genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74598330--74598395	24	2.7	25	81	9	73	59	4	0	36	1.18
74604455--74604528	36	2.1	36	100	0	148	20	25	13	40	1.89
74604934--74604972	21	1.9	21	89	5	62	66	2	0	30	1.05
74619919--74620139	115	1.9	114	83	8	281	27	20	18	33	1.96
74620243--74620300	27	2.1	27	81	12	66	67	5	3	24	1.27
74620510--74620612	7	14.3	7	73	9	55	26	0	26	47	1.52
74620498--74620642	73	2.0	71	84	7	186	28	0	25	45	1.58
74620672--74620758	37	2.4	37	81	12	117	11	1	41	45	1.47
74621498--74621591	47	2.0	47	100	0	188	23	29	6	40	1.79
74622880--74623342	105	4.4	105	92	1	759	35	5	4	54	1.45
74622879--74623342	209	2.2	210	92	1	779	35	5	4	54	1.45
74623608--74623747	9	16.0	9	73	11	69	47	15	0	36	1.50
74623644--74623747	43	2.4	43	95	0	181	48	14	0	37	1.44
74623653--74623728	34	2.1	37	88	9	113	50	13	0	36	1.42
74631733--74631798	31	2.1	31	88	5	98	16	9	21	53	1.71
74638875--74638907	13	2.6	13	90	4	50	18	3	0	78	0.87
74638967--74639042	39	1.9	40	86	7	111	32	7	5	53	1.52
74645571--74645649	23	3.4	23	67	19	56	43	2	8	45	1.48
74645584--74645653	21	3.2	21	69	23	56	38	1	10	50	1.45
74660310--74660483	46	3.8	46	78	13	203	21	20	28	29	1.98
74660307--74660477	93	1.8	93	93	0	297	21	20	29	28	1.98
74663243--74663411	46	3.7	44	74	12	137	26	18	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74666828--74667001	46	3.8	46	79	10	183	21	20	27	29	1.98
74666825--74666995	93	1.8	93	89	0	270	21	21	28	28	1.98
74676170--74676214	18	2.5	19	86	10	60	48	0	4	46	1.22
74677521--74677562	23	2.0	22	86	13	61	26	0	11	61	1.30
74678555--74678632	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
74678548--74678632	30	2.8	30	92	0	143	45	7	22	24	1.77
74683202--74683309	15	7.2	15	69	12	87	43	8	23	25	1.81
74683195--74683309	30	3.8	30	95	0	194	44	7	23	24	1.79
74686466--74686507	22	1.9	22	85	9	59	38	2	2	57	1.25
74686658--74686797	36	3.9	36	69	20	96	43	0	3	52	1.23
74686755--74686783	8	3.6	8	100	0	58	48	0	0	51	1.00
74688034--74688083	23	2.2	23	82	3	66	60	2	6	32	1.32
74690387--74690444	29	2.0	29	82	3	71	34	1	10	53	1.45
74694619--74694653	16	2.2	16	89	0	52	40	2	0	57	1.14
74699929--74699973	15	3.1	15	77	3	56	60	0	0	40	0.97
74706430--74706464	16	2.2	16	90	10	54	48	5	34	11	1.63
74726287--74727101	86	9.8	87	72	14	517	30	26	16	26	1.96
74726285--74727104	126	6.6	129	88	9	1174	30	26	15	26	1.96
74726285--74727105	382	2.2	367	88	9	1193	30	26	15	26	1.96
74741050--74741092	19	2.3	19	80	19	54	58	4	0	37	1.19
74742097--74742155	23	2.6	23	79	15	61	42	13	6	37	1.71
74757140--74757166	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74759202--74759234	14	2.4	14	95	5	59	57	15	6	21	1.59
74767376--74767432	29	2.0	29	89	6	89	33	47	1	17	1.58
74767395--74767483	37	2.4	37	88	7	135	28	55	1	15	1.48
74767564--74767608	11	4.0	11	82	2	54	31	0	26	42	1.56
74767555--74767607	22	2.4	22	74	3	52	32	0	28	39	1.57
74767929--74767965	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
74767814--74767956	63	2.2	64	82	10	177	25	3	5	65	1.31
74767937--74767967	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
74768417--74768652	126	1.9	126	91	1	393	30	15	15	38	1.89
74771675--74771718	20	2.2	20	87	4	61	50	25	2	22	1.61
74774574--74774649	18	3.9	18	70	18	55	47	19	1	31	1.58
74774592--74774659	23	3.2	23	68	20	74	48	17	2	30	1.62
74774573--74774659	41	2.1	41	97	0	165	47	18	2	32	1.61
74775134--74775175	14	3.1	14	79	6	50	57	7	0	35	1.26
74775793--74775840	22	2.1	22	84	7	60	47	27	2	22	1.62
74778758--74778792	12	2.9	12	91	0	52	17	0	8	74	1.06
74779965--74779997	16	2.0	17	88	5	50	69	3	0	27	1.03
74782762--74783441	342	2.0	337	92	3	1126	27	13	18	40	1.88
74794290--74794346	13	4.6	13	72	18	59	33	1	0	64	1.04
74795902--74795950	19	2.7	18	77	3	53	59	4	2	34	1.28
74795974--74796256	138	2.1	138	97	0	539	44	8	13	34	1.73
74799699--74799732	17	2.0	17	94	0	59	32	0	8	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74801658--74801772	61	1.9	61	89	3	178	28	13	13	43	1.83
74806257--74806289	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
74806289--74806318	2	15.5	2	93	6	53	0	0	50	50	1.00
74816494--74816530	18	2.1	18	90	10	58	43	0	5	51	1.24
74828636--74828701	18	3.8	17	78	20	66	31	0	4	63	1.14
74828636--74828702	9	7.7	9	72	20	54	32	0	4	62	1.15
74832897--74832993	33	2.9	33	89	0	149	21	8	40	29	1.82
74845601--74845651	17	2.9	18	73	21	54	23	9	1	64	1.34
74847903--74847943	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87
74847889--74847938	20	2.4	21	90	6	75	70	2	0	28	0.99
74847906--74847945	20	2.0	20	90	0	62	75	5	0	20	0.99
74849211--74849324	12	9.4	11	68	22	52	58	3	3	34	1.32
74849209--74849278	18	3.9	17	77	18	63	61	1	4	32	1.24
74849221--74849321	23	4.5	22	71	21	61	58	3	2	34	1.32
74849220--74849322	43	2.4	40	75	20	102	58	3	2	34	1.31
74849668--74849794	23	5.4	24	74	23	103	57	3	5	33	1.38
74849715--74849870	24	6.9	24	72	22	92	58	4	2	33	1.31
74849774--74849807	16	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
74849763--74849870	13	8.4	13	69	23	59	58	4	1	35	1.30
74849911--74849975	21	3.2	20	77	10	71	55	6	3	35	1.40
74849962--74849994	3	11.3	3	87	6	50	60	0	0	39	0.97
74866089--74866143	23	2.4	25	79	14	64	23	14	10	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74866794--74866839	24	1.9	24	82	8	58	34	4	8	52	1.52
74870067--74870114	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
74876211--74876393	70	2.6	70	89	0	276	42	15	15	26	1.87
74876879--74876916	17	2.2	18	86	13	53	47	0	2	50	1.15
74877187--74877227	13	3.1	14	86	6	59	39	0	0	60	0.96
74877188--74877227	16	2.5	16	92	8	64	37	0	0	62	0.95
74879629--74879664	18	2.0	18	88	0	54	38	8	0	52	1.32
74879854--74879890	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
74880212--74880248	19	1.9	20	88	5	58	51	5	8	35	1.55
74881736--74881790	25	2.2	25	93	3	94	49	12	0	38	1.41
74885216--74885265	25	2.0	26	84	4	66	30	14	6	50	1.66
74898020--74898075	25	2.2	26	87	9	80	35	0	1	62	1.06
74898020--74898075	26	2.2	25	84	15	71	35	0	1	62	1.06
74898576--74898624	3	16.0	3	82	4	62	40	0	0	59	0.98
74901366--74901391	11	2.4	11	100	0	52	46	19	0	34	1.50
74902154--74902205	22	2.4	22	81	9	54	53	3	3	38	1.37
74905189--74905223	17	2.1	17	88	0	52	28	0	5	65	1.15
74905265--74905339	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
74905311--74905366	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
74905423--74905459	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
74905527--74905562	9	4.0	9	85	0	54	38	0	2	58	1.13
74905528--74905565	18	2.1	18	95	0	67	36	0	2	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74905968--74906023	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
74911823--74911953	30	4.4	30	94	0	226	27	48	3	19	1.66
74911823--74911995	30	5.8	30	88	1	215	26	47	4	21	1.69
74912472--74912603	25	5.5	23	69	13	63	35	3	2	58	1.29
74912549--74912689	25	5.6	25	70	12	74	32	7	3	56	1.43
74912627--74912716	23	3.9	24	75	12	73	33	6	5	54	1.50
74912829--74912887	24	2.3	27	76	23	65	27	3	3	66	1.24
74921440--74921630	74	2.6	74	90	5	289	33	16	20	28	1.95
74921589--74921807	90	2.4	90	84	5	307	30	15	18	35	1.92
74921777--74921909	71	1.9	71	82	3	169	28	17	21	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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