genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58938658--58938696	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
58939505--58939732	87	2.6	87	78	7	230	34	19	15	31	1.93
58939670--58939867	103	1.9	105	86	5	285	40	16	15	27	1.89
58940101--58940135	14	2.5	14	85	0	52	60	5	20	14	1.54
58939797--58940205	88	4.7	88	83	6	436	37	18	17	26	1.93
58940115--58943891	220	16.7	220	84	9	4640	33	19	16	30	1.94
58941095--58941349	92	2.8	87	80	7	262	35	18	18	28	1.94
58941254--58943911	73	35.3	74	75	10	2026	33	19	16	30	1.94
58940333--58943979	915	4.0	916	94	1	6141	33	19	16	30	1.94
58943909--58944198	99	2.9	100	85	4	370	39	17	17	25	1.92
58944082--58944126	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
58943910--58944198	100	2.9	101	85	5	372	39	17	17	25	1.92
58944095--58944268	89	2.0	86	84	3	222	37	20	17	23	1.94
58945145--58945177	17	1.9	17	93	0	57	0	18	0	81	0.68
58951260--58951289	14	2.1	14	93	0	51	46	10	13	30	1.75
58954964--58955011	15	3.1	15	78	6	51	58	2	6	33	1.35
58954993--58955123	47	2.7	45	78	14	129	58	4	7	29	1.46
58955017--58955154	72	1.9	73	81	1	170	57	4	7	31	1.46
58955005--58955210	25	8.8	24	71	14	108	56	4	6	32	1.44
58955038--58955210	23	7.4	24	71	11	94	57	4	5	32	1.41
58955491--58955529	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
58955680--58955733	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58955676--58955743	30	2.3	30	97	0	127	16	5	52	25	1.65
58958864--58958899	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
58960452--58960745	130	2.3	131	87	4	420	36	16	17	30	1.91
58961839--58961865	14	1.9	14	100	0	54	51	3	7	37	1.48
58972692--58972825	3	43.0	3	70	12	51	63	2	7	26	1.33
58972879--58972908	15	2.0	15	93	0	51	56	13	6	23	1.60
58986409--58986447	20	1.9	21	89	5	62	30	7	15	46	1.74
59006931--59006969	18	2.3	16	86	8	51	71	10	10	7	1.30
59007103--59007154	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
59007041--59007270	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
59007051--59007238	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
59007232--59007273	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
59007223--59007264	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
59007399--59007508	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
59007489--59007556	16	4.2	16	94	0	118	35	36	0	27	1.58
59008131--59008157	12	2.2	12	100	0	54	25	7	11	55	1.61
59008549--59008597	13	3.8	13	76	10	55	36	4	20	38	1.72
59010174--59010228	24	2.4	23	81	6	67	54	7	1	36	1.39
59010261--59010305	21	2.3	18	85	11	54	51	6	0	42	1.28
59010813--59010883	3	24.0	3	83	8	92	66	2	1	29	1.15
59012997--59013027	14	2.2	14	94	0	53	67	3	6	22	1.28
59013166--59013192	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59013046--59013196	82	1.8	82	81	5	189	40	15	15	28	1.88
59012857--59013257	87	4.6	88	75	10	387	36	18	16	28	1.93
59027068--59027119	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
59027175--59027227	11	5.0	11	79	6	65	30	20	13	35	1.91
59027167--59027227	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
59027167--59027227	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
59034949--59035009	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
59034949--59035009	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
59035046--59035095	25	2.0	26	88	4	75	26	12	24	38	1.90
59035278--59035376	33	3.0	33	89	2	155	39	21	10	29	1.86
59035284--59035380	32	3.0	32	90	1	149	38	19	11	30	1.87
59040199--59040252	22	2.6	21	80	13	58	53	3	11	31	1.53
59040309--59040368	24	2.5	24	81	2	77	61	6	5	26	1.42
59040223--59040360	3	46.3	3	66	17	65	60	4	6	28	1.41
59044087--59044201	60	2.0	59	83	10	148	40	3	6	50	1.44
59046329--59046442	51	2.2	51	92	0	183	35	14	21	28	1.93
59049237--59049277	20	2.0	20	95	0	73	41	17	12	29	1.85
59050986--59051021	18	2.0	18	94	0	63	30	16	8	44	1.77
59057700--59057732	17	1.9	17	93	0	57	24	18	18	39	1.92
59061691--59061741	21	2.3	21	83	12	59	49	13	3	33	1.61
59065650--59065826	67	2.7	66	81	8	173	31	16	29	22	1.95
59071915--59071953	20	2.0	20	94	0	69	56	2	10	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59081857--59081932	40	1.9	40	88	0	116	47	11	3	36	1.59
59084413--59084446	15	2.1	17	89	10	54	35	0	0	64	0.94
59084444--59084517	29	2.6	29	97	0	139	48	2	0	48	1.15
59084942--59084966	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
59086785--59086832	21	2.3	21	89	7	71	66	2	0	31	1.03
59086784--59086836	22	2.5	22	81	9	65	67	1	0	30	1.01
59086810--59086853	14	2.8	16	80	16	56	65	0	2	31	1.05
59094733--59094813	40	2.0	40	90	0	126	53	13	3	29	1.57
59094849--59094889	19	2.2	19	90	0	64	43	14	4	36	1.67
59097031--59097124	47	2.0	47	87	4	136	30	11	21	36	1.89
59097074--59097200	60	2.1	61	94	1	220	29	14	22	33	1.94
59098684--59098758	18	4.2	18	91	0	114	29	22	16	32	1.95
59106538--59106572	12	2.9	12	95	0	61	48	14	0	37	1.44
59118448--59118490	15	2.7	16	82	10	52	58	4	0	37	1.19
59131502--59131585	31	2.8	31	78	10	84	22	13	9	54	1.67
59134121--59134163	23	1.9	22	95	4	77	37	11	9	41	1.74
59134297--59134348	20	2.8	18	78	21	63	51	3	0	44	1.19
59134292--59134395	37	3.0	37	71	20	98	50	3	2	42	1.35
59140569--59140680	43	2.6	42	79	8	111	33	27	16	23	1.95
59149745--59149877	42	3.1	43	78	6	135	24	15	27	32	1.96
59152006--59152096	35	2.6	35	79	6	105	29	8	18	42	1.80
59156766--59156929	59	2.7	59	78	9	136	26	13	14	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59157375--59157448	30	2.4	31	86	2	96	54	13	5	27	1.61
59167285--59167334	23	2.2	23	81	0	55	32	8	4	56	1.47
59167514--59167554	22	1.9	21	85	5	55	26	7	0	65	1.18
59167519--59167554	18	2.1	16	90	10	54	27	2	0	69	1.02
59174065--59174325	133	2.0	133	87	1	380	31	17	21	29	1.96
59174276--59174366	44	2.1	44	80	0	101	31	18	21	27	1.97
59174163--59174678	177	2.9	176	85	2	737	31	19	21	27	1.97
59174474--59175018	44	12.3	45	68	7	157	32	20	20	27	1.97
59174474--59174811	133	2.5	133	85	1	374	32	20	20	26	1.97
59174340--59175288	310	3.1	309	85	1	1292	31	19	20	28	1.97
59174163--59174924	177	4.3	177	80	5	625	32	19	20	27	1.97
59174515--59174881	133	2.8	132	82	4	434	31	20	20	27	1.97
59174805--59175122	133	2.4	133	81	4	347	31	18	22	27	1.97
59174648--59174989	177	1.9	177	88	1	515	31	19	21	27	1.97
59174648--59175030	177	2.2	177	83	3	423	32	19	20	27	1.97
59174917--59175262	177	2.0	177	80	2	390	31	18	21	28	1.97
59175267--59175559	134	2.2	134	85	1	392	31	18	21	28	1.97
59175363--59175736	89	4.2	90	76	6	343	31	20	20	27	1.98
59175093--59175736	45	14.5	44	71	8	227	31	19	21	28	1.97
59175270--59175697	134	3.2	132	80	5	391	31	19	21	28	1.97
59176484--59176812	3	109.0	3	67	18	53	27	8	3	61	1.40
59176487--59176536	23	2.2	23	85	0	64	36	6	0	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59176760--59176812	22	2.5	21	81	6	70	28	5	0	66	1.15
59176974--59177235	126	2.1	128	83	7	329	35	12	15	36	1.86
59202302--59202352	13	3.2	18	66	28	51	33	11	3	50	1.57
59209069--59209101	17	2.0	17	94	5	59	36	3	6	54	1.41
59211347--59211455	55	2.0	55	90	0	173	40	10	11	38	1.74
59212217--59212317	51	2.0	51	98	1	195	29	11	3	54	1.55
59212728--59212811	41	2.0	41	100	0	168	41	4	19	34	1.72
59215866--59216200	154	2.2	154	93	0	562	22	26	19	32	1.97
59215866--59216252	154	2.5	154	88	2	512	21	26	19	32	1.97
59218013--59218112	43	2.3	43	89	3	148	24	14	26	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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