genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  4  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1002669--1002736	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
1002717--1002807	45	2.0	44	83	6	112	31	4	27	36	1.77
1002952--1002993	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
1002961--1003002	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
1002987--1003174	61	3.1	61	71	11	215	49	7	1	41	1.40
1002955--1003184	120	1.9	120	99	0	451	50	6	1	41	1.40
1002990--1003173	59	3.1	59	67	17	180	49	7	1	41	1.41
1014494--1014527	12	2.8	12	90	0	50	55	0	11	32	1.36
1027321--1027404	38	2.2	38	86	0	114	25	22	19	33	1.97
1028853--1028894	23	1.9	22	85	9	59	21	19	11	47	1.81
1032593--1032703	46	2.4	46	81	0	141	21	34	24	19	1.97
1037458--1037484	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
1039287--1039360	29	2.6	28	81	8	71	44	2	1	51	1.24
1041764--1041810	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1048806--1048929	43	2.9	42	77	11	144	29	21	14	33	1.93
1050709--1050769	32	1.9	32	86	0	86	40	8	8	42	1.64
1058118--1058162	18	2.5	18	100	0	90	0	57	0	42	0.98
1059298--1059363	34	1.9	34	87	3	96	43	13	9	33	1.76
1060347--1060391	22	2.0	22	91	0	72	42	6	15	35	1.73
1060978--1061043	35	1.9	33	81	6	78	72	10	6	10	1.27
1062932--1062980	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
1063642--1063681	21	1.9	21	84	0	53	50	5	10	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1064665--1064737	21	3.3	23	83	11	82	15	24	26	34	1.94
1064677--1064737	21	2.8	21	90	5	86	13	24	27	34	1.93
1065972--1066016	23	2.0	23	90	0	72	35	13	22	28	1.92
1070563--1070616	27	2.0	27	82	10	65	61	0	9	29	1.27
1070723--1070771	14	3.3	15	81	10	57	51	2	8	38	1.43
1070735--1070791	25	2.2	25	82	11	71	50	5	7	36	1.52
1071139--1071181	21	2.0	21	86	4	59	37	18	9	34	1.83
1071152--1071211	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
1071568--1071669	43	2.4	43	82	8	120	23	28	13	34	1.93
1072016--1072124	42	2.5	42	85	10	141	26	25	16	31	1.97
1072107--1072396	85	3.5	84	82	13	336	26	25	16	31	1.97
1073293--1073335	19	2.3	19	81	14	54	2	16	0	81	0.79
1079772--1079802	16	1.9	16	93	0	53	51	6	6	35	1.53
1080182--1080293	19	5.8	19	83	9	138	34	16	12	35	1.87
1080196--1080293	36	2.6	37	83	9	126	33	17	12	36	1.87
1080235--1080274	17	2.6	15	82	17	55	32	15	12	40	1.84
1080207--1080303	19	5.3	19	85	7	85	35	15	13	36	1.87
1081108--1081215	44	2.4	44	89	3	153	26	25	16	30	1.97
1081146--1081470	44	7.4	44	74	12	265	28	25	16	28	1.97
1081195--1081470	132	2.1	132	93	0	471	28	26	16	28	1.97
1088857--1088908	19	3.2	15	78	21	52	51	3	7	36	1.49
1089276--1089341	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1089293--1089387	19	5.0	19	92	7	158	35	15	10	37	1.82
1089315--1089371	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
1089293--1089384	36	2.4	37	92	7	150	35	15	10	38	1.82
1106065--1106108	17	2.5	17	96	3	79	0	56	0	43	0.99
1108237--1108277	20	2.0	20	86	9	57	43	7	17	31	1.76
1108838--1108908	34	2.1	33	82	7	81	70	11	5	12	1.32
1110789--1110837	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
1111501--1111540	21	1.9	21	84	0	53	50	5	10	35	1.58
1112521--1112593	21	3.3	23	83	11	82	15	24	26	34	1.94
1112533--1112593	21	2.8	21	90	5	86	13	24	27	34	1.93
1113840--1113884	23	2.0	23	90	0	72	35	13	22	28	1.92
1118636--1118684	14	3.3	15	81	10	57	51	2	8	38	1.43
1118648--1118704	25	2.2	25	82	11	71	50	5	7	36	1.52
1119052--1119098	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
1119069--1119128	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
1119944--1120057	44	2.5	44	88	2	165	25	27	17	29	1.97
1119995--1120430	44	9.9	44	75	8	359	26	24	17	30	1.97
1119995--1120438	132	3.4	132	89	2	669	26	25	17	30	1.97
1121329--1121370	12	3.5	11	87	12	57	0	14	0	85	0.59
1121327--1121376	13	3.8	13	79	7	57	0	16	0	84	0.63
1121327--1121377	19	2.7	20	91	8	81	0	15	0	84	0.63
1127673--1127728	28	2.0	28	82	10	69	62	0	8	28	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1128253--1128318	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
1128270--1128348	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
1128292--1128348	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
1128270--1128348	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
1129595--1129680	43	2.0	43	95	0	154	32	15	17	34	1.91
1145516--1145548	15	2.1	16	88	5	50	27	12	9	51	1.69
1149162--1149219	17	3.6	17	78	17	61	62	1	29	6	1.31
1149158--1149187	11	2.6	11	94	5	51	66	0	26	6	1.16
1149168--1149236	32	2.3	31	80	14	81	62	1	30	5	1.27
1150773--1150806	10	3.4	10	83	0	50	70	5	0	23	1.09
1150766--1150821	20	2.8	20	76	13	60	55	8	1	33	1.42
1151315--1151367	12	4.6	12	77	17	58	67	9	0	22	1.19
1151304--1151355	22	2.4	22	87	9	72	71	7	0	21	1.11
1153188--1153277	45	2.0	45	89	4	137	20	18	22	38	1.93
1165442--1165536	31	3.1	29	81	6	100	36	10	11	41	1.76
1165704--1165773	29	2.3	29	80	4	77	41	18	10	30	1.83
1167157--1167264	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
1171707--1171761	27	2.0	27	100	0	110	36	14	18	30	1.91
1172447--1172503	19	3.0	20	80	12	59	57	3	1	36	1.26
1172454--1172499	20	2.3	20	82	17	60	56	4	2	36	1.31
1174148--1174214	11	6.7	10	73	19	50	67	1	2	28	1.14
1174145--1174214	31	2.3	31	86	11	101	64	1	2	31	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1174602--1174634	14	2.3	15	89	5	50	57	0	3	39	1.14
1175532--1175576	17	2.8	17	80	16	60	35	0	0	64	0.94
1175510--1175560	25	2.0	27	85	11	72	27	1	1	68	1.11
1177254--1177293	15	2.6	15	92	4	62	32	17	27	22	1.96
1179690--1179766	17	5.0	16	72	24	60	41	2	2	53	1.28
1182939--1182985	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
1185385--1185425	21	1.9	22	85	5	57	46	9	7	36	1.65
1187456--1187757	47	6.4	47	92	0	453	28	30	8	32	1.88
1187731--1187783	26	2.0	26	100	0	106	30	26	7	35	1.84
1187684--1187830	73	2.0	73	94	0	258	29	27	8	34	1.86
1187637--1187877	120	2.0	120	95	3	432	29	28	8	34	1.86
1187757--1187954	47	4.2	47	94	2	344	28	29	9	32	1.88
1187590--1187924	167	2.0	167	96	0	616	29	28	8	34	1.86
1187543--1187954	214	1.9	214	98	0	806	29	28	8	33	1.87
1199176--1199283	54	2.0	54	98	0	207	33	17	18	30	1.94
1200111--1200173	29	2.2	28	77	11	65	26	17	9	46	1.79
1206294--1206341	14	3.4	14	73	21	55	58	8	0	33	1.28
1206290--1206347	28	2.1	28	100	0	116	53	6	0	39	1.28
1212925--1213231	105	2.9	105	93	2	508	34	15	17	31	1.92
1229194--1229942	126	5.8	126	88	4	995	28	14	19	37	1.91
1229445--1229548	54	1.9	54	96	0	190	28	14	18	38	1.90
1229571--1229802	54	3.9	54	74	22	214	29	13	18	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1229835--1229996	54	3.0	54	97	0	306	29	14	16	38	1.89
1233887--1234158	131	2.1	131	94	0	472	29	5	20	44	1.73
1237963--1237993	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
1239072--1239097	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
1239586--1239718	62	2.2	58	82	6	160	42	4	3	49	1.41
1240579--1240616	17	2.2	17	100	0	76	57	18	5	18	1.58
1241807--1242222	40	10.6	40	78	7	417	33	16	27	22	1.95
1246502--1246690	95	2.0	95	95	0	342	43	15	10	31	1.80
1247294--1247350	28	2.0	28	100	0	114	45	7	15	31	1.73
1252589--1252633	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259