.7	55	83	7	184	35	12	18	33	1.89
14725924--14726077	18	8.2	18	76	7	137	35	12	18	33	1.89
14725957--14726077	38	3.2	37	83	9	138	33	14	19	33	1.91
14727427--14727527	39	2.6	39	91	0	166	11	23	24	39	1.89
14730409--14730584	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
14730406--14730576	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14737866--14737910	23	1.9	24	81	4	56	22	4	17	55	1.60
14741482--14741621	53	2.8	49	82	9	135	28	29	16	25	1.97
14741523--14741688	52	3.1	53	82	5	167	30	27	16	25	1.96
14741477--14741668	46	3.9	50	77	10	164	29	29	15	25	1.96
14751072--14751283	111	1.9	113	92	2	356	46	12	8	33	1.71
14756140--14756317	96	1.9	96	89	2	277	35	18	12	33	1.89
14756925--14756967	18	2.2	20	80	12	54	4	11	4	79	1.04
14756917--14756967	20	2.8	17	76	23	50	5	9	3	80	1.01
14759449--14759500	19	2.8	18	77	11	52	44	0	1	53	1.11
14760436--14760478	22	2.0	22	100	0	86	25	9	23	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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