genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1580340--1580418	12	6.6	12	76	9	72	58	5	3	32	1.38
1580340--1580482	3	47.0	3	67	15	53	58	4	5	32	1.41
1580340--1580439	24	4.2	23	79	7	69	59	5	3	33	1.34
1588546--1588588	15	2.9	14	80	10	50	27	0	4	67	1.10
1590333--1590370	19	1.9	19	89	5	58	52	5	0	42	1.24
1590333--1590371	20	2.0	20	85	10	53	53	5	0	41	1.23
1593075--1593402	3	107.0	3	70	14	131	57	3	7	31	1.42
1593080--1593142	23	2.8	23	81	11	69	60	1	6	31	1.31
1593351--1593420	6	11.3	6	89	6	50	58	1	7	32	1.34
1593639--1593690	20	2.7	21	82	11	67	55	3	5	34	1.42
1593660--1593795	24	5.4	25	67	16	91	53	5	2	37	1.40
1593742--1593808	21	3.1	21	70	21	57	53	5	2	37	1.41
1595244--1595292	20	2.3	22	82	10	57	53	2	10	34	1.47
1595425--1595512	3	28.0	3	75	13	79	59	3	5	31	1.38
1600630--1600661	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
1600630--1600660	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
1605061--1605092	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
1605962--1605999	19	2.0	19	85	10	51	23	5	0	71	1.07
1606953--1608059	367	3.0	367	99	0	2205	29	17	21	31	1.96
1616047--1616072	5	5.2	5	100	0	52	61	19	0	19	1.35
1616268--1616344	38	2.0	38	90	5	120	40	16	0	42	1.49
1628876--1628903	13	2.2	13	100	0	56	53	14	25	7	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1631009--1631060	25	2.1	25	92	3	88	61	0	1	36	1.07
1631009--1631078	29	2.4	29	70	13	72	61	0	1	37	1.05
1631028--1631078	15	3.1	15	75	20	57	62	0	1	35	1.06
1638615--1638741	20	6.3	20	69	4	67	38	20	30	10	1.86
1639098--1639135	14	2.7	14	88	8	51	42	7	15	34	1.76
1639598--1639663	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
1639726--1639785	22	2.8	22	82	5	61	50	0	3	46	1.18
1640685--1640716	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
1641760--1641792	9	3.7	9	92	8	50	72	12	6	9	1.26
1650976--1651006	6	5.2	6	100	0	62	16	19	0	64	1.29
1653295--1653365	10	7.2	10	75	19	53	50	1	1	46	1.18
1653297--1653362	29	2.2	30	79	12	75	48	1	1	48	1.20
1654178--1654205	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
1654207--1654237	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
1654714--1654766	3	17.7	3	84	7	72	67	1	28	1	1.11
1668863--1668957	46	2.1	46	92	4	156	31	21	12	34	1.91
1680690--1680754	30	2.1	29	83	11	76	53	0	1	44	1.09
1681856--1681894	15	2.6	14	84	11	51	46	2	0	51	1.14
1692446--1692497	21	2.3	24	83	9	65	44	7	11	36	1.70
1692957--1693011	26	2.2	25	87	9	76	60	12	0	27	1.33
1695284--1695451	75	2.2	75	86	0	237	34	20	16	29	1.94
1695355--1696127	89	8.9	88	84	7	877	36	19	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1695232--1696127	172	5.2	168	85	7	1008	35	19	16	27	1.94
1695113--1696129	349	2.9	343	81	8	1102	35	19	17	27	1.94
1707854--1707905	21	2.3	24	83	9	65	42	7	13	36	1.73
1709778--1709816	12	3.1	12	82	13	51	43	0	0	56	0.99
1721164--1721217	27	2.0	27	88	0	81	27	29	25	16	1.97
1724479--1724911	130	3.3	130	80	5	376	34	19	19	27	1.96
1724562--1724923	130	2.8	129	83	4	406	35	18	17	28	1.94
1727845--1728262	44	9.5	44	91	1	658	26	30	16	27	1.96
1729070--1729102	3	11.0	3	93	0	57	3	33	0	63	1.10
1740058--1740424	130	2.8	128	83	4	407	35	18	16	29	1.93
1742994--1743122	43	3.0	42	77	5	125	28	15	24	31	1.96
1745769--1745812	23	1.9	23	90	0	70	36	15	22	25	1.94
1745766--1745834	24	2.9	24	82	2	77	36	17	21	24	1.95
1748740--1748789	6	7.8	6	82	8	55	4	18	2	76	1.04
1748728--1748784	27	2.1	27	100	0	114	7	22	3	66	1.31
1748728--1748772	15	3.2	15	69	18	51	8	24	4	62	1.43
1758088--1758126	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
1758531--1758608	15	5.3	15	81	1	95	35	2	12	48	1.55
1758526--1758604	30	2.6	30	100	0	158	35	2	12	49	1.54
1759104--1759161	23	2.5	23	97	0	107	8	3	41	46	1.51
1759266--1759306	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
1760405--1760521	58	2.0	58	100	0	234	35	17	15	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1761192--1761238	24	2.0	24	100	0	94	34	17	17	31	1.92
1772577--1772616	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
1772542--1772608	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
1773240--1773286	23	2.0	23	87	0	67	6	31	38	23	1.80
1774931--1774972	12	3.4	12	81	15	50	14	9	0	76	1.02
1775260--1775296	18	2.1	17	90	5	56	40	0	0	59	0.97
1777740--1777858	59	2.1	57	82	3	139	31	15	10	43	1.79
1780916--1780968	27	1.9	28	81	11	65	67	3	0	28	1.07
1784371--1784421	22	2.3	22	96	0	93	7	17	49	25	1.74
1786032--1786071	14	2.9	14	84	0	62	52	0	7	40	1.30
1793801--1793851	22	2.3	22	96	0	93	7	17	49	25	1.74
1795462--1795501	14	2.9	14	84	0	62	52	0	7	40	1.30
1797344--1797398	9	6.3	9	75	14	53	65	0	1	32	1.03
1797607--1797704	26	3.8	25	73	15	67	29	0	3	67	1.06
1800184--1800242	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
1800197--1800242	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
1800213--1800260	26	1.9	24	87	8	69	31	0	4	64	1.12
1800489--1800538	25	2.0	25	100	0	100	32	4	0	64	1.12
1814815--1814860	23	2.0	23	87	4	67	67	2	4	26	1.21
1814922--1814975	20	2.7	19	71	5	54	51	3	0	44	1.19
1818573--1818627	15	3.9	15	74	13	62	29	5	9	56	1.53
1818569--1818622	27	2.0	27	100	0	108	33	3	7	55	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1818614--1818665	26	2.0	26	85	7	70	26	15	11	46	1.80
1820048--1820078	15	2.1	15	93	0	53	22	6	6	64	1.40
1826863--1826889	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
1828342--1828373	8	4.0	8	100	0	64	25	37	0	37	1.56
1830079--1830139	9	6.8	9	90	0	86	39	27	8	24	1.84
1831180--1831230	25	2.0	25	96	0	93	29	3	17	49	1.65
1845143--1845190	18	2.6	19	80	12	55	66	6	2	25	1.26
1845281--1845337	27	2.2	26	84	9	71	59	0	7	33	1.24
1845352--1845389	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
1847676--1847766	19	4.9	19	88	8	134	37	12	14	36	1.83
1847697--1847752	18	3.5	15	81	18	60	37	12	14	35	1.84
1847684--1847766	35	2.3	37	89	6	125	37	13	13	36	1.83
1851876--1851920	21	2.1	21	83	0	54	64	2	2	31	1.18
1854585--1854632	25	1.9	25	86	0	69	37	16	22	22	1.94
1856924--1856956	17	1.9	17	100	0	66	15	18	18	48	1.81
1861408--1861471	23	2.7	23	80	4	65	34	1	3	60	1.22
1861424--1861479	23	2.6	21	81	10	67	35	3	1	58	1.26
1862275--1862326	23	2.3	23	83	6	70	3	7	3	84	0.85
1862281--1862325	16	2.8	16	93	3	72	4	8	0	86	0.69
1862309--1862371	23	2.9	22	82	13	76	1	15	9	73	1.17
1862892--1862947	21	2.7	21	74	0	58	14	25	39	21	1.91
1863047--1863089	22	2.0	22	95	0	77	11	25	27	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1868164--1868288	58	2.1	60	82	2	155	36	15	16	32	1.89
1874183--1874229	21	2.2	20	82	10	58	53	0	2	44	1.12
1874215--1874243	9	3.2	9	100	0	58	58	0	0	41	0.98
1883812--1884219	206	2.0	204	85	2	559	24	19	20	36	1.95
1885303--1885341	5	7.8	5	94	0	69	38	2	20	38	1.66
1892682--1892730	26	1.9	25	84	12	64	57	14	10	18	1.65
1897015--1897103	24	3.8	24	74	16	87	43	23	17	14	1.86
1897011--1897103	47	2.0	48	82	6	118	43	23	19	13	1.87
1902827--1902857	16	1.9	16	93	0	53	29	12	22	35	1.91
1904101--1904125	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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