genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16681995--16682168	94	1.9	94	86	4	253	27	17	31	24	1.97
16681995--16682215	94	2.4	94	82	9	251	27	17	29	25	1.97
16683067--16683184	55	2.1	55	80	0	137	22	25	28	23	1.99
16684091--16684201	41	2.7	42	83	6	131	34	28	15	21	1.94
16684008--16684168	82	2.0	83	89	1	252	30	24	17	27	1.97
16685564--16685645	37	2.2	37	95	0	146	26	23	9	40	1.85
16695427--16695498	30	2.4	30	100	0	144	51	8	2	37	1.47
16695445--16695497	16	3.4	16	69	10	56	52	9	3	33	1.52
16695810--16695870	20	3.2	20	75	13	74	54	0	0	45	1.00
16695825--16695864	17	2.4	17	87	4	55	57	0	0	42	0.98
16696275--16696333	29	2.1	28	87	3	82	27	8	15	49	1.73
16696377--16696432	29	1.9	29	85	0	76	50	1	1	46	1.22
16701420--16701467	14	3.2	15	78	16	55	14	8	0	77	0.99
16709411--16709481	26	2.7	26	78	4	72	32	18	9	39	1.83
16709626--16709656	6	5.2	6	100	0	62	16	16	0	67	1.23
16713808--16714155	40	8.7	40	98	0	660	22	27	20	30	1.98
16722593--16722860	40	6.7	40	97	0	500	22	27	20	30	1.98
16739533--16739601	26	2.7	26	79	0	75	27	18	26	27	1.98
16742068--16742103	18	2.0	18	94	0	63	38	19	16	25	1.92
16743689--16743717	14	2.0	15	93	6	51	34	0	27	37	1.57
16743929--16743966	16	2.3	16	90	4	58	13	0	21	65	1.26
16748478--16748535	26	2.2	26	90	0	89	41	12	12	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16750743--16750788	24	2.0	24	83	8	60	32	15	10	41	1.82
16762162--16762221	22	2.8	20	73	16	57	66	11	5	16	1.40
16774010--16774184	51	3.5	50	84	6	219	28	29	14	26	1.95
16782404--16782455	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
16782449--16782487	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
16785102--16785276	51	3.5	50	84	6	219	28	29	15	27	1.96
16790733--16791039	155	2.0	154	96	0	569	44	8	17	28	1.78
16792577--16792640	30	2.2	30	88	2	94	32	20	18	28	1.96
16798409--16798456	25	1.9	25	100	0	96	25	25	25	25	2.00
16799116--16799179	30	2.2	30	86	8	87	34	23	15	26	1.95
16803474--16803512	19	2.1	19	85	4	53	61	7	2	28	1.37
16804540--16804617	28	2.7	29	76	11	81	28	30	12	28	1.93
16804541--16804651	29	3.9	29	77	3	109	27	30	13	27	1.94
16809062--16809168	29	3.8	28	81	12	112	23	29	15	30	1.96
16809094--16809180	29	3.0	29	84	1	104	26	28	14	29	1.95
16814352--16814393	19	2.2	19	86	4	57	21	4	4	69	1.26
16816652--16816799	67	2.2	67	83	8	176	33	17	27	21	1.96
16821093--16821240	67	2.2	67	82	8	167	33	16	27	22	1.96
16845456--16845535	31	2.6	31	87	0	124	23	26	17	32	1.97
16845755--16845849	25	3.8	25	91	0	145	24	21	26	28	1.99
16845895--16845929	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
16845897--16845942	21	2.2	21	84	0	56	34	19	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16852222--16852303	24	3.4	24	86	5	103	24	23	21	30	1.99
16852349--16852383	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
16852351--16852396	21	2.2	21	84	0	56	34	19	15	30	1.93
16855726--16855764	17	2.3	17	100	0	78	20	35	12	30	1.90
16859285--16859336	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
16859988--16860133	27	5.4	27	88	0	202	24	20	19	35	1.95
16869038--16869155	42	2.8	41	77	2	128	28	17	23	29	1.97
16870502--16870526	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
16873652--16873746	40	2.4	40	87	0	127	30	15	26	27	1.96
16873961--16874043	38	2.2	38	86	4	114	34	4	27	32	1.78
16879648--16879711	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
16879905--16879976	23	3.0	24	82	10	85	27	22	20	29	1.99
16880025--16880085	20	3.0	20	87	0	95	34	19	13	32	1.90
16881890--16881978	42	2.1	42	85	4	117	33	12	19	34	1.89
16885082--16885175	25	3.7	26	79	11	88	23	27	24	24	2.00
16885107--16885178	25	2.9	25	83	4	92	23	26	23	26	2.00
16888197--16888326	47	2.8	47	85	2	181	22	17	29	30	1.97
16890581--16890657	27	2.9	27	92	0	127	25	16	18	38	1.92
16890673--16890828	27	5.8	26	80	7	161	35	18	16	29	1.92
16890672--16890828	53	2.9	53	86	0	206	36	18	15	29	1.92
16890673--16890828	80	1.9	81	89	3	244	35	18	16	29	1.92
16890960--16890995	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16891149--16891196	18	2.7	17	77	6	51	20	20	18	39	1.92
16896271--16896350	40	2.0	40	100	0	160	30	10	15	45	1.78
16896928--16897170	29	8.4	29	79	6	199	37	11	25	25	1.90
16896979--16897225	116	2.1	116	84	5	313	36	11	25	25	1.90
16896928--16897195	87	3.1	86	75	5	238	37	11	25	26	1.90
16899107--16899144	20	1.9	20	100	0	76	28	7	21	42	1.81
16901389--16901417	14	2.1	14	100	0	58	37	13	34	13	1.85
16902950--16902974	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
16907485--16907740	55	4.8	54	78	10	246	36	17	24	21	1.94
16907937--16907967	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
16913394--16913658	103	2.6	104	91	3	426	20	20	29	29	1.98
16916231--16916312	30	2.7	30	94	0	137	25	9	28	36	1.88
16916645--16916816	46	3.7	46	78	9	170	28	19	28	23	1.98
16916645--16917007	50	7.6	46	76	11	186	27	19	29	23	1.98
16916836--16917016	50	3.6	50	86	4	242	27	20	30	21	1.98
16916645--16917014	94	3.9	99	77	12	256	27	19	30	23	1.98
16924411--16924572	40	4.1	40	85	3	184	25	20	25	28	1.99
16924444--16924596	40	3.8	40	84	2	130	20	23	28	26	1.99
16932436--16932624	40	4.7	40	96	0	342	25	22	27	24	2.00
16932436--16932657	80	2.8	79	91	3	338	27	22	27	23	1.99
16937518--16937689	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
16937523--16937693	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16939133--16939302	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	24	1.99
16939131--16939355	80	2.8	79	83	3	254	27	28	20	24	1.99
16947104--16947310	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
16947104--16947310	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
16955208--16955414	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
16955208--16955414	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
16967468--16967964	174	2.9	174	94	1	878	30	24	14	30	1.94
16967753--16967820	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
16967924--16967994	27	2.6	28	80	15	85	29	28	14	28	1.95
16972784--16972972	95	2.0	94	85	5	256	25	27	19	28	1.98
16974552--16974600	24	2.2	23	86	13	68	59	2	4	34	1.28
16974552--16974612	25	2.5	24	80	12	70	63	1	3	31	1.20
16974695--16974739	19	2.2	20	88	7	65	48	20	11	20	1.79
16975266--16975464	94	2.1	94	81	9	237	39	1	16	42	1.58
16975440--16975469	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
16975552--16975837	125	2.3	126	91	1	459	31	18	22	28	1.97
16978019--16978513	115	4.3	116	95	2	865	46	9	3	40	1.53
16978895--16978937	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
16978991--16979056	30	2.2	30	83	5	80	6	19	45	28	1.74
16979553--16979579	7	3.9	7	100	0	54	59	14	0	25	1.36
16980681--16980711	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
16980737--16980786	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16980737--16980788	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
16980737--16980800	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
16982307--16982360	16	3.4	16	77	10	56	51	1	31	14	1.53
16985840--16986064	111	2.0	113	87	6	323	29	15	9	44	1.78
16985966--16986160	99	2.0	99	94	0	345	30	12	9	48	1.72
16990092--16990116	9	2.8	9	100	0	50	16	0	12	72	1.13
16995793--16995859	33	2.0	33	100	0	134	34	8	14	41	1.78
16996852--16996910	28	2.1	27	81	9	66	62	5	6	25	1.41
16997280--16997312	17	1.9	17	88	11	50	48	12	3	36	1.56
16997986--16998047	31	2.0	31	90	0	97	35	4	32	27	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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