genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68156280--68156353	29	2.6	29	91	0	112	32	1	0	66	1.00
68156284--68156353	13	4.8	16	75	16	71	32	1	0	65	1.01
68156284--68156364	29	2.8	29	84	3	74	34	3	0	61	1.14
68164684--68164715	16	2.1	16	88	11	50	53	0	3	43	1.16
68165970--68166003	13	2.6	14	86	13	54	32	17	5	44	1.73
68169434--68169485	25	2.1	25	100	0	104	34	25	11	28	1.91
68176994--68177063	33	2.1	32	84	10	88	27	7	1	64	1.28
68177158--68177215	5	10.6	5	83	12	53	31	18	0	50	1.48
68177382--68177415	16	2.1	16	100	0	68	47	11	0	41	1.40
68180045--68180079	18	1.9	18	88	0	52	11	20	11	57	1.64
68185907--68185965	30	2.0	30	93	0	100	55	11	3	28	1.52
68185998--68186045	22	2.2	22	84	0	60	58	10	10	20	1.60
68188766--68188800	17	2.0	18	88	5	54	22	2	2	71	1.13
68189519--68189566	23	2.0	24	96	4	89	70	2	0	27	0.98
68193221--68193259	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
68193277--68193330	24	2.2	24	93	0	90	51	5	5	37	1.49
68200877--68200915	9	4.0	10	83	16	55	69	2	0	28	1.02
68200877--68200915	19	2.0	20	90	5	62	69	2	0	28	1.02
68200877--68200917	10	4.3	9	84	9	55	70	2	0	26	0.99
68202113--68202184	33	2.2	33	92	2	119	27	25	12	34	1.92
68202920--68202971	27	1.9	27	84	7	70	19	23	15	42	1.89
68202932--68202991	27	2.2	27	82	5	77	18	26	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68208699--68208756	18	3.6	17	73	26	63	50	0	0	50	1.00
68209684--68209709	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
68211068--68211242	3	58.3	3	69	15	69	25	7	5	62	1.43
68211068--68211136	31	2.2	31	81	0	84	26	10	4	59	1.48
68211174--68211242	20	3.5	20	75	15	72	26	4	4	65	1.30
68211422--68211461	4	10.8	4	84	10	50	22	0	2	75	0.93
68211541--68211597	24	2.3	25	77	17	64	29	1	1	66	1.12
68211560--68211593	15	2.3	15	89	0	50	32	2	2	61	1.26
68218067--68218096	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
68227517--68227555	3	13.0	3	86	10	53	35	2	0	61	1.10
68227625--68227683	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
68227638--68227729	3	30.3	3	68	22	50	29	5	2	63	1.29
68227570--68227681	12	9.3	12	67	23	51	33	3	3	58	1.32
68229685--68229866	3	60.3	3	70	17	76	25	7	4	62	1.40
68229685--68229743	13	4.7	12	77	8	55	32	6	0	61	1.22
68229685--68229740	16	3.5	15	78	9	58	32	7	0	60	1.24
68229989--68230022	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
68229990--68230029	9	4.6	9	90	3	55	35	5	0	60	1.19
68230168--68230224	24	2.3	25	77	17	64	29	1	1	66	1.12
68230187--68230220	15	2.3	15	89	0	50	32	2	2	61	1.26
68260270--68260313	18	2.5	18	85	3	54	34	13	18	34	1.90
68260363--68260549	18	10.4	18	71	13	98	38	14	11	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68260368--68260565	36	5.5	36	75	9	129	39	13	11	35	1.80
68260362--68260499	54	2.5	53	80	7	152	37	13	12	36	1.83
68260729--68260759	6	5.2	6	100	0	62	51	16	16	16	1.77
68260740--68260849	45	2.4	45	90	0	175	44	19	16	20	1.87
68260827--68260861	12	2.9	12	91	0	52	45	17	20	17	1.85
68263536--68263593	26	2.2	26	87	0	80	37	22	5	34	1.76
68267754--68267806	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
68269288--68269371	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
68269367--68269391	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
68271363--68271424	31	2.0	32	84	9	83	48	4	0	46	1.23
68274725--68274771	6	7.5	6	92	4	67	82	0	2	14	0.75
68274730--68274776	6	7.0	7	90	9	64	82	0	2	14	0.75
68274730--68274776	13	3.5	13	88	11	69	82	0	2	14	0.75
68284675--68284760	42	2.0	42	100	0	172	44	11	9	34	1.73
68285189--68285228	9	4.4	9	87	12	64	32	2	0	65	1.06
68286829--68286867	15	2.6	15	83	0	51	61	17	15	5	1.51
68287838--68287918	42	1.9	42	87	0	117	14	35	24	24	1.94
68290139--68290194	13	4.0	13	78	17	67	26	17	14	41	1.88
68300480--68300509	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
68304613--68305005	137	2.9	137	99	0	768	59	8	10	22	1.56
68307668--68307838	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
68307663--68307835	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68313242--68313448	47	4.2	48	79	9	179	30	28	15	24	1.96
68315115--68315164	15	3.3	15	88	0	73	58	14	18	10	1.63
68315106--68315173	15	4.5	15	80	7	59	54	17	17	10	1.70
68316976--68317005	14	2.1	14	93	0	51	53	3	3	40	1.34
68319159--68319198	15	2.6	16	84	8	55	27	2	5	65	1.27
68322334--68322363	15	2.0	15	100	0	60	13	20	40	26	1.89
68323073--68323118	17	2.8	16	86	6	65	73	2	0	23	0.94
68323927--68324063	68	2.0	68	98	0	265	38	2	18	40	1.66
68344353--68344432	35	2.3	36	77	12	85	37	1	2	58	1.19
68348036--68348163	42	3.0	42	83	3	159	28	25	14	32	1.94
68348071--68348243	47	3.7	47	80	11	146	31	23	14	31	1.94
68348265--68348444	31	5.8	31	94	1	290	26	26	18	28	1.98
68348420--68348595	50	3.5	50	90	0	262	25	23	15	34	1.95
68350647--68350706	26	2.4	24	78	10	66	41	11	5	41	1.63
68352481--68352593	43	2.6	41	83	8	129	30	13	23	33	1.92
68363565--68363646	26	3.2	26	85	0	119	37	21	20	19	1.94
68363568--68363666	52	1.9	52	87	8	148	38	19	21	21	1.94
68363565--68363666	26	3.9	25	82	5	107	38	20	20	20	1.94
68367252--68367396	2	72.5	2	90	2	220	46	48	3	1	1.27
68367396--68368000	4	155.5	4	75	6	267	4	57	1	36	1.26
68367396--68368000	10	62.2	10	72	6	267	4	57	1	36	1.26
68367396--68367986	12	47.7	12	73	15	339	4	58	0	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68370648--68370755	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
68371089--68371359	4	68.8	4	86	2	271	0	57	0	40	1.07
68377264--68377421	87	1.8	87	82	8	207	37	5	7	50	1.53
68379105--68379145	21	2.0	21	85	9	57	39	0	4	56	1.21
68382336--68382363	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
68382671--68382714	21	2.0	23	86	8	65	36	0	2	61	1.09
68382671--68382714	23	2.0	21	83	16	54	36	0	2	61	1.09
68384708--68384801	18	5.1	18	71	14	68	68	1	2	28	1.08
68384965--68385113	5	30.0	5	68	20	57	63	1	3	31	1.19
68384973--68385059	7	12.1	7	70	17	54	60	2	4	32	1.29
68384968--68385103	14	10.6	12	68	19	71	63	1	3	30	1.20
68384966--68385136	38	4.5	38	74	12	129	63	1	4	30	1.22
68385096--68385138	23	1.9	22	81	13	52	65	0	6	27	1.18
68385144--68385210	24	2.8	24	76	14	61	47	0	4	47	1.22
68385154--68385204	26	2.1	23	82	10	57	49	0	5	45	1.26
68385132--68385215	23	3.7	22	70	24	59	50	0	3	46	1.19
68386556--68386601	21	2.1	21	81	18	51	71	4	2	21	1.14
68390774--68390842	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
68391590--68391645	3	18.3	3	82	10	69	35	0	1	62	1.06
68391592--68391635	22	2.0	22	90	0	70	36	0	0	63	0.95
68391740--68391778	3	13.0	3	94	0	69	33	2	0	64	1.08
68391885--68391978	47	2.0	47	97	0	179	23	15	12	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68392012--68392066	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
68395463--68395530	33	2.1	33	91	0	109	45	10	2	41	1.53
68395463--68395515	17	3.2	17	71	15	56	47	11	3	37	1.58
68398379--68398418	19	2.1	19	100	0	80	52	10	15	22	1.71
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68408203--68408232	13	2.2	14	94	5	53	56	0	0	43	0.99
68410911--68410959	14	3.2	15	82	8	55	26	6	4	63	1.36
68412628--68412666	17	2.2	19	86	9	55	56	0	0	43	0.99
68414959--68415024	19	3.3	19	72	12	60	40	0	10	48	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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