genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9987969--9988027	25	2.4	24	81	10	75	22	23	25	28	1.99
9989046--9989134	30	3.0	30	79	8	92	58	14	15	11	1.63
9989046--9989125	15	5.4	15	82	4	83	60	12	16	11	1.60
9989046--9989134	15	6.0	15	76	8	76	58	14	15	11	1.63
9992095--9992269	46	3.8	46	79	7	201	29	29	19	21	1.98
9992103--9992274	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	21	1.98
9994243--9994306	27	2.4	27	81	5	76	21	25	15	37	1.93
9994359--9994411	27	2.0	27	88	0	79	35	16	11	35	1.85
9994423--9994494	27	2.7	27	79	14	85	27	4	20	47	1.69
9994550--9994641	27	3.4	27	85	5	123	39	7	23	29	1.83
9994540--9994668	54	2.4	54	79	3	136	35	9	23	31	1.86
9995847--9995871	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
9995849--9995955	45	2.4	45	88	0	151	23	18	17	40	1.91
10005540--10005651	43	2.6	43	95	0	206	29	32	26	11	1.92
10005644--10005845	38	5.3	38	89	2	305	29	27	22	20	1.98
10005644--10005845	78	2.6	76	87	3	305	29	27	22	20	1.98
10013650--10014026	181	2.1	181	84	6	494	33	11	8	46	1.71
10015324--10015440	62	1.9	61	86	5	166	50	5	2	41	1.38
10021242--10021320	29	2.8	29	80	1	88	30	30	13	25	1.94
10027781--10027815	18	1.9	18	100	0	70	11	28	42	17	1.83
10031817--10031910	23	4.1	23	84	0	125	22	24	4	48	1.68
10031820--10031910	46	2.0	46	91	0	146	23	24	4	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10036323--10036416	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
10043534--10043580	22	2.1	21	81	14	51	68	0	6	25	1.13
10047369--10047415	23	2.0	23	100	0	94	8	29	12	48	1.71
10050027--10050171	73	2.0	73	98	0	281	41	11	6	40	1.68
10050445--10050646	111	1.8	111	81	6	257	34	11	16	38	1.84
10058782--10058847	17	3.5	17	67	25	51	40	13	9	36	1.76
10058784--10058866	41	2.0	41	100	0	166	38	16	9	34	1.82
10061564--10061615	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
10062395--10062458	30	2.1	30	97	0	119	35	31	12	20	1.90
10068755--10068780	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
10075096--10075121	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
10079023--10079182	51	3.2	50	88	4	223	57	0	5	36	1.27
10079087--10079202	19	6.6	17	72	16	76	57	0	3	38	1.15
10079156--10079228	18	4.1	18	71	16	53	60	1	6	31	1.31
10079440--10079475	18	1.9	19	94	5	65	33	0	0	66	0.92
10079435--10079476	18	2.4	17	84	11	57	38	0	0	61	0.96
10079461--10079657	51	3.9	50	84	4	261	37	6	2	54	1.39
10079460--10079649	101	1.9	102	93	1	328	36	5	2	54	1.38
10085535--10085609	21	3.6	21	75	10	82	54	4	9	32	1.51
10085534--10085625	41	2.3	41	96	1	168	54	5	8	31	1.54
10085755--10085811	20	2.7	21	81	13	64	59	1	5	33	1.30
10085840--10085889	17	3.0	16	81	16	57	62	2	0	36	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10089848--10089933	30	2.9	30	91	0	127	13	29	31	25	1.94
10092795--10093023	112	2.0	112	84	3	300	37	13	12	35	1.83
10095244--10095279	14	2.6	14	90	0	54	27	25	8	38	1.84
10097980--10098005	8	3.2	8	100	0	52	15	0	0	84	0.62
10097972--10098005	16	2.1	16	88	0	50	20	0	0	79	0.73
10102184--10102286	30	3.4	29	76	11	100	48	4	4	41	1.46
10102177--10102311	60	2.2	61	88	1	200	46	7	3	42	1.49
10102214--10102328	31	3.8	30	75	12	99	46	5	3	45	1.42
10106278--10106323	20	2.4	19	82	13	58	67	4	2	26	1.21
10108788--10108969	27	6.8	27	81	3	188	29	24	15	29	1.96
10115236--10115267	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
10121919--10121952	17	1.9	18	88	5	52	35	5	0	58	1.22
10127604--10127660	20	3.0	20	65	19	50	49	7	7	36	1.57
10127691--10127748	30	1.9	30	89	6	91	41	0	0	58	0.98
10134891--10134931	16	2.5	17	80	11	50	60	4	0	34	1.18
10134951--10134987	15	2.7	13	84	15	56	67	0	0	32	0.91
10134955--10134987	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
10134949--10134987	20	2.0	20	89	0	60	66	0	0	33	0.92
10137102--10137154	23	2.3	22	81	15	63	22	0	16	60	1.36
10137351--10137397	21	2.3	20	79	13	51	29	4	2	63	1.25
10137961--10138052	44	2.2	41	86	5	121	56	4	4	34	1.39
10138006--10138081	24	3.0	25	79	9	75	52	1	2	43	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10139178--10139203	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
10150619--10151200	302	1.9	301	96	1	1085	29	20	15	34	1.94
10155741--10155783	22	2.0	22	100	0	86	51	9	0	39	1.34
10177374--10177430	30	1.9	30	89	7	89	24	33	26	15	1.95
10179167--10179323	43	3.7	42	76	6	147	27	14	26	32	1.94
10180756--10180853	51	1.9	50	81	2	115	50	11	11	27	1.72
10180913--10181146	84	2.7	84	85	4	297	45	9	10	34	1.71
10181149--10181314	79	2.1	79	86	6	230	40	12	15	32	1.83
10189121--10189183	23	2.7	23	92	0	108	42	33	6	17	1.74
10189121--10189241	23	4.8	23	77	16	98	45	33	4	16	1.69
10189158--10189241	28	3.0	28	89	1	123	46	32	3	17	1.66
10200169--10200302	29	4.6	29	74	11	130	42	20	11	25	1.85
10204783--10204832	21	2.5	20	86	3	64	28	22	12	38	1.89
10204796--10204857	21	3.0	21	83	4	63	20	24	14	40	1.90
10212659--10212728	13	5.5	13	74	16	65	37	2	1	58	1.22
10212923--10212949	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
10221061--10221094	16	2.1	16	94	0	59	35	5	29	29	1.81
10227035--10227070	17	2.1	17	94	0	63	22	19	5	52	1.66
10234566--10234661	25	3.8	25	75	14	65	30	11	1	57	1.41
10234598--10234662	27	2.5	25	80	11	76	33	13	0	52	1.41
10234680--10234736	26	2.1	26	87	6	78	35	0	0	64	0.93
10234810--10234905	26	3.6	26	76	13	63	32	5	4	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10251568--10251745	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
10251589--10251744	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
10261610--10261775	54	3.1	54	91	0	260	38	3	5	53	1.40
10261680--10261729	18	2.6	19	78	9	57	42	0	6	52	1.26
10262818--10262863	21	2.0	21	84	12	56	50	6	6	36	1.54
10263002--10263211	105	2.0	105	90	3	334	42	14	10	32	1.79
10268149--10268208	30	2.0	30	93	0	102	50	6	15	28	1.69
10269613--10269690	41	1.9	41	97	0	147	34	2	21	41	1.67
10276095--10276147	22	2.5	20	77	19	54	37	0	0	62	0.96
10276110--10276153	21	2.0	22	91	4	72	36	0	0	63	0.95
10277390--10277451	20	3.1	20	83	0	79	48	22	22	6	1.73
10281924--10282145	78	2.8	78	87	5	313	25	21	27	25	1.99
10281924--10282145	40	5.6	39	88	5	297	25	21	27	25	1.99
10281924--10282152	118	1.9	118	84	6	304	25	21	27	25	1.99
10281931--10282178	78	3.2	77	84	8	295	27	20	26	25	1.99
10281935--10282178	40	6.2	40	83	7	218	26	20	26	25	1.99
10289896--10290160	119	2.2	121	84	6	344	24	21	27	26	1.99
10289896--10290160	40	6.7	40	89	3	333	24	21	27	26	1.99
10289949--10290193	119	2.1	119	84	6	318	26	20	26	26	1.99
10306608--10306660	22	2.5	20	77	19	54	37	0	0	62	0.96
10306623--10306666	21	2.0	22	91	4	72	36	0	0	63	0.95
10307890--10307951	20	3.1	20	83	0	79	48	22	22	6	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10312344--10312563	39	5.7	39	81	13	147	25	22	26	25	2.00
10312344--10312600	40	6.7	40	83	10	295	25	21	26	26	2.00
10312383--10312572	76	2.5	76	88	6	280	26	21	25	26	2.00
10320377--10320641	40	6.6	39	88	4	327	26	21	26	25	2.00
10320414--10320660	119	2.1	120	83	9	326	27	20	25	25	1.99
10320378--10320674	80	3.7	76	83	8	301	27	21	26	25	1.99
10327932--10327969	18	2.1	18	100	0	76	44	5	5	44	1.49
10329653--10329717	24	2.9	22	70	17	60	20	18	20	41	1.91
10333809--10333871	9	7.1	9	76	16	60	28	1	1	68	1.08
10333780--10333859	19	4.3	18	77	6	70	26	3	2	67	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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