genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7311312--7311400	43	2.1	43	80	4	99	33	4	14	47	1.65
7311586--7311646	20	3.2	19	71	15	63	50	6	0	42	1.28
7311556--7311646	39	2.4	39	94	1	157	51	4	0	43	1.21
7311566--7311631	20	3.3	20	73	12	73	54	3	0	42	1.15
7313186--7313251	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
7313203--7313281	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
7313225--7313281	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
7313203--7313281	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
7315582--7315826	74	3.3	74	80	5	255	36	20	15	28	1.92
7315750--7316044	115	2.6	111	78	7	270	32	18	17	30	1.95
7315859--7316070	115	1.8	116	86	1	309	34	17	18	28	1.95
7316171--7316232	7	8.9	7	77	7	54	38	41	0	19	1.51
7316442--7316595	7	21.6	7	67	13	64	48	30	0	21	1.51
7316428--7316496	14	5.0	14	70	20	56	46	31	0	21	1.52
7316443--7316595	14	10.7	14	73	14	98	47	30	0	21	1.51
7316524--7316590	28	2.4	28	90	5	109	47	32	0	19	1.50
7316885--7317234	194	1.8	194	86	6	521	27	22	21	28	1.99
7318194--7318290	33	2.9	34	72	17	85	50	1	4	44	1.28
7321954--7321999	22	2.1	22	84	4	58	45	0	6	47	1.28
7322613--7322670	4	13.8	4	83	7	71	46	3	1	48	1.29
7323014--7323063	14	3.3	15	78	13	50	30	6	0	64	1.18
7323454--7323498	23	2.0	23	90	0	72	0	20	2	77	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7323460--7323498	7	5.3	7	82	11	51	0	20	0	79	0.73
7324057--7324253	63	3.1	62	78	11	186	25	23	26	23	2.00
7347467--7347522	18	3.1	18	84	0	76	46	12	19	21	1.83
7347859--7347978	26	4.5	27	73	8	93	30	20	18	30	1.96
7370383--7370418	18	1.9	19	88	5	56	36	2	8	52	1.46
7371510--7371617	9	11.3	9	68	18	51	60	2	4	32	1.32
7371510--7371592	19	4.3	19	73	11	51	61	3	2	32	1.26
7371510--7371690	56	3.1	57	75	10	154	59	2	5	32	1.35
7371833--7371882	19	2.7	19	73	14	50	34	2	0	64	1.05
7371801--7371861	29	2.2	25	76	18	59	36	1	1	60	1.16
7373315--7373368	12	4.5	12	79	9	65	29	14	16	38	1.89
7373311--7373356	24	1.9	24	100	0	92	30	13	13	43	1.81
7373315--7373391	36	2.2	35	86	6	102	32	12	16	37	1.87
7373831--7373879	9	5.4	9	80	0	62	46	18	8	26	1.76
7374164--7374189	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7380282--7380320	18	2.1	19	85	4	53	69	0	10	20	1.17
7380990--7381014	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
7388658--7388715	24	2.4	24	77	16	66	32	0	18	48	1.49
7388913--7389010	40	2.5	40	83	4	121	28	19	24	27	1.98
7391649--7391714	32	2.1	32	97	0	123	39	18	15	27	1.90
7392947--7392991	21	2.1	22	87	4	65	37	4	0	57	1.19
7393103--7393144	22	1.9	22	85	9	59	28	0	7	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7395494--7395561	35	1.9	35	93	0	118	35	11	30	22	1.90
7395746--7395784	19	2.0	20	85	5	53	33	0	0	66	0.92
7395908--7395974	25	2.7	26	86	11	95	41	0	0	58	0.98
7396465--7396583	60	2.0	60	94	0	211	34	0	10	53	1.42
7396780--7397275	103	4.8	102	87	6	643	29	0	15	54	1.47
7402321--7402351	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
7404263--7404288	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
7408925--7409711	277	2.8	274	89	4	1186	58	17	6	17	1.60
7409977--7410021	19	2.3	20	84	3	56	24	2	0	73	0.95
7409987--7410021	13	2.8	12	83	8	52	22	0	0	77	0.78
7412430--7412670	123	2.0	123	95	0	437	29	10	36	24	1.89
7414065--7414105	21	2.0	21	90	0	64	14	24	31	29	1.95
7417772--7417808	20	1.9	20	88	5	58	54	21	24	0	1.45
7420291--7420348	19	3.0	19	80	14	82	48	15	17	18	1.82
7420494--7420538	3	14.7	3	90	4	72	66	0	31	2	1.04
7420826--7420862	9	4.1	9	89	0	56	27	10	13	48	1.75
7420826--7420862	18	2.1	18	94	0	65	27	10	13	48	1.75
7424809--7424837	14	2.1	14	100	0	58	20	27	13	37	1.91
7425270--7425476	103	2.0	103	99	0	405	47	12	5	34	1.65
7426221--7426352	27	4.9	27	82	5	90	25	31	23	20	1.98
7426731--7426775	23	1.9	25	86	13	69	40	4	6	48	1.49
7426728--7426779	23	2.3	20	79	20	59	42	3	5	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7429255--7429394	27	5.2	28	88	5	175	35	22	24	18	1.96
7431014--7431123	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
7435167--7435208	18	2.3	18	100	0	84	50	4	0	45	1.23
7443303--7443349	16	3.0	16	76	14	53	42	2	8	46	1.46
7445855--7445906	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
7450369--7450404	16	2.2	16	95	0	63	44	0	0	55	0.99
7451870--7451914	21	2.1	22	87	4	65	64	0	26	8	1.23
7451870--7451907	11	3.5	11	82	7	51	65	0	23	10	1.23
7452022--7452051	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
7463730--7463784	24	2.3	24	84	6	67	58	1	0	40	1.09
7470524--7470562	21	1.9	20	85	15	53	48	20	12	17	1.80
7484411--7484467	25	2.3	26	78	9	64	31	15	12	40	1.85
7485822--7485856	17	2.1	17	100	0	70	17	37	22	22	1.94
7488473--7488557	41	2.1	40	84	2	107	29	22	17	30	1.97
7490624--7490681	30	1.9	30	85	0	80	44	17	31	6	1.75
7492701--7492800	44	2.2	44	81	8	112	35	11	22	32	1.89
7502803--7502827	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
7508395--7508442	22	2.2	22	85	7	62	66	10	12	10	1.44
7511258--7511297	16	2.5	16	100	0	80	25	12	32	30	1.92
7513433--7513474	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
7513603--7513634	15	2.3	15	89	10	50	40	0	0	59	0.97
7517007--7517173	78	2.1	78	89	0	253	17	29	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7517004--7517154	39	3.9	39	89	0	230	15	31	16	36	1.91
7517035--7517193	78	2.0	78	86	0	219	16	28	18	36	1.93
7524527--7524659	39	3.4	39	84	4	178	14	29	18	37	1.90
7524546--7524606	20	3.1	20	65	13	54	13	34	21	31	1.91
7531237--7531308	36	2.0	36	91	0	117	29	30	20	19	1.97
7533119--7533296	17	10.4	17	76	4	124	31	14	28	25	1.95
7533145--7533272	68	1.9	68	83	0	166	32	17	25	24	1.96
7533139--7533323	51	3.6	51	75	5	160	31	15	27	25	1.95
7533209--7533320	17	6.6	17	81	2	91	32	16	26	25	1.96
7533326--7533359	17	2.0	17	88	0	50	26	20	29	23	1.99
7533348--7533443	17	5.6	17	61	9	52	28	18	25	28	1.98
7533330--7533439	34	3.2	34	76	10	116	29	20	24	26	1.99
7533327--7533470	68	2.1	68	80	2	164	27	19	26	27	1.99
7536238--7536447	40	5.3	40	91	0	296	24	20	29	25	1.99
7536238--7536482	80	3.1	80	84	2	235	25	20	29	24	1.99
7544193--7544400	40	5.2	40	91	0	301	24	21	29	24	1.99
7544193--7544437	80	3.1	80	84	3	237	25	21	29	23	1.99
7545838--7545933	34	2.9	34	89	3	142	27	19	22	30	1.98
7568316--7568361	8	5.5	8	87	7	65	13	10	4	71	1.27
7568315--7568397	9	9.6	9	74	12	59	18	6	2	73	1.15
7568315--7568361	17	2.8	17	90	0	67	12	10	4	72	1.25
7568359--7568408	4	12.5	4	87	8	75	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7568367--7568422	28	1.9	28	89	7	85	28	1	0	69	0.98
7568401--7568492	46	2.0	45	80	14	100	41	2	2	54	1.25
7568425--7568471	12	3.8	12	82	2	58	40	0	2	57	1.11
7568418--7568493	21	3.4	21	77	10	71	42	1	2	53	1.23
7568500--7568543	7	6.3	7	81	0	52	45	0	0	54	0.99
7568491--7568537	21	2.2	22	92	3	78	40	2	0	57	1.11
7568505--7568556	14	3.9	14	73	12	56	40	0	0	59	0.97
7568500--7568574	28	2.6	29	83	12	93	44	0	0	56	0.99
7568496--7568565	25	3.1	21	74	20	61	41	0	0	58	0.98
7568523--7568577	18	3.1	18	72	10	51	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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