genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22607467--22607540	29	2.5	30	74	10	80	52	0	18	28	1.46
22616048--22616215	51	3.3	51	93	0	291	33	15	22	27	1.94
22619614--22619829	40	5.4	40	92	2	314	24	22	27	25	2.00
22626476--22626944	48	9.8	48	92	0	749	31	27	6	34	1.82
22631991--22632246	80	3.2	80	87	3	349	23	21	27	26	1.99
22631992--22632213	120	1.9	120	90	3	358	22	22	27	27	1.99
22631991--22632213	40	5.6	39	91	4	324	22	22	27	26	1.99
22635816--22635842	12	2.2	12	100	0	54	11	22	0	66	1.22
22641421--22641485	30	2.2	30	88	5	96	43	6	12	38	1.67
22641570--22641628	14	4.0	14	75	12	55	54	1	0	44	1.10
22641561--22641622	31	2.0	31	87	0	88	54	3	0	41	1.16
22644876--22644932	30	1.9	30	82	13	73	45	3	0	50	1.18
22646193--22646251	31	2.0	30	86	6	84	32	10	15	42	1.80
22647459--22647484	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
22649846--22649892	14	3.3	14	76	5	58	31	0	6	61	1.21
22649848--22649894	15	3.2	15	75	6	60	31	0	6	61	1.21
22652879--22652909	13	2.4	13	94	0	53	48	16	25	9	1.76
22660441--22660485	18	2.5	17	82	10	54	42	0	2	55	1.12
22660457--22660495	19	2.1	18	85	4	51	41	0	2	56	1.13
22661874--22661989	62	1.9	61	82	8	146	41	7	1	49	1.42
22663704--22663728	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22665444--22665492	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22678024--22678099	37	2.1	37	94	0	134	40	9	25	25	1.84
22680615--22680671	29	2.0	28	83	12	73	33	3	26	36	1.74
22681696--22681727	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
22684836--22685090	55	4.8	53	76	10	236	35	17	25	21	1.95
22684847--22685043	108	1.8	110	86	4	292	33	17	26	22	1.96
22700407--22700477	35	2.0	35	97	0	133	43	7	11	38	1.68
22704124--22704158	16	2.2	16	94	0	61	31	20	14	34	1.92
22729279--22729334	28	2.0	28	96	0	103	30	3	30	35	1.75
22729565--22729626	10	5.8	10	72	20	54	75	0	3	20	0.94
22729565--22729626	6	10.3	6	78	16	58	75	0	3	20	0.94
22729542--22729621	34	2.3	35	77	10	85	70	1	5	23	1.15
22739403--22739574	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
22739403--22739574	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
22739430--22739607	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
22743866--22743943	41	1.9	41	94	0	138	43	15	16	24	1.86
22751868--22752046	28	6.4	28	94	1	288	26	11	27	34	1.91
22754846--22755029	40	4.6	40	85	2	244	25	23	26	25	2.00
22759179--22759283	43	2.5	43	81	4	124	32	24	17	25	1.97
22772912--22772949	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
22773179--22773349	93	1.8	93	91	0	279	29	28	19	21	1.98
22773174--22773349	46	3.8	49	77	13	183	30	27	19	22	1.98
22784978--22785019	18	2.1	21	87	12	63	7	35	0	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22787640--22787695	1	56.0	1	96	0	103	98	0	0	1	0.13
22798436--22798539	51	2.1	51	94	1	183	18	22	12	47	1.82
22805136--22805302	40	4.2	40	89	5	234	25	26	23	23	2.00
22805136--22805302	79	2.1	80	86	6	234	25	26	23	23	2.00
22806433--22806553	51	2.4	51	95	0	215	16	22	10	50	1.76
22809408--22809652	47	5.2	47	89	0	319	33	10	28	27	1.90
22809456--22809533	23	3.2	25	60	23	58	28	10	29	32	1.90
22809408--22809686	47	5.9	46	82	7	199	32	10	29	27	1.89
22809666--22809756	46	2.0	46	82	4	112	35	5	31	27	1.80
22812245--22812288	16	2.7	17	79	6	56	50	18	20	11	1.77
22812500--22812559	29	2.1	29	93	0	102	31	11	26	30	1.92
22816808--22816860	16	3.3	16	76	7	54	49	15	20	15	1.80
22816794--22816852	24	2.5	24	77	0	64	49	20	16	13	1.80
22817072--22817131	29	2.1	29	93	0	102	30	13	26	30	1.94
22819040--22819186	41	3.5	43	76	8	115	25	14	28	31	1.95
22825526--22825649	49	2.5	49	94	0	212	29	25	17	26	1.98
22828112--22828177	15	4.4	16	68	25	54	63	12	13	10	1.52
22831143--22831265	49	2.5	49	93	0	210	31	27	15	25	1.96
22854470--22854647	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
22854471--22854621	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
22867394--22867460	15	4.5	15	84	0	71	11	19	13	55	1.69
22867383--22867470	30	3.0	30	78	8	90	10	18	15	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22881225--22881447	40	5.6	40	85	4	166	24	20	27	26	1.99
22881225--22881449	80	2.8	79	82	3	236	24	20	28	27	1.99
22881279--22881447	40	4.2	40	90	0	232	24	20	28	26	1.99
22881300--22881482	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
22889025--22889247	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
22889100--22889282	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
22895048--22895130	25	3.2	25	65	18	60	25	26	9	38	1.86
22894946--22895154	54	3.9	54	88	2	303	23	25	13	36	1.92
22895024--22895106	29	3.0	28	66	18	75	22	25	12	39	1.89
22897727--22897768	23	1.9	23	85	9	61	69	0	2	28	1.01
22898878--22898932	17	3.3	17	92	2	85	9	27	5	58	1.51
22901017--22901124	43	2.5	43	84	3	146	31	16	21	30	1.95
22904539--22904711	39	4.4	39	88	3	233	24	31	24	19	1.98
22906808--22906886	31	2.5	31	89	0	131	29	25	16	29	1.97
22906910--22907001	42	2.2	42	90	0	139	33	21	15	29	1.94
22907146--22907268	26	4.8	26	92	1	196	28	23	21	26	1.99
22907943--22908011	27	2.6	27	79	9	70	23	23	21	31	1.98
22908053--22908257	27	7.6	27	75	8	132	30	8	20	41	1.81
22908163--22908257	27	3.6	26	85	4	136	28	8	22	41	1.83
22908295--22908377	27	3.1	27	85	3	114	44	9	19	26	1.81
22917406--22917525	56	2.1	56	96	0	222	44	9	24	22	1.82
22917595--22917627	10	3.4	10	91	4	50	81	0	18	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22918665--22918889	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
22923858--22924080	40	5.6	40	92	0	340	26	28	21	24	1.99
22923856--22924160	40	7.7	40	85	4	339	26	27	20	25	1.99
22931297--22931599	40	7.6	40	86	4	344	25	27	21	25	1.99
22935967--22936142	56	3.1	56	97	0	334	44	9	23	22	1.82
22937286--22937510	40	5.7	40	83	5	269	25	21	27	25	2.00
22937293--22937543	79	3.2	78	79	8	249	27	20	26	25	1.99
22942323--22942390	16	4.2	16	77	3	75	41	4	27	26	1.75
22942323--22942390	32	2.1	32	86	0	91	41	4	27	26	1.75
22942368--22942463	44	2.1	44	84	7	122	32	3	25	39	1.71
22942596--22942647	26	2.0	26	81	7	61	44	7	0	48	1.31
22948153--22948424	47	5.7	46	74	10	158	26	18	30	24	1.98
22948155--22948376	91	2.4	95	79	9	242	27	18	30	23	1.98
22950728--22950854	56	2.3	55	90	2	191	28	17	20	33	1.95
22957291--22957419	56	2.3	55	86	5	170	29	17	20	33	1.95
22973058--22973147	29	3.1	29	85	1	119	30	27	13	28	1.94
22986876--22986902	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22990269--22990372	31	3.4	29	80	10	100	51	6	0	41	1.28
22991113--22991150	13	2.6	14	84	16	51	5	10	2	81	0.94
22996727--22996761	12	3.0	12	87	8	54	40	0	0	60	0.97
22996741--22996961	121	1.8	122	94	1	390	36	5	9	47	1.61
22998706--22998950	87	2.8	86	93	3	420	22	20	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22998706--22998950	43	5.7	43	96	1	411	22	20	31	24	1.98
22999025--22999105	31	2.5	31	82	4	90	62	18	2	16	1.43
22999351--22999396	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
23005562--23005639	37	2.1	37	87	0	111	25	33	16	24	1.96
23005757--23005981	47	4.7	48	97	1	382	29	31	8	30	1.88
23005757--23005981	96	2.3	95	93	3	380	29	31	8	30	1.88
23009508--23009927	40	10.5	40	83	5	444	25	28	22	24	2.00
23010692--23010770	37	2.1	37	85	0	104	26	30	17	25	1.97
23010888--23011110	47	4.7	47	96	1	383	29	30	8	30	1.88
23014410--23014671	9	28.6	9	75	8	179	38	1	12	47	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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