genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42897985--42898024	17	2.3	18	86	4	55	20	25	40	15	1.90
42910760--42910828	26	2.7	26	93	0	111	24	39	14	21	1.91
42910762--42910845	26	3.2	26	86	3	80	27	35	13	23	1.92
42915791--42915918	60	2.2	58	80	9	150	43	13	4	38	1.65
42918017--42918144	27	4.8	27	85	6	172	35	23	23	17	1.96
42918006--42918144	54	2.6	54	91	3	228	35	24	23	17	1.95
42921482--42921705	44	5.1	44	87	3	270	24	28	16	31	1.96
42921667--42921856	88	2.2	87	92	0	308	26	29	17	26	1.98
42921871--42922474	138	4.4	138	93	0	1028	31	21	16	30	1.95
42922256--42923713	138	10.6	138	92	1	2200	29	22	16	31	1.96
42921993--42923713	276	6.2	280	88	4	2037	29	22	16	31	1.96
42921893--42923713	414	4.4	418	86	5	2039	29	22	16	31	1.96
42927640--42927706	19	3.5	19	91	0	107	41	16	19	22	1.90
42927650--42927708	5	12.0	5	73	22	54	40	18	18	22	1.91
42927669--42927722	24	2.2	24	83	6	65	38	16	24	20	1.92
42927640--42927723	38	2.2	38	82	4	107	41	15	21	21	1.90
42930095--42930120	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
42931316--42931345	11	2.6	11	94	5	51	80	3	6	10	1.01
42931387--42931419	13	2.4	14	90	5	50	0	9	6	84	0.76
42933301--42933408	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
42939519--42939544	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
42940121--42940182	11	6.3	10	74	18	51	69	4	0	25	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42940121--42940183	9	6.6	9	76	20	65	68	4	0	26	1.10
42942342--42942586	121	2.0	121	96	0	454	31	15	24	28	1.95
42946765--42946823	29	2.0	29	100	0	118	44	13	6	35	1.71
42949258--42949315	28	2.0	30	87	12	86	25	3	12	58	1.49
42950267--42950310	18	2.4	18	85	7	54	63	6	2	27	1.31
42950759--42950799	17	2.4	18	76	12	50	68	0	0	31	0.90
42950887--42950977	28	3.2	29	75	12	80	32	3	1	62	1.18
42968004--42968166	39	4.2	39	86	0	227	23	25	18	33	1.97
42975159--42975195	19	1.9	19	94	0	65	32	13	18	35	1.90
42988630--42988760	57	2.3	57	81	3	158	27	18	29	24	1.98
42988632--42988760	28	4.6	28	75	5	118	26	18	30	24	1.98
42990861--42991001	76	1.9	76	90	3	230	27	19	26	25	1.99
42990810--42991029	40	5.6	40	85	8	249	25	21	27	25	1.99
42998770--42998994	79	2.8	80	83	10	255	25	21	27	25	2.00
42998770--42998994	119	1.9	120	83	8	298	25	21	27	25	2.00
42998770--42998994	40	5.7	40	86	5	271	25	21	27	25	2.00
42998823--42999027	79	2.6	78	83	10	247	27	20	26	25	1.99
43014772--43014939	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
43014807--43014992	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
43014809--43014992	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
43022707--43022923	39	5.5	39	74	13	167	27	27	20	24	1.99
43022707--43022922	77	2.8	77	79	8	231	27	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43022744--43022924	39	4.6	40	81	10	187	28	27	19	24	1.99
43022742--43022924	80	2.3	78	83	10	214	28	27	19	24	1.99
43059779--43059848	25	2.8	25	95	0	122	25	22	24	27	2.00
43060772--43060823	27	1.9	27	88	7	79	34	9	13	42	1.77
43060845--43060985	27	5.2	27	83	5	169	29	8	19	41	1.81
43060859--43061018	54	3.0	54	81	5	191	29	10	20	40	1.86
43060835--43061018	81	2.3	81	79	7	187	28	10	19	41	1.85
43060859--43061025	27	6.2	27	75	12	119	28	10	21	38	1.87
43061017--43061214	27	7.3	27	86	2	254	38	7	24	28	1.83
43061017--43061214	81	2.4	81	88	1	281	38	7	24	28	1.83
43061061--43061234	81	2.1	81	86	0	231	38	8	22	31	1.83
43078493--43078644	40	3.8	40	95	0	268	22	23	28	25	1.99
43086675--43086851	40	4.5	40	91	3	270	22	23	27	27	1.99
43086675--43086851	79	2.2	80	90	4	270	22	23	27	27	1.99
43089415--43089441	9	3.0	9	100	0	54	55	0	11	33	1.35
43094087--43094147	24	2.5	24	84	5	70	19	18	29	32	1.95
43101943--43102003	24	2.5	24	84	5	70	19	18	29	32	1.95
43103788--43104032	40	6.2	40	90	3	311	24	22	26	25	2.00
43111754--43111947	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
43111783--43111854	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
43111828--43111903	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
43112148--43112256	37	2.9	37	91	0	173	22	20	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43113525--43113794	79	3.4	79	92	1	443	24	21	28	24	1.99
43113525--43113794	119	2.3	118	90	1	423	24	21	28	24	1.99
43113525--43113794	40	6.8	40	91	1	436	24	21	28	24	1.99
43117821--43118014	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
43117850--43117921	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
43117895--43117970	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
43118220--43118322	37	2.8	37	89	2	154	25	17	31	26	1.97
43124608--43124671	18	3.5	18	73	12	67	37	9	9	43	1.69
43136548--43136751	40	5.1	40	83	7	254	25	27	22	24	1.99
43136569--43136751	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
43138709--43138900	40	4.8	40	90	1	217	27	27	21	24	1.99
43138680--43138899	80	2.8	80	80	4	239	28	26	20	24	1.99
43148042--43148245	40	5.1	40	83	7	245	26	27	21	24	1.99
43148028--43148245	79	2.7	80	82	7	248	26	27	21	24	1.99
43152284--43152434	82	1.9	81	85	4	214	27	17	27	27	1.97
43152284--43152439	27	5.7	27	81	6	154	27	16	28	27	1.97
43152283--43152460	27	6.6	27	79	5	144	26	16	28	28	1.97
43152276--43152460	82	2.3	81	77	2	201	27	16	28	28	1.97
43158100--43158127	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
43159741--43159821	34	2.3	35	89	2	119	46	6	4	41	1.50
43161321--43161377	27	2.1	27	100	0	114	28	17	15	38	1.91
43171183--43171212	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43173885--43173921	18	2.1	18	100	0	74	27	10	10	51	1.70
43176298--43176346	19	2.5	19	80	9	55	57	4	2	36	1.30
43177214--43177264	26	2.0	26	84	7	68	37	13	7	41	1.74
43178565--43178613	19	2.4	20	80	13	55	38	0	0	61	0.96
43179049--43179112	30	2.1	30	85	11	85	57	7	0	34	1.27
43179982--43180063	24	3.3	24	67	26	62	54	9	8	26	1.61
43183851--43183884	15	2.3	15	89	0	50	50	17	11	20	1.77
43186114--43186338	40	5.7	40	83	5	260	25	20	27	26	1.99
43186188--43186371	80	2.3	80	81	5	196	27	20	27	25	1.99
43189639--43189722	44	1.9	44	82	0	105	30	15	23	29	1.95
43196270--43196452	40	4.6	40	83	6	212	24	27	22	24	2.00
43196270--43196452	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	24	2.00
43215636--43215799	38	4.2	38	86	4	229	20	20	26	32	1.97
43215793--43215920	46	2.9	45	84	7	140	25	22	28	24	2.00
43219196--43219300	43	2.5	42	81	4	122	35	29	13	21	1.92
43229317--43229539	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
43229315--43229539	40	5.7	39	83	9	251	25	28	22	24	2.00
43237345--43237569	40	5.7	40	83	5	242	26	28	21	24	1.99
43237347--43237569	119	1.9	120	81	8	276	26	27	21	24	1.99
43243657--43243706	26	1.9	26	84	8	66	40	22	16	22	1.91
43244773--43244848	24	3.3	23	85	7	84	44	11	30	13	1.79
43244793--43244848	24	2.4	24	90	3	87	46	10	30	12	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43248369--43248407	19	2.1	18	85	4	51	48	0	12	38	1.42
43250889--43250927	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
43250977--43251129	24	6.2	25	90	7	192	30	18	22	27	1.98
43250977--43251129	49	3.1	49	87	9	206	30	18	22	27	1.98
43251314--43251377	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
43254819--43255086	43	6.2	42	74	12	195	24	16	26	32	1.96
43254819--43255019	43	4.7	42	79	7	219	24	18	26	30	1.98
43254819--43255019	84	2.4	84	89	4	280	24	18	26	30	1.98
43256450--43256482	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
43257631--43257865	48	4.9	48	70	14	146	27	27	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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