genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24961373--24961462	40	2.2	40	98	0	171	27	31	20	21	1.98
24964316--24964340	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
24965418--24965602	40	4.6	39	82	6	196	24	22	27	25	2.00
24965471--24965635	79	2.1	79	80	6	183	26	21	27	25	1.99
24972951--24973046	40	2.4	40	92	0	156	30	31	16	21	1.96
24975769--24975815	20	2.3	20	85	0	67	34	2	27	36	1.69
24979360--24979437	39	2.0	39	97	0	147	32	15	14	38	1.87
24982994--24983028	18	1.9	18	94	0	61	22	11	11	54	1.68
24989206--24989438	40	5.7	40	77	15	210	25	27	21	25	1.99
24989281--24989377	48	2.0	48	97	0	185	25	28	20	24	1.99
24989206--24989438	127	1.8	129	83	12	311	25	27	21	25	1.99
24997140--24997324	79	2.3	80	82	10	211	25	27	21	25	2.00
24997140--24997324	40	4.6	40	80	12	195	25	27	21	25	2.00
25000244--25000301	16	3.6	16	86	4	82	46	3	0	50	1.18
25000237--25000292	16	3.8	14	72	19	51	46	3	0	50	1.19
25005856--25006011	27	5.7	27	78	4	152	26	15	30	28	1.96
25005856--25006004	55	2.7	54	80	3	165	26	16	29	28	1.97
25005965--25006032	27	2.5	27	85	0	82	22	14	32	30	1.94
25013926--25014081	27	5.7	27	78	4	152	26	15	30	28	1.96
25013926--25014074	55	2.7	54	80	3	165	26	16	29	28	1.97
25014035--25014102	27	2.5	27	85	0	82	22	14	32	30	1.94
25030462--25030574	29	3.9	29	84	1	138	23	27	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25030650--25030688	9	4.2	9	83	6	51	15	38	17	28	1.91
25030797--25030841	8	5.6	8	83	0	63	6	13	20	60	1.55
25034187--25034282	29	3.3	29	91	1	149	25	13	30	31	1.94
25040099--25040157	21	2.8	21	84	0	73	37	25	13	23	1.92
25046281--25046321	21	2.0	21	100	0	82	41	19	0	39	1.52
25047723--25047854	44	3.0	43	80	10	153	34	24	16	25	1.96
25047700--25047874	43	4.0	42	72	12	115	32	24	16	26	1.96
25049993--25050051	28	2.1	28	84	12	77	32	0	16	50	1.46
25077381--25077434	26	2.1	26	100	0	108	53	7	0	38	1.29
25096036--25096109	28	2.6	28	91	4	114	28	14	25	31	1.95
25100052--25100086	18	1.9	18	94	0	61	57	8	14	20	1.63
25100078--25100161	25	3.4	25	89	0	132	48	15	17	17	1.81
25100058--25100161	6	16.8	6	67	16	52	50	13	18	18	1.79
25104375--25104406	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
25108945--25109007	6	10.5	6	98	0	108	15	3	0	80	0.83
25114294--25114479	80	2.3	80	83	9	220	28	26	20	24	1.99
25114296--25114479	40	4.6	40	80	7	187	28	26	20	24	1.99
25122024--25122237	80	2.7	79	80	9	213	27	27	20	24	1.99
25122059--25122237	80	2.2	80	83	10	224	28	26	20	24	1.99
25122061--25122191	40	3.3	40	89	2	201	28	27	20	23	1.99
25122064--25122240	40	4.4	40	83	7	155	27	27	20	24	1.99
25131774--25132025	30	8.5	30	76	7	185	24	26	11	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25131769--25131967	89	2.2	89	82	2	238	26	27	12	34	1.91
25131774--25132047	59	4.6	60	76	8	229	24	26	12	36	1.91
25131769--25131992	89	2.5	89	81	3	218	25	27	12	34	1.91
25131795--25132081	119	2.4	118	83	4	355	26	26	10	36	1.89
25131802--25132029	60	3.8	59	80	6	239	25	27	10	36	1.89
25132164--25132202	12	3.6	12	74	25	50	46	7	5	41	1.55
25132164--25132205	20	2.1	20	100	0	84	45	9	4	40	1.58
25142016--25142124	55	2.0	55	98	0	209	35	24	9	30	1.87
25142237--25142557	144	2.2	144	84	4	398	24	28	19	27	1.98
25142190--25142567	48	7.9	47	76	9	293	24	28	19	27	1.99
25145728--25145912	40	4.7	40	81	6	189	24	27	22	25	2.00
25145756--25145912	79	2.0	80	83	6	203	24	28	22	24	2.00
25158313--25158424	43	2.6	42	83	5	145	29	16	25	28	1.97
25162752--25162785	11	2.8	12	86	13	52	26	0	0	73	0.83
25162759--25162786	11	2.5	11	100	0	56	25	0	0	75	0.81
25162909--25162969	29	2.1	30	93	3	106	59	13	3	24	1.49
25173261--25173305	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
25177035--25177079	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
25181615--25181671	28	2.0	28	89	3	87	63	3	10	22	1.42
25181417--25183391	300	6.8	284	75	10	1388	35	19	15	29	1.92
25195088--25196288	300	4.0	298	81	5	1252	34	20	15	28	1.94
25196663--25196687	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25206032--25206253	68	3.3	68	88	7	260	22	30	15	31	1.94
25206096--25206253	68	2.3	68	96	0	289	24	31	13	31	1.94
25209900--25210075	46	3.8	46	77	14	182	21	19	30	29	1.97
25209897--25210068	93	1.8	93	91	2	283	21	19	30	28	1.98
25223755--25223868	41	2.7	42	75	12	110	27	17	24	30	1.97
25223881--25224128	56	4.4	56	89	0	361	27	14	24	33	1.94
25238323--25238370	25	2.0	24	84	12	62	64	2	10	22	1.35
25244590--25244633	20	2.2	20	83	4	52	0	25	20	54	1.45
25244800--25244941	51	2.8	51	80	8	155	25	16	28	28	1.97
25245336--25245363	11	2.5	11	100	0	56	60	7	7	25	1.48
25248005--25249513	288	5.3	287	84	2	1789	33	19	17	29	1.94
25248005--25249513	575	2.6	572	83	2	1891	33	19	17	29	1.94
25251804--25251863	30	2.0	30	83	6	77	18	21	36	23	1.95
25254204--25254268	34	1.9	34	100	0	130	36	18	13	30	1.90
25267080--25268831	293	6.1	290	79	6	1721	35	19	17	28	1.94
25267874--25268391	269	1.9	271	83	1	673	36	19	16	26	1.94
25269485--25269582	6	15.8	6	68	17	58	48	13	19	18	1.80
25269502--25269554	19	2.8	19	88	0	79	47	15	20	16	1.83
25269497--25269582	25	3.7	25	68	17	76	47	13	19	18	1.82
25269700--25269766	27	2.5	26	85	4	89	40	17	19	22	1.92
25269966--25270030	22	3.0	22	75	8	69	30	23	24	21	1.99
25270466--25270605	27	5.2	27	88	0	199	26	20	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25270459--25270634	81	2.2	81	77	8	196	29	17	18	35	1.93
25271555--25278839	291	25.0	290	84	2	8744	33	21	16	28	1.95
25271555--25278839	579	12.5	579	84	2	8785	33	21	16	28	1.95
25279876--25280005	50	2.6	49	84	9	158	23	29	20	26	1.99
25280063--25280191	47	2.7	48	77	14	142	25	27	20	25	1.99
25280711--25280769	30	2.0	30	89	0	91	28	22	16	32	1.96
25281591--25282893	289	4.5	290	83	4	1595	31	21	17	29	1.96
25282499--25283330	437	1.9	434	82	5	1043	30	21	16	31	1.96
25282906--25286036	292	10.8	291	79	5	3082	32	20	17	29	1.95
25283647--25286036	289	8.3	289	79	5	2283	32	20	17	29	1.95
25282907--25285996	863	3.6	858	81	5	3223	32	20	17	29	1.95
25297469--25297515	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
25305621--25305657	12	3.1	12	88	0	56	13	8	2	75	1.13
25305606--25305678	12	5.3	13	73	20	51	15	9	5	69	1.33
25307557--25307631	36	2.1	36	97	0	141	38	9	12	40	1.75
25308766--25308790	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
25309845--25309869	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
25309851--25309887	13	2.8	13	95	0	65	75	2	5	16	1.10
25312376--25312417	16	2.7	15	76	20	50	69	11	11	7	1.37
25313350--25313381	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
25313464--25313497	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
25316535--25316568	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25318446--25318470	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
25324212--25324246	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
25325137--25325174	17	2.3	17	86	4	51	7	13	7	71	1.31
25328738--25328772	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
25329650--25329689	10	3.8	10	83	9	53	2	10	2	85	0.80
25329651--25329690	21	2.0	20	90	5	62	5	10	2	82	0.91
25329640--25329688	24	2.0	25	88	4	73	4	14	2	79	0.97
25329649--25329726	11	6.6	11	73	15	50	6	12	3	76	1.11
25329730--25329782	15	3.3	15	78	14	61	15	5	5	73	1.21
25329740--25329775	19	1.9	19	94	5	65	22	8	5	63	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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