genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73422381--73422443	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
73426379--73426416	18	2.3	16	83	16	51	34	7	7	50	1.61
73430032--73430083	20	2.5	20	84	3	77	48	11	13	26	1.77
73430907--73430961	20	2.7	20	81	16	67	40	1	1	56	1.21
73430853--73430942	38	2.5	35	74	13	85	36	2	2	58	1.22
73430898--73430964	26	2.6	26	79	9	66	37	1	1	59	1.16
73431242--73431279	13	2.8	14	84	4	51	76	0	7	15	1.01
73431655--73431697	22	2.0	22	100	0	86	32	0	32	34	1.58
73432359--73432455	45	2.2	45	88	3	142	21	16	20	41	1.90
73432439--73432473	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
73433176--73433205	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
73434093--73434131	21	1.9	21	84	5	53	30	25	5	38	1.78
73435926--73435982	26	2.2	26	100	0	114	26	3	10	59	1.46
73446305--73446414	34	3.2	34	82	0	139	48	14	10	26	1.77
73446382--73446495	55	2.1	55	89	0	174	50	13	7	28	1.68
73446520--73446656	55	2.5	55	79	0	148	51	15	5	27	1.66
73450011--73450041	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
73450028--73450096	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
73450060--73450137	30	2.6	32	76	19	78	53	7	0	38	1.30
73461123--73461251	37	3.5	37	95	0	231	25	20	17	36	1.94
73461215--73461483	46	5.6	46	84	10	331	28	21	14	35	1.93
73461258--73461469	52	4.2	52	85	7	292	28	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73461215--73461483	98	2.7	98	92	0	448	28	21	14	35	1.93
73464606--73464751	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
73466004--73466149	37	4.0	37	91	1	233	24	22	16	36	1.94
73466113--73466381	46	5.6	46	82	11	324	28	21	14	35	1.93
73466156--73466367	52	4.2	52	85	8	285	28	22	13	35	1.92
73466113--73466381	98	2.7	97	92	1	439	28	21	14	35	1.93
73490485--73490538	24	2.3	23	81	15	67	38	1	0	59	1.08
73496236--73496355	60	2.0	60	100	0	240	33	20	8	38	1.82
73496923--73496988	32	2.1	32	100	0	132	39	12	3	45	1.57
73497870--73498006	58	2.3	60	77	18	146	56	0	6	35	1.30
73503288--73503542	46	5.1	51	81	12	289	35	14	22	27	1.93
73503274--73503542	98	2.7	97	91	2	430	34	15	22	27	1.94
73503506--73503651	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
73504904--73505022	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
73504923--73505013	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
73504964--73505106	49	2.9	49	91	0	223	23	13	30	32	1.93
73508297--73508499	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
73508231--73508499	98	2.7	97	92	2	439	34	14	22	27	1.94
73508463--73508608	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
73511247--73511271	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
73526601--73526639	16	2.5	16	83	4	53	20	5	7	66	1.36
73526687--73526711	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73529910--73530036	40	3.2	38	76	14	114	24	20	28	26	1.99
73531518--73531740	40	5.6	40	82	6	204	23	20	28	27	1.99
73531518--73531742	80	2.8	79	81	7	233	23	20	28	27	1.99
73531593--73531754	79	2.0	80	80	1	191	24	20	29	26	1.99
73533595--73533817	40	5.6	40	82	6	204	23	20	28	27	1.99
73533595--73533819	80	2.8	79	81	7	233	23	20	28	27	1.99
73533670--73533852	79	2.3	80	80	1	208	24	20	28	26	1.99
73536298--73536328	12	2.6	12	100	0	62	48	9	6	35	1.62
73537507--73537620	47	2.3	49	72	17	119	18	22	23	35	1.96
73537644--73537808	50	3.3	50	79	4	156	22	30	17	29	1.97
73540845--73541021	50	3.5	50	86	3	248	35	16	22	25	1.94
73540997--73541176	31	5.8	31	95	0	297	27	20	26	25	1.99
73541350--73541450	50	2.0	50	98	0	193	38	20	11	28	1.88
73541871--73542102	46	5.0	46	90	2	315	23	24	14	38	1.91
73544711--73544813	46	2.2	46	82	1	116	27	15	26	31	1.96
73544787--73544899	42	2.7	43	86	4	149	31	12	26	29	1.93
73546935--73546978	21	2.1	21	100	0	88	50	18	27	4	1.66
73565141--73565185	21	2.1	21	84	8	56	33	0	0	66	0.92
73565140--73565208	9	7.2	9	74	18	59	37	0	1	60	1.06
73570416--73570462	25	1.9	24	82	4	58	25	4	4	65	1.29
73575360--73575409	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
73579999--73580048	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73588161--73588233	19	3.6	20	78	17	80	65	0	34	0	0.93
73588166--73588236	23	3.3	21	81	16	83	66	0	33	0	0.92
73588161--73588236	3	26.3	3	73	21	65	65	0	34	0	0.93
73588729--73588771	17	2.6	16	89	7	68	76	2	6	13	1.08
73588808--73589421	138	4.5	137	81	11	642	57	7	6	28	1.50
73589610--73589667	16	3.6	16	74	6	55	48	1	0	50	1.11
73589608--73589704	38	2.5	38	78	8	108	43	1	4	51	1.27
73596624--73596665	17	2.6	16	92	7	75	16	7	0	76	1.00
73596624--73596706	17	5.1	16	73	7	60	21	6	2	69	1.21
73597173--73597239	3	23.0	3	74	17	61	0	34	0	65	0.93
73597321--73597415	27	3.5	28	78	9	81	10	40	29	20	1.85
73597417--73597456	21	2.0	20	90	5	62	5	15	10	70	1.32
73597583--73598155	238	2.4	237	83	2	745	28	15	23	32	1.95
73597988--73598364	209	1.8	208	85	5	537	27	14	24	32	1.95
73603319--73603352	10	3.3	10	84	8	50	17	2	2	76	1.04
73606575--73606629	25	2.2	24	81	9	65	54	9	21	14	1.68
73607050--73607105	23	2.4	23	81	0	58	37	26	25	10	1.88
73609817--73609855	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
73609836--73609881	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
73610054--73610099	23	2.2	20	84	11	56	36	6	4	52	1.47
73612424--73612448	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
73612405--73612483	38	2.2	35	80	14	83	16	5	8	69	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73613111--73613170	3	20.3	3	72	3	50	28	3	5	63	1.31
73613342--73613518	3	58.3	3	75	14	123	28	5	1	63	1.26
73613335--73613438	34	3.1	34	95	0	181	29	3	0	66	1.09
73616156--73616194	20	1.9	21	85	15	55	43	7	10	38	1.67
73628472--73628508	6	6.2	6	100	0	74	16	16	51	16	1.77
73632191--73632221	9	3.4	9	100	0	62	90	0	0	9	0.46
73635358--73635446	43	2.1	43	97	0	169	33	3	14	48	1.61
73636691--73636734	22	2.0	22	90	0	70	63	0	4	31	1.14
73636781--73636844	30	2.2	30	85	2	85	31	29	4	34	1.78
73647555--73647579	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
73647611--73647652	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
73647615--73647651	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
73647685--73647741	15	3.5	15	71	17	51	50	0	1	47	1.11
73651128--73651181	19	2.8	20	86	13	69	33	0	9	57	1.31
73652938--73652986	24	2.0	24	100	0	98	28	34	12	24	1.91
73654126--73654165	20	2.0	20	95	0	71	20	32	20	27	1.97
73654413--73654544	3	44.0	3	71	14	69	65	1	3	29	1.19
73654477--73654542	29	2.2	31	86	7	93	66	0	4	28	1.11
73654898--73654978	30	2.7	30	86	5	112	23	2	44	29	1.66
73657456--73657525	34	2.0	35	88	2	106	34	10	0	55	1.33
73658955--73659111	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
73659028--73659394	46	7.6	46	86	7	437	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73659071--73659388	52	6.3	52	86	7	408	28	22	14	35	1.93
73659028--73659380	196	1.8	196	91	0	589	28	22	14	35	1.93
73659028--73659394	98	3.7	97	83	9	483	28	22	14	34	1.93
73667636--73667748	3	37.7	3	73	15	74	30	3	1	64	1.20
73667636--73667713	17	4.4	18	74	16	67	30	3	0	65	1.10
73667870--73667909	14	2.7	16	77	18	50	25	10	10	55	1.64
73669899--73670117	79	2.8	78	86	2	303	32	21	15	31	1.94
73670093--73670230	40	3.5	40	81	0	141	34	19	13	31	1.91
73672927--73672951	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
73683573--73683612	21	2.0	20	85	14	55	35	5	5	55	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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