Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  188  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60453705--60453741
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2
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11.1
134
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24
19
26
1.99
60454953--60456446
672
2.2
672
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0
2670
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24
19
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4.5
175
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25
16
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255
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5
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1.00
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1.00
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3.1
13
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41
0
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1.13
60480522--60480561
12
3.2
12
86
6
53
40
0
2
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1.12
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1.8
132
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17
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1.93
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3.0
10
100
0
60
80
0
0
20
0.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60487443--60487481
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2
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0
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0
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131
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281
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17
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1.95
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0
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2.0
32
100
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27
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27
1.98
60496199--60497025
260
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258
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1033
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0
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100
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20
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6
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34
1.66
60508806--60508925
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2.0
61
83
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152
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2.0
77
100
0
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17
35
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20
94
0
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52
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0
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41
1.59
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25
2.0
25
82
14
61
17
5
21
54
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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51
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0
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2.0
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2.0
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2.0
236
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1.66
60553061--60553104
22
2.0
22
95
0
79
61
0
6
31
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60557044--60557420
131
2.9
130
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2
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19
19
34
1.96
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176
1.8
176
85
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448
39
18
17
24
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60565947--60565999
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17.7
3
84
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9
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1
54
1.43
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27
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6
31
1.33
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209
20
20
29
29
1.98
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1.8
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95
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310
20
20
29
28
1.98
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28
2.4
28
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1
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28
1.21
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15
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1.96
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2.0
66
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0
230
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0
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1.00
60610034--60610072
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69
28
2
0
69
1.02
60610030--60610071
19
2.2
19
87
8
59
26
2
0
71
0.98
60610470--60610502
10
3.1
11
86
8
50
54
0
33
12
1.37
60612224--60612336
23
4.8
23
73
12
104
15
29
23
32
1.94
60614665--60614693
15
1.9
15
100
0
58
34
24
13
27
1.93
60623323--60623364
18
2.4
18
84
11
52
9
11
0
78
0.96
60623450--60623493
21
2.1
21
87
8
63
36
0
2
61
1.09
60623471--60623508
13
3.0
13
82
17
53
36
0
2
60
1.11
60623493--60623536
20
2.2
20
92
4
72
45
0
0
54
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60623456--60623536
20
4.3
20
69
24
61
43
0
1
55
1.07
60623527--60623727
70
2.9
70
74
19
215
37
2
4
55
1.36
60623576--60623608
17
1.9
17
88
11
50
42
0
0
57
0.98
60623623--60623676
20
2.7
21
85
5
76
33
0
3
62
1.12
60623592--60623660
30
2.3
30
94
0
120
36
0
2
60
1.11
60623538--60623803
137
2.1
134
81
12
326
37
2
4
56
1.31
60629555--60629633
40
2.0
40
97
0
149
29
17
13
39
1.89
60629880--60629904
13
1.9
13
100
0
50
36
0
0
64
0.94
60629886--60629923
20
1.9
20
88
0
58
28
2
0
68
1.03
60629906--60629966
15
3.9
15
79
12
61
44
1
1
52
1.20
60630224--60630295
19
4.0
19
70
18
64
58
1
0
40
1.07
60630219--60630292
33
2.2
32
83
13
96
55
1
0
43
1.08
60630334--60630414
9
9.6
8
83
12
67
72
4
3
18
1.17
60630334--60630414
4
19.2
4
74
18
67
72
4
3
18
1.17
60634114--60634138
4
6.2
4
100
0
50
0
24
0
76
0.80
60637944--60637990
21
2.2
22
88
3
69
21
36
19
23
1.95
60642768--60642827
12
5.3
11
73
18
52
68
1
0
30
0.99
60642784--60642827
12
3.6
12
82
11
54
65
2
0
31
1.05
60642784--60642833
24
2.0
24
85
11
66
60
2
0
38
1.09
60642794--60642833
12
3.2
12
85
3
53
55
2
0
42
1.13
60647674--60647726
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
60649200--60649283
26
3.2
26
87
0
132
35
23
5
34
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
60649746--60649797
26
2.0
26
81
7
61
76
1
9
11
1.09
60650776--60650808
16
2.1
16
100
0
66
21
6
42
30
1.77
60653184--60653241
30
1.9
30
89
0
89
41
3
24
31
1.71
60653453--60653484
13
2.5
13
94
0
55
31
0
12
56
1.37
60653579--60653819
50
4.7
50
84
5
288
26
23
29
20
1.99
60653579--60653827
100
2.4
103
88
6
355
26
23
29
21
1.99
60660774--60660831
30
1.9
30
89
0
89
41
3
24
31
1.71
60661043--60661074
13
2.5
13
94
0
55
31
0
12
56
1.37
60661169--60661360
50
3.7
49
88
6
240
27
24
28
19
1.99
60661283--60661360
26
3.0
26
61
17
63
28
25
26
19
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259