genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9564288--9564512	83	2.8	80	89	5	312	27	28	21	23	1.99
9569188--9569241	27	2.0	27	88	0	81	38	12	7	40	1.72
9581446--9581474	10	2.9	10	100	0	58	27	0	0	72	0.85
9586997--9587022	11	2.4	11	100	0	52	23	19	7	50	1.73
9587138--9587195	27	2.1	27	87	0	80	29	3	17	50	1.62
9590424--9590493	15	4.8	14	76	13	61	60	17	12	10	1.59
9590412--9590489	30	2.6	29	76	11	77	61	16	12	8	1.55
9593509--9593628	58	2.0	60	91	3	199	30	29	16	24	1.97
9593569--9593680	50	2.3	50	87	4	158	31	28	16	23	1.96
9609680--9609721	13	3.2	13	83	6	57	66	0	4	28	1.12
9617733--9617813	34	2.4	34	82	0	99	30	20	19	28	1.97
9617998--9618056	28	2.1	28	80	0	64	30	20	13	35	1.91
9618268--9618306	16	2.5	15	88	8	60	25	15	35	23	1.94
9620651--9620822	46	3.7	46	79	4	177	29	18	23	29	1.97
9627242--9627331	34	2.6	34	85	3	119	30	17	23	28	1.97
9627509--9627555	14	3.4	14	78	0	58	25	21	19	34	1.96
9627509--9627570	28	2.2	28	82	5	72	24	20	20	33	1.97
9629848--9629892	21	2.1	22	83	4	56	44	2	17	35	1.62
9646973--9647039	34	2.0	34	94	2	118	58	5	5	29	1.46
9659114--9659172	21	2.9	21	85	10	77	15	0	6	77	0.96
9661119--9661226	42	2.5	42	85	7	137	25	20	25	28	1.99
9661122--9661239	43	2.8	42	76	10	123	25	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9671352--9671415	25	2.6	25	82	5	67	39	9	20	31	1.84
9671381--9671440	31	1.9	31	83	6	77	35	6	21	36	1.80
9677841--9677896	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
9677830--9677896	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
9677946--9678064	24	4.9	24	91	6	179	28	21	22	27	1.99
9678257--9678319	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
9679309--9679474	83	2.0	83	91	0	269	20	16	18	44	1.87
9682691--9682741	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
9682613--9682835	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
9682754--9682905	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
9684601--9684675	17	4.5	17	74	15	75	28	26	22	22	1.99
9686638--9686676	18	2.2	18	86	9	53	48	17	7	25	1.74
9692504--9692691	102	1.9	100	94	2	331	44	6	15	33	1.73
9699593--9699627	6	5.8	6	100	0	70	51	14	0	34	1.42
9705342--9705390	24	2.0	24	92	0	80	28	18	8	44	1.78
9706684--9706714	14	2.1	15	94	5	55	35	0	25	38	1.56
9710110--9710244	41	3.4	40	82	5	159	25	18	24	31	1.97
9711412--9711447	18	1.9	19	94	5	65	25	27	25	22	2.00
9721090--9721146	27	2.1	27	83	0	69	61	1	7	29	1.32
9722240--9722265	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
9730197--9730247	16	3.3	16	67	10	52	27	5	15	50	1.67
9730192--9730253	30	2.1	30	100	0	124	30	8	16	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9731009--9731352	50	6.8	50	83	6	367	25	16	25	32	1.96
9731191--9731268	22	3.3	22	69	27	61	25	14	28	32	1.94
9731013--9731291	151	1.8	153	89	3	438	25	16	26	32	1.96
9738783--9738829	18	2.6	18	83	6	60	17	44	25	12	1.84
9742322--9742437	61	1.9	58	87	5	169	43	3	3	50	1.36
9747484--9747545	6	10.2	6	80	3	70	75	4	4	14	1.13
9750944--9750989	5	9.0	5	78	21	51	36	2	0	60	1.09
9766573--9766886	46	6.8	46	92	0	414	40	14	23	21	1.90
9772967--9773000	10	3.4	10	87	0	50	70	0	29	0	0.87
9772968--9773085	58	2.0	59	95	1	211	53	2	38	5	1.39
9773026--9773064	20	2.0	20	89	0	60	64	0	30	5	1.15
9773250--9773275	13	2.0	13	100	0	52	15	46	23	15	1.83
9780968--9781011	17	2.6	17	88	0	70	20	34	22	22	1.97
9783639--9783733	42	2.2	42	79	5	102	30	24	17	27	1.97
9794906--9795237	166	2.0	166	98	0	646	27	21	19	31	1.98
9808093--9808133	21	2.0	21	85	9	57	34	24	19	21	1.97
9808130--9808222	47	2.0	47	100	0	186	23	25	19	31	1.98
9809149--9809187	20	2.0	19	85	5	51	43	20	12	23	1.86
9809192--9809337	43	3.4	43	77	9	138	27	23	20	28	1.99
9812655--9813106	225	2.0	225	93	0	778	29	14	20	35	1.92
9815815--9815868	7	7.7	7	95	0	81	0	9	27	62	1.25
9837251--9837275	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9838599--9838650	12	4.1	12	76	13	50	28	1	1	67	1.12
9838690--9838763	3	25.0	3	76	2	69	31	5	2	60	1.33
9838693--9838763	15	4.6	15	83	3	79	30	5	2	60	1.34
9838855--9838896	20	2.0	21	90	4	68	19	4	2	73	1.12
9846866--9846973	54	2.0	54	94	0	189	37	13	25	23	1.92
9850271--9850374	45	2.3	45	75	9	104	33	18	25	22	1.96
9851888--9852082	3	65.7	3	71	6	101	26	7	5	61	1.44
9852174--9852215	20	2.0	21	90	4	68	19	4	2	73	1.12
9853868--9853915	21	2.3	21	100	0	96	35	6	0	58	1.23
9855196--9855224	13	2.1	14	93	6	51	55	0	3	41	1.17
9855695--9855730	15	2.4	15	95	0	63	30	11	2	55	1.49
9858794--9858847	25	2.1	26	96	3	101	29	7	3	59	1.42
9863567--9863624	25	2.3	25	84	0	71	46	1	3	48	1.29
9872396--9872449	23	2.3	23	100	0	108	38	3	14	42	1.64
9872396--9872460	23	2.8	23	90	0	67	41	3	15	40	1.63
9885466--9885507	21	2.0	22	85	4	59	47	4	7	40	1.52
9893992--9894080	41	2.2	41	91	0	142	19	11	30	39	1.86
9894807--9894843	12	3.0	12	88	7	56	56	8	0	35	1.29
9897048--9897186	24	5.4	26	72	19	96	60	4	4	30	1.35
9897097--9897151	27	2.0	27	82	10	67	60	5	0	34	1.20
9897029--9897214	102	1.9	98	89	6	293	61	4	3	31	1.31
9897175--9897216	21	2.0	22	86	13	61	61	4	0	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9898765--9898815	20	2.6	20	88	11	79	54	3	9	31	1.51
9902190--9902309	43	2.8	42	81	7	161	27	24	15	33	1.95
9904441--9904495	29	1.9	29	88	3	85	34	27	21	16	1.95
9908251--9908313	20	3.4	19	77	12	60	34	3	1	60	1.22
9923542--9923610	13	5.2	13	80	3	84	33	21	0	44	1.53
9923542--9923610	27	2.6	26	86	4	102	33	21	0	44	1.53
9924007--9924063	30	1.9	30	85	0	78	24	26	28	21	1.99
9931239--9931282	13	3.4	12	81	12	52	31	18	2	47	1.61
9940089--9940133	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
9943555--9943769	50	4.3	50	81	4	236	28	12	20	39	1.88
9943555--9943769	100	2.2	100	85	2	288	28	12	20	39	1.88
9958477--9958544	18	3.8	18	75	14	77	41	4	16	38	1.68
9962906--9963008	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
9963149--9963364	48	4.5	48	96	0	389	31	28	5	34	1.80
9963298--9963434	70	2.0	69	97	1	256	33	27	5	34	1.79
9974274--9974299	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
9974567--9974602	18	2.0	18	100	0	72	5	33	38	22	1.77
9976601--9976681	27	3.0	27	89	3	110	38	17	14	29	1.90
9976614--9976682	27	2.6	27	92	0	111	42	18	11	27	1.85
9976667--9977035	27	13.7	27	75	6	212	39	19	9	31	1.84
9976879--9977013	55	2.5	54	76	11	139	41	17	10	30	1.83
9977456--9977520	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9977723--9977770	22	2.2	22	85	7	62	12	14	22	50	1.77
9982980--9983071	42	2.2	42	90	0	139	33	22	14	29	1.93
9983219--9983287	25	2.8	25	84	4	86	26	23	27	23	2.00
9984072--9984135	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
9984189--9984287	27	3.6	27	76	12	92	35	10	16	38	1.82
9984253--9984349	27	3.6	26	75	10	81	26	8	21	43	1.81
9984381--9984472	27	3.4	27	86	5	132	40	6	23	29	1.80
9984372--9984499	54	2.4	53	78	11	134	36	7	22	32	1.83
9987646--9987720	31	2.4	31	95	0	132	28	28	16	28	1.97
9987744--9987835	42	2.2	42	90	0	139	33	22	13	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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