genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1256652--1256696	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
1258419--1258782	191	1.9	192	90	1	579	43	18	14	22	1.87
1262102--1262148	24	1.9	24	91	4	76	31	21	4	42	1.72
1262103--1262155	24	2.2	24	83	6	63	30	16	3	49	1.64
1262908--1262981	30	2.5	30	77	4	87	59	1	1	37	1.14
1262845--1263051	108	1.9	106	84	3	272	59	2	3	34	1.29
1262967--1263022	30	1.9	28	85	7	76	53	3	3	39	1.36
1263010--1263051	19	2.2	20	86	4	59	54	2	7	35	1.41
1264571--1264688	62	2.0	61	86	5	168	50	4	3	42	1.38
1266346--1266375	15	2.0	15	93	0	51	70	6	10	13	1.34
1267025--1267074	25	2.0	26	88	4	75	42	12	8	38	1.71
1267183--1267299	62	1.9	61	86	5	166	52	4	1	41	1.31
1273232--1273543	47	6.6	46	74	12	181	28	19	28	23	1.98
1273180--1273497	94	3.4	95	78	6	267	28	18	29	23	1.98
1277386--1277420	16	2.1	17	89	5	54	57	5	0	37	1.23
1281172--1281295	34	3.6	34	80	4	133	33	9	14	41	1.79
1282117--1282145	15	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
1285711--1285797	27	3.2	27	84	9	115	17	26	24	32	1.97
1295776--1296024	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	26	1.99
1295775--1296024	100	2.4	104	86	7	350	20	29	24	26	1.99
1296119--1296150	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
1298566--1298742	77	2.3	77	86	5	234	33	25	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1299262--1299300	13	2.8	14	84	7	53	51	0	0	48	1.00
1304853--1304906	22	2.5	21	76	8	54	55	5	1	37	1.34
1315341--1315380	21	2.0	20	85	14	55	32	5	5	57	1.42
1316109--1316146	19	2.1	19	85	5	51	50	0	2	47	1.15
1317089--1317429	169	2.0	166	85	2	450	42	13	24	19	1.87
1318235--1318278	19	2.2	20	80	4	54	77	9	2	11	1.08
1320226--1320274	24	2.0	24	100	0	98	40	16	20	22	1.91
1321903--1322398	210	2.4	210	82	2	593	30	17	19	33	1.94
1322260--1322528	138	1.9	138	87	1	396	31	17	18	32	1.94
1322048--1322746	348	2.0	348	87	2	1021	30	17	19	33	1.94
1322396--1323068	210	3.2	210	89	0	988	30	17	17	34	1.93
1323436--1323699	144	1.8	143	82	2	341	26	23	18	30	1.98
1327017--1327065	25	2.0	25	87	0	71	32	4	0	63	1.13
1327042--1327132	9	9.6	10	75	11	50	34	2	1	62	1.14
1326987--1327086	9	10.9	9	74	14	71	38	2	1	59	1.16
1327046--1327117	19	3.9	17	74	16	63	38	1	1	58	1.15
1331968--1332106	69	2.0	69	98	0	269	26	12	32	28	1.93
1342066--1342165	10	9.4	10	69	20	60	79	5	10	6	1.06
1342122--1342168	16	3.0	16	81	9	53	78	0	10	10	0.96
1350617--1350684	12	5.4	12	72	16	50	80	5	7	5	1.01
1350663--1350705	16	2.9	15	83	16	54	79	0	6	13	0.93
1350623--1350700	40	1.9	39	82	10	95	79	5	6	8	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1354798--1354849	24	2.2	24	89	0	77	53	3	3	38	1.37
1359613--1359680	2	34.0	2	84	0	82	58	0	41	0	0.98
1360070--1360317	124	2.0	124	95	0	451	35	10	12	41	1.77
1364907--1364946	22	1.9	22	90	10	66	50	0	0	50	1.00
1367705--1367858	77	2.0	77	100	0	308	22	16	24	36	1.94
1369189--1369231	21	2.0	21	82	8	52	18	2	23	55	1.54
1371127--1371168	21	2.0	21	85	0	57	16	9	19	54	1.69
1379766--1379829	13	4.9	13	84	0	92	28	7	28	35	1.85
1379766--1379829	26	2.5	26	89	0	110	28	7	28	35	1.85
1380285--1380309	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1394934--1394986	21	2.5	21	93	0	88	50	18	20	9	1.74
1406783--1406828	9	4.9	9	84	7	56	54	2	2	41	1.25
1408485--1408556	29	2.4	29	79	6	74	34	6	16	41	1.75
1408752--1408793	12	3.5	12	93	0	66	30	38	19	11	1.88
1408865--1408912	17	2.8	17	74	0	51	66	4	2	27	1.21
1411483--1411606	59	2.1	60	81	1	142	29	12	7	51	1.65
1412432--1412527	46	2.1	46	90	0	147	40	20	10	28	1.85
1413258--1413290	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
1416395--1416438	17	2.6	16	82	10	52	2	36	4	56	1.32
1432550--1432593	18	2.5	18	85	3	54	45	4	2	47	1.35
1432997--1433021	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
1433190--1433227	20	1.9	20	84	10	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435480--1435536	28	2.0	30	86	6	82	49	0	0	50	1.00
1436121--1436174	21	2.5	22	80	14	60	61	22	9	7	1.51
1438248--1438732	130	3.7	130	77	3	402	29	17	18	35	1.94
1442576--1442618	17	2.5	17	77	7	52	55	0	0	44	0.99
1442832--1442885	25	2.2	25	86	0	72	22	29	27	20	1.98
1449180--1449204	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
1457377--1457425	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
1457396--1457454	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
1457501--1457533	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
1459183--1459235	27	2.0	27	100	0	106	41	5	26	26	1.78
1459671--1459708	18	2.1	18	90	0	58	73	0	0	26	0.83
1460059--1460105	10	4.7	10	78	19	53	29	6	0	63	1.19
1460177--1460266	10	9.3	10	74	12	73	38	3	2	55	1.29
1462960--1463030	16	4.4	16	89	3	108	36	5	28	29	1.80
1463012--1463105	44	2.1	46	84	4	120	32	6	26	34	1.82
1463176--1463226	25	2.0	25	82	17	61	39	0	7	52	1.30
1463266--1463324	20	2.8	21	79	10	75	52	1	0	45	1.10
1463228--1463348	57	2.2	54	78	11	127	53	2	0	43	1.14
1463300--1463345	24	1.9	24	86	8	67	47	2	0	50	1.13
1465397--1465449	25	2.1	25	100	0	106	37	22	15	24	1.92
1465814--1465891	40	2.0	40	100	0	156	38	14	14	33	1.86
1467240--1467386	69	2.1	69	87	5	208	25	8	9	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1468093--1468131	21	1.9	20	84	5	51	43	5	2	48	1.38
1472563--1472637	9	7.8	9	70	18	53	64	2	1	32	1.16
1479775--1480042	136	2.0	136	93	0	455	36	12	19	31	1.89
1481077--1481127	25	2.0	26	85	7	70	47	1	3	47	1.32
1498156--1498384	40	5.8	40	82	2	250	21	20	24	33	1.97
1510515--1510577	23	2.7	25	73	26	66	49	3	1	46	1.27
1510615--1510656	21	2.0	21	90	9	68	26	2	23	47	1.64
1514113--1514371	101	2.6	100	85	3	317	25	25	18	30	1.98
1514179--1514371	33	5.7	33	71	7	111	27	25	17	30	1.97
1517288--1517350	33	1.9	33	84	12	85	30	25	14	30	1.95
1517306--1517493	101	1.9	101	88	0	286	28	23	16	31	1.96
1517572--1517608	18	2.0	19	94	5	67	40	16	0	43	1.48
1524278--1524637	46	7.8	46	91	0	506	22	24	13	40	1.90
1527269--1527311	21	2.0	21	90	0	68	41	4	23	30	1.74
1527481--1527692	104	2.0	104	87	0	298	33	8	27	30	1.87
1527952--1528081	53	2.4	54	82	3	147	33	17	23	25	1.96
1534646--1535521	443	2.0	445	95	0	1567	43	14	15	27	1.84
1548719--1548780	31	2.0	31	100	0	124	22	9	35	32	1.87
1554264--1554329	30	2.2	30	84	10	82	19	40	22	16	1.91
1556063--1556141	37	2.1	37	90	4	124	44	11	12	31	1.78
1558317--1558465	51	2.9	53	78	13	141	53	3	8	34	1.48
1558403--1558444	15	2.9	15	89	3	59	59	4	0	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1558407--1558465	21	3.0	20	78	11	61	57	3	1	37	1.25
1558526--1558571	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
1559774--1559819	12	3.6	12	78	16	56	34	0	0	65	0.93
1562137--1562180	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
1566873--1567533	85	7.7	85	93	0	1088	28	21	24	25	1.99
1569365--1569427	27	2.4	26	79	10	74	36	3	0	60	1.13
1569382--1569427	12	3.6	12	78	16	56	34	0	0	65	0.93
1571733--1571776	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
1576470--1577130	85	7.7	85	93	0	1088	28	21	24	25	1.99
1579006--1579051	12	3.6	12	78	16	56	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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