genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78725878--78725910	17	1.9	17	100	0	66	48	6	6	39	1.53
78729172--78729274	51	2.0	51	98	0	197	36	12	7	42	1.72
78732357--78732402	23	2.0	23	87	4	67	41	2	4	52	1.33
78734318--78734361	21	2.1	21	86	0	61	31	6	4	56	1.46
78740911--78740969	29	2.0	30	93	3	102	37	20	16	25	1.93
78742792--78742863	35	2.1	35	91	0	117	36	12	25	26	1.91
78747970--78748041	35	2.1	35	86	0	99	33	12	26	27	1.92
78750767--78750791	10	2.5	10	100	0	50	64	8	20	8	1.46
78754587--78754619	16	2.0	17	88	5	50	42	27	15	15	1.86
78757050--78757119	33	2.1	33	100	0	140	34	5	5	54	1.48
78760726--78760783	26	2.2	26	90	0	89	18	13	8	58	1.61
78763313--78763350	19	2.0	19	89	0	58	36	0	18	44	1.50
78773362--78773418	21	2.7	20	79	15	62	1	24	0	73	0.92
78773621--78773700	18	4.6	18	71	12	60	35	3	3	57	1.34
78773640--78773700	17	3.5	17	73	8	61	36	3	1	59	1.24
78776596--78776633	15	2.6	16	84	16	55	31	0	0	68	0.90
78777252--78777312	20	2.9	21	81	16	65	3	44	1	50	1.28
78783217--78783260	12	3.7	12	81	0	52	38	22	34	4	1.75
78794349--78794389	19	2.2	19	95	0	73	41	4	26	26	1.76
78794654--78794705	26	2.0	26	85	7	70	36	5	3	53	1.43
78794668--78794727	31	1.9	32	86	10	88	35	5	3	56	1.37
78800596--78800672	23	3.3	23	77	12	68	53	6	2	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78800707--78800740	16	2.2	15	89	5	50	47	0	2	50	1.16
78802360--78802408	24	2.0	24	88	0	71	67	12	0	20	1.22
78807903--78807964	31	2.0	31	96	0	115	46	12	6	33	1.68
78811834--78811943	53	2.1	53	98	0	211	34	20	4	40	1.72
78817649--78817689	19	2.2	19	86	0	55	46	0	2	51	1.14
78819592--78819653	33	2.0	31	84	12	83	35	0	9	54	1.33
78819981--78820014	14	2.4	14	85	14	52	73	14	11	0	1.10
78823628--78823700	28	2.6	29	77	12	73	61	2	0	35	1.10
78824352--78824389	17	2.1	19	85	9	53	31	0	0	68	0.90
78824325--78824389	19	3.6	17	73	10	58	30	0	3	66	1.07
78826946--78826995	19	2.7	18	81	12	57	74	0	2	24	0.93
78828549--78828575	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
78830667--78830706	21	1.9	21	94	0	71	60	7	2	30	1.38
78831251--78831314	20	3.2	20	76	10	60	18	12	9	59	1.59
78831341--78831387	20	2.3	21	79	17	55	27	14	8	48	1.73
78831423--78831461	21	1.9	21	84	5	53	58	2	7	30	1.39
78831865--78831913	20	2.4	20	75	3	53	36	10	4	48	1.56
78832300--78832351	20	2.5	20	79	11	61	53	7	3	34	1.48
78841315--78841367	23	2.4	22	79	14	56	64	1	0	33	1.05
78845232--78845256	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
78845770--78846715	117	8.1	117	89	2	1305	27	26	15	30	1.96
78856572--78856635	18	3.4	18	85	8	83	56	0	1	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78857165--78857221	25	2.3	25	84	3	71	35	8	3	52	1.50
78857391--78857438	12	3.8	13	81	8	55	50	0	2	47	1.12
78858627--78858685	31	1.9	31	82	6	75	40	5	25	28	1.77
78860989--78861054	33	2.0	33	91	5	107	42	13	13	30	1.83
78861911--78861963	17	3.2	16	75	19	56	24	5	0	69	1.09
78861910--78861963	15	3.3	15	72	18	54	24	5	0	70	1.08
78870377--78870414	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
78883863--78883937	31	2.4	32	82	6	82	54	1	2	41	1.23
78889690--78889729	21	1.9	21	89	0	62	25	12	5	57	1.55
78891268--78891300	17	1.9	17	100	0	66	39	0	0	60	0.97
78896276--78896315	21	1.9	21	90	10	64	55	7	12	25	1.63
78896318--78896365	24	2.0	23	96	4	87	29	4	12	54	1.56
78899823--78900013	47	3.9	47	82	5	186	24	16	28	30	1.97
78899861--78900031	93	1.8	93	82	6	211	24	15	28	31	1.96
78902601--78902640	19	2.2	18	86	13	55	30	22	0	47	1.52
78903620--78903651	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
78903773--78903811	15	2.6	16	88	8	55	41	2	0	56	1.13
78903776--78903816	15	2.5	17	76	19	50	43	2	0	53	1.13
78909172--78909220	20	2.5	19	87	12	73	59	0	2	38	1.09
78912576--78912637	32	1.9	33	93	3	108	53	0	1	45	1.10
78913816--78913867	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
78915785--78915836	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78918423--78918544	57	2.2	57	96	1	228	42	8	10	38	1.69
78919415--78919467	20	2.7	20	74	11	54	62	1	3	32	1.24
78919422--78919600	67	2.7	65	77	15	170	56	3	3	36	1.32
78920013--78920053	17	2.4	17	83	0	55	31	0	0	68	0.90
78920011--78920264	10	27.8	9	66	18	75	34	3	2	59	1.26
78920088--78920135	21	2.3	20	83	16	55	39	6	2	52	1.39
78920164--78920196	11	3.1	11	86	4	50	42	0	0	57	0.98
78920158--78920229	19	3.8	19	70	22	62	33	1	1	63	1.11
78920160--78920264	25	3.8	27	78	17	110	33	1	0	63	1.11
78920361--78920445	42	2.0	42	97	0	161	44	9	12	32	1.75
78926546--78926587	15	2.6	16	81	14	50	57	0	0	42	0.99
78928186--78928229	22	2.0	23	86	4	63	54	4	0	40	1.21
78928192--78928233	21	2.0	21	86	9	59	52	7	0	40	1.29
78928590--78928648	22	2.8	21	82	10	66	27	0	5	67	1.11
78930252--78930278	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
78932348--78932381	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
78942166--78942196	8	3.9	8	100	0	62	0	0	25	74	0.82
78945047--78945106	28	2.1	28	93	0	102	35	6	13	45	1.70
78946377--78946401	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
78947195--78947245	26	2.0	26	84	7	68	31	0	5	62	1.19
78950789--78950813	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
78952243--78952271	13	2.1	14	93	6	51	27	27	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78952230--78952280	20	2.6	21	85	14	65	29	25	0	45	1.54
78952243--78952271	7	4.3	7	91	8	51	27	27	0	44	1.54
78952370--78952418	23	2.1	23	100	0	98	46	40	4	8	1.52
78953547--78953598	26	2.0	26	81	7	61	1	19	7	71	1.20
78954701--78954728	14	2.0	14	100	0	56	57	28	0	14	1.38
78960329--78960383	30	1.9	27	85	10	74	41	1	18	38	1.61
78966896--78966929	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
78968386--78968443	25	2.3	25	82	11	66	41	3	8	46	1.51
78975111--78975170	16	3.6	16	71	8	57	53	5	3	38	1.39
78975106--78975173	34	2.0	34	97	0	127	52	4	2	39	1.36
78975401--78975434	18	1.9	18	88	5	52	38	2	0	58	1.13
78977885--78977925	20	2.0	21	90	4	66	17	9	7	65	1.44
78986587--78986645	23	2.7	23	75	15	70	42	5	0	52	1.23
78990934--78991090	81	1.9	81	83	2	199	31	27	12	28	1.93
79000842--79000890	24	2.1	23	88	3	71	28	14	2	55	1.51
79000842--79000909	24	2.9	23	82	8	57	29	10	2	57	1.47
79002203--79002245	13	3.2	13	80	3	50	30	9	0	60	1.28
79002318--79002367	21	2.4	22	77	16	61	44	2	0	54	1.11
79002332--79002379	21	2.2	22	85	3	62	47	2	0	50	1.12
79002787--79002851	31	2.2	29	81	10	69	53	4	1	40	1.31
79003585--79003623	16	2.4	16	86	0	51	23	7	12	56	1.62
79005554--79005722	35	4.7	35	84	7	171	34	23	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79005552--79005722	75	2.4	74	83	7	208	33	23	10	32	1.89
79007086--79007137	17	2.9	18	88	8	79	30	21	5	42	1.76
79009868--79009897	16	1.9	16	93	6	53	86	3	6	3	0.77
79010285--79010338	28	1.9	28	85	7	74	24	5	1	68	1.21
79010285--79010351	28	2.3	27	76	16	64	22	5	2	68	1.25
79011539--79011578	20	2.0	20	90	0	62	60	10	10	20	1.57
79011570--79011621	24	2.1	23	83	16	61	32	23	3	40	1.72
79012747--79012855	55	2.0	55	83	7	141	31	14	21	33	1.93
79016165--79016202	19	2.0	19	89	0	58	42	5	5	47	1.48
79022833--79022859	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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