genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73691813--73691858	23	2.0	23	86	4	65	50	0	4	45	1.21
73691796--73691832	19	1.9	20	88	5	58	48	0	0	51	1.00
73692859--73692901	21	2.0	21	100	0	86	16	18	9	55	1.67
73694358--73694410	24	2.2	24	100	0	106	15	15	13	56	1.67
73697858--73697882	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
73705194--73705328	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
73715111--73715177	33	2.0	33	100	0	134	26	2	32	37	1.72
73719499--73719542	15	2.9	15	77	12	54	11	22	2	63	1.38
73719552--73719577	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
73719680--73719719	21	1.9	21	100	0	80	45	32	10	12	1.75
73726142--73726171	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
73726853--73726911	31	1.9	31	86	6	84	45	6	8	38	1.61
73728551--73728593	21	2.0	21	100	0	86	18	18	18	44	1.87
73732842--73732889	15	3.4	14	83	13	55	31	0	4	64	1.12
73733113--73733172	21	2.9	21	84	0	75	35	31	6	26	1.82
73734052--73734119	34	2.0	34	86	8	95	47	1	1	50	1.19
73734339--73734410	13	5.6	13	78	14	78	38	5	20	34	1.76
73735605--73735709	55	1.9	55	92	0	174	32	13	20	34	1.91
73738801--73738870	36	1.9	36	88	0	104	24	7	22	45	1.77
73738935--73738987	16	3.1	16	76	23	63	30	0	0	69	0.88
73743860--73744022	9	16.5	10	67	18	51	63	2	4	30	1.27
73743860--73743884	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73743860--73743952	40	2.3	39	83	7	98	65	2	3	29	1.20
73743871--73744017	58	2.5	55	78	15	136	62	2	4	29	1.29
73743935--73743972	10	3.8	10	80	13	51	60	0	10	28	1.30
73743929--73743971	19	2.4	17	85	14	59	62	0	9	27	1.25
73743826--73744023	49	4.0	48	74	13	129	62	2	4	30	1.28
73744427--73744466	15	2.6	16	88	11	57	22	0	0	77	0.77
73744512--73744582	10	7.2	10	77	3	72	29	1	0	69	0.98
73744512--73744627	20	6.3	19	74	12	77	32	1	0	65	1.03
73744512--73744582	30	2.4	29	86	6	90	29	1	0	69	0.98
73744560--73744634	26	2.7	28	78	14	75	36	2	0	61	1.10
73745056--73745100	13	3.5	13	84	0	63	22	8	31	37	1.85
73750485--73750514	14	2.1	14	93	0	51	66	0	0	33	0.92
73750937--73750973	18	2.1	18	94	0	65	48	16	8	27	1.74
73755611--73755639	15	1.9	15	100	0	58	20	3	0	75	0.94
73757559--73757612	26	2.0	26	96	3	99	55	7	11	25	1.61
73766202--73766239	18	2.1	19	90	5	60	52	0	2	44	1.14
73768275--73768339	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
73768301--73768339	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
73768352--73768394	17	2.7	16	79	10	52	69	2	0	27	1.00
73769818--73769851	16	2.1	16	94	0	59	64	0	35	0	0.94
73769889--73769919	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
73769889--73769958	12	5.4	12	77	15	68	71	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73769892--73769945	17	3.1	17	86	2	72	70	0	29	0	0.88
73769898--73769963	29	2.3	29	86	2	98	69	0	30	0	0.88
73770394--73771128	141	5.2	141	85	6	894	58	7	6	27	1.51
73770926--73770977	15	3.4	16	76	10	54	67	3	3	25	1.25
73770925--73770981	30	1.9	29	85	3	78	66	3	3	26	1.24
73770377--73771128	285	2.7	280	85	5	960	58	7	6	27	1.50
73777266--73777310	25	1.9	25	86	13	69	2	26	0	71	0.98
73777398--73777456	27	2.2	27	87	0	91	8	38	30	22	1.83
73783595--73783637	17	2.5	17	78	14	52	39	6	4	48	1.51
73793619--73793697	37	2.1	37	100	0	158	30	18	10	40	1.84
73800927--73800967	21	2.0	21	95	0	73	39	24	17	19	1.92
73806017--73806088	30	2.4	31	83	2	83	51	6	9	31	1.61
73808081--73808118	19	2.0	20	84	5	51	60	2	0	36	1.11
73815750--73815779	15	1.9	15	93	6	51	66	0	0	33	0.92
73822210--73822260	22	2.3	22	86	10	68	54	0	0	45	0.99
73822608--73822633	11	2.4	11	100	0	52	7	30	7	53	1.57
73830188--73830253	31	2.1	31	81	15	75	45	1	1	51	1.19
73842247--73842386	53	2.6	53	87	2	192	29	27	17	25	1.98
73845060--73845098	20	1.9	21	89	5	62	46	12	5	35	1.65
73845062--73845122	32	1.9	32	86	0	86	44	13	8	34	1.73
73845140--73845230	20	4.6	20	75	14	64	40	12	4	42	1.62
73845140--73845241	39	2.6	38	84	6	132	40	12	3	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73845160--73845230	20	3.6	19	71	19	65	39	9	5	45	1.61
73845187--73845241	19	2.8	19	76	13	67	40	10	3	45	1.57
73845161--73845243	39	2.1	40	91	6	134	38	10	4	45	1.60
73845306--73845354	20	2.5	20	79	0	53	38	12	6	42	1.67
73845422--73845617	20	9.9	20	69	7	105	40	15	6	37	1.73
73845429--73845523	38	2.4	38	81	10	95	41	14	6	37	1.72
73845501--73845532	10	3.1	11	82	17	50	50	12	0	37	1.41
73845400--73845603	40	5.2	40	72	10	143	42	13	6	37	1.70
73845715--73845870	20	7.8	20	66	9	68	50	10	5	34	1.59
73846121--73846162	20	2.1	20	86	8	59	40	19	2	38	1.64
73852114--73852155	20	2.1	20	86	0	57	14	21	38	26	1.91
73852972--73853095	52	2.4	52	83	6	144	29	26	17	25	1.98
73873897--73873968	29	2.4	29	88	6	101	48	0	0	51	1.00
73880775--73880888	42	2.7	41	90	2	165	28	26	14	30	1.95
73880859--73880982	47	2.7	46	84	2	158	29	27	15	28	1.96
73880988--73881158	31	5.5	31	86	5	204	22	28	18	29	1.98
73881005--73881153	62	2.4	62	91	0	235	24	28	19	28	1.98
73881135--73881257	50	2.4	51	90	5	196	26	22	15	35	1.94
73886381--73886438	30	1.9	30	89	0	89	24	22	20	32	1.98
73886958--73887054	44	2.2	45	80	14	112	29	23	15	30	1.95
73886707--73887337	177	3.6	175	81	4	628	26	23	17	31	1.97
73887525--73887712	64	2.9	64	92	0	304	38	14	17	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73887742--73887769	14	2.0	14	100	0	56	28	7	7	57	1.52
73893077--73893106	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
73894213--73894258	20	2.4	19	82	7	56	76	4	2	17	1.06
73894201--73894329	64	2.0	64	98	0	249	65	6	3	24	1.30
73894278--73894322	20	2.3	19	81	7	54	75	4	2	17	1.07
73897189--73897396	115	1.8	115	85	3	292	25	3	17	53	1.59
73897635--73897670	18	1.9	19	88	5	56	27	2	8	61	1.39
73900127--73900152	11	2.4	11	100	0	52	26	0	7	65	1.20
73901646--73901702	22	2.8	21	79	10	64	29	10	8	50	1.67
73901769--73901852	41	2.0	41	95	0	150	34	9	30	25	1.88
73903000--73903192	96	2.0	98	89	6	304	21	23	9	45	1.82
73907114--73907150	18	2.1	18	90	5	58	56	0	0	43	0.99
73907719--73907889	94	1.8	94	93	2	299	33	18	12	35	1.88
73908222--73908261	21	1.9	21	89	0	62	30	25	20	25	1.99
73913375--73913430	29	1.9	29	96	0	103	16	37	14	32	1.88
73914987--73915072	41	2.1	41	93	0	145	32	23	23	20	1.98
73915230--73915361	14	9.2	14	68	17	65	29	2	24	43	1.66
73916220--73916365	79	1.8	79	97	0	274	36	14	22	26	1.92
73918891--73919065	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
73918899--73919069	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
73922099--73922395	148	2.0	148	97	0	567	32	14	16	35	1.90
73923404--73923735	183	1.8	183	97	0	628	27	16	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73923919--73923947	10	2.9	10	100	0	58	48	0	20	31	1.50
73924636--73924763	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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