genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33277768--33277794	14	1.9	14	100	0	54	29	3	14	51	1.60
33281540--33281644	27	3.9	27	80	1	111	27	17	29	25	1.97
33283489--33283544	18	3.2	18	84	2	78	16	46	25	12	1.81
33290707--33290732	7	3.7	7	100	0	52	11	30	26	30	1.92
33293666--33293708	18	2.4	18	85	11	54	11	34	32	20	1.89
33294412--33294503	46	2.0	46	97	0	175	44	8	23	22	1.81
33294745--33294804	29	2.1	29	90	0	93	33	26	18	21	1.96
33299193--33299229	16	2.3	16	90	0	56	62	8	8	21	1.49
33301955--33302018	32	2.0	32	96	0	119	48	15	17	18	1.81
33304494--33304523	8	3.8	8	90	0	51	6	23	16	53	1.66
33304492--33304523	16	2.0	16	100	0	64	6	25	18	50	1.70
33318825--33318860	15	2.3	16	90	4	56	16	0	2	80	0.83
33322894--33322948	28	2.0	28	88	0	83	30	25	21	21	1.98
33323286--33323347	27	2.3	27	80	0	70	32	17	17	32	1.94
33323299--33323592	27	10.6	27	78	7	284	24	20	19	36	1.95
33323299--33323614	81	3.8	81	80	9	339	24	20	19	35	1.95
33323373--33323447	36	2.1	36	87	0	105	21	18	22	37	1.94
33323353--33323474	63	1.9	63	98	0	235	20	18	22	37	1.94
33323408--33323614	27	7.7	26	86	2	189	23	21	19	35	1.96
33323408--33323614	54	3.8	53	84	5	236	23	21	19	35	1.96
33326874--33326899	11	2.4	11	100	0	52	38	15	0	46	1.46
33330927--33330973	17	2.8	17	80	0	58	14	2	10	72	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33333571--33333735	43	3.8	43	75	10	126	32	27	16	22	1.96
33340965--33341077	44	2.7	41	78	9	118	36	25	16	21	1.94
33340930--33341077	43	3.5	42	75	11	122	36	23	16	23	1.94
33346762--33346834	37	2.0	37	100	0	146	31	10	16	41	1.83
33350137--33350238	43	2.3	45	83	11	131	29	17	20	32	1.96
33355641--33355845	27	7.6	27	84	3	178	28	27	16	27	1.97
33355641--33355844	54	3.8	54	81	2	203	28	27	16	27	1.97
33363020--33363090	33	2.2	33	82	7	83	64	4	1	29	1.20
33364391--33364468	32	2.5	31	83	6	86	28	11	14	46	1.79
33364451--33364568	49	2.4	49	81	7	141	34	9	11	44	1.72
33364451--33364594	50	2.9	49	78	2	153	33	9	11	46	1.71
33364903--33365004	37	2.8	37	81	0	114	45	15	16	22	1.85
33370600--33370667	26	2.7	26	89	10	99	14	20	23	41	1.89
33385756--33385819	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
33387020--33387070	21	2.4	21	96	0	93	13	37	17	31	1.89
33392285--33392469	40	4.6	39	83	6	212	23	22	28	25	1.99
33392285--33392467	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
33399483--33399564	30	2.8	30	98	1	157	32	24	17	25	1.96
33401834--33402038	53	3.8	53	76	3	203	37	18	24	20	1.94
33413261--33413285	11	2.3	11	100	0	50	52	8	16	24	1.70
33416209--33416391	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
33416188--33416391	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33423120--33423289	40	4.3	40	89	0	225	26	27	21	24	1.99
33423120--33423266	79	1.9	80	89	1	233	27	27	20	25	1.99
33423118--33423342	80	2.8	79	82	3	245	26	27	20	24	1.99
33423118--33423342	40	5.7	40	84	4	204	26	27	20	24	1.99
33423120--33423342	120	1.9	119	81	6	272	26	27	21	25	1.99
33423274--33423351	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
33439043--33439081	20	1.9	21	89	5	62	17	35	25	20	1.95
33443914--33444096	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
33443893--33444096	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
33452154--33452331	40	4.5	40	82	6	211	25	28	21	24	1.99
33452154--33452331	79	2.2	80	82	7	211	25	28	21	24	1.99
33461410--33461554	44	3.3	44	100	0	290	39	11	9	40	1.73
33461555--33461596	19	2.2	19	86	0	57	47	14	9	28	1.75
33470232--33470259	12	2.3	12	100	0	56	32	42	17	7	1.77
33473509--33473588	38	2.1	38	85	0	106	21	23	26	28	1.99
33473581--33473662	43	1.9	43	97	0	155	9	25	34	30	1.88
33478680--33478740	28	2.1	29	90	3	97	29	31	13	26	1.93
33478951--33478985	16	2.2	16	89	0	52	8	14	20	57	1.63
33482297--33482321	13	1.9	13	100	0	50	44	24	8	24	1.80
33482242--33482326	45	1.9	44	87	2	125	32	27	12	27	1.93
33482208--33482406	101	2.0	101	88	2	301	33	25	14	26	1.94
33490277--33490325	25	2.0	25	100	0	98	28	24	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33490365--33490421	9	5.9	9	76	15	60	35	7	21	36	1.80
33490374--33490425	11	5.1	11	73	17	58	36	11	19	32	1.87
33490363--33490425	20	3.2	20	100	0	126	36	11	19	33	1.87
33490479--33490608	24	5.4	24	88	7	192	32	19	20	28	1.96
33494540--33494576	19	2.0	19	89	5	58	16	43	18	21	1.88
33494683--33494725	16	2.7	16	85	0	59	13	18	13	53	1.73
33501835--33502182	173	2.0	172	96	0	633	45	17	9	27	1.80
33508012--33508082	26	2.7	26	86	0	88	25	22	23	28	2.00
33514970--33515066	26	3.8	26	86	4	135	26	20	24	27	1.99
33514970--33515066	51	1.9	51	91	4	160	26	20	24	27	1.99
33515116--33515162	20	2.3	20	89	7	69	31	19	10	38	1.86
33518063--33518231	46	3.6	47	78	16	190	30	30	18	20	1.96
33518071--33518242	93	1.8	93	90	2	274	29	30	19	21	1.97
33525768--33525890	26	4.8	26	89	1	178	27	24	21	26	1.99
33525768--33525890	52	2.4	51	94	2	212	27	24	21	26	1.99
33525940--33525986	20	2.3	20	85	7	60	31	21	10	36	1.88
33535767--33535807	20	2.0	20	85	0	55	31	14	39	14	1.87
33537600--33537697	24	4.0	24	81	4	117	37	5	35	21	1.76
33545502--33545589	24	3.7	24	89	0	131	34	4	40	20	1.73
33548728--33548862	48	2.8	48	88	2	191	22	19	25	32	1.97
33574030--33574202	46	3.8	45	77	11	172	23	19	28	29	1.98
33577192--33577235	22	2.0	22	90	0	70	13	31	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33583796--33583848	27	2.0	27	84	0	70	37	16	15	30	1.90
33584095--33584139	22	2.0	22	95	0	81	11	26	28	33	1.91
33594665--33594718	18	2.9	17	82	15	63	62	0	25	11	1.28
33596348--33596445	52	1.9	52	89	2	153	35	14	13	36	1.85
33598551--33598582	14	2.3	15	89	10	50	46	6	0	46	1.27
33599574--33599609	15	2.3	16	90	4	56	0	33	58	8	1.28
33600174--33600217	16	2.7	17	79	10	56	25	0	2	72	0.96
33601557--33601584	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
33601551--33601596	16	3.0	15	84	6	65	13	4	2	80	0.95
33604466--33604508	21	1.9	24	86	13	65	41	6	2	48	1.43
33608205--33608248	16	2.8	16	85	0	61	54	4	13	27	1.58
33608242--33608332	44	2.0	46	82	4	114	32	5	24	37	1.78
33608501--33608533	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
33608434--33608559	58	2.2	57	82	14	154	53	3	1	41	1.29
33612963--33613006	20	2.1	21	95	4	81	27	6	13	52	1.66
33614878--33615005	47	2.7	47	87	2	177	23	14	28	33	1.94
33627352--33627410	28	2.1	28	90	0	91	32	28	6	32	1.83
33629471--33629516	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
33629478--33629522	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
33635694--33635756	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
33636680--33636734	19	2.8	19	91	2	83	38	16	7	38	1.76
33639961--33639995	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33639970--33640034	30	2.2	30	86	8	89	53	1	0	44	1.09
33640052--33640114	28	2.3	27	81	8	72	49	0	6	44	1.28
33640070--33640125	13	4.2	13	79	6	51	53	0	3	42	1.18
33640518--33640595	31	2.6	31	79	4	88	35	8	14	41	1.77
33647660--33648992	671	2.0	673	85	1	1832	29	15	19	35	1.93
33650123--33650332	41	5.1	40	88	5	188	31	21	24	22	1.98
33650155--33650332	41	4.3	40	92	2	248	30	22	25	21	1.99
33653091--33654423	671	2.0	673	86	1	1841	29	15	19	35	1.93
33655565--33655763	41	4.9	40	88	3	184	30	22	25	22	1.99
33655587--33655763	41	4.3	41	90	2	259	31	23	25	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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