genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77738186--77738246	31	2.0	31	81	12	72	47	4	4	42	1.46
77738361--77738413	21	2.5	22	70	14	56	30	3	1	64	1.22
77743889--77743923	11	3.3	10	92	8	52	68	2	0	28	1.04
77748090--77748127	13	2.9	14	84	7	53	55	0	0	44	0.99
77749771--77749816	22	2.1	22	100	0	92	43	10	8	36	1.71
77752277--77752520	46	5.0	46	81	12	247	22	22	14	40	1.90
77752277--77752520	92	2.5	96	83	9	273	22	22	14	40	1.90
77752434--77752458	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
77752388--77752504	58	2.0	58	94	0	207	23	25	14	36	1.93
77755984--77756020	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
77757350--77757416	29	2.4	28	82	5	89	34	4	2	58	1.34
77758037--77758271	131	1.8	129	91	3	393	25	12	22	39	1.90
77763089--77763146	27	2.1	27	93	0	98	12	18	12	56	1.65
77764882--77764947	33	2.0	34	88	8	100	54	4	10	30	1.54
77765388--77765443	28	2.0	29	86	10	80	53	3	17	25	1.60
77768291--77768379	43	2.0	44	89	2	135	48	3	8	39	1.51
77768347--77768380	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
77769985--77770024	13	3.1	13	85	7	55	32	0	0	67	0.91
77770325--77770383	21	2.8	21	86	2	73	52	0	0	47	1.00
77770327--77770398	21	3.3	22	79	11	69	52	0	1	45	1.09
77775172--77775267	48	2.0	48	97	0	183	25	10	32	32	1.89
77777090--77777140	22	2.3	21	80	9	57	49	0	5	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77778849--77778962	33	3.5	34	86	7	155	17	45	11	25	1.82
77778944--77778983	21	1.9	21	94	0	71	20	45	10	25	1.81
77778875--77779048	87	2.0	87	84	2	224	18	43	10	27	1.83
77779242--77779286	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
77779870--77780004	56	2.4	56	85	6	164	31	24	17	26	1.97
77783825--77783879	15	3.7	15	80	9	69	0	29	0	70	0.87
77784470--77784525	15	4.2	13	76	10	51	58	7	0	33	1.25
77784507--77784640	60	2.2	58	77	16	146	55	7	0	35	1.33
77784650--77784682	11	3.2	11	91	8	52	0	24	0	75	0.80
77784785--77784819	14	2.4	15	95	4	63	45	0	0	54	0.99
77785896--77785965	36	1.9	37	88	8	108	34	7	11	47	1.67
77790496--77790548	18	2.9	18	80	8	54	41	5	13	39	1.68
77790915--77790971	24	2.3	24	79	8	62	68	3	7	21	1.29
77793007--77793094	43	2.0	44	88	2	133	21	18	21	38	1.93
77802129--77802153	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
77803498--77803536	5	7.8	5	85	0	51	20	23	20	35	1.96
77816023--77816086	13	4.9	13	82	0	74	31	1	26	40	1.65
77816030--77816130	26	3.8	26	67	17	80	33	1	24	39	1.67
77816265--77816320	24	2.3	24	78	9	60	46	0	1	51	1.11
77816341--77816383	8	5.8	8	83	10	56	48	0	0	51	1.00
77820920--77820967	22	2.2	22	85	3	62	68	18	0	12	1.20
77822396--77822452	27	2.1	28	78	15	66	36	5	1	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77822464--77822537	30	2.3	30	79	9	76	29	12	2	55	1.50
77825696--77825738	19	2.2	20	83	4	52	32	18	2	46	1.62
77826704--77826776	36	2.0	36	97	0	137	34	20	30	15	1.93
77828208--77828311	54	1.9	54	96	0	190	31	26	17	24	1.97
77835826--77835912	44	2.0	44	83	0	111	29	17	25	27	1.97
77840274--77840304	15	2.1	14	94	5	53	58	0	0	41	0.98
77840972--77841020	26	2.0	24	88	8	71	40	2	4	53	1.32
77843379--77843437	26	2.3	26	83	13	79	49	6	3	40	1.46
77844801--77844851	10	5.2	10	77	11	52	56	1	3	37	1.29
77844911--77844968	20	3.1	18	75	7	53	48	0	1	50	1.11
77845893--77845931	5	7.8	5	94	0	60	56	43	0	0	0.99
77846693--77846726	5	6.6	5	96	3	59	20	61	17	0	1.34
77846811--77846841	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
77848976--77849044	22	3.3	22	64	15	65	34	5	13	46	1.67
77848971--77849053	40	2.1	40	93	0	139	30	7	10	51	1.63
77862523--77862557	14	2.6	14	90	4	54	57	0	0	42	0.99
77867143--77867174	3	10.7	3	93	0	55	28	34	3	34	1.73
77867823--77867875	24	2.2	24	100	0	106	37	9	15	37	1.79
77875735--77875782	10	4.7	10	79	20	55	77	0	14	8	0.99
77875735--77875782	20	2.3	21	86	10	64	77	0	14	8	0.99
77875938--77876017	30	2.7	29	77	9	90	47	13	11	27	1.77
77883235--77883264	15	1.9	16	93	6	53	50	6	0	43	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77886557--77886594	20	2.0	20	84	5	51	47	7	0	44	1.32
77896407--77896488	37	2.2	37	91	0	128	40	15	8	35	1.78
77896523--77896631	33	3.3	33	98	0	209	43	16	5	34	1.71
77901041--77901211	47	3.6	47	80	4	175	31	28	15	24	1.96
77901059--77901265	47	4.2	48	80	7	177	31	28	15	24	1.96
77903780--77903821	15	2.8	15	81	0	57	61	14	11	11	1.56
77903786--77903855	36	1.9	36	85	0	95	57	14	17	11	1.66
77906259--77906429	47	3.6	47	80	4	175	31	28	15	24	1.96
77906277--77906483	47	4.2	48	80	7	177	31	28	15	24	1.96
77908365--77909108	120	6.2	120	96	1	1339	43	2	5	47	1.40
77908365--77909108	241	3.1	240	96	0	1348	43	2	5	47	1.40
77908817--77908851	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77908365--77909108	361	2.1	360	95	1	1339	43	2	5	47	1.40
77909058--77909091	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
77909256--77909346	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
77909327--77909395	16	4.2	16	90	3	111	37	36	1	24	1.65
77909327--77909395	33	2.1	32	91	2	111	37	36	1	24	1.65
77911831--77911929	27	3.6	27	73	17	87	44	1	2	52	1.19
77914261--77914310	25	2.0	25	85	14	68	70	0	22	8	1.13
77914479--77914503	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
77922088--77922138	24	2.2	24	82	10	61	52	3	3	39	1.38
77947497--77947521	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77948328--77948379	21	2.5	20	79	17	54	69	5	1	23	1.20
77948338--77948386	25	2.0	25	84	8	64	63	8	2	26	1.34
77949873--77949933	31	2.0	31	87	6	88	42	9	1	45	1.47
77951932--77951982	26	1.9	27	84	4	68	37	3	3	54	1.37
77967089--77967124	17	2.1	18	89	5	56	36	19	8	36	1.82
77968015--77968069	17	3.2	18	76	7	51	63	1	12	21	1.38
77968173--77968220	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
77971502--77971564	29	2.2	29	83	11	76	36	0	3	60	1.13
77971502--77971544	19	2.3	19	84	8	52	37	0	2	60	1.10
77976590--77976627	17	2.2	18	85	4	51	47	5	7	39	1.55
77980549--77980585	18	2.0	19	89	5	58	2	24	0	72	0.97
78001464--78001517	22	2.5	21	85	11	74	46	1	0	51	1.11
78004145--78004203	29	2.0	29	100	0	118	30	3	20	45	1.67
78006772--78006808	3	12.0	3	94	5	65	64	2	0	32	1.07
78007853--78007898	23	2.0	24	87	8	69	45	6	0	47	1.28
78019762--78019823	25	2.4	26	94	5	101	29	12	37	20	1.90
78019769--78019823	25	2.2	25	100	0	110	32	14	34	18	1.91
78029670--78029732	29	2.2	30	80	13	78	66	3	4	25	1.26
78029770--78029818	22	2.2	22	100	0	98	51	4	8	36	1.51
78029837--78029865	11	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
78034581--78034840	95	2.8	95	95	2	454	33	21	15	30	1.94
78039208--78039249	14	3.0	14	82	6	50	47	0	2	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78044768--78045025	141	1.8	141	99	0	507	26	12	12	47	1.78
78045442--78045552	39	2.8	39	86	0	150	30	15	17	36	1.90
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78075533--78075565	18	1.9	17	88	11	50	24	0	3	72	0.98
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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