Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  38  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11443762--11443795
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0
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2.0
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66
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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(0-2)
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26
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1.41
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2.5
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18
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1.94
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1.32
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2.0
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1.92
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37
1.92
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3.2
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21
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1.93
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11.4
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74
15
141
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13
22
37
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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(0-2)
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217
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25
2.00
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26
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1.98
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11610027--11610066
20
2.0
21
85
5
55
57
2
12
27
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11610048--11610086
17
2.4
16
86
4
60
64
5
2
28
1.28
11610048--11610152
18
5.8
17
78
12
79
62
3
4
28
1.33
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12
2.1
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51
24
0
0
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18
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2.0
24
82
0
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53
17
19
10
1.72
11613405--11613450
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1.9
24
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8
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47
17
21
13
1.81
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28
16
25
28
1.97
11618134--11618299
88
1.9
88
87
2
244
30
16
25
27
1.97
11618369--11618469
44
2.3
44
92
0
175
19
20
31
27
1.97
11618431--11618964
177
3.0
176
78
8
573
28
17
26
27
1.98
11618928--11619408
132
3.6
131
78
7
497
29
18
25
25
1.98
11619429--11619535
44
2.4
44
80
6
119
28
19
22
29
1.98
11620226--11620277
26
2.0
27
84
3
70
65
17
9
7
1.45
11626328--11626383
28
2.0
28
82
3
67
21
41
19
17
1.91
11626373--11626407
12
2.9
12
91
0
52
8
51
17
22
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11641937--11641961
12
2.1
12
100
0
50
48
20
16
16
1.82
11649659--11649708
6
8.2
6
86
4
64
48
16
18
18
1.82
11649688--11649789
45
2.3
45
82
3
125
41
18
18
21
1.91
11649999--11650082
40
2.1
40
84
0
105
42
21
4
30
1.73
11650844--11650868
4
6.2
4
100
0
50
24
0
0
76
0.80
11656943--11656999
28
2.0
28
96
0
105
36
10
12
40
1.77
11657514--11657563
6
8.2
6
86
4
73
50
16
16
18
1.79
11657543--11657651
45
2.4
45
89
3
166
40
16
20
22
1.91
11657538--11657668
45
2.7
50
77
16
148
41
17
19
21
1.90
11657859--11657937
40
2.0
40
82
0
95
41
20
7
30
1.80
11661618--11661642
4
6.2
4
100
0
50
24
0
0
76
0.80
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130
2.7
129
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3
352
39
7
8
44
1.64
11686373--11686542
40
4.3
40
85
1
207
23
21
30
24
1.99
11686395--11686577
79
2.3
80
80
1
208
25
21
29
24
1.99
11697501--11697815
143
2.2
143
93
1
533
40
14
10
34
1.81
11704067--11704093
7
3.9
7
100
0
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0
0
55
0.99
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15
4.6
15
81
5
68
13
20
11
55
1.68
11711910--11712085
46
3.8
45
80
10
203
21
21
28
28
1.98
11711907--11712077
93
1.8
93
93
0
297
21
21
29
27
1.99
11717092--11717134
21
2.0
21
81
0
50
51
0
6
41
1.29
11723743--11723785
12
3.5
12
90
3
50
13
4
0
81
0.84
11723743--11723785
18
2.3
19
88
4
61
13
4
0
81
0.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11723752--11723792
6
6.5
6
91
8
64
14
2
0
82
0.76
11723752--11723792
13
3.2
12
90
10
64
14
2
0
82
0.76
11723752--11723792
19
2.2
18
91
8
64
14
2
0
82
0.76
11725678--11725722
23
2.0
22
86
4
63
60
0
6
33
1.23
11725789--11725850
26
2.4
26
78
10
65
61
1
3
33
1.22
11725967--11726017
15
3.3
16
81
13
54
58
0
5
35
1.22
11726065--11726145
41
2.1
40
80
13
91
61
4
3
29
1.34
11730625--11730770
72
2.0
72
100
0
292
33
24
14
27
1.94
11742742--11742903
53
3.1
53
85
0
216
33
11
12
41
1.80
11747084--11747121
20
1.9
20
88
0
58
52
10
0
36
1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          257   258   259