genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23972524--23972634	7	16.0	7	70	5	64	40	35	1	22	1.65
23972537--23972593	21	2.8	21	97	2	107	43	28	3	24	1.70
23972514--23972569	14	4.1	14	76	4	60	42	30	3	23	1.71
23972594--23972635	13	3.0	14	86	10	59	33	47	0	19	1.49
23972609--23972687	21	3.7	21	73	8	52	45	35	1	17	1.57
23972642--23972752	7	15.6	7	69	10	64	47	27	2	22	1.64
23972647--23972751	22	4.9	20	75	7	75	46	27	2	22	1.66
23973034--23973118	40	2.1	40	86	0	116	29	24	20	25	1.99
23973320--23973470	40	3.8	39	82	5	149	27	21	22	28	1.99
23973007--23973429	155	2.7	151	79	9	462	27	21	21	29	1.99
23973320--23973467	80	1.9	80	81	5	183	27	21	22	28	1.99
23981272--23981318	21	2.2	22	85	11	62	57	14	4	23	1.55
23981282--23981349	31	2.2	32	94	5	129	60	16	2	20	1.48
23981280--23981324	21	2.0	22	83	8	56	60	15	4	20	1.52
23982452--23982590	47	3.0	47	90	2	208	37	21	10	30	1.88
23983636--23983667	13	2.3	15	89	10	50	68	0	25	6	1.12
23985175--23985211	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
23986271--23986328	24	2.4	24	94	0	98	50	5	15	29	1.66
23986881--23986928	20	2.3	21	92	7	89	25	31	8	35	1.85
24005248--24005285	18	2.1	19	85	5	51	60	7	7	23	1.51
24018324--24018371	23	2.1	22	84	3	60	52	4	0	43	1.20
24020824--24020848	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24025467--24025524	21	2.8	21	84	7	66	17	8	15	58	1.61
24025411--24025594	102	1.8	102	87	2	280	23	8	19	48	1.76
24046855--24046900	24	2.0	24	91	8	78	34	17	28	19	1.94
24057993--24058168	46	3.8	46	76	11	189	22	21	27	28	1.99
24057989--24058160	93	1.8	93	91	2	283	22	21	28	27	1.99
24061095--24061174	15	5.4	15	75	12	76	10	17	13	58	1.62
24063560--24063735	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
24063556--24063727	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
24066047--24066266	40	5.6	40	80	4	232	25	25	22	25	2.00
24068901--24068976	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
24070165--24070309	40	3.6	39	80	6	155	26	24	24	24	2.00
24076966--24077041	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
24078234--24078378	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
24080350--24080395	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
24085818--24085946	46	2.8	46	85	1	168	22	23	23	31	1.99
24087446--24087668	79	2.8	79	84	9	269	24	27	22	25	2.00
24087446--24087668	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
24100251--24100289	18	2.2	18	86	9	53	38	10	10	41	1.73
24103387--24103432	19	2.4	20	75	7	51	45	0	4	50	1.21
24103918--24103966	17	3.1	17	71	11	50	44	0	0	55	0.99
24104139--24104173	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
24105875--24105910	16	2.2	16	90	9	56	0	11	2	86	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24108170--24108406	39	6.1	39	91	0	384	21	24	29	24	1.99
24111709--24111826	44	2.8	42	78	10	130	32	27	16	22	1.96
24111835--24111994	79	2.0	80	93	1	277	22	20	17	39	1.92
24116828--24117002	40	4.4	40	93	0	296	31	30	17	21	1.96
24119542--24119731	40	4.8	40	90	1	247	25	22	28	24	1.99
24119542--24119751	80	2.6	80	86	3	280	24	21	28	25	1.99
24124595--24124820	39	5.7	39	83	3	202	21	24	26	27	1.99
24124626--24124808	78	2.3	79	82	3	226	21	23	27	27	1.99
24130912--24131076	43	3.9	42	78	7	127	30	26	17	24	1.97
24135399--24135477	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24135595--24136031	47	9.1	47	86	7	522	27	29	10	33	1.89
24135732--24135893	57	3.0	57	81	17	245	27	28	11	32	1.92
24135684--24136031	104	3.5	103	84	13	482	28	28	10	32	1.89
24135652--24136031	151	2.6	137	88	7	517	28	28	9	32	1.88
24150097--24150286	40	4.8	40	90	1	247	25	22	28	24	1.99
24150097--24150306	80	2.6	80	86	3	280	24	21	28	25	1.99
24161147--24161311	43	3.9	42	78	7	127	30	26	17	24	1.97
24165610--24165688	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24165806--24166246	47	9.1	47	88	5	549	27	29	10	33	1.89
24165895--24166246	104	3.5	103	86	10	509	28	28	10	32	1.90
24165863--24166246	151	2.6	141	89	5	552	28	29	9	32	1.89
24165805--24166246	198	2.3	194	87	4	636	27	29	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24169883--24169981	40	2.5	40	79	9	112	22	28	24	25	1.99
24170291--24170369	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
24170351--24170496	43	3.4	43	97	0	274	26	34	15	23	1.95
24172345--24172423	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24172598--24173065	47	9.9	47	95	0	774	29	29	8	32	1.88
24172541--24173065	141	3.7	141	91	1	789	28	29	9	32	1.88
24176205--24176243	18	2.2	18	100	0	78	33	25	12	28	1.93
24176729--24176828	51	2.0	51	84	7	132	37	24	15	24	1.93
24176790--24176873	43	2.0	43	87	0	123	28	29	17	23	1.97
24187747--24187771	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
24193204--24193237	14	2.4	14	100	0	68	38	8	23	29	1.85
24208799--24209128	54	6.1	54	87	1	419	25	16	18	39	1.92
24208826--24209182	27	13.2	27	84	3	362	26	15	18	39	1.90
24209057--24209211	27	5.7	28	81	10	126	27	9	20	41	1.83
24211069--24211129	21	2.9	21	78	9	63	16	39	26	18	1.91
24214133--24214354	39	5.6	40	79	6	175	24	27	21	27	1.99
24214131--24214354	79	2.8	76	79	10	227	25	27	20	26	1.99
24214131--24214301	39	4.3	39	81	10	186	24	27	21	26	1.99
24214286--24214363	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24216690--24216849	40	4.0	40	85	4	198	21	21	26	30	1.98
24220224--24220291	24	2.7	26	84	4	95	25	23	17	33	1.96
24227381--24227411	14	2.3	13	94	5	53	16	12	32	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24228506--24228543	19	2.0	19	100	0	76	52	26	5	15	1.64
24230774--24230901	48	2.7	48	85	3	186	30	17	25	25	1.98
24247477--24247541	25	2.6	25	90	2	103	27	21	3	47	1.65
24247713--24247812	42	2.3	43	83	6	123	30	24	19	27	1.98
24254519--24254597	32	2.5	32	91	0	113	27	30	8	32	1.87
24265683--24265903	40	5.6	40	92	2	331	24	22	27	25	2.00
24284067--24284207	69	2.0	69	94	0	246	31	24	14	30	1.94
24288519--24288876	47	7.6	47	93	1	572	32	8	29	28	1.87
24292622--24292675	18	2.9	18	75	5	54	59	3	5	31	1.38
24293509--24293627	29	4.2	29	79	6	136	26	28	14	31	1.95
24293511--24293623	58	2.0	57	87	1	163	24	29	15	30	1.95
24293705--24293741	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
24296017--24296131	29	4.0	29	78	10	112	26	15	29	28	1.96
24301367--24301450	42	2.0	42	95	0	150	34	34	3	27	1.74
24302685--24302724	21	2.0	20	90	5	62	30	0	22	47	1.52
24305396--24305443	20	2.4	20	82	0	69	29	18	29	22	1.98
24307031--24307069	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
24307033--24307136	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
24307087--24307136	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
24307062--24307143	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
24307140--24307236	42	2.3	42	89	1	142	14	22	5	57	1.57
24315530--24315576	24	2.0	24	100	0	94	42	12	4	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24315670--24315759	29	3.2	29	61	12	69	42	14	8	34	1.77
24335035--24335092	29	2.0	29	100	0	116	34	20	13	31	1.92
24336029--24336130	52	2.0	52	86	0	141	29	28	19	22	1.98
24340924--24341098	43	4.1	44	74	14	143	34	25	16	23	1.95
24347648--24347992	50	6.7	50	73	5	278	26	18	25	29	1.98
24347821--24348009	105	1.8	104	85	1	270	24	18	28	28	1.98
24348235--24348264	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
24354616--24354911	50	5.9	50	78	3	263	27	17	25	30	1.97
24354667--24354848	101	1.8	101	85	0	256	28	18	24	28	1.98
24357647--24357724	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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