genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27981760--27981849	27	3.2	27	82	7	110	31	23	25	20	1.98
27987584--27987678	34	2.8	33	80	4	100	26	24	29	20	1.99
27990310--27990336	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
27991451--27991575	44	2.9	43	77	3	135	25	17	25	31	1.97
27997782--27997991	40	5.3	40	89	3	264	25	28	23	22	1.99
28015780--28015808	13	2.1	14	93	6	51	44	13	3	37	1.61
28021155--28021201	24	1.9	25	82	4	60	38	4	23	34	1.74
28023288--28023353	33	2.0	33	100	0	132	21	24	24	30	1.99
28030142--28030186	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
28035289--28035377	29	3.1	29	83	1	117	29	30	15	24	1.96
28045313--28045388	36	2.1	36	100	0	152	25	0	30	44	1.54
28048012--28048117	43	2.5	43	87	3	160	27	27	16	28	1.97
28054700--28054759	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
28057226--28057272	23	2.0	24	84	12	62	23	8	17	51	1.72
28059187--28059282	44	2.2	42	78	10	113	32	26	16	25	1.96
28067083--28067199	29	4.1	29	74	10	98	24	28	17	29	1.97
28067081--28067195	58	2.0	57	83	5	142	23	29	17	29	1.97
28067410--28067445	16	2.3	15	86	9	54	8	22	16	52	1.70
28069747--28069922	46	3.8	46	74	5	167	21	21	28	28	1.98
28069743--28069913	93	1.8	93	89	2	272	21	21	29	27	1.99
28077396--28077497	29	3.6	30	75	13	99	20	32	18	28	1.96
28077579--28077618	19	2.1	19	90	0	62	20	35	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28078972--28079003	8	4.0	8	100	0	64	12	0	25	62	1.30
28079807--28079963	43	3.7	42	78	9	167	28	27	20	23	1.99
28079807--28079966	86	1.9	84	87	6	232	28	27	20	23	1.99
28087445--28087528	44	1.9	44	100	0	168	35	15	16	32	1.90
28095562--28095611	24	2.1	24	92	0	82	28	22	14	36	1.92
28095688--28095760	9	8.6	9	68	25	52	54	19	1	24	1.52
28095902--28096017	50	2.3	52	85	5	148	40	13	13	31	1.84
28096070--28096110	19	2.2	19	90	0	64	60	4	0	34	1.18
28098031--28098112	36	2.3	36	91	4	130	23	20	14	41	1.89
28098031--28098113	18	4.6	18	85	5	114	22	20	15	40	1.90
28101019--28101050	10	3.2	10	100	0	64	12	21	28	37	1.90
28101841--28101938	34	2.9	34	81	3	110	27	24	22	25	2.00
28102615--28102650	8	4.5	8	89	0	54	11	22	11	55	1.66
28104685--28104891	53	3.8	53	76	3	198	37	18	23	20	1.94
28109281--28109385	40	2.6	40	96	0	192	21	28	21	27	1.99
28109361--28109412	26	2.0	26	96	0	95	21	30	23	25	1.99
28109321--28109451	66	2.0	66	92	0	217	22	27	22	27	1.99
28109387--28109501	40	2.9	40	89	1	187	23	26	23	26	2.00
28109281--28109487	106	2.0	106	93	0	351	23	27	23	26	2.00
28117369--28117619	40	6.3	40	89	3	366	23	26	22	26	2.00
28125954--28126174	99	2.3	92	82	11	245	25	29	19	25	1.98
28125912--28126270	46	7.6	49	76	12	256	24	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28125951--28126219	138	1.9	144	83	6	354	25	29	19	25	1.98
28126004--28126271	94	2.9	91	79	13	280	24	30	19	26	1.98
28125996--28126267	140	1.9	140	81	8	329	23	30	19	26	1.98
28127274--28127305	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
28142038--28142091	21	2.5	22	76	8	58	66	3	24	5	1.29
28144136--28144200	18	3.6	18	87	0	94	41	15	20	23	1.89
28152393--28152492	40	2.5	40	91	1	164	25	23	28	24	2.00
28152465--28152518	26	2.0	27	92	3	92	25	25	31	16	1.97
28152428--28152558	67	2.0	66	89	1	199	28	22	27	22	1.99
28152495--28152625	40	3.3	40	87	3	167	29	22	26	22	1.99
28152393--28152598	107	1.9	106	90	2	324	26	22	27	23	1.99
28160506--28160613	38	2.8	40	81	11	143	26	24	25	24	2.00
28177971--28178056	43	2.0	43	84	8	113	27	26	18	26	1.98
28196486--28196528	18	2.2	20	88	8	63	53	4	2	39	1.34
28198892--28198948	30	1.9	30	92	0	96	33	14	24	28	1.94
28199290--28199543	46	5.4	48	74	11	188	29	20	27	23	1.99
28200321--28200510	55	3.5	55	89	0	272	22	21	31	24	1.98
28203925--28203973	21	2.5	19	80	6	53	65	0	30	4	1.11
28209774--28209900	47	2.7	47	84	4	141	33	28	13	24	1.93
28211549--28211602	5	10.6	5	80	11	65	37	0	3	59	1.15
28212474--28212525	11	4.5	11	81	11	50	57	0	13	28	1.36
28212479--28212519	12	3.5	11	90	6	55	56	0	17	26	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28212750--28212803	24	2.2	24	100	0	108	35	7	25	31	1.84
28215180--28215233	5	10.6	5	80	11	65	38	0	1	59	1.08
28215171--28215232	10	6.6	10	76	14	51	41	1	1	54	1.19
28216101--28216152	11	4.5	11	81	11	50	57	0	13	28	1.36
28216106--28216146	12	3.5	11	90	6	55	56	0	17	26	1.41
28216796--28216887	44	2.1	44	85	4	123	21	18	23	35	1.95
28218291--28218496	27	7.6	27	83	6	186	39	22	9	27	1.85
28218291--28218415	54	2.3	54	92	0	205	40	22	8	28	1.83
28218291--28218443	81	1.9	81	84	2	209	39	22	9	28	1.86
28218543--28218727	27	6.9	27	83	0	235	36	18	20	25	1.95
28218543--28218725	54	3.4	53	93	1	285	36	18	20	24	1.95
28219373--28219453	27	3.0	27	80	8	94	18	20	20	39	1.93
28219570--28219731	6	26.3	6	70	16	100	20	19	12	46	1.82
28219573--28219710	25	5.6	25	83	5	172	21	20	13	45	1.84
28219574--28219729	74	2.2	68	88	6	186	20	19	13	46	1.83
28232422--28232656	50	4.7	50	78	3	224	30	26	18	24	1.98
28238868--28238972	40	2.6	40	84	0	129	21	17	26	34	1.95
28238956--28239043	28	3.1	28	90	0	131	25	12	31	30	1.92
28254750--28254795	23	2.0	23	95	0	83	45	15	4	34	1.66
28255743--28255781	20	1.9	21	85	15	55	51	12	12	23	1.74
28257879--28257966	45	2.0	45	83	0	113	23	21	9	45	1.80
28259253--28259305	25	2.2	24	82	3	61	24	28	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28265971--28266016	17	2.5	19	75	13	60	6	13	0	80	0.89
28274131--28274184	23	2.3	22	78	12	54	18	38	1	40	1.61
28281008--28281045	13	3.1	12	85	14	51	55	0	13	31	1.38
28285396--28285520	48	2.6	48	87	1	160	27	17	31	24	1.97
28290386--28291075	235	2.9	235	92	1	1127	28	16	17	37	1.92
28298949--28299008	31	1.9	31	82	0	75	45	13	5	36	1.65
28299064--28299113	26	1.9	26	95	0	91	38	4	12	46	1.60
28299160--28299245	31	2.7	30	77	11	82	33	5	1	59	1.29
28301127--28301196	35	2.0	35	100	0	140	34	8	28	28	1.87
28307673--28307698	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
28310504--28310547	19	2.3	19	88	0	61	34	2	15	47	1.58
28311947--28311976	13	2.3	13	94	0	51	46	26	16	10	1.78
28321836--28321959	41	2.9	42	79	7	133	21	16	27	33	1.95
28333104--28333155	24	2.2	24	92	0	86	17	17	19	46	1.85
28336763--28336810	19	2.5	19	76	6	53	47	0	22	29	1.51
28339285--28339359	38	2.0	38	100	0	150	21	10	20	48	1.79
28339287--28339353	22	3.3	22	62	30	58	20	11	22	44	1.84
28351082--28351184	6	16.8	6	78	11	111	48	13	18	19	1.81
28351082--28351184	31	3.4	31	86	4	138	48	13	18	19	1.81
28351324--28351385	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
28351688--28351907	27	8.2	26	81	6	217	39	7	22	30	1.82
28351688--28351925	54	4.4	54	84	0	271	38	7	21	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28351688--28351907	81	2.7	81	85	0	289	39	7	22	30	1.82
28352206--28352426	27	8.2	27	83	0	271	38	7	22	31	1.82
28351464--28352501	519	2.0	518	99	0	2031	37	18	16	27	1.92
28356777--28356820	7	6.7	7	92	7	67	15	27	0	56	1.40
28362112--28362140	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
28368712--28368850	48	2.9	48	86	4	199	29	18	27	24	1.98
28368861--28368978	42	2.8	42	85	0	137	27	15	24	32	1.95
28368899--28369065	90	1.9	90	82	2	210	28	18	26	26	1.98
28376565--28376701	48	2.8	49	82	3	161	26	16	31	26	1.96
28378761--28378938	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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