genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28681739--28681777	21	1.9	20	89	5	60	28	7	23	41	1.82
28681811--28681866	29	2.0	29	86	10	80	35	1	26	35	1.67
28686485--28686524	7	5.7	7	81	0	53	62	12	0	25	1.30
28686885--28686980	46	2.0	46	96	4	174	35	2	6	56	1.36
28691810--28691866	30	1.9	30	85	7	80	19	45	1	33	1.61
28692050--28692146	36	2.7	35	78	12	108	35	8	2	54	1.42
28692387--28692424	19	2.0	19	89	0	58	34	7	23	34	1.84
28694579--28694630	18	2.9	19	83	11	65	32	13	15	38	1.86
28694624--28694757	18	7.4	18	74	9	112	35	12	14	38	1.84
28694624--28694757	54	2.5	53	81	7	153	35	12	14	38	1.84
28694560--28694855	36	8.0	36	71	11	179	36	12	14	36	1.85
28694624--28694855	18	12.5	18	71	9	108	35	12	15	36	1.85
28695700--28695829	47	2.8	46	81	6	154	26	20	30	23	1.98
28695705--28695872	46	3.6	45	77	12	153	28	19	27	23	1.98
28702542--28702588	18	2.6	18	93	0	85	27	6	31	34	1.82
28712605--28712811	53	3.8	54	79	1	218	19	23	18	38	1.93
28712618--28712811	55	3.6	53	78	2	181	19	23	19	38	1.93
28719377--28719411	17	2.0	18	88	5	54	40	20	0	40	1.52
28725074--28725361	116	2.4	118	86	5	395	26	20	26	27	1.99
28725023--28725361	40	8.6	40	85	5	397	25	20	26	27	1.99
28733048--28733348	82	3.8	80	88	4	380	25	19	27	27	1.99
28733048--28733348	40	7.6	40	87	6	364	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28733122--28733383	82	3.3	78	86	4	269	26	19	27	26	1.99
28746234--28746262	11	2.6	11	100	0	58	37	20	6	34	1.80
28750778--28750872	40	2.4	40	85	0	127	22	16	25	35	1.95
28757813--28757980	47	3.6	47	91	0	264	27	30	8	32	1.86
28758205--28758296	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
28758186--28758346	40	4.1	40	79	10	170	24	27	22	25	2.00
28763905--28764031	39	3.3	39	85	2	175	31	18	26	23	1.97
28763904--28764057	77	2.0	76	82	3	184	30	19	27	22	1.98
28771584--28771747	42	3.9	42	80	9	172	28	14	28	28	1.95
28779126--28779288	42	3.9	42	79	7	170	28	12	26	31	1.92
28782927--28783067	27	5.2	27	83	5	151	26	14	19	39	1.91
28783050--28783338	27	10.7	27	82	5	318	29	7	22	41	1.80
28782925--28783094	81	2.1	81	78	4	182	27	12	19	40	1.88
28787462--28787501	21	2.0	20	85	5	53	20	2	27	50	1.61
28787542--28787848	141	2.2	141	98	0	587	37	6	22	34	1.79
28789913--28790076	42	3.9	42	82	9	181	28	14	28	28	1.95
28789921--28790076	85	1.8	84	84	4	215	28	14	28	28	1.95
28794260--28794444	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
28794260--28794444	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
28813906--28814130	40	5.7	40	84	5	269	25	21	27	25	2.00
28813913--28814163	119	2.1	119	79	7	260	27	20	26	25	1.99
28819507--28819797	27	10.8	27	91	0	413	29	24	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28819468--28820104	27	23.6	27	83	3	359	36	21	8	33	1.83
28819749--28820134	54	7.1	54	82	3	411	39	20	8	31	1.82
28819817--28820120	27	11.3	27	85	0	367	41	19	8	30	1.81
28819790--28820130	81	4.2	81	83	3	409	41	19	8	31	1.81
28820114--28820171	27	2.1	28	90	3	91	37	13	22	25	1.91
28820381--28820443	25	2.5	25	97	0	117	26	22	23	26	2.00
28822631--28823270	27	23.7	27	83	2	345	36	21	7	34	1.82
28822645--28822963	54	5.9	54	88	0	458	31	22	7	38	1.81
28822645--28822992	81	4.3	81	86	1	464	32	22	6	38	1.81
28822958--28823287	27	12.2	27	83	1	365	40	20	8	31	1.81
28822958--28823287	54	6.1	54	87	2	448	40	20	8	31	1.81
28826365--28826842	27	17.7	27	78	8	211	38	20	8	32	1.84
28826512--28826788	81	3.4	80	80	7	292	40	21	8	29	1.83
28826526--28826871	27	12.8	27	76	6	243	40	19	9	30	1.84
28826893--28826989	27	3.6	27	83	2	88	34	21	21	22	1.97
28827794--28827939	26	5.7	26	89	2	208	26	22	23	26	2.00
28827794--28827939	51	2.9	52	89	4	226	26	22	23	26	2.00
28828086--28828177	42	2.2	42	88	0	130	31	13	19	35	1.90
28828201--28828279	31	2.5	31	89	4	115	29	17	25	27	1.98
28829356--28829521	43	3.9	43	84	2	192	27	15	25	31	1.95
28835083--28835148	32	2.1	32	97	0	123	45	12	27	15	1.81
28843733--28843825	43	2.2	43	90	0	141	29	11	21	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28843735--28843843	43	2.5	43	86	2	139	28	14	21	35	1.93
28844760--28845932	585	2.0	585	99	0	2301	39	19	12	28	1.88
28849610--28849773	47	3.5	46	76	6	188	29	31	18	20	1.96
28849556--28849820	46	5.7	46	72	16	206	29	29	18	21	1.97
28849564--28849820	93	2.8	93	90	0	406	29	29	19	21	1.97
28852207--28852295	30	3.0	30	79	11	94	56	15	16	11	1.67
28852218--28852295	15	5.2	15	71	11	70	55	15	16	12	1.70
28853090--28853181	45	2.0	45	95	0	166	23	18	29	28	1.98
28855252--28855523	46	5.7	47	74	11	234	29	29	19	21	1.97
28855260--28855528	93	2.8	93	90	3	405	29	29	19	21	1.98
28855306--28855465	47	3.4	47	79	8	191	30	30	18	21	1.97
28859995--28860060	32	2.1	32	100	0	132	42	16	18	22	1.89
28864789--28864851	31	2.0	31	100	0	126	55	12	22	9	1.65
28871685--28871900	40	5.4	39	80	8	184	25	20	26	26	1.99
28871758--28871935	79	2.2	80	80	2	189	25	21	28	24	1.99
28879072--28879243	79	2.2	79	79	3	193	24	21	27	26	1.99
28879019--28879241	40	5.6	39	80	7	189	25	21	27	26	1.99
28879099--28879276	79	2.2	80	80	2	189	25	21	28	24	1.99
28891098--28891123	12	2.2	12	100	0	52	30	15	19	34	1.93
28891352--28891404	25	2.2	24	86	3	70	39	20	22	16	1.92
28891881--28891925	21	2.2	20	84	4	54	42	17	0	40	1.50
28894053--28894094	21	1.9	23	85	9	61	30	16	7	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28898845--28899155	157	2.0	158	94	0	543	19	25	33	21	1.97
28908428--28908516	42	2.1	42	87	0	124	25	35	21	16	1.94
28913368--28913497	47	2.8	47	86	2	172	22	16	28	33	1.95
28932366--28932410	21	2.2	20	84	4	54	42	17	0	40	1.50
28932815--28932858	20	2.3	18	84	7	52	22	34	20	22	1.97
28936104--28936213	29	3.9	29	78	4	109	25	31	14	28	1.95
28937702--28937734	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
28949038--28949076	21	1.9	20	84	5	51	23	20	38	17	1.93
28950181--28950493	46	6.6	48	70	15	167	22	27	21	28	1.99
28954079--28954168	35	2.6	35	83	1	119	43	32	11	13	1.79
28954818--28954908	46	2.0	46	86	0	128	27	30	7	34	1.85
28954922--28955355	47	9.2	47	94	0	742	23	27	14	34	1.94
28960271--28960503	49	4.7	50	79	4	247	25	17	27	29	1.97
28960274--28960503	101	2.3	98	82	5	248	25	17	26	30	1.98
28965509--28965731	49	4.5	49	78	5	223	24	17	27	30	1.98
28988161--28988190	16	1.9	15	93	6	51	50	0	3	46	1.18
28988913--28988947	18	2.0	18	88	5	54	28	8	20	42	1.81
28992256--28992431	46	3.8	46	78	14	191	21	19	28	30	1.97
28992252--28992422	93	1.8	93	91	2	281	21	19	29	29	1.98
28999840--28999979	43	3.3	43	82	9	162	28	25	20	26	1.99
28999851--28999972	42	2.9	43	83	11	153	29	25	20	24	1.99
29000954--29001100	29	5.1	29	76	6	104	26	29	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29001945--29001999	26	2.1	26	100	0	110	61	3	20	14	1.47
29006200--29006283	44	1.9	44	87	0	123	40	21	11	26	1.88
29012250--29012309	22	2.6	22	80	15	68	36	6	3	53	1.44
29019319--29019501	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
29019320--29019503	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
29019372--29019536	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
29027347--29027529	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
29027347--29027531	40	4.6	41	84	7	222	24	22	27	25	2.00
29030890--29030997	26	4.2	26	87	0	162	36	23	7	33	1.83
29031955--29032012	13	4.5	13	82	0	62	37	25	8	27	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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