genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21938291--21938414	52	2.4	52	95	1	223	27	22	22	27	1.99
21938559--21938650	42	2.2	42	84	3	123	31	13	20	34	1.91
21938674--21938752	31	2.5	31	93	0	131	29	18	24	27	1.98
21940690--21940857	43	3.9	43	76	7	135	30	23	14	30	1.95
21946011--21946128	57	2.1	57	85	6	159	38	16	13	31	1.87
21954784--21954808	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
21956123--21956166	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
21958836--21958954	43	2.8	42	81	7	134	28	16	22	31	1.96
21961773--21961969	55	3.6	54	76	6	175	22	24	17	35	1.95
21968544--21968622	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
21968740--21968959	47	4.6	48	96	2	374	30	30	8	30	1.86
21968740--21968959	95	2.3	95	92	5	372	30	30	8	30	1.86
21972350--21972553	53	3.8	54	77	4	214	20	23	18	37	1.94
21976400--21976426	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
21979174--21979214	21	2.0	21	85	9	57	36	17	0	46	1.48
21984763--21984849	44	2.0	44	84	4	113	33	17	9	40	1.81
21985768--21985794	11	2.5	11	100	0	54	66	0	7	25	1.17
21988577--21988616	19	2.2	19	86	4	55	65	2	0	32	1.06
21991492--21991615	45	2.8	45	83	0	149	26	20	9	43	1.82
21993585--21993800	108	2.0	108	98	0	414	41	17	17	24	1.89
21995675--21995701	8	3.4	8	100	0	54	11	25	11	51	1.70
21995731--21995794	31	2.1	31	93	0	110	29	10	21	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22001849--22002228	39	9.7	39	87	1	472	20	23	27	28	1.99
22001865--22002216	118	3.0	118	94	0	587	20	23	27	28	1.99
22001847--22002228	157	2.4	157	87	1	532	20	23	26	28	1.99
22004403--22004681	48	5.8	48	86	0	353	24	16	30	28	1.96
22007051--22007217	46	3.6	46	76	13	155	22	28	20	28	1.99
22009877--22010058	79	2.3	81	83	7	230	24	21	28	25	1.99
22009877--22010058	40	4.6	40	83	9	212	24	21	28	25	1.99
22009927--22010081	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
22017414--22017473	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
22018121--22018366	49	4.9	50	82	2	307	26	18	25	28	1.98
22018604--22018642	16	2.4	17	87	12	64	33	20	28	17	1.96
22021122--22021160	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
22023205--22023265	30	2.0	30	84	6	79	37	6	26	29	1.81
22023913--22024156	49	4.9	49	83	2	310	26	17	27	28	1.98
22033050--22033178	42	3.0	42	81	10	156	31	26	13	28	1.94
22052526--22052697	46	3.7	46	75	14	183	27	26	20	25	1.99
22053122--22053183	30	2.1	30	90	0	97	30	24	8	37	1.84
22060997--22061173	27	6.5	27	79	3	113	28	31	15	24	1.96
22060997--22061173	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
22061018--22061173	82	1.9	81	82	3	197	27	30	16	25	1.96
22069034--22069210	27	6.5	27	79	3	113	28	31	15	24	1.96
22069034--22069210	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22069055--22069210	82	1.9	81	82	3	197	27	30	16	25	1.96
22075078--22075125	15	3.4	14	75	13	53	33	10	14	41	1.80
22075067--22075125	28	2.1	29	90	3	93	32	8	15	44	1.76
22075067--22075125	29	2.1	28	90	3	91	32	8	15	44	1.76
22079766--22079871	27	3.9	26	77	8	95	17	25	20	35	1.95
22089424--22089452	9	3.3	9	95	4	51	0	24	0	75	0.80
22093900--22094047	63	2.3	63	81	12	174	23	28	16	31	1.96
22093956--22094084	68	1.9	68	82	6	163	24	28	16	30	1.96
22095777--22095942	40	4.2	40	90	0	253	27	26	21	24	1.99
22098027--22098082	29	2.0	28	82	3	67	30	21	8	39	1.84
22101006--22101038	11	3.2	11	87	12	52	54	0	12	33	1.37
22101491--22101579	38	2.3	38	84	3	108	17	14	24	42	1.87
22102009--22102058	23	2.2	23	100	0	100	32	4	22	42	1.72
22102374--22102399	12	2.2	12	100	0	52	23	30	30	15	1.95
22117080--22117188	37	2.9	37	93	0	182	28	31	17	22	1.97
22117334--22117767	48	9.0	48	93	2	726	30	26	6	35	1.82
22120141--22120237	28	3.4	30	72	9	87	26	32	18	21	1.97
22120398--22120705	43	7.2	43	92	0	472	30	32	24	12	1.92
22123556--22123625	35	2.0	35	88	0	104	35	15	18	30	1.92
22127370--22127602	120	1.9	119	89	0	358	30	10	21	37	1.87
22130106--22130244	57	2.4	57	80	4	147	29	22	16	31	1.96
22131854--22132078	47	4.7	48	81	6	237	24	31	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22131860--22132078	93	2.3	95	81	9	243	24	31	15	27	1.95
22134929--22135094	46	3.6	46	78	13	196	21	21	28	28	1.98
22134926--22135094	93	1.8	93	94	0	302	21	21	28	27	1.99
22150845--22151000	82	1.9	81	82	3	197	25	16	30	27	1.96
22150845--22151021	54	3.3	54	80	6	189	24	15	31	28	1.96
22150845--22151000	27	5.7	27	81	4	170	25	16	30	27	1.96
22150845--22151021	27	6.5	27	80	3	149	24	15	31	28	1.96
22150837--22151021	82	2.3	81	76	2	192	25	15	30	28	1.96
22155680--22156041	46	7.7	47	75	12	235	22	29	20	26	1.99
22155675--22156041	94	3.9	96	75	10	330	23	29	20	26	1.99
22163060--22163223	43	3.8	43	72	10	138	26	15	25	32	1.95
22166192--22166436	40	6.1	40	91	2	352	25	27	23	23	2.00
22173994--22174198	40	5.1	40	92	1	322	25	27	23	22	2.00
22176721--22176938	79	2.7	78	80	10	228	26	21	27	25	1.99
22176722--22176912	40	4.8	40	79	8	194	25	21	27	24	2.00
22179919--22180096	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
22179920--22180075	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
22179916--22180096	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
22188099--22188276	27	6.6	27	83	3	196	26	15	27	30	1.96
22188100--22188255	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
22188096--22188276	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
22196216--22196277	27	2.3	26	86	8	81	17	25	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22198205--22198418	43	5.0	43	80	10	222	26	17	24	31	1.97
22200980--22201032	28	1.9	27	85	11	72	50	3	18	26	1.64
22201534--22201847	43	7.3	43	89	0	466	25	15	28	30	1.96
22201796--22201928	56	2.4	56	83	5	171	27	13	24	35	1.93
22204680--22204803	27	4.6	27	83	5	144	20	16	22	40	1.91
22204659--22204803	54	2.6	54	82	4	157	21	19	20	39	1.93
22209685--22209719	17	2.1	17	89	10	54	2	28	2	65	1.21
22211030--22211077	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
22213916--22213959	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
22214055--22214083	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
22215658--22215691	16	2.2	15	89	5	50	50	26	20	2	1.63
22216301--22216348	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
22218446--22218522	25	3.3	25	70	17	83	59	2	10	27	1.43
22218456--22218530	26	3.2	25	65	31	65	60	1	10	28	1.38
22218447--22218534	45	2.0	45	97	0	167	59	2	10	28	1.42
22220472--22220666	55	3.6	53	78	8	187	35	18	24	21	1.95
22220795--22220839	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
22220918--22220948	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22225131--22225242	39	2.9	39	91	0	179	27	22	23	26	1.99
22225464--22225498	15	2.2	16	90	5	54	37	11	14	37	1.82
22235708--22235805	34	2.9	34	89	0	142	24	23	23	28	2.00
22235795--22235844	18	2.8	18	76	11	57	42	20	16	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22236193--22236252	27	2.2	27	87	0	84	26	18	13	41	1.87
22236205--22236260	27	2.1	27	82	0	67	28	23	12	35	1.91
22236248--22236306	27	2.2	27	84	0	73	22	20	18	38	1.93
22236302--22236530	81	2.8	80	89	1	334	38	17	13	31	1.88
22236301--22236529	27	8.6	27	85	3	293	38	17	13	31	1.87
22238409--22238580	93	1.8	93	92	4	294	28	28	20	22	1.99
22238402--22238577	46	3.8	47	79	14	204	29	28	20	21	1.98
22238410--22238596	46	4.0	44	72	18	132	28	28	20	22	1.98
22240019--22240256	125	1.9	125	92	0	395	40	21	21	16	1.91
22242812--22242867	18	3.1	18	67	10	51	39	16	19	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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