genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22243129--22243178	23	2.2	23	82	13	59	40	20	16	24	1.91
22243213--22243278	27	2.4	27	87	0	87	25	19	15	39	1.91
22243230--22243305	27	2.8	27	83	0	89	19	21	21	38	1.94
22243240--22243327	27	3.3	27	79	3	88	20	20	20	38	1.94
22243322--22243579	27	9.7	27	85	2	317	36	15	15	32	1.89
22243322--22243580	106	2.4	106	87	2	351	36	15	15	32	1.89
22246877--22247024	43	3.4	43	72	11	124	22	14	28	34	1.94
22255293--22255322	8	3.8	8	90	0	51	53	10	23	13	1.69
22263824--22264377	47	11.6	49	92	3	875	29	29	8	32	1.86
22263824--22264377	96	5.8	96	92	3	872	29	29	8	32	1.86
22268379--22268655	40	6.9	40	85	3	353	25	27	22	24	2.00
22268377--22268655	120	2.3	120	88	2	391	25	27	22	24	2.00
22268963--22269041	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
22269023--22269125	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
22270546--22270858	47	6.6	47	91	2	473	29	29	7	32	1.86
22270546--22270858	96	3.3	96	91	2	490	29	29	7	32	1.86
22274731--22274773	18	2.5	17	81	7	50	16	39	25	18	1.91
22289921--22290009	32	2.8	32	73	0	79	31	17	21	29	1.96
22290183--22290356	50	3.5	50	89	0	258	27	29	19	24	1.98
22290604--22290664	26	2.3	27	94	2	106	32	16	13	37	1.87
22290643--22290801	27	5.9	27	77	10	157	33	8	19	38	1.83
22290644--22290808	54	3.1	53	81	6	199	32	9	21	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22299641--22299821	79	2.3	81	81	7	210	26	21	26	25	2.00
22299637--22299821	40	4.7	40	80	6	207	25	22	26	25	2.00
22299693--22299844	79	1.9	79	82	7	193	28	19	25	26	1.99
22307723--22307907	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
22307724--22307930	79	2.6	79	76	12	210	26	21	26	25	2.00
22310380--22310505	56	2.2	56	87	0	180	34	24	12	28	1.92
22310461--22310730	43	6.3	43	84	2	310	31	27	14	26	1.95
22310488--22310726	128	1.9	129	84	0	327	30	28	15	26	1.96
22319492--22319531	16	2.8	14	85	14	55	52	0	2	45	1.14
22331711--22331878	46	3.6	45	78	15	173	21	20	28	29	1.98
22331708--22331879	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	28	1.98
22336858--22337121	40	6.6	40	90	2	361	26	28	20	24	1.99
22342202--22342375	46	3.7	47	77	14	191	20	19	29	30	1.97
22342197--22342368	93	1.8	92	92	4	292	20	20	29	29	1.98
22352855--22352925	24	3.0	24	91	0	115	23	38	1	36	1.64
22355982--22356194	43	5.0	43	81	4	216	23	13	23	39	1.90
22355982--22356194	86	2.5	86	83	1	266	23	13	23	39	1.90
22355998--22356223	86	2.6	86	79	4	249	22	14	24	38	1.91
22355991--22356235	129	1.9	129	80	6	291	22	14	24	38	1.92
22358601--22358691	34	2.7	34	88	3	132	24	23	18	34	1.96
22358719--22358794	33	2.3	33	78	17	86	26	26	15	31	1.96
22362730--22362992	40	6.6	40	87	3	316	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22370160--22370422	40	6.6	40	87	3	316	26	27	20	24	1.99
22373163--22373198	17	2.1	17	94	0	63	16	13	11	58	1.63
22382761--22383076	46	6.8	47	77	7	231	28	20	28	22	1.99
22384114--22384147	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
22394185--22394303	59	2.0	59	100	0	238	37	16	25	20	1.93
22399827--22400057	112	2.1	113	94	2	403	31	26	12	28	1.93
22400152--22400191	21	1.9	21	100	0	80	20	30	40	10	1.85
22402147--22402224	13	6.5	13	80	16	105	48	14	0	37	1.43
22402147--22402224	36	2.2	36	97	0	147	48	14	0	37	1.43
22402182--22402232	23	2.3	23	96	3	95	49	13	0	37	1.43
22402737--22402775	7	5.7	7	82	17	55	71	0	0	28	0.86
22402735--22402775	20	2.0	20	90	9	66	68	0	0	31	0.90
22404440--22404482	17	2.5	17	80	3	50	27	0	2	69	1.00
22406190--22406228	17	2.2	17	86	4	51	33	0	5	61	1.18
22409650--22409705	28	2.0	27	96	3	103	51	0	16	32	1.44
22411662--22411731	29	2.4	29	83	9	97	50	8	1	40	1.42
22412357--22412400	18	2.4	19	84	3	63	18	0	6	75	1.02
22412362--22412403	15	2.8	15	85	7	50	16	0	4	78	0.91
22412578--22412638	31	2.0	31	86	0	86	40	11	13	34	1.80
22418104--22418148	7	6.1	7	85	10	63	80	2	0	17	0.82
22418202--22418252	23	2.2	23	80	13	61	50	0	1	47	1.12
22418441--22418504	31	2.1	30	82	5	74	28	17	7	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22418573--22418597	11	2.3	11	100	0	50	28	8	28	36	1.85
22418638--22418691	19	2.9	18	83	10	56	70	1	5	22	1.18
22418647--22418714	18	3.9	17	74	25	63	70	1	2	25	1.09
22418629--22418712	19	4.6	19	65	21	54	72	2	4	20	1.14
22418682--22418722	18	2.3	18	83	12	57	70	4	0	24	1.06
22420688--22420874	50	3.8	49	80	7	189	24	18	29	28	1.98
22422258--22422512	129	2.0	130	91	2	415	33	19	18	28	1.95
22425151--22425180	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
22425165--22425282	44	2.7	44	78	12	134	25	20	22	31	1.98
22425272--22425640	88	4.2	88	83	3	418	23	21	21	33	1.97
22425242--22425638	176	2.2	178	85	1	528	22	22	21	33	1.97
22440660--22440716	28	2.0	28	96	0	105	36	14	19	29	1.91
22441668--22441718	14	3.6	14	73	5	50	1	15	3	78	0.99
22449975--22450034	21	2.9	19	80	14	66	73	3	5	18	1.16
22450405--22450567	54	3.2	54	62	22	132	42	15	6	34	1.74
22450372--22450571	100	2.0	100	99	0	391	40	16	7	36	1.76
22450773--22450816	20	2.2	20	87	0	61	50	11	2	36	1.51
22456409--22456459	18	2.8	18	96	0	93	11	43	31	13	1.80
22464405--22464561	43	3.7	43	82	1	199	31	23	15	29	1.95
22466586--22466664	37	2.1	37	88	4	115	24	31	20	24	1.98
22466783--22467036	47	5.4	47	93	0	409	28	30	8	32	1.87
22470202--22470248	23	2.0	24	87	4	69	40	21	23	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22487615--22487877	130	2.0	130	100	0	526	35	15	20	28	1.93
22491473--22491549	38	2.0	38	92	0	127	28	19	15	36	1.92
22494529--22494678	27	5.5	27	78	4	122	28	27	16	28	1.97
22494550--22494705	27	5.7	27	76	13	108	29	26	16	27	1.97
22502595--22502772	27	6.6	27	79	6	155	29	28	16	26	1.97
22502616--22502771	82	1.9	81	84	3	206	28	28	16	26	1.97
22505795--22506114	94	3.4	97	77	8	264	22	25	20	31	1.98
22505797--22506114	48	6.7	48	75	8	213	22	25	20	31	1.98
22520800--22520982	40	4.6	40	80	8	171	25	21	26	26	1.99
22528740--22528920	80	2.3	81	83	9	212	24	21	26	27	1.99
22528740--22528923	40	4.6	39	82	8	176	25	21	26	27	1.99
22528741--22528960	40	5.6	38	78	10	156	25	21	26	26	1.99
22533407--22533450	24	2.0	23	86	13	65	40	11	18	29	1.85
22534418--22534508	45	2.0	45	89	0	137	25	14	23	37	1.92
22534843--22535158	148	2.1	151	80	9	387	43	3	9	43	1.54
22535727--22535784	10	5.5	10	72	11	53	18	3	3	74	1.11
22540178--22540247	27	2.6	27	83	0	95	41	21	15	21	1.90
22540178--22540257	27	3.0	26	80	7	88	40	18	15	26	1.90
22544197--22544454	40	6.5	40	88	3	326	22	24	27	24	2.00
22552438--22552695	40	6.5	40	88	3	326	22	24	28	25	1.99
22560680--22560937	40	6.5	40	89	3	335	22	24	28	24	1.99
22562910--22563059	27	5.5	27	80	6	144	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22572996--22573171	46	3.8	46	77	12	198	21	20	29	28	1.98
22572993--22573164	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	27	1.98
22577527--22577710	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
22577527--22577707	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
22579598--22579630	11	2.9	11	95	4	57	81	9	9	0	0.87
22579598--22579636	12	3.3	12	85	7	53	82	7	7	2	0.94
22584252--22584364	37	3.1	36	73	19	99	38	3	4	53	1.38
22593052--22593095	21	2.1	21	95	0	79	40	27	2	29	1.68
22600184--22600232	25	2.0	25	95	0	89	42	18	4	34	1.69
22601372--22601431	29	2.1	29	84	6	77	33	25	0	41	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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