genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17860497--17860957	49	9.6	48	90	1	687	33	9	28	28	1.88
17861076--17861154	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
17862728--17862785	29	2.0	29	100	0	116	13	3	13	68	1.33
17862734--17862792	29	2.1	28	84	9	77	13	8	10	67	1.41
17872030--17872252	40	5.6	39	82	5	207	26	27	21	25	1.99
17872028--17872199	79	2.2	79	83	5	213	26	27	20	25	1.99
17872028--17872252	80	2.8	79	80	8	233	26	27	20	25	1.99
17872184--17872261	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17882123--17882282	39	4.1	39	95	0	284	20	23	31	24	1.98
17888866--17888986	39	3.1	39	97	0	224	20	24	31	23	1.98
17892624--17892666	20	2.2	20	100	0	86	39	9	13	37	1.78
17892624--17892675	20	2.7	19	91	8	72	40	11	11	36	1.78
17893296--17893425	47	2.8	47	87	0	170	31	28	16	23	1.96
17897181--17897218	19	2.0	20	89	5	60	18	2	2	76	1.02
17897178--17897240	25	2.5	25	79	7	74	20	4	3	71	1.18
17898477--17898510	15	2.2	16	89	5	52	41	2	0	55	1.15
17899524--17899765	40	6.1	39	78	5	229	21	25	19	34	1.96
17903764--17903811	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
17903859--17903914	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
17903848--17903914	20	3.3	20	97	0	125	34	10	20	34	1.87
17903854--17903906	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
17903963--17904081	23	5.0	24	87	5	154	30	21	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17904275--17904338	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
17911851--17911898	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
17911946--17912001	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
17911935--17912001	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
17912050--17912144	24	4.0	24	85	8	124	28	20	21	30	1.98
17912338--17912397	31	1.9	31	89	0	93	35	15	21	28	1.93
17913665--17913689	12	2.1	12	100	0	50	56	0	8	36	1.29
17917539--17917898	46	7.6	48	74	13	229	29	18	26	24	1.98
17917773--17917898	47	2.6	47	81	7	130	27	17	27	26	1.98
17920048--17920217	41	4.2	40	74	18	152	21	21	28	28	1.99
17938189--17938364	46	3.8	46	79	12	207	19	21	29	29	1.98
17938186--17938357	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	28	1.98
17938856--17938979	46	2.8	46	91	7	197	31	3	33	32	1.74
17950146--17950282	40	3.4	39	81	5	130	24	25	23	26	2.00
17950163--17950290	40	3.2	39	79	9	132	26	23	23	26	2.00
17952650--17952675	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
17964246--17964310	33	1.9	34	84	9	89	66	1	0	32	1.01
17964329--17964365	16	2.2	16	90	4	56	70	2	0	27	1.01
17964334--17964381	25	1.9	25	87	8	71	66	2	2	29	1.14
17967495--17967659	43	3.8	43	78	4	172	22	18	27	32	1.97
17975487--17975735	79	3.1	80	90	1	367	26	29	20	23	1.99
17975517--17975788	119	2.3	118	86	5	377	27	29	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17975487--17975735	40	6.3	40	92	1	376	26	29	20	23	1.99
17975720--17975797	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
17983469--17983731	120	2.2	119	82	4	316	26	28	20	24	1.99
17983469--17983678	40	5.3	40	92	0	314	26	29	20	23	1.99
17983472--17983731	80	3.3	80	86	3	267	25	28	21	24	1.99
17983663--17983740	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
17990415--17990536	41	3.0	41	90	0	190	25	29	22	22	1.99
17990773--17991213	27	16.4	27	79	5	187	30	9	20	39	1.84
17990776--17991219	81	5.5	82	71	10	254	30	9	20	39	1.84
17991001--17991120	53	2.2	54	82	1	134	31	7	21	39	1.81
17991203--17991313	27	4.1	27	88	0	132	29	25	17	27	1.97
17993439--17993491	22	2.4	22	75	12	63	32	20	24	22	1.98
17993636--17993714	41	1.9	41	94	0	140	26	32	18	21	1.97
17993952--17994369	27	15.4	27	78	5	279	30	8	20	41	1.82
17993981--17994341	82	4.4	82	75	8	242	29	7	20	42	1.79
17994365--17994465	27	3.7	27	85	0	130	30	21	11	35	1.90
17998793--17998821	12	2.4	12	100	0	58	44	0	6	48	1.29
17998970--17999016	23	2.0	23	95	0	85	29	10	8	51	1.66
18010517--18010542	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
18014280--18014312	17	1.9	17	100	0	66	57	12	12	18	1.64
18021576--18021756	40	4.6	39	85	6	222	26	23	27	23	2.00
18029528--18029715	40	4.7	40	92	0	306	26	22	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18029528--18029748	80	2.8	80	86	2	313	27	23	27	22	1.99
18031656--18031824	43	4.0	43	77	3	135	35	22	12	29	1.91
18036842--18036975	39	3.4	38	92	6	223	26	24	23	24	2.00
18038488--18038513	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
18041568--18041747	40	4.5	40	84	0	234	23	24	27	23	2.00
18058775--18058800	10	2.6	10	100	0	52	0	38	0	61	0.96
18059526--18059571	18	2.6	18	96	3	85	17	28	36	17	1.92
18067080--18067187	29	3.8	29	83	1	128	28	27	14	28	1.96
18075391--18075632	27	9.0	28	77	6	216	26	15	21	36	1.93
18075403--18075632	81	2.8	81	83	2	257	25	15	21	36	1.93
18075984--18076047	18	3.6	18	86	0	83	23	23	12	40	1.88
18089194--18089453	27	9.7	27	75	7	145	38	22	7	32	1.82
18089194--18089343	53	2.8	53	81	5	151	39	22	8	30	1.82
18089436--18089578	27	5.3	27	79	0	151	35	19	18	25	1.95
18089434--18089550	54	2.2	54	87	0	171	38	19	17	23	1.93
18090178--18090285	27	4.0	27	84	5	121	18	22	20	38	1.93
18090399--18090522	6	20.2	6	66	17	58	17	17	14	50	1.79
18090401--18090462	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
18090429--18090513	37	2.3	37	81	0	98	17	17	12	51	1.76
18093653--18093700	22	2.1	23	88	3	71	43	4	20	31	1.71
18106687--18106789	45	2.3	44	86	5	145	19	17	20	42	1.89
18110420--18110451	8	4.0	8	91	0	55	40	25	21	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18110692--18110768	29	2.7	29	80	8	84	27	12	27	32	1.93
18112243--18112340	49	2.0	49	100	0	196	32	20	8	38	1.82
18117062--18117087	12	2.2	12	100	0	52	15	23	34	26	1.94
18125033--18125163	64	2.0	64	97	0	244	30	17	13	38	1.89
18128349--18128400	27	1.9	27	92	0	86	40	15	13	30	1.86
18130376--18130500	66	1.9	66	82	9	157	24	12	23	40	1.88
18131213--18131247	18	1.9	18	88	0	52	8	34	5	51	1.56
18133059--18133126	21	3.1	21	68	15	66	38	26	13	22	1.91
18133065--18133133	21	3.2	21	66	12	50	39	26	11	23	1.88
18135663--18135810	27	5.5	27	86	3	181	27	14	27	31	1.95
18138649--18138750	43	2.4	43	83	0	114	24	31	23	20	1.98
18153465--18153525	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
18159021--18159323	40	7.6	40	89	2	387	27	27	20	24	1.99
18167008--18167270	40	6.6	40	93	1	379	26	28	20	24	1.99
18167008--18167308	79	3.8	79	88	2	374	27	28	19	24	1.99
18167241--18167317	40	1.9	41	81	7	95	28	28	19	23	1.98
18180496--18180657	43	3.8	42	78	3	144	24	19	25	30	1.98
18182656--18182693	19	2.0	20	85	15	53	39	26	0	34	1.57
18182923--18183093	93	1.8	93	91	2	281	29	28	21	21	1.98
18182918--18183090	46	3.7	46	78	11	192	30	27	20	21	1.98
18183512--18183572	30	2.0	30	83	3	77	34	24	4	36	1.77
18184428--18184545	55	2.1	55	78	3	130	22	26	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18185258--18185300	18	2.4	18	88	7	61	48	16	18	16	1.81
18185640--18185800	27	6.0	27	77	2	135	37	19	16	26	1.93
18190057--18190157	29	3.6	28	85	7	116	27	28	15	27	1.96
18190394--18190431	16	2.4	16	82	4	51	13	21	18	47	1.82
18190381--18190430	24	2.1	24	84	0	64	12	20	18	50	1.78
18193464--18193497	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
18194564--18194670	29	3.7	29	77	4	101	28	26	17	28	1.98
18194895--18194935	16	2.6	16	88	0	64	14	21	14	48	1.80
18195595--18195628	16	2.1	16	94	0	59	8	23	20	47	1.78
18201649--18201751	55	2.0	51	87	11	147	33	19	25	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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