genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56273421--56273593	46	3.7	46	76	10	172	23	19	26	30	1.98
56273418--56273587	93	1.8	93	89	0	268	22	20	27	29	1.98
56273818--56273855	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
56290011--56290183	46	3.7	46	72	10	145	31	26	17	23	1.97
56297599--56297763	46	3.6	45	76	12	156	29	29	18	22	1.98
56297600--56297770	93	1.8	93	88	2	263	29	28	19	22	1.98
56316235--56316314	40	2.0	40	100	0	160	25	10	27	37	1.88
56316235--56316324	40	2.2	40	94	0	144	24	11	25	38	1.88
56318962--56319030	34	2.0	34	94	0	120	36	15	28	18	1.92
56324979--56325021	18	2.4	18	77	14	54	53	0	6	39	1.28
56328637--56329096	232	2.0	232	95	0	830	41	21	7	28	1.80
56329563--56329710	46	3.2	46	76	11	151	32	19	22	25	1.98
56329559--56329720	23	7.1	23	74	14	97	33	19	22	24	1.97
56330603--56330664	31	2.0	31	100	0	124	45	19	0	35	1.51
56332138--56332177	16	2.5	16	95	0	71	52	2	0	45	1.14
56332146--56332183	16	2.4	17	91	8	62	57	0	0	42	0.98
56332138--56332183	16	2.9	16	81	18	60	54	2	0	43	1.12
56332205--56332246	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
56332209--56332245	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
56336387--56336424	18	2.1	18	90	0	58	28	28	2	39	1.70
56336868--56336923	21	2.6	22	72	8	62	17	12	42	26	1.85
56336925--56336964	21	1.9	21	89	0	62	7	22	35	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56337675--56337816	40	3.5	40	87	7	207	49	21	8	21	1.75
56339940--56340023	12	7.0	12	71	10	55	53	15	4	26	1.61
56340039--56340099	12	5.1	12	79	0	59	57	9	6	26	1.55
56340039--56340099	24	2.5	24	81	0	77	57	9	6	26	1.55
56340821--56340872	27	1.9	27	84	7	70	57	0	0	42	0.98
56341998--56342031	11	3.1	11	100	0	68	0	8	0	91	0.43
56350052--56350104	22	2.4	21	75	9	52	66	0	11	22	1.24
56352306--56352355	26	2.0	26	84	7	68	38	2	4	56	1.30
56352306--56352373	24	2.6	24	78	17	64	35	2	4	57	1.34
56352571--56352625	23	2.6	21	78	13	67	27	14	1	56	1.49
56352920--56353009	3	30.3	3	76	10	78	32	7	1	58	1.34
56352914--56353012	26	4.0	25	74	18	82	31	8	1	59	1.33
56356315--56356346	12	2.5	13	90	10	57	37	15	0	46	1.46
56358230--56358288	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
56358494--56358533	3	13.3	3	94	0	71	62	0	2	35	1.09
56359137--56359171	13	2.7	13	95	0	61	14	28	14	42	1.84
56360403--56360538	51	2.7	51	77	0	155	39	6	12	41	1.69
56361435--56361508	30	2.5	30	84	2	96	51	4	1	43	1.29
56369521--56369554	14	2.4	14	90	5	50	23	14	5	55	1.61
56377312--56377361	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
56382782--56382846	27	2.4	27	89	0	94	21	26	12	40	1.88
56382936--56383114	31	5.8	31	90	0	277	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56383107--56383219	33	3.5	33	82	4	140	25	23	13	38	1.91
56384306--56384348	21	2.0	21	100	0	86	37	18	9	34	1.83
56384922--56384971	11	4.5	11	80	14	66	60	4	0	36	1.16
56384919--56384968	23	2.3	21	89	6	73	60	4	0	36	1.16
56386305--56386406	49	2.1	48	92	1	168	30	5	14	49	1.67
56388654--56389514	301	2.9	300	91	2	1356	56	7	6	29	1.52
56388654--56389514	151	5.7	151	91	1	1331	56	7	6	29	1.52
56389686--56389729	15	2.9	15	79	3	52	50	2	0	47	1.13
56390165--56390208	18	2.3	19	84	11	54	65	2	2	29	1.16
56393567--56393592	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
56393963--56394008	20	2.3	20	85	3	58	43	2	0	54	1.12
56394610--56394653	23	2.0	22	86	4	61	61	0	2	36	1.09
56409221--56409283	28	2.2	28	86	5	83	26	1	15	55	1.50
56409219--56409273	28	2.0	28	92	0	92	25	1	14	58	1.47
56409510--56409566	9	6.2	9	75	4	60	21	42	5	31	1.75
56410212--56410268	30	1.9	30	92	7	98	21	33	31	14	1.92
56411440--56411488	15	3.2	15	80	11	55	53	0	2	44	1.12
56413725--56413861	46	3.0	46	93	0	229	40	13	24	21	1.89
56413739--56413914	46	3.7	46	88	4	219	42	14	23	20	1.88
56415508--56415728	46	4.7	46	87	4	255	41	14	22	21	1.89
56429141--56429166	12	2.2	12	100	0	52	50	23	0	26	1.50
56429531--56429606	38	2.0	38	100	0	152	34	7	10	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56431032--56431061	13	2.4	13	94	5	53	23	0	6	70	1.11
56431308--56431600	43	6.8	43	90	0	451	26	18	31	23	1.97
56431675--56431741	31	2.2	31	86	0	89	61	17	2	17	1.47
56431676--56431753	31	2.5	31	80	4	84	62	19	2	15	1.43
56437603--56437730	9	13.6	9	76	9	112	31	1	20	46	1.60
56437637--56437713	39	2.0	39	97	0	145	32	0	20	46	1.51
56437603--56437730	57	2.2	57	84	0	166	31	1	20	46	1.60
56437849--56438555	241	2.9	241	96	0	1324	33	14	17	33	1.91
56438597--56438667	24	3.0	24	81	8	90	46	5	18	29	1.72
56438715--56438848	64	2.1	64	94	0	232	47	4	10	38	1.58
56442006--56442044	18	2.2	18	95	0	69	51	15	0	33	1.44
56442607--56442641	17	2.0	17	88	5	52	65	14	0	20	1.26
56442782--56442926	40	3.6	39	90	3	227	25	22	20	31	1.98
56448686--56449027	47	7.2	47	88	2	495	31	8	30	29	1.87
56448686--56449027	96	3.6	96	90	0	517	31	8	30	29	1.87
56448689--56449027	143	2.4	143	89	3	506	32	8	30	28	1.87
56449145--56449223	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
56451087--56451275	43	4.4	43	95	0	333	23	15	34	25	1.95
56451257--56451330	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
56451622--56451889	40	6.7	40	80	6	224	26	20	28	24	1.99
56451622--56451794	80	2.2	80	87	4	251	28	20	27	23	1.99
56451823--56451899	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56455311--56455650	47	7.2	47	90	1	518	31	8	30	29	1.87
56455314--56455650	143	2.4	142	90	2	527	31	8	30	28	1.87
56455768--56455846	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56464716--56464849	46	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
56481415--56481447	12	2.8	12	95	0	57	48	0	21	30	1.50
56488123--56488164	4	10.5	4	100	0	84	23	0	26	50	1.50
56491892--56492085	49	3.9	49	81	6	221	25	18	27	27	1.98
56493735--56493802	23	3.0	21	77	16	64	72	5	5	16	1.25
56498538--56498633	30	3.2	30	90	0	147	16	30	28	25	1.97
56498560--56498633	15	4.9	15	65	12	53	17	28	27	27	1.98
56498538--56498654	30	3.9	30	86	2	146	14	28	30	26	1.95
56509374--56509418	23	2.0	23	95	4	83	26	8	8	55	1.60
56512664--56512723	31	1.9	31	83	10	77	45	5	11	38	1.63
56513323--56513390	36	1.9	35	82	8	84	27	1	19	51	1.55
56513426--56513722	34	9.8	30	69	23	162	36	1	19	42	1.60
56513426--56513568	64	2.2	64	92	2	234	36	2	19	41	1.63
56513549--56513589	22	1.9	22	95	5	75	48	0	14	36	1.44
56513474--56513651	85	2.1	84	88	3	259	38	0	19	42	1.55
56513566--56513722	62	2.5	64	83	7	189	36	0	19	43	1.56
56513618--56513750	35	4.0	34	70	19	91	34	0	21	42	1.59
56513426--56513714	147	1.9	150	90	2	467	37	1	19	41	1.60
56513808--56514566	126	6.0	126	91	0	1151	38	16	16	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56513810--56514566	253	3.0	253	93	0	1219	39	16	17	27	1.90
56517989--56518030	18	2.3	18	87	0	57	40	7	28	23	1.81
56518091--56518149	30	2.0	30	86	0	82	11	11	44	32	1.78
56519607--56519692	19	4.6	19	67	20	56	66	2	2	29	1.16
56519625--56519707	18	4.6	18	67	24	59	63	2	1	32	1.15
56519586--56519709	54	2.3	54	95	0	221	62	2	1	33	1.17
56523087--56523160	36	2.1	36	100	0	148	27	5	21	45	1.73
56526922--56526977	27	2.1	27	93	0	94	14	32	30	23	1.94
56533174--56533221	19	2.6	19	93	3	80	41	4	8	45	1.53
56541806--56541849	22	2.0	22	86	0	61	59	2	0	38	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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