genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26076492--26076612	39	3.1	39	93	0	197	21	23	31	23	1.98
26084697--26084920	79	2.8	78	84	9	283	24	27	22	25	2.00
26084697--26084920	39	5.7	40	86	8	275	24	27	22	25	2.00
26084697--26084920	40	5.7	39	85	8	262	24	27	22	25	2.00
26092348--26092603	40	6.4	40	89	3	320	25	19	27	27	1.99
26092380--26092638	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
26104263--26119969	294	53.6	294	97	1	29585	32	20	19	27	1.97
26120618--26120653	17	2.1	17	90	10	56	50	13	25	11	1.75
26125824--26125957	40	3.3	40	81	0	151	24	17	25	32	1.96
26130747--26130835	34	2.6	34	81	0	106	23	21	23	31	1.98
26134314--26134387	38	2.0	38	97	2	141	39	29	8	22	1.83
26136804--26136893	34	2.7	34	78	1	110	31	22	16	30	1.96
26139577--26139759	67	2.8	65	76	10	187	29	15	30	24	1.96
26141645--26141682	8	4.9	8	83	3	51	63	0	31	5	1.17
26145642--26145735	40	2.3	40	85	0	116	24	18	25	31	1.97
26154314--26154425	27	4.1	27	84	10	140	36	22	24	16	1.94
26154314--26154425	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
26154814--26154845	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
26160680--26160792	27	4.2	26	84	9	138	38	22	23	15	1.92
26160680--26160792	54	2.1	54	88	3	165	38	22	23	15	1.92
26162636--26162847	106	2.0	106	99	0	415	24	18	19	37	1.94
26167416--26167445	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26167566--26167881	96	3.3	96	89	0	454	29	19	25	25	1.98
26167565--26167881	48	6.6	48	82	1	393	29	19	25	25	1.98
26167565--26167917	144	2.4	143	78	4	388	29	19	25	25	1.98
26171877--26172406	47	11.3	47	92	0	855	28	29	8	34	1.86
26184880--26185055	43	4.1	43	95	1	302	11	24	34	29	1.91
26185385--26185492	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
26190126--26190347	78	2.8	80	84	9	269	26	21	27	24	1.99
26190126--26190347	39	5.6	39	83	6	231	26	21	27	24	1.99
26198101--26198285	40	4.6	39	82	9	191	25	22	27	25	2.00
26198101--26198285	79	2.3	81	83	10	231	25	22	27	25	2.00
26198102--26198318	79	2.7	78	79	11	228	27	21	26	24	1.99
26204990--26205035	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
26213639--26213758	39	3.1	39	98	0	231	30	14	24	30	1.94
26225896--26226120	40	5.6	40	81	2	263	25	24	27	23	2.00
26225896--26226156	80	3.3	80	80	3	285	26	24	26	23	2.00
26225896--26226120	120	1.9	121	83	4	294	25	24	27	23	2.00
26237236--26237282	24	2.0	24	87	4	69	27	12	31	27	1.93
26238245--26238335	28	3.2	28	84	0	92	29	13	30	26	1.94
26240782--26240826	24	1.9	24	86	4	65	20	20	15	44	1.87
26241202--26241246	15	2.8	17	77	12	51	48	2	17	31	1.59
26247713--26247825	29	3.9	29	76	7	115	27	31	11	29	1.92
26247715--26247825	58	1.9	57	83	5	143	27	31	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26258311--26258336	9	2.9	9	100	0	52	46	0	11	42	1.40
26259937--26260109	49	3.5	49	82	3	231	26	15	28	30	1.96
26262693--26262868	46	3.8	46	79	14	209	21	20	28	29	1.98
26262690--26262861	93	1.8	93	95	2	310	21	20	29	28	1.98
26269118--26271107	996	2.0	988	96	2	3715	35	10	19	34	1.85
26271237--26271410	46	3.8	46	78	16	200	21	20	28	29	1.98
26283900--26284163	40	6.7	40	88	5	351	25	21	26	25	2.00
26283900--26284196	119	2.5	118	81	9	329	26	21	26	25	1.99
26289651--26289800	40	3.8	40	95	1	257	25	20	26	27	1.99
26289651--26289833	80	2.3	80	86	4	246	26	20	26	26	1.99
26291274--26291318	15	2.9	15	86	3	63	17	15	13	53	1.73
26293808--26294053	49	4.9	50	82	3	264	26	17	26	29	1.97
26293811--26294040	100	2.3	98	82	3	273	26	16	26	30	1.97
26300540--26300648	40	2.8	40	92	1	175	29	17	22	30	1.97
26301084--26301128	22	2.0	22	82	0	54	20	2	33	44	1.63
26301142--26301214	22	3.4	22	84	7	87	20	1	41	36	1.61
26301129--26301209	7	11.3	7	75	18	69	18	0	44	37	1.50
26301089--26301209	14	8.6	14	75	18	58	18	0	42	38	1.56
26301360--26301407	15	3.3	15	82	5	62	18	0	35	45	1.50
26301355--26301404	22	2.3	21	82	3	64	22	0	32	46	1.52
26301624--26301686	14	4.4	15	75	11	53	20	0	30	49	1.49
26304474--26304631	48	3.2	48	67	10	138	36	4	4	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26304371--26304811	105	4.4	102	88	7	628	35	5	4	54	1.44
26304705--26304743	16	2.4	16	86	0	51	41	0	0	58	0.98
26304639--26304817	90	2.0	91	92	1	297	35	7	3	53	1.47
26305084--26305202	9	13.0	9	75	11	100	47	13	0	38	1.49
26305064--26305222	74	2.3	68	89	9	234	47	13	0	37	1.48
26309093--26309296	40	5.1	40	81	7	236	25	26	22	25	2.00
26309079--26309296	79	2.7	79	81	7	228	26	26	21	25	2.00
26313570--26313598	13	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
26314591--26314956	183	2.0	183	100	0	732	27	13	31	27	1.93
26316275--26316350	29	2.7	28	84	8	100	22	13	36	27	1.91
26323018--26323147	47	2.7	49	83	8	160	24	17	30	26	1.97
26328839--26328905	34	2.0	34	90	0	107	41	14	16	26	1.87
26330724--26330803	40	2.0	39	83	11	101	28	20	25	26	1.99
26330787--26330959	49	3.6	48	71	11	122	26	19	30	23	1.98
26330787--26330963	47	3.6	48	73	8	153	25	20	29	23	1.99
26333677--26333853	27	6.5	27	79	3	113	28	31	15	24	1.96
26333677--26333853	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
26333698--26333853	82	1.9	81	82	3	197	27	30	16	25	1.96
26335835--26336044	40	5.3	40	91	0	305	24	20	27	27	1.99
26335782--26336044	80	3.3	80	84	2	307	24	20	27	26	1.99
26335835--26336079	80	3.1	80	85	2	244	25	20	27	26	1.99
26344868--26345018	27	5.6	27	80	4	160	27	30	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26344842--26345018	54	3.3	55	80	7	191	28	31	15	24	1.96
26344868--26345018	82	1.9	81	83	4	196	27	30	16	25	1.97
26351642--26351701	29	2.1	27	82	11	68	26	26	25	21	2.00
26352199--26352538	27	12.6	27	81	4	233	28	10	20	40	1.86
26352527--26352630	27	3.9	27	85	0	145	27	20	19	32	1.96
26353873--26353959	43	2.0	43	88	0	129	20	19	32	27	1.97
26359314--26359517	40	5.1	40	92	2	315	25	28	21	24	1.99
26377307--26377451	40	3.6	40	81	0	137	22	15	26	35	1.94
26379506--26379779	96	2.9	96	81	7	267	25	28	18	28	1.98
26379509--26379778	48	5.6	48	75	10	196	24	27	18	28	1.98
26388146--26388362	40	5.4	40	77	8	210	25	16	24	32	1.96
26388146--26388362	80	2.7	79	87	4	310	25	16	24	32	1.96
26390928--26390983	28	2.0	28	96	0	103	50	8	0	41	1.34
26396064--26396107	22	2.0	22	86	4	63	36	25	0	38	1.56
26396176--26396220	22	2.0	22	86	0	63	26	2	22	48	1.62
26396295--26396342	18	2.7	18	81	12	55	27	2	2	68	1.11
26396623--26396684	29	2.1	29	90	0	97	33	4	20	40	1.74
26399435--26399604	55	3.1	54	78	2	180	20	24	18	37	1.94
26400993--26401026	13	2.6	13	90	0	59	29	44	23	2	1.68
26402095--26402153	31	1.9	31	86	10	86	35	18	3	42	1.67
26402801--26402894	43	2.2	43	92	0	152	23	28	27	20	1.99
26402908--26403043	54	2.5	54	79	0	146	27	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26402924--26403093	54	3.1	54	79	1	171	28	27	20	22	1.99
26403978--26404165	40	4.7	40	86	3	218	34	17	27	20	1.95
26410175--26410877	351	2.0	351	99	0	1397	34	19	12	34	1.88
26412582--26412697	40	2.9	40	85	5	162	24	25	28	22	1.99
26412582--26412723	40	3.6	40	83	6	128	24	25	28	21	1.99
26415069--26415117	22	2.2	22	78	7	55	36	0	2	61	1.08
26429623--26429657	17	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
26430936--26431105	43	4.0	42	74	9	137	32	25	17	24	1.96
26442107--26442156	11	4.5	11	80	14	59	38	46	0	16	1.47
26442105--26442157	22	2.4	22	84	15	74	37	45	0	16	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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