genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18844828--18844952	27	4.6	27	79	7	121	28	7	21	43	1.79
18844984--18845053	27	2.6	27	84	8	106	37	7	28	27	1.83
18844974--18845100	54	2.4	53	77	9	130	34	9	25	30	1.88
18847532--18847652	42	2.8	43	74	7	104	28	17	24	29	1.97
18853510--18853558	24	2.0	24	84	0	62	30	20	12	36	1.89
18860288--18860452	40	4.2	39	83	5	190	26	27	21	25	1.99
18868555--18868799	40	6.2	40	88	3	309	26	28	21	24	1.99
18880052--18880173	44	2.6	47	83	10	146	27	31	21	20	1.98
18880587--18880711	48	2.6	48	83	5	157	23	27	20	28	1.99
18884130--18884754	47	13.2	47	95	1	1097	32	8	30	28	1.87
18884130--18884754	143	4.4	142	95	1	1094	32	8	30	28	1.87
18884873--18884951	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
18887434--18887578	42	3.4	42	74	12	136	31	25	17	24	1.97
18891319--18891384	31	2.1	31	97	0	123	13	22	39	24	1.90
18892492--18892613	43	2.9	42	79	7	138	27	22	17	31	1.96
18892930--18892975	16	2.9	16	96	0	83	43	6	10	39	1.66
18915413--18915532	43	2.8	42	78	9	145	30	20	17	31	1.96
18918157--18918198	21	2.0	20	82	13	50	45	14	7	33	1.72
18919041--18919084	22	2.0	22	86	8	63	54	4	2	38	1.33
18920215--18920340	53	2.4	53	89	2	182	22	25	13	38	1.90
18920217--18920340	26	4.7	26	74	3	122	21	25	13	39	1.90
18925367--18925418	26	2.0	27	88	3	79	19	5	21	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18926375--18926431	28	2.0	28	100	0	114	28	33	7	31	1.84
18931141--18931210	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
18936432--18936513	30	2.7	30	94	0	137	30	19	14	35	1.92
18947623--18947680	24	2.5	22	81	13	71	15	8	1	74	1.14
18961484--18961587	23	4.4	23	75	12	79	28	21	24	25	1.99
18961506--18961576	22	3.2	21	78	7	70	30	19	23	25	1.98
18965524--18965672	42	3.5	43	75	9	135	29	26	17	26	1.97
18973891--18974130	99	2.4	100	84	2	313	23	18	28	29	1.98
18973898--18974122	49	4.5	49	87	2	297	24	17	28	29	1.97
18977638--18977811	46	3.7	46	79	9	167	24	30	18	26	1.98
18989276--18989311	17	2.1	17	100	0	72	36	16	5	41	1.72
18997899--18997963	28	2.3	28	89	0	103	23	41	16	18	1.90
19003343--19003386	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
19009799--19010025	40	5.7	40	95	0	409	22	27	19	29	1.98
19025365--19025627	40	6.6	40	86	3	307	24	20	27	26	1.99
19025404--19025662	80	3.3	80	83	4	240	25	20	27	25	1.99
19032790--19033052	40	6.6	40	87	3	316	24	20	27	26	1.99
19032829--19033087	80	3.3	80	84	4	249	25	20	27	25	1.99
19040897--19041331	219	2.0	219	99	0	852	41	17	18	23	1.90
19045796--19045900	23	4.6	23	78	8	115	35	19	21	23	1.96
19045794--19045908	45	2.5	46	84	8	146	33	19	22	24	1.97
19046530--19046572	21	2.0	21	86	0	59	46	20	0	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19060214--19060265	22	2.4	21	79	14	61	19	1	1	76	0.97
19068868--19068912	22	2.0	22	95	0	81	22	20	17	40	1.92
19069058--19069092	18	1.9	18	88	0	52	25	28	17	28	1.97
19072737--19072848	45	2.5	45	89	1	172	30	18	10	40	1.85
19075075--19075182	26	4.2	26	93	0	189	30	6	25	37	1.81
19079265--19079347	40	2.1	40	86	4	114	25	14	26	33	1.94
19080511--19080608	43	2.3	43	81	0	124	16	19	35	28	1.93
19086603--19086681	28	2.9	27	79	7	97	39	25	21	13	1.90
19091498--19091628	49	2.7	49	77	2	147	31	20	27	20	1.98
19095459--19095635	48	3.7	48	81	1	221	29	24	18	27	1.98
19095459--19095635	96	1.8	96	86	2	257	29	24	18	27	1.98
19121287--19121407	43	2.8	42	86	7	154	31	23	17	28	1.97
19125342--19125443	50	2.0	50	84	0	132	41	21	7	29	1.81
19129495--19129617	44	2.8	44	80	10	142	26	30	18	25	1.98
19132490--19132742	68	3.9	64	77	10	219	30	15	28	24	1.96
19139181--19139290	55	2.0	55	85	3	150	26	31	20	21	1.98
19140191--19140508	47	6.7	47	75	12	249	23	30	19	26	1.98
19140191--19140508	141	2.2	140	80	5	345	23	30	19	26	1.98
19160100--19160284	40	4.6	39	82	5	194	24	22	27	24	2.00
19160100--19160282	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	24	2.00
19160153--19160317	79	2.1	79	80	6	183	26	21	27	24	1.99
19168082--19168306	40	5.7	40	84	5	251	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19171898--19171981	42	2.0	42	95	0	150	29	16	21	32	1.95
19173780--19173858	29	2.7	28	84	7	104	18	18	29	32	1.96
19181708--19181742	16	2.2	16	100	0	70	25	22	11	40	1.88
19181714--19181761	16	2.9	16	87	3	60	29	22	14	33	1.94
19182810--19182865	28	2.0	28	100	0	112	35	0	17	46	1.49
19183901--19183938	20	1.9	20	88	0	58	36	2	5	55	1.37
19187780--19187857	35	2.4	33	85	10	99	20	1	10	67	1.27
19187797--19187867	35	2.1	34	92	7	119	16	0	14	69	1.20
19189758--19189870	43	2.6	42	78	6	111	29	25	18	26	1.98
19190175--19190416	119	2.0	120	97	0	459	31	21	4	41	1.75
19193529--19193644	47	2.4	48	79	1	144	33	30	14	21	1.93
19195476--19195510	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
19196714--19196804	47	1.9	47	86	4	130	54	9	5	29	1.55
19199533--19199680	40	3.7	40	92	0	233	34	27	16	20	1.95
19201012--19201079	30	2.3	30	100	0	136	27	33	20	17	1.95
19205331--19205508	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19205352--19205507	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19219906--19219930	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
19220160--19220209	15	3.3	15	72	10	57	42	12	2	44	1.53
19220148--19220209	30	2.1	30	96	0	115	43	12	3	40	1.59
19221528--19221643	31	3.8	31	89	1	171	23	25	17	34	1.96
19221850--19221958	26	4.3	26	90	5	138	23	22	24	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19221836--19221958	26	4.9	24	88	6	131	24	22	25	27	2.00
19222091--19222138	25	1.9	25	86	0	69	29	12	22	35	1.91
19224204--19224351	43	3.5	42	71	11	115	31	26	15	27	1.96
19224874--19224903	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
19228427--19228591	46	3.6	45	76	11	154	30	20	26	23	1.98
19228563--19228762	49	4.2	49	67	12	130	30	20	24	25	1.99
19235976--19236000	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
19237652--19237796	72	2.0	72	98	0	281	35	11	17	35	1.86
19241230--19241381	57	2.6	58	77	6	157	27	19	21	32	1.97
19254200--19254228	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
19255409--19255433	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
19262498--19262581	19	4.3	20	75	15	68	21	8	2	67	1.28
19262493--19262572	40	2.0	40	80	9	92	22	10	1	66	1.29
19274620--19274764	40	3.6	40	84	4	175	24	26	23	25	2.00
19275953--19276028	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
19294644--19294861	40	5.5	40	89	4	318	22	23	28	24	1.99
19294640--19294861	80	2.8	80	91	3	351	23	22	28	24	2.00
19299229--19299290	30	2.1	30	84	0	79	32	17	6	43	1.75
19304788--19304956	48	3.6	47	76	4	162	28	21	26	22	1.99
19316035--19316078	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
19324316--19324437	49	2.5	49	90	4	183	28	22	28	20	1.98
19327371--19327406	7	5.0	7	96	3	63	72	0	27	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19329879--19329936	30	1.9	30	89	0	89	29	25	5	39	1.77
19338852--19338971	43	2.8	42	81	7	152	28	24	15	31	1.96
19363024--19363057	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
19363059--19363098	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
19363614--19363665	26	2.0	26	81	7	61	34	3	17	44	1.67
19365546--19365718	46	3.7	46	75	14	185	21	20	27	29	1.98
19365543--19365713	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.98
19368680--19368735	15	3.7	15	83	7	78	12	17	10	58	1.61
19371136--19371308	46	3.7	46	79	7	215	21	21	27	29	1.99
19371133--19371303	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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