genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70224117--70225665	146	10.4	146	87	6	1880	32	20	16	29	1.95
70224544--70224713	86	2.0	87	84	2	225	35	19	15	28	1.93
70224018--70225753	522	3.3	526	95	2	3004	33	20	16	29	1.95
70224992--70225291	163	1.9	161	87	2	449	33	20	16	29	1.95
70224102--70225657	381	4.2	368	85	7	1764	33	20	16	29	1.95
70225154--70225678	148	3.6	147	91	2	824	33	20	16	29	1.94
70225852--70225898	13	3.5	13	82	5	67	68	2	10	19	1.30
70225677--70225968	100	2.9	101	87	1	397	40	19	16	23	1.91
70225876--70226042	73	2.3	74	83	2	203	36	19	14	29	1.92
70226948--70227123	73	2.4	73	92	3	302	8	23	10	57	1.58
70237038--70237544	250	2.0	250	97	0	960	37	20	20	21	1.94
70238487--70238554	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
70238570--70238699	23	5.6	25	71	14	82	56	3	4	35	1.35
70238654--70238699	25	1.9	23	91	8	74	63	0	0	36	0.95
70238983--70239021	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
70239180--70239274	30	3.3	30	85	8	142	20	6	49	24	1.71
70239183--70239271	27	3.2	27	88	4	124	21	6	48	23	1.74
70243072--70243096	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
70243219--70243273	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
70260979--70261016	17	2.1	19	85	9	53	60	2	0	36	1.11
70261257--70261326	3	22.0	3	88	8	79	62	4	0	32	1.14
70261399--70261478	24	3.3	24	70	20	67	66	1	3	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70261437--70261488	14	3.6	14	76	7	50	76	0	1	21	0.87
70261987--70262102	30	3.9	30	88	2	171	25	6	50	17	1.70
70262667--70263464	43	18.6	42	67	12	304	19	22	21	36	1.95
70262627--70263253	87	7.3	87	87	4	831	19	22	21	36	1.95
70262710--70262863	44	3.5	44	75	11	170	16	22	22	38	1.92
70262878--70263763	44	20.5	44	66	9	266	20	23	21	35	1.96
70263015--70263553	130	4.2	128	71	13	345	20	22	22	34	1.97
70263272--70263778	86	5.9	86	85	4	691	21	23	20	34	1.97
70263493--70263719	42	5.3	42	66	8	116	22	23	20	34	1.97
70270934--70271016	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
70270938--70271020	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
70270927--70271016	12	7.3	12	75	17	78	28	3	1	66	1.14
70271088--70271142	3	18.0	3	82	14	60	30	0	5	63	1.17
70278084--70278169	30	2.9	30	94	0	154	16	51	6	25	1.69
70278674--70278889	3	70.0	3	67	22	71	29	6	2	61	1.35
70278678--70278889	18	11.8	18	70	19	97	29	6	2	60	1.36
70279014--70279111	39	2.4	41	78	14	105	27	3	6	63	1.33
70284302--70284381	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
70284302--70284382	12	6.8	12	75	12	78	65	1	3	29	1.17
70284298--70284377	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
70284302--70284390	9	9.4	9	70	16	56	67	1	3	28	1.14
70284886--70284970	30	2.9	30	91	1	127	27	5	49	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70286532--70286586	28	2.0	28	100	0	110	36	14	14	34	1.87
70289810--70289883	33	2.2	33	87	0	103	43	9	10	36	1.72
70295570--70295610	18	2.3	18	87	4	66	68	0	0	31	0.90
70319909--70319952	18	2.6	16	83	13	61	52	0	0	47	1.00
70319914--70319953	18	2.2	18	100	0	80	50	0	0	50	1.00
70320044--70320109	28	2.4	28	84	5	80	39	15	4	40	1.67
70320044--70320097	14	3.9	14	90	0	81	38	18	1	40	1.61
70321833--70321911	27	2.8	27	75	17	72	31	13	0	54	1.40
70321888--70321936	20	2.4	21	75	18	59	34	4	2	59	1.28
70325774--70325877	20	4.9	19	72	25	59	35	4	1	57	1.31
70325777--70325890	21	5.3	21	76	13	90	34	5	1	58	1.31
70338158--70338294	72	1.9	72	87	0	202	31	18	23	27	1.97
70338330--70338468	71	2.0	71	89	0	215	29	15	22	32	1.95
70338484--70338693	54	3.9	54	83	5	278	32	12	17	37	1.88
70340950--70341052	21	4.8	22	79	10	106	34	3	1	59	1.27
70340938--70341052	21	5.2	21	76	14	99	34	5	1	58	1.31
70356278--70356337	25	2.5	24	81	10	68	26	0	6	66	1.16
70357073--70357108	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
70357722--70357772	21	2.4	21	83	0	57	25	9	7	56	1.58
70357988--70358226	126	1.9	127	94	0	426	28	15	16	39	1.89
70364263--70364310	13	3.7	14	81	13	59	72	0	27	0	0.84
70365811--70365897	46	1.9	46	81	4	106	28	22	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70365590--70366043	177	2.6	177	90	3	743	29	23	23	24	1.99
70365819--70366379	132	4.2	134	81	6	628	30	23	22	23	1.99
70365856--70366349	265	1.9	264	92	2	830	29	23	22	24	1.99
70366384--70366514	44	3.0	44	67	13	108	36	18	19	25	1.94
70366498--70366906	85	4.8	85	89	3	563	30	23	26	19	1.98
70366346--70366906	174	3.3	171	82	5	598	31	23	24	20	1.98
70366346--70366908	87	6.5	86	84	4	536	31	23	24	20	1.98
70367144--70367206	29	2.2	29	91	5	101	31	49	1	17	1.56
70367189--70367224	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
70367497--70367638	63	2.2	63	76	15	141	26	4	6	62	1.39
70368106--70368349	126	1.9	126	93	0	416	29	16	15	39	1.89
70376175--70376215	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
70376316--70376409	39	2.4	39	82	5	111	25	28	22	23	1.99
70382264--70382306	20	2.2	19	88	12	61	39	0	2	58	1.11
70382486--70382519	7	4.9	7	92	0	59	44	0	0	55	0.99
70382696--70382759	29	2.2	29	85	0	92	28	6	6	59	1.46
70391724--70391748	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
70403346--70403395	25	2.0	25	100	0	100	52	0	8	40	1.31
70404402--70404438	18	2.1	18	90	10	58	54	0	10	35	1.36
70405214--70405242	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
70413486--70413692	46	4.5	46	90	1	281	43	14	22	19	1.87
70413471--70413692	93	2.4	92	87	2	302	42	13	22	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70418571--70418606	18	2.0	18	88	0	54	16	11	5	66	1.40
70418630--70418759	3	40.3	3	74	17	93	28	7	1	62	1.32
70419542--70419582	18	2.3	18	100	0	82	26	9	9	53	1.65
70431934--70431983	18	2.8	18	72	24	52	68	2	0	30	1.01
70447898--70447954	18	3.2	17	76	13	62	59	0	1	38	1.08
70447898--70447958	19	3.3	18	78	13	63	60	0	1	37	1.07
70448265--70448292	8	3.5	8	100	0	56	42	0	0	57	0.99
70450478--70450519	18	2.4	18	80	15	52	47	40	0	11	1.40
70450589--70450641	19	2.8	19	94	2	90	50	45	0	3	1.19
70450939--70450977	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
70452568--70452644	15	5.4	15	64	17	56	27	2	7	62	1.36
70452568--70452644	28	2.7	28	73	13	68	27	2	7	62	1.36
70454112--70454167	28	2.0	28	96	0	103	44	0	12	42	1.42
70454488--70454543	25	2.2	26	80	9	69	23	19	19	37	1.94
70454499--70454595	25	4.2	25	79	13	91	20	21	17	40	1.92
70454532--70454593	21	2.9	22	85	9	92	19	25	16	38	1.92
70454532--70454595	22	3.0	21	88	6	94	18	25	17	39	1.92
70457635--70457672	19	2.1	19	90	5	60	52	7	0	39	1.31
70463415--70463447	17	1.9	17	88	11	50	69	6	0	24	1.10
70465084--70465117	11	3.2	11	83	8	52	17	0	0	82	0.67
70472013--70472367	175	2.0	174	93	2	615	40	20	17	21	1.92
70481551--70481584	16	2.1	16	89	10	52	64	2	0	32	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70482957--70482992	18	2.0	18	88	0	54	33	0	2	63	1.08
70486027--70486086	30	2.0	30	96	0	111	23	3	31	41	1.71
70487430--70487491	28	2.3	27	85	2	88	33	4	0	61	1.17
70492856--70492907	27	1.9	27	84	0	68	55	1	0	42	1.10
70495377--70495453	39	2.0	40	81	16	94	38	1	7	51	1.39
70507563--70507601	20	2.0	20	85	5	53	43	0	2	53	1.14
70508173--70508250	31	2.5	31	81	8	79	53	8	5	32	1.54
70520196--70520245	22	2.3	21	83	10	57	10	56	18	16	1.67
70522222--70522477	132	1.9	131	86	6	358	28	17	17	35	1.93
70538954--70538994	15	2.9	14	85	7	55	65	12	4	17	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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