genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19683710--19683747	20	2.0	20	84	5	51	47	21	7	23	1.77
19687456--19687679	108	2.1	109	83	2	290	21	25	29	24	1.99
19696046--19696263	40	5.5	40	81	2	253	26	27	22	23	1.99
19704076--19704316	40	6.2	40	80	6	280	26	26	21	25	2.00
19704076--19704323	79	3.2	77	85	4	300	26	26	21	26	1.99
19722280--19722318	21	1.9	20	89	5	60	30	7	35	25	1.84
19729404--19729651	50	4.9	50	81	1	289	26	17	25	29	1.98
19729409--19729590	101	1.8	101	88	0	283	26	18	25	29	1.98
19744725--19744865	43	3.3	42	79	5	124	31	22	16	29	1.96
19744768--19744871	43	2.4	43	82	4	131	33	24	14	27	1.94
19750927--19751104	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
19750928--19751083	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
19750924--19751104	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
19755815--19755851	16	2.3	16	95	0	65	48	13	24	13	1.78
19756067--19756178	28	4.0	28	79	9	120	31	10	30	27	1.90
19758945--19759019	37	2.0	37	87	5	107	40	25	13	21	1.89
19761024--19761055	15	2.1	15	94	0	55	53	3	37	6	1.42
19763888--19763927	20	2.0	21	85	14	57	17	12	2	67	1.33
19769567--19769653	41	2.1	42	87	6	124	34	10	0	55	1.34
19776905--19776947	22	2.0	22	85	0	59	30	23	30	16	1.96
19782516--19782631	43	2.7	43	79	1	135	23	17	28	31	1.97
19794460--19794488	15	1.9	15	100	0	58	44	6	13	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19796890--19797074	40	4.7	40	79	4	169	24	21	27	27	1.99
19796943--19797056	39	2.9	39	85	3	158	24	21	28	26	1.99
19813097--19813132	6	6.0	6	93	0	54	38	27	0	33	1.57
19813140--19813184	20	2.2	20	84	4	54	8	26	0	64	1.23
19813995--19814049	17	3.5	17	69	23	57	10	9	3	76	1.13
19814011--19814065	12	4.1	13	73	17	58	9	12	1	76	1.10
19813994--19814060	29	2.3	30	94	2	118	8	8	2	79	1.04
19814105--19814150	13	3.5	13	81	0	65	17	2	4	76	1.06
19814105--19814161	13	4.7	12	79	10	53	17	1	3	77	1.00
19819542--19819589	15	3.3	14	80	8	60	4	18	0	77	0.93
19819542--19819600	21	2.8	21	87	5	75	6	22	0	71	1.09
19820587--19820646	12	5.2	12	80	15	56	8	11	6	73	1.25
19820614--19820653	11	3.1	14	83	16	52	12	5	7	75	1.18
19824106--19824152	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
19825686--19825730	22	2.0	22	82	0	54	80	2	13	4	0.97
19826751--19826855	48	2.2	47	85	10	133	59	1	24	14	1.46
19828527--19828573	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
19829399--19829445	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
19831535--19831620	18	4.6	18	74	8	73	69	2	22	5	1.21
19832606--19832649	23	2.0	21	86	8	61	27	4	18	50	1.66
19834069--19834146	28	2.8	28	80	5	86	30	10	28	30	1.90
19836576--19836636	10	6.1	10	74	12	54	32	11	24	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19836577--19836637	20	3.0	20	81	9	70	32	11	26	29	1.91
19853224--19853277	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
19853224--19853297	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
19853224--19853288	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
19854897--19854938	12	3.3	12	87	9	57	71	4	2	21	1.16
19856009--19856116	6	17.7	6	67	10	58	71	2	18	7	1.22
19855996--19856071	18	4.1	18	74	5	62	71	3	17	7	1.26
19856077--19856114	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
19855995--19856114	12	10.0	12	68	16	61	70	2	18	9	1.26
19856078--19856128	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
19856030--19856134	27	3.8	27	70	14	79	69	1	19	9	1.25
19856131--19856193	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
19857970--19858023	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
19857970--19858043	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
19857970--19858034	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
19860137--19860233	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
19863199--19863223	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
19864548--19864591	21	2.0	22	86	4	63	25	6	34	34	1.82
19867602--19867635	15	2.3	15	90	10	52	5	11	0	82	0.83
19871720--19871766	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
19872975--19873008	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
19873091--19873122	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19874041--19874170	12	9.2	13	72	17	52	13	9	5	71	1.28
19874065--19874102	16	2.4	16	86	4	51	7	13	7	71	1.31
19874079--19874170	44	2.2	43	84	11	120	14	6	4	75	1.16
19874041--19874159	28	4.1	29	76	10	95	14	10	5	70	1.31
19874136--19874171	11	3.0	12	88	11	56	13	0	8	77	0.98
19875658--19875704	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
19876807--19876850	21	2.0	22	86	4	63	25	6	34	34	1.82
19877887--19877919	6	5.7	6	89	3	50	12	18	0	69	1.18
19877884--19877928	18	2.5	18	81	0	54	11	17	2	68	1.29
19877922--19877953	12	2.7	12	95	0	55	28	12	12	46	1.78
19877999--19878057	5	11.4	5	76	20	59	3	16	1	77	0.98
19878000--19878057	16	3.8	14	82	15	62	3	17	1	77	0.99
19877999--19878068	21	3.3	21	77	15	65	2	17	2	77	1.02
19880674--19880770	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
19882834--19882870	12	3.1	12	96	0	65	13	24	0	62	1.31
19885031--19885127	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
19887776--19887846	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
19887786--19887835	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
19887896--19887926	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
19890107--19890203	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
19896316--19896370	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
19898131--19898185	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19907274--19907331	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
19907274--19907334	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
19912357--19912392	12	3.1	12	92	4	56	0	13	5	80	0.88
19913426--19913491	32	2.1	30	83	13	80	4	15	3	77	1.06
19913483--19913543	13	4.5	13	72	23	54	16	4	4	73	1.18
19915549--19915580	11	2.6	13	90	9	50	9	6	6	78	1.10
19922205--19922258	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
19922205--19922278	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
19922205--19922269	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
19923877--19923947	12	5.7	12	78	14	72	73	4	7	15	1.21
19923886--19923946	28	2.2	28	84	0	77	73	3	8	14	1.19
19923877--19924007	40	3.2	39	78	15	113	70	4	10	13	1.29
19924995--19925131	12	11.4	12	69	17	54	68	2	19	8	1.29
19925031--19925134	18	5.6	18	75	5	82	70	3	18	7	1.27
19925027--19925134	6	17.7	6	70	6	74	70	3	18	7	1.26
19925095--19925132	13	2.8	13	82	17	51	71	0	18	10	1.14
19925096--19925146	21	2.4	21	74	6	50	72	1	17	7	1.18
19925149--19925211	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
19926989--19927042	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
19926989--19927059	30	2.4	30	86	9	92	22	19	18	39	1.92
19926989--19927053	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
19929638--19929669	12	2.6	12	95	5	55	65	3	6	25	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19931030--19931082	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
19933427--19933458	12	2.6	12	95	5	55	65	3	6	25	1.31
19936762--19936856	30	3.2	29	75	8	84	29	15	25	29	1.96
19937055--19937089	17	2.1	16	89	5	52	5	14	5	74	1.19
19938076--19938109	9	3.7	9	92	4	50	14	0	0	85	0.60
19940477--19940533	26	2.2	26	83	0	78	28	17	19	35	1.94
19941050--19941146	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
19942237--19942283	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
19944216--19944312	30	3.2	30	68	8	81	28	27	14	28	1.95
19944821--19944917	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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