Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  246  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
T
Entropy
(0-2)
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Period
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2.2
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Period
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Score
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222
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16
27
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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59
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1.50
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2.3
24
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6
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1.55
77446974--77447107
25
5.5
24
67
21
75
57
2
4
35
1.34
77446974--77447107
23
5.6
25
71
15
86
57
2
4
35
1.34
77446969--77447055
27
3.3
27
70
13
74
58
2
4
34
1.31
77447641--77447761
30
4.0
30
86
4
172
23
3
46
26
1.68
77447643--77447761
60
2.0
60
91
3
195
24
3
46
26
1.68
77448620--77448667
15
3.3
15
82
5
53
64
6
12
16
1.46
77448652--77449149
89
5.8
87
84
8
682
33
21
18
26
1.96
77448741--77448909
75
2.3
75
93
1
286
33
21
18
26
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77448658--77449149
164
2.9
161
89
6
723
32
21
19
27
1.97
77449162--77449222
32
1.9
32
90
6
97
65
8
11
14
1.46
77449454--77449479
13
2.0
13
100
0
52
61
7
15
15
1.55
77449194--77449641
87
5.2
87
93
3
755
35
19
18
25
1.95
77449194--77449641
175
2.6
172
93
3
760
35
19
18
25
1.95
77469405--77469438
4
8.0
4
87
12
50
73
0
2
23
0.97
77469405--77469439
9
4.0
9
88
7
54
71
0
5
22
1.07
77469405--77469439
13
2.6
14
86
13
56
71
0
5
22
1.07
77469535--77469588
16
3.5
16
73
16
60
50
0
5
44
1.25
77471266--77471381
18
6.4
18
78
2
108
38
12
12
35
1.82
77471266--77471381
54
2.1
54
82
3
135
38
12
12
35
1.82
77479151--77479184
16
2.1
16
94
0
59
47
8
5
38
1.59
77479655--77479948
114
2.6
113
79
4
295
32
21
18
27
1.96
77479808--77480105
156
1.9
156
82
5
379
30
21
18
29
1.97
77480759--77480802
14
3.1
14
80
3
52
22
0
27
50
1.50
77480841--77480880
7
5.9
7
94
5
73
15
0
45
40
1.46
77480841--77480877
13
2.8
13
95
4
65
13
0
45
40
1.43
77481917--77481968
16
3.2
16
94
0
86
28
0
36
34
1.58
77481949--77482043
45
2.1
44
88
1
136
34
5
27
32
1.79
77482205--77482239
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
77482163--77482235
27
2.7
27
76
8
76
52
2
0
45
1.15
77482352--77482386
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77482124--77482398
147
1.9
149
95
1
500
46
3
3
47
1.35
77482367--77482554
61
3.1
61
68
19
176
49
5
2
42
1.39
77482451--77482519
15
4.4
16
74
15
63
56
0
0
43
0.99
77482332--77482638
120
2.5
120
90
3
483
50
3
2
42
1.35
77482445--77482638
54
3.4
54
69
20
151
53
2
3
41
1.30
77482570--77482848
91
2.9
93
84
7
309
48
3
3
44
1.36
77482668--77482728
28
2.2
28
85
5
81
50
3
0
45
1.17
77482675--77482818
47
3.1
46
65
23
113
49
4
2
44
1.33
77482643--77482848
91
2.2
90
90
4
322
46
4
3
45
1.39
77482668--77482810
44
3.2
43
68
16
119
48
3
2
46
1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259