Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  62  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19944049--19945259
605
2.0
605
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0
2244
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1.95
19949225--19949278
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20
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0
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24
20
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1.94
19949225--19949298
30
2.5
30
86
8
98
21
20
18
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1.93
19949225--19949289
20
3.2
20
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53
23
21
16
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19950891--19950950
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4.5
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3
8
16
1.24
19950882--19950951
23
2.8
23
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22
70
71
4
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17
1.25
19952006--19952108
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1.28
19952028--19952123
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4
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1.21
19952028--19952111
6
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1.22
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73
0
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1
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2.7
20
82
0
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24
20
18
37
1.94
19953964--19954035
30
2.4
30
86
9
94
22
19
19
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19953964--19954028
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3.2
20
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16
53
23
21
16
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19957592--19957656
20
3.2
20
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0
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23
21
16
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106
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11
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57
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0
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52
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3.2
20
77
0
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23
21
16
38
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19961608--19961703
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3.2
30
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2.1
29
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11
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2
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16
1.14
19964158--19964207
23
2.2
23
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76
4
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14
1.13
19965238--19965283
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2
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1.28
19966147--19966206
29
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29
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0
102
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0
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19966153--19966200
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19966665--19966710
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21
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1.90
19966662--19966710
21
2.4
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20
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2
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2.3
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0
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19983953--19983991
20
2.0
20
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10
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15
12
20
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19987694--19987790
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3.2
30
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2
106
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26
15
28
1.96
19991648--19991710
33
1.9
33
84
12
85
12
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6
55
1.60
19991708--19991763
21
2.7
21
72
5
51
8
17
1
71
1.21
19991707--19991763
14
4.1
14
75
16
57
8
17
1
71
1.19
19991725--19991828
18
5.6
18
73
10
84
6
18
3
71
1.24
19991725--19991832
6
17.7
6
70
5
74
6
18
3
71
1.23
19992879--19992921
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4.0
10
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4
11
2
81
0.93
19992880--19992969
12
7.6
12
74
21
66
13
7
4
74
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19992880--19992932
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7
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19996599--19996660
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2.4
26
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19
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1.02
19996587--19996662
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23
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2
19
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1.11
19996708--19996738
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100
0
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26
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28
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2.1
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1.56
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53
43
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1.20
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10
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20011320--20011391
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2.6
28
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20012413--20012446
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52
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1.47
20017561--20017616
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1.9
28
85
7
76
53
3
30
12
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20023688--20023745
10
5.7
10
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29
27
13
29
1.94
20023688--20023748
20
3.0
20
83
9
79
27
26
13
32
1.93
20025087--20025144
21
2.8
21
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2
64
79
3
8
8
1.04
20025106--20025143
9
3.8
10
86
10
51
84
2
5
7
0.86
20025117--20025190
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2.0
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12
96
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4
14
8
1.22
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2
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26
15
28
1.96
20026189--20026285
30
3.2
30
75
2
106
28
15
26
28
1.96
20026802--20026850
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2
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5
1.00
20026832--20026890
14
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13
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2
20
2
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20027778--20027837
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2.8
21
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2
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76
1
18
3
1.00
20027778--20027839
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25
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17
72
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1
19
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1.02
20027887--20027917
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100
0
62
45
12
16
25
1.83
20030097--20030193
30
3.2
30
75
2
106
28
26
15
28
1.96
20031128--20031152
13
1.9
13
100
0
50
16
32
16
36
1.90
20033618--20033651
12
2.7
13
90
4
52
76
2
8
11
1.12
20034826--20034859
18
1.9
18
88
5
52
52
2
35
8
1.47
20036960--20036997
10
3.8
10
83
13
51
21
18
31
28
1.97
20036937--20036997
20
3.0
20
83
9
63
27
14
27
29
1.95
20036961--20036998
20
1.9
20
94
0
67
18
18
34
28
1.95
20039670--20039707
16
2.5
15
87
12
51
5
15
7
71
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20039700--20039758
12
4.6
12
76
15
55
15
6
3
74
1.16
20041087--20041313
113
2.0
113
100
0
454
30
10
11
47
1.74
20042618--20042691
17
5.5
13
76
16
55
75
4
6
13
1.14
20042618--20042691
13
5.5
13
73
19
55
75
4
6
13
1.14
20042628--20042691
13
4.5
14
78
16
69
75
3
7
14
1.15
20042684--20042725
16
2.6
16
78
14
59
69
9
14
7
1.37
20046735--20046772
10
3.8
10
83
13
51
21
18
31
28
1.97
20046712--20046772
20
3.0
20
83
9
63
27
14
27
29
1.95
20046736--20046773
20
1.9
20
94
0
67
18
18
34
28
1.95
20047887--20047911
13
1.9
13
100
0
50
16
32
16
36
1.90
20051135--20051184
18
2.8
18
87
0
64
76
6
14
4
1.13
20051131--20051184
6
9.2
6
77
2
56
75
5
14
3
1.12
20051223--20051257
18
1.9
18
88
11
54
57
0
20
22
1.41
20054880--20054937
10
5.7
10
76
11
64
29
27
13
29
1.94
20054880--20054940
20
3.0
20
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9
79
27
26
13
32
1.93
20058203--20058236
6
5.7
6
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0
50
44
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0
32
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20
2.2
22
88
7
69
6
23
0
69
1.11
20058239--20058287
22
2.2
23
85
10
66
6
22
0
71
1.08
20059094--20059174
32
2.5
33
88
8
121
12
11
2
74
1.18
20059207--20059255
25
1.9
26
95
4
91
20
6
4
69
1.27
20059212--20059255
12
3.6
12
87
6
70
15
2
4
77
1.04
20067275--20067321
14
3.3
15
73
8
53
27
0
27
44
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20067269--20067312
14
3.1
14
74
6
52
27
0
34
38
1.57
20067269--20067327
29
2.1
29
93
3
102
27
0
30
42
1.56
20067909--20067955
20
2.3
20
85
0
67
29
36
12
21
1.91
20069416--20069472
27
2.2
25
81
9
62
75
3
7
14
1.14
20069452--20069512
25
2.4
25
86
8
79
73
6
14
4
1.20
20069411--20069486
37
2.1
36
82
9
91
71
5
9
14
1.29
20073796--20073820
13
1.9
13
100
0
50
36
16
32
16
1.90
20074326--20074363
10
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10
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13
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21
18
31
28
1.97
20074303--20074363
20
3.0
20
83
9
63
27
14
27
29
1.95
20074327--20074364
20
1.9
20
94
0
67
18
18
34
28
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259