genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13954873--13955079	40	5.2	40	84	6	242	22	22	28	27	1.99
13969299--13969351	25	2.1	25	100	0	106	41	26	15	16	1.88
13973715--13973774	30	2.0	29	83	3	75	40	3	25	31	1.72
13974239--13974365	68	1.9	68	85	6	177	32	15	27	24	1.96
13975986--13976170	40	4.6	39	83	5	203	25	22	25	25	2.00
13975986--13976170	79	2.3	81	83	7	227	25	22	25	25	2.00
13976039--13976203	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
13978106--13978132	12	2.2	12	100	0	54	33	7	14	44	1.73
13980267--13980291	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13980853--13980898	19	2.4	19	96	0	83	30	10	17	41	1.84
13989906--13989943	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13990164--13990338	46	3.8	45	78	13	212	30	27	19	22	1.98
13990172--13990342	93	1.8	93	94	2	308	29	27	19	22	1.98
13990762--13990821	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
13992862--13992895	16	2.1	16	88	0	50	23	5	5	64	1.38
13993133--13993231	51	1.9	51	81	4	119	38	5	31	25	1.77
13993259--13993311	27	2.0	27	92	0	88	28	15	49	7	1.71
13993466--13993500	18	2.0	18	88	5	54	37	2	2	57	1.29
13994712--13994744	12	2.8	12	95	0	57	42	9	24	24	1.83
13998043--13998072	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
14000536--14000610	27	2.8	26	91	4	96	32	26	13	28	1.94
14000536--14000633	28	3.5	28	90	5	137	31	26	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14007831--14007899	27	2.5	27	95	2	120	31	28	13	26	1.93
14010005--14010065	24	2.5	24	89	0	86	29	26	16	27	1.97
14010024--14010087	24	2.7	24	82	0	74	29	29	17	23	1.97
14013151--14013188	16	2.4	16	100	0	76	39	10	10	39	1.74
14021772--14021829	24	2.4	23	83	8	71	27	3	17	51	1.61
14022596--14022639	16	2.5	18	85	10	56	45	2	0	52	1.13
14023200--14023250	25	2.0	24	85	11	66	52	3	1	41	1.31
14029419--14029638	113	2.0	112	81	4	264	33	10	20	35	1.88
14048047--14048089	18	2.4	18	88	0	59	30	4	37	27	1.77
14048278--14048340	32	2.0	32	100	0	126	44	7	19	28	1.78
14051002--14051046	18	2.5	19	78	10	58	57	2	24	15	1.49
14054515--14054551	5	7.4	5	100	0	74	21	0	0	78	0.75
14066022--14066075	23	2.2	24	83	6	65	27	25	14	31	1.95
14069220--14069259	18	2.2	19	86	4	55	7	10	27	55	1.60
14070890--14070932	22	2.0	21	82	13	52	76	4	6	11	1.13
14072427--14072455	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
14072628--14072657	15	1.9	16	93	6	53	43	0	3	53	1.17
14072891--14072920	7	4.3	7	91	0	51	20	0	0	80	0.72
14074685--14074710	7	3.7	7	100	0	52	26	57	0	15	1.38
14083931--14084915	408	2.4	408	93	0	1675	33	15	14	35	1.89
14087098--14087161	31	2.1	31	93	0	110	31	21	21	25	1.98
14100467--14100530	30	2.2	29	94	2	110	25	18	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14102537--14102782	49	5.0	49	81	3	285	29	27	17	24	1.98
14113748--14114106	27	13.6	26	79	10	153	37	20	8	33	1.82
14113844--14113972	54	2.4	54	96	0	240	29	23	7	39	1.82
14113844--14114042	54	3.7	53	82	2	218	34	21	7	37	1.80
14113844--14114044	81	2.5	81	85	1	251	34	21	6	36	1.80
14113859--14114106	54	4.6	54	85	1	201	35	22	7	34	1.83
14113894--14114106	81	2.6	81	79	0	210	37	21	7	34	1.80
14113915--14114108	27	7.1	27	82	3	158	37	22	7	33	1.81
14114064--14114233	27	6.3	27	85	2	164	37	20	17	25	1.93
14114010--14114187	54	3.3	52	79	7	151	40	20	12	26	1.88
14113981--14114231	81	3.1	81	77	7	226	39	19	14	27	1.90
14117797--14117860	27	2.2	29	89	8	96	15	25	31	28	1.96
14118350--14118394	18	2.4	18	85	7	54	40	8	17	33	1.81
14123615--14123654	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
14127192--14127228	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
14128989--14129093	50	2.1	50	96	1	194	31	7	20	40	1.81
14143896--14143966	35	2.0	36	97	2	135	38	11	14	36	1.81
14143888--14143978	19	4.9	19	90	8	152	37	12	15	35	1.84
14144260--14144294	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
14148607--14148745	75	1.9	75	98	0	269	33	11	17	38	1.85
14153428--14153589	89	1.8	87	82	2	207	30	18	22	27	1.97
14153349--14153899	219	2.5	220	94	0	969	33	19	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14153841--14154291	78	5.8	78	89	2	672	32	19	23	24	1.97
14153841--14154291	156	2.9	156	93	2	746	32	19	23	24	1.97
14154231--14154454	44	5.0	45	76	10	217	31	16	27	24	1.97
14154807--14154861	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
14154807--14154884	18	3.8	22	86	10	80	35	8	16	38	1.80
14155149--14155185	18	2.1	17	90	5	56	32	0	0	67	0.91
14166721--14166846	41	3.0	44	78	13	147	30	26	16	25	1.97
14172278--14172318	20	2.0	21	85	4	57	43	12	7	36	1.70
14174402--14174441	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
14178338--14178496	46	3.2	47	79	8	149	29	28	16	25	1.97
14178533--14178626	31	3.0	31	90	6	154	23	24	22	29	1.99
14182736--14182793	26	2.2	27	84	3	73	20	22	20	36	1.95
14189269--14189327	20	2.9	19	85	5	73	37	20	28	13	1.91
14189248--14189327	40	2.0	40	85	0	106	35	20	31	13	1.91
14195608--14195766	35	4.5	35	79	0	174	30	8	18	42	1.80
14198043--14198101	30	2.0	29	86	3	82	30	25	6	37	1.82
14224180--14224364	40	4.7	40	82	7	200	24	22	27	25	2.00
14224180--14224336	79	2.0	80	85	6	212	24	22	28	25	2.00
14224233--14224396	79	2.1	78	81	5	188	25	20	27	26	1.99
14233264--14233324	13	4.6	13	75	16	63	21	3	1	73	1.06
14233234--14233327	48	2.0	48	85	4	127	21	6	1	71	1.15
14234900--14234953	24	2.2	25	87	9	76	25	5	3	64	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14234900--14234953	25	2.2	24	83	9	65	25	5	3	64	1.32
14245620--14245788	46	3.6	45	80	10	155	27	17	30	24	1.97
14248557--14248723	46	3.6	46	76	13	189	28	28	20	21	1.98
14248556--14248727	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
14252854--14252958	39	2.7	39	96	0	192	30	21	24	22	1.99
14254286--14254489	53	3.8	53	76	3	194	37	18	23	20	1.94
14255749--14255868	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
14257326--14257971	47	13.6	47	91	3	917	33	9	28	28	1.88
14257326--14257971	96	6.8	94	91	3	917	33	9	28	28	1.88
14274429--14274473	24	1.9	23	86	13	65	8	22	0	68	1.16
14289714--14289754	21	1.9	22	85	14	59	41	9	2	46	1.50
14296935--14297146	40	5.3	40	86	3	232	24	20	26	28	1.99
14305106--14305316	40	5.3	40	88	4	230	23	20	27	28	1.99
14310049--14310219	46	3.7	47	78	9	172	27	19	28	24	1.99
14320436--14320504	35	2.0	35	85	5	95	30	1	5	62	1.27
14321860--14321891	17	1.9	16	93	6	55	59	6	3	31	1.38
14322243--14322272	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
14323933--14324083	43	3.5	42	86	7	180	23	21	30	24	1.99
14325976--14326027	26	2.0	26	92	0	86	30	26	28	13	1.94
14334001--14334052	26	2.0	26	92	0	86	34	23	28	13	1.92
14341104--14341177	28	2.6	28	89	4	105	31	24	20	24	1.98
14342633--14342670	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14342900--14343070	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
14342895--14343067	46	3.7	46	79	10	199	30	27	20	21	1.98
14343491--14343550	30	2.0	30	86	0	84	33	23	5	38	1.76
14346427--14346609	87	2.1	88	86	4	262	31	20	12	35	1.90
14349057--14349096	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
14357827--14357958	39	3.4	39	91	0	183	26	19	28	25	1.99
14359772--14359948	27	6.5	27	79	6	142	28	29	15	27	1.96
14359798--14359948	82	1.9	81	85	4	214	27	29	15	27	1.96
14364748--14364782	16	2.2	16	94	0	61	42	11	28	17	1.83
14368037--14368084	24	2.0	24	84	8	62	6	18	2	72	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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