genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20530570--20530631	31	2.0	32	83	3	81	17	24	22	35	1.95
20534038--20534139	42	2.4	42	100	0	204	26	12	31	29	1.93
20534123--20534221	28	3.5	28	87	4	119	27	16	27	29	1.97
20535705--20535862	80	2.0	80	97	0	298	27	15	18	37	1.92
20542119--20542215	28	3.4	28	85	4	106	27	15	26	29	1.96
20550824--20550949	46	2.7	46	95	0	216	28	28	22	20	1.98
20550826--20550968	46	3.1	45	87	4	137	27	29	21	20	1.98
20555363--20555394	17	1.9	17	93	6	57	50	0	6	43	1.27
20561512--20561654	71	2.0	71	98	0	277	41	9	21	27	1.84
20573571--20573640	34	2.1	34	94	0	122	34	14	27	24	1.94
20578785--20578935	43	3.5	43	76	6	153	31	16	21	30	1.95
20586448--20586618	43	4.0	43	75	7	134	28	15	25	30	1.96
20590952--20591314	46	7.7	49	71	13	192	23	29	20	26	1.99
20590954--20591131	49	3.7	47	75	15	159	24	31	20	23	1.98
20590958--20591133	96	1.8	96	84	8	239	24	31	20	23	1.98
20597154--20597219	30	2.2	30	91	0	105	22	28	13	34	1.92
20597212--20597272	29	2.1	30	81	3	70	18	24	13	44	1.85
20598548--20598670	46	2.7	46	92	0	192	20	20	29	30	1.97
20599975--20600050	30	2.6	30	87	2	109	26	27	10	35	1.89
20601605--20601731	41	3.1	42	83	3	159	36	24	16	22	1.94
20602948--20603023	31	2.4	30	87	12	93	23	22	10	43	1.84
20604710--20604748	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20606210--20606290	39	2.0	40	95	4	146	43	18	6	32	1.75
20607640--20607717	41	1.9	41	89	0	120	32	33	19	15	1.93
20609230--20609669	27	16.3	27	80	6	248	37	20	8	33	1.83
20609379--20609736	54	6.6	54	77	6	287	39	21	8	30	1.84
20609393--20609651	81	3.2	81	87	2	335	42	20	8	28	1.81
20609325--20609708	54	7.1	53	78	8	185	39	20	8	32	1.82
20609663--20609714	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
20609768--20609855	27	3.3	27	88	3	115	36	20	25	18	1.95
20610660--20610834	26	6.8	26	86	0	228	28	21	21	28	1.99
20610660--20610840	52	3.5	52	87	7	264	29	20	20	28	1.98
20610979--20611070	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
20611094--20611172	31	2.5	31	97	0	149	29	18	25	26	1.98
20617323--20617396	38	2.0	37	82	12	89	33	2	20	43	1.66
20620782--20620823	22	1.9	22	95	0	75	14	19	21	45	1.85
20622961--20623424	27	17.2	27	85	4	587	27	22	9	40	1.85
20623429--20623596	27	6.2	27	85	2	194	35	17	19	26	1.94
20623437--20623595	81	2.0	81	85	0	219	35	17	20	26	1.94
20623796--20623878	27	3.1	26	82	5	94	20	21	19	38	1.93
20623966--20624024	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
20624189--20624262	27	2.8	26	81	6	76	17	24	22	35	1.95
20624380--20624571	6	31.8	6	75	16	175	19	16	14	48	1.80
20624380--20624571	30	6.4	30	89	5	289	19	16	14	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20626590--20626659	30	2.3	30	85	0	95	22	30	15	31	1.95
20626653--20626726	30	2.5	31	80	8	91	18	20	10	50	1.77
20626653--20626716	29	2.1	31	85	5	87	15	23	10	50	1.76
20639639--20639668	3	10.0	3	100	0	60	0	33	33	33	1.58
20639613--20639849	24	9.5	24	72	12	158	11	31	27	29	1.91
20639614--20639851	27	9.4	27	74	14	168	10	31	27	30	1.91
20639614--20639849	51	4.7	50	77	9	214	11	31	27	30	1.91
20639615--20639843	78	3.1	76	78	11	224	11	31	27	30	1.91
20655410--20655449	19	2.1	19	100	0	80	37	20	5	37	1.74
20657320--20657357	19	2.0	19	100	0	76	47	26	10	15	1.78
20670102--20670199	49	2.0	49	95	0	178	39	24	10	25	1.86
20682120--20682175	20	2.8	20	80	0	58	39	14	19	26	1.90
20685725--20685902	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	26	1.95
20685746--20685901	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
20689611--20689685	29	2.6	29	91	2	114	30	9	24	36	1.87
20689601--20689801	29	6.9	29	72	8	99	25	11	22	39	1.89
20691053--20691089	18	2.1	18	100	0	74	56	5	0	37	1.22
20693816--20693857	20	2.2	20	84	12	54	19	7	4	69	1.31
20693850--20693903	13	4.2	13	82	0	63	29	3	1	64	1.21
20699141--20699180	20	2.0	20	90	0	62	20	20	15	45	1.86
20700941--20700968	11	2.5	11	100	0	56	7	28	0	64	1.20
20707853--20708006	42	3.6	42	79	6	168	31	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20714361--20714408	20	2.3	20	78	3	51	25	8	2	64	1.32
20718190--20718223	17	2.0	17	94	0	59	17	2	11	67	1.34
20719170--20719233	28	2.3	27	80	17	69	31	4	28	35	1.78
20719177--20719233	28	2.0	28	83	12	73	33	5	28	33	1.79
20724366--20724496	27	4.9	27	88	0	190	29	20	8	41	1.82
20724420--20724802	27	14.1	27	77	10	190	39	19	8	32	1.82
20724400--20724560	54	3.0	54	82	1	162	35	21	8	34	1.83
20724374--20724522	81	1.8	81	80	0	181	32	18	8	40	1.82
20724474--20724750	81	3.4	80	80	7	301	40	20	8	29	1.82
20724488--20724721	54	4.4	52	81	7	254	42	20	7	29	1.80
20724447--20724802	54	6.6	54	77	7	238	40	19	8	31	1.82
20724864--20724951	27	3.3	27	87	3	115	35	19	26	19	1.95
20725755--20725851	26	3.8	26	94	1	162	25	23	23	26	2.00
20725755--20725851	51	1.9	51	93	4	169	25	23	23	26	2.00
20725996--20726087	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
20726111--20726210	31	3.3	31	72	16	109	33	19	22	26	1.97
20726111--20726242	60	2.2	60	97	0	246	34	20	21	24	1.97
20726141--20726239	29	3.3	29	72	10	110	36	21	19	23	1.95
20728768--20728984	79	2.7	78	81	7	249	25	27	21	24	1.99
20728770--20728991	40	5.6	40	84	6	249	25	27	22	24	2.00
20731036--20731216	43	4.2	43	72	8	129	28	20	22	28	1.99
20731036--20731216	85	2.1	85	80	9	190	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20733675--20733737	30	2.1	29	82	11	74	39	0	3	57	1.15
20737297--20737348	18	2.9	18	91	0	86	34	11	13	40	1.81
20737773--20738036	72	3.7	72	88	2	372	26	4	13	55	1.58
20739402--20739442	3	13.7	3	89	0	55	29	4	36	29	1.78
20739796--20739839	19	2.3	19	80	7	54	47	2	0	50	1.13
20740877--20740997	42	2.8	42	93	2	197	19	32	25	23	1.97
20741331--20741441	42	2.6	43	92	2	188	30	32	27	9	1.89
20741434--20741517	38	2.2	38	89	0	123	33	26	19	21	1.97
20748488--20748574	41	2.2	40	93	2	147	64	12	4	18	1.44
20751233--20751522	109	2.7	109	86	1	411	30	22	20	26	1.98
20751545--20751629	40	2.1	40	95	0	152	41	27	16	15	1.88
20754850--20754876	13	2.1	13	100	0	54	14	29	29	25	1.95
20768023--20768129	20	5.3	20	72	2	81	34	19	32	13	1.90
20768023--20768129	40	2.7	40	82	0	124	34	19	32	13	1.90
20768066--20768144	40	2.0	40	89	0	122	35	18	31	13	1.91
20768880--20768917	20	1.9	20	88	0	58	23	7	2	65	1.32
20771020--20771087	21	3.3	21	72	4	66	27	20	33	17	1.95
20771017--20771122	41	2.6	41	87	1	151	32	19	29	18	1.96
20777513--20777555	19	2.4	17	88	7	59	46	0	2	51	1.13
20777888--20777930	6	7.5	6	92	2	54	46	0	4	48	1.22
20778535--20778589	25	2.2	25	90	0	83	54	0	1	43	1.10
20779870--20779930	25	2.5	24	84	7	77	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20779863--20779912	24	2.1	25	88	7	77	56	0	2	42	1.11
20779869--20779920	23	2.2	23	80	10	61	59	0	0	40	0.97
20789277--20789324	21	2.2	21	78	10	53	47	2	12	37	1.53
20793712--20793822	23	4.7	23	83	10	136	34	17	23	25	1.96
20793720--20793822	24	4.5	22	83	12	127	34	17	22	25	1.95
20795302--20795563	48	5.5	48	73	11	193	26	30	17	25	1.98
20795450--20795563	46	2.4	48	85	2	151	22	30	19	27	1.98
20801242--20801281	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
20801252--20801283	13	2.4	14	85	15	50	75	0	6	18	1.01
20812483--20812697	46	4.6	47	81	4	220	25	28	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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