genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54285304--54285356	24	2.2	25	86	3	72	30	0	3	66	1.10
54285592--54285786	53	3.7	54	92	4	319	35	17	15	30	1.91
54285798--54285830	13	2.4	14	85	5	50	66	9	12	12	1.44
54285914--54287434	72	21.1	72	93	2	2524	33	18	17	31	1.93
54285914--54287434	145	10.6	144	94	2	2524	33	18	17	31	1.93
54285910--54287424	217	7.0	216	94	2	2539	33	18	17	31	1.94
54299631--54299684	15	3.5	15	78	14	56	68	5	1	24	1.21
54299763--54299802	21	1.9	21	94	0	71	42	20	20	17	1.89
54299824--54299903	20	4.1	20	78	12	76	0	20	2	77	0.88
54299858--54299914	20	2.6	22	81	10	73	0	17	3	78	0.88
54299830--54299920	13	7.2	13	77	14	93	0	20	2	76	0.88
54299829--54299904	7	11.8	6	80	14	73	0	18	2	78	0.86
54300189--54300232	18	2.4	18	88	0	70	6	27	47	18	1.73
54300275--54300361	6	14.3	6	87	6	77	0	26	0	73	0.83
54300285--54300362	3	27.0	3	84	5	99	0	28	0	71	0.86
54300379--54300421	18	2.4	18	81	11	54	0	44	32	23	1.54
54300440--54300493	20	2.7	21	80	13	60	0	40	1	57	1.09
54300741--54300835	30	3.2	30	80	3	111	44	3	23	29	1.69
54300838--54300891	25	2.2	25	86	6	74	29	0	3	66	1.09
54309537--54310014	119	4.0	119	91	1	753	33	16	20	29	1.95
54309938--54310207	83	3.2	83	86	1	360	32	19	19	28	1.96
54309962--54310194	84	2.8	83	90	0	340	33	20	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54311691--54311731	18	2.3	18	87	4	57	41	0	4	53	1.22
54311699--54311741	18	2.3	19	88	4	61	34	0	4	60	1.17
54311699--54311777	16	4.6	16	74	14	59	32	2	3	60	1.28
54311808--54311859	12	4.3	12	76	16	54	36	0	1	61	1.07
54311811--54311872	12	5.3	12	72	18	51	33	1	1	62	1.14
54311912--54311959	18	2.6	19	80	12	55	22	0	6	70	1.09
54314871--54314914	22	2.0	22	86	0	61	45	0	4	50	1.22
54314890--54314923	17	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
54317670--54317706	18	2.1	18	89	0	56	35	2	0	62	1.10
54322662--54322714	21	2.5	21	90	0	79	28	37	9	24	1.86
54331626--54331844	46	4.7	46	79	13	209	27	16	30	25	1.97
54335990--54336051	21	3.0	21	83	9	65	33	4	3	58	1.36
54335967--54336023	28	2.0	29	83	10	73	35	1	1	61	1.17
54336016--54336061	20	2.2	21	84	3	67	41	4	6	47	1.49
54338812--54338880	29	2.3	30	85	5	95	37	8	11	42	1.72
54346887--54346924	20	1.9	20	94	0	67	44	2	0	52	1.14
54346894--54346933	20	2.0	20	85	0	53	52	0	0	47	1.00
54348498--54348540	17	2.5	17	100	0	86	41	18	9	30	1.82
54348734--54348918	18	10.3	18	75	9	162	37	15	12	34	1.86
54348729--54348930	72	2.8	71	78	3	208	36	15	12	35	1.85
54348635--54348930	18	16.1	18	72	11	161	36	15	12	35	1.85
54350894--54350956	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54360407--54360498	40	2.3	40	83	3	107	14	11	36	36	1.83
54363418--54363623	46	4.4	45	77	10	168	27	18	29	24	1.98
54367678--54367813	46	3.0	46	87	2	184	22	22	13	41	1.89
54374082--54374300	46	4.7	46	79	13	232	26	19	30	22	1.98
54380516--54380548	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
54380726--54380774	26	1.9	25	83	4	62	42	2	4	51	1.32
54386757--54386823	25	2.7	25	76	0	71	31	13	26	28	1.94
54386818--54386894	24	3.2	24	73	12	68	35	19	24	20	1.96
54386926--54386994	25	2.7	26	82	6	88	36	24	23	15	1.94
54390239--54390482	122	2.0	122	97	0	461	36	15	12	35	1.86
54391191--54391386	56	3.5	57	85	1	234	51	15	6	27	1.67
54391228--54391393	57	2.9	57	89	1	235	50	16	6	27	1.68
54393699--54393898	63	3.2	63	82	4	192	28	25	24	22	1.99
54393786--54393902	62	1.9	62	91	3	191	30	29	21	18	1.97
54397959--54398002	21	2.1	21	91	0	70	72	0	20	6	1.07
54411117--54411152	14	2.6	14	86	0	54	36	5	25	33	1.79
54412327--54412361	17	2.1	17	88	0	52	51	8	2	37	1.47
54414674--54414712	16	2.4	16	83	8	53	56	0	0	43	0.99
54415166--54415236	37	1.9	37	97	0	133	42	9	29	18	1.82
54425591--54425704	43	2.6	44	77	4	124	27	15	25	31	1.96
54432067--54432114	11	4.4	10	82	15	51	77	0	6	16	0.97
54432067--54432114	6	8.8	5	86	8	51	77	0	6	16	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54432078--54432116	6	6.8	6	94	5	55	79	0	2	17	0.84
54432078--54432125	12	4.2	12	86	7	64	77	0	4	18	0.93
54432056--54432114	22	2.6	22	83	2	73	76	1	6	15	1.07
54433411--54433449	17	2.1	20	86	13	57	53	10	2	33	1.48
54439480--54439534	28	1.9	28	85	10	76	34	5	1	58	1.32
54439517--54439557	16	2.7	15	88	7	64	29	0	7	63	1.21
54450663--54450827	86	1.9	86	91	2	269	20	32	26	20	1.97
54453159--54453293	60	2.3	57	82	5	153	45	0	3	49	1.25
54453464--54453518	16	3.4	16	78	9	67	29	23	9	38	1.85
54453851--54453876	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
54453844--54453888	15	3.1	15	84	12	67	60	0	11	28	1.31
54458805--54459317	256	2.0	256	93	0	884	22	12	27	37	1.90
54459534--54459836	89	3.4	88	76	11	247	29	21	18	31	1.97
54459767--54460021	95	2.8	95	77	9	235	26	18	20	33	1.96
54459528--54460019	44	10.9	43	72	11	188	27	19	19	33	1.96
54466184--54466215	16	2.1	16	94	5	57	56	9	6	28	1.55
54466882--54466937	26	2.2	25	78	9	58	58	0	10	30	1.32
54466977--54467055	3	26.7	3	79	12	83	69	2	3	24	1.17
54472485--54472531	23	2.0	23	100	0	94	31	29	12	25	1.93
54474392--54474435	3	14.7	3	85	0	61	63	4	2	29	1.26
54480788--54480831	10	4.4	10	82	0	61	25	9	0	65	1.21
54480794--54480842	20	2.5	20	80	6	55	26	6	2	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54481940--54481990	25	2.0	25	96	0	93	23	7	29	39	1.83
54482296--54482348	24	2.2	24	86	0	70	37	3	7	50	1.49
54484545--54484656	42	2.7	42	87	5	156	16	32	28	22	1.96
54491938--54492050	25	4.6	25	80	1	111	23	29	16	30	1.97
54495452--54495521	36	1.9	36	100	0	140	28	11	10	50	1.71
54498407--54498507	23	4.5	22	77	16	91	19	26	17	35	1.95
54498407--54498507	45	2.2	45	82	5	114	19	26	17	35	1.95
54498461--54498502	22	1.9	22	90	0	66	21	28	16	33	1.95
54498684--54498729	9	5.3	9	78	19	53	41	8	13	36	1.75
54503086--54503171	40	2.2	39	87	2	118	29	29	17	24	1.97
54509346--54509412	22	2.8	24	78	15	77	19	25	19	35	1.95
54513735--54513766	16	2.0	16	100	0	64	18	6	0	75	1.01
54516569--54516616	17	2.9	17	81	12	64	45	0	0	54	0.99
54516888--54516918	11	2.8	11	95	0	53	38	0	0	61	0.96
54518035--54518069	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
54519481--54519587	8	12.8	8	71	16	58	28	2	1	66	1.16
54519472--54519542	33	2.2	33	97	0	133	32	5	1	60	1.29
54519481--54519566	12	7.2	12	68	26	51	31	3	1	63	1.18
54519515--54519586	26	2.9	25	76	17	69	26	2	1	69	1.10
54519527--54519584	13	4.4	13	81	14	57	22	3	1	72	1.09
54519485--54519566	33	2.6	32	86	11	107	30	3	1	64	1.18
54519527--54519584	4	13.2	4	77	13	53	22	3	1	72	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54521909--54522020	35	3.2	34	70	11	84	20	9	30	39	1.85
54523510--54523563	23	2.3	23	90	0	90	24	12	24	38	1.90
54524983--54525051	22	3.2	22	72	14	54	69	5	7	17	1.32
54525020--54525098	3	26.0	3	75	16	74	65	3	1	29	1.17
54525061--54525116	28	2.0	28	82	6	69	57	1	8	32	1.40
54525229--54525367	3	45.7	3	70	18	58	59	0	7	31	1.31
54525173--54525270	23	4.3	22	67	14	65	57	3	9	30	1.45
54526266--54526325	23	2.5	24	78	5	68	26	15	46	11	1.79
54526751--54527406	44	14.7	43	69	13	193	27	22	18	30	1.97
54527018--54527416	45	8.9	45	71	10	237	28	22	18	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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