genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62695481--62695528	22	2.2	22	85	7	62	60	2	0	37	1.09
62695478--62695527	25	2.0	24	81	11	57	62	2	0	36	1.07
62696214--62696242	6	4.8	6	100	0	58	0	48	0	51	1.00
62699824--62699857	17	2.0	17	100	0	68	29	5	29	35	1.81
62700113--62700155	20	2.2	20	86	0	59	27	2	9	60	1.40
62701169--62701646	239	2.0	239	81	3	559	30	23	13	32	1.93
62705404--62705472	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
62705404--62705472	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
62705453--62705543	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
62705708--62705742	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
62705928--62706084	30	5.2	30	63	22	78	47	4	3	44	1.39
62705691--62706555	120	7.2	120	97	0	1554	47	5	2	43	1.42
62709577--62709652	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
62709695--62709776	37	2.2	37	91	0	128	35	8	15	40	1.78
62725336--62725367	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17
62745617--62745676	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
62745752--62745799	19	2.5	19	74	12	53	29	0	6	64	1.18
62745759--62745799	19	2.1	20	86	4	57	26	0	7	65	1.18
62748470--62748507	19	2.1	18	90	5	58	5	34	0	60	1.19
62750833--62750881	3	16.3	3	95	0	89	67	2	0	30	1.02
62751048--62751143	14	7.1	14	69	25	73	58	2	3	36	1.26
62751083--62751150	17	3.7	17	73	21	57	58	4	1	35	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62751341--62751397	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
62754366--62754398	7	4.7	7	100	0	66	30	0	27	42	1.56
62763118--62763505	192	2.0	193	94	0	679	25	14	20	39	1.90
62765154--62765360	103	2.0	103	100	0	414	41	16	8	33	1.79
62768430--62768820	130	3.0	132	80	5	434	27	18	19	34	1.95
62768431--62768830	132	3.0	128	77	5	381	28	19	18	34	1.95
62770924--62770980	20	2.8	20	79	15	62	42	3	1	52	1.28
62771086--62771126	18	2.4	17	87	4	55	56	0	0	43	0.99
62772091--62772156	21	3.2	21	67	16	57	28	10	21	39	1.86
62772072--62772158	40	2.2	40	87	8	124	31	9	20	39	1.84
62772362--62772462	45	2.2	45	87	3	141	20	18	20	39	1.92
62772442--62772485	6	7.2	6	79	5	52	15	20	18	45	1.85
62773202--62773234	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
62773519--62773658	46	3.0	46	88	2	201	18	22	13	45	1.85
62773540--62773756	117	1.9	117	85	1	301	20	23	13	42	1.87
62773588--62773720	71	1.9	71	85	0	185	19	24	12	43	1.86
62773657--62773816	46	3.5	46	90	0	239	23	23	12	40	1.88
62775632--62775679	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
62778781--62778825	17	2.6	17	82	0	54	31	8	20	40	1.83
62793549--62793591	19	2.3	19	84	11	61	76	0	11	11	1.02
62798722--62798801	40	2.0	39	87	2	115	27	15	26	31	1.95
62798822--62798890	28	2.5	28	82	0	75	30	17	27	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62800449--62800485	18	2.1	18	100	0	74	18	16	27	37	1.92
62803020--62803044	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
62805937--62805972	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
62814272--62814496	120	1.9	121	81	4	276	32	14	20	32	1.93
62814201--62814620	189	2.2	193	95	2	749	30	14	20	34	1.92
62814579--62814820	88	2.8	84	83	11	294	26	19	19	35	1.95
62814927--62815143	54	4.1	55	87	8	315	29	16	17	36	1.92
62815406--62815504	29	3.4	29	87	4	146	30	22	4	43	1.71
62815406--62815519	29	4.0	28	82	3	111	31	21	3	43	1.69
62815403--62815531	58	2.2	58	79	6	145	34	19	3	42	1.67
62815729--62815770	17	2.5	17	84	7	59	73	7	9	9	1.24
62815729--62815771	18	2.5	17	84	3	59	74	6	9	9	1.22
62815863--62815918	3	17.0	3	85	14	67	66	0	33	0	0.92
62815863--62815918	10	5.7	9	82	17	67	66	0	33	0	0.92
62815866--62815918	13	3.9	14	85	9	67	66	0	33	0	0.92
62816192--62816247	23	2.4	22	82	11	67	80	1	17	0	0.80
62816192--62816246	16	3.5	16	80	11	60	80	1	18	0	0.81
62816197--62816248	10	6.0	8	81	18	52	78	1	19	0	0.84
62816396--62816423	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
62816388--62816451	26	2.5	25	79	5	65	29	1	0	68	0.99
62816616--62816657	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
62816616--62816657	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62816770--62817251	17	26.8	18	67	18	186	32	12	8	46	1.71
62816775--62817175	35	11.3	36	69	16	148	32	11	7	47	1.69
62816991--62817168	52	3.4	50	79	11	146	30	12	8	47	1.72
62817032--62817123	16	5.4	17	72	16	66	35	11	8	43	1.73
62817185--62817305	36	3.3	36	78	4	127	30	18	10	40	1.84
62817312--62817353	21	2.0	22	90	4	68	40	2	9	47	1.49
62817351--62817393	17	2.4	18	76	3	52	37	16	9	37	1.81
62817418--62817467	17	2.7	19	84	12	77	32	14	12	42	1.82
62817414--62817469	18	3.1	18	87	7	87	28	12	10	48	1.74
62818054--62818092	6	6.7	6	88	5	62	0	17	0	82	0.68
62818699--62818923	62	3.6	62	82	5	283	24	26	28	20	1.99
62819688--62819737	26	1.9	26	100	0	100	34	0	24	42	1.55
62820533--62820578	22	2.1	22	91	0	74	50	8	4	36	1.53
62821324--62821350	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
62823299--62823335	20	1.9	20	88	5	58	24	2	5	67	1.25
62844283--62844345	29	2.2	27	83	8	72	33	19	9	38	1.84
62844294--62844349	29	1.9	29	96	0	103	35	21	7	35	1.81
62866156--62866198	22	2.0	22	86	9	61	55	2	2	39	1.25
62866496--62866527	15	2.2	14	94	5	55	25	0	0	75	0.81
62868295--62868339	25	1.9	22	86	13	63	71	0	26	2	0.98
62870995--62871165	86	2.0	86	98	0	333	31	22	15	29	1.95
62874747--62874803	30	1.9	29	89	3	87	24	3	3	68	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62874761--62874807	14	3.2	14	80	11	58	27	2	0	70	0.99
62874600--62875333	142	5.2	143	84	7	906	27	5	7	58	1.49
62875059--62875101	13	3.4	13	80	6	52	25	2	4	67	1.22
62874600--62875349	285	2.6	277	83	9	935	27	5	7	58	1.48
62875329--62875357	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
62875777--62875815	20	2.0	20	89	0	60	0	33	0	66	0.92
62875770--62875841	12	5.8	12	75	16	67	0	26	0	73	0.83
62875858--62875923	22	3.1	22	72	12	66	0	43	0	56	0.99
62875869--62875906	3	13.3	3	83	10	53	0	39	0	60	0.97
62875989--62876030	22	1.9	22	90	0	66	11	23	40	23	1.88
62876048--62876100	27	2.0	27	96	0	97	9	37	32	20	1.85
62876994--62877024	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
62887334--62887386	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
62887622--62887656	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
62887742--62887776	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
62887605--62888467	120	7.2	120	99	0	1690	47	5	2	44	1.40
62891737--62891763	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
62894959--62895090	35	3.6	38	77	9	132	33	22	11	32	1.90
62899961--62900027	34	2.0	34	87	0	98	22	23	19	34	1.97
62903215--62903240	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
62907869--62907900	6	5.3	6	100	0	64	34	0	0	65	0.93
62911682--62911706	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62912786--62912822	3	12.3	3	88	0	56	35	2	0	62	1.10
62912977--62913041	19	3.5	20	76	19	77	36	0	0	63	0.95
62913620--62913680	31	2.0	31	87	6	90	57	13	8	21	1.62
62921774--62921828	27	2.0	27	100	0	110	34	10	21	32	1.89
62922973--62923097	64	1.9	65	85	9	175	56	13	13	16	1.68
62923055--62923204	80	1.9	78	86	4	212	51	16	14	18	1.77
62930563--62930609	18	2.6	18	82	0	67	48	8	36	6	1.59
62931102--62931271	84	2.0	85	83	3	218	27	16	19	37	1.93
62932576--62932615	17	2.3	18	83	12	57	47	0	10	42	1.37
62934505--62934538	8	4.1	8	85	7	50	2	14	0	82	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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