genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23703412--23703490	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23710478--23710631	42	3.6	42	80	8	143	31	17	22	28	1.96
23710761--23710833	37	2.0	37	100	0	146	35	8	21	34	1.84
23722788--23722858	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
23722788--23722881	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
23724280--23724385	28	3.8	26	76	6	77	21	23	18	35	1.95
23724287--23724358	29	2.6	28	80	6	74	23	25	16	34	1.95
23738878--23738936	29	2.0	30	90	3	93	37	8	25	28	1.85
23742222--23742281	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
23746858--23747034	46	3.9	43	76	11	165	21	19	29	29	1.97
23746856--23747026	93	1.8	93	89	0	270	21	20	29	28	1.98
23749980--23750035	15	3.7	15	83	7	69	14	16	7	62	1.52
23757155--23757199	22	2.0	23	83	16	58	44	15	4	35	1.67
23761482--23761581	29	3.5	29	79	1	94	26	14	30	30	1.94
23765928--23766035	29	3.8	28	81	2	108	26	14	30	27	1.95
23767183--23767257	35	2.1	35	90	0	114	26	24	2	46	1.66
23790168--23790244	39	2.0	39	100	0	154	32	10	12	44	1.77
23795445--23795562	46	2.6	46	95	0	209	35	22	18	22	1.96
23798604--23798637	12	2.8	12	86	0	50	11	17	0	70	1.16
23800491--23800735	50	4.9	51	82	7	256	30	25	19	24	1.98
23802458--23802504	23	2.0	23	95	0	85	29	25	4	40	1.75
23807875--23808102	50	4.6	50	83	4	273	29	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23807875--23808104	101	2.3	99	85	4	293	29	27	19	23	1.98
23810897--23810996	50	2.0	51	86	2	139	36	14	15	35	1.87
23814766--23814845	37	2.2	37	93	2	135	43	10	0	46	1.37
23819206--23819284	35	2.3	35	82	4	88	35	2	18	43	1.64
23819322--23819390	35	2.0	35	88	8	106	39	0	20	40	1.52
23819371--23819406	18	2.0	18	94	0	63	44	2	16	36	1.63
23819446--23819522	35	2.2	36	84	6	97	42	1	14	41	1.53
23819627--23820132	126	4.0	126	87	1	701	38	16	17	27	1.91
23819627--23820132	252	2.0	251	90	0	787	38	16	17	27	1.91
23822649--23822825	39	4.5	39	88	4	243	27	28	24	19	1.99
23822649--23822824	77	2.3	76	87	5	237	26	28	24	19	1.99
23825445--23825512	2	34.0	2	93	0	118	48	48	1	1	1.19
23825656--23825705	26	1.9	26	84	15	68	40	22	10	28	1.86
23828689--23828905	39	5.5	39	90	2	294	27	28	24	20	1.99
23828689--23828904	116	1.8	118	85	3	303	26	28	24	20	1.99
23833355--23833415	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
23865089--23865297	42	5.0	42	89	0	301	21	17	31	30	1.96
23865363--23865426	32	2.0	32	93	0	110	37	9	26	26	1.87
23867436--23867558	37	3.4	37	79	5	151	28	17	26	27	1.97
23867546--23867743	42	4.7	42	75	6	170	26	17	27	28	1.97
23871860--23872068	42	5.0	42	91	0	319	20	17	31	30	1.96
23872134--23872200	32	2.1	32	85	0	89	35	7	26	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23874928--23874952	12	2.1	12	100	0	50	8	28	40	24	1.83
23876731--23876771	20	2.0	20	86	13	57	48	21	0	29	1.50
23879696--23879753	21	2.7	21	77	17	57	36	18	13	31	1.90
23880509--23880543	18	2.0	18	88	5	54	14	40	25	20	1.90
23885819--23886002	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
23885819--23885999	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
23885820--23886039	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
23891290--23891359	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
23891290--23891384	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
23894139--23894169	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
23895936--23896054	46	2.6	46	86	0	157	23	18	26	31	1.97
23900139--23900322	40	4.6	40	78	10	180	25	27	21	25	1.99
23900116--23900323	79	2.6	81	78	11	198	26	26	20	25	1.99
23904337--23904548	46	4.6	46	75	11	164	21	16	28	32	1.96
23907690--23907777	45	2.0	45	88	4	133	39	25	10	25	1.87
23911180--23911206	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
23916397--23916444	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
23916435--23916571	60	2.3	59	83	8	161	29	20	24	26	1.99
23916529--23916583	28	2.0	28	82	3	67	30	16	25	27	1.96
23921913--23922035	45	2.7	45	91	0	183	39	21	13	26	1.89
23937929--23938007	31	2.5	31	81	0	104	26	22	18	31	1.97
23938031--23938122	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23939117--23939204	27	3.3	27	90	3	124	18	25	20	36	1.95
23939244--23939472	27	8.4	27	78	3	190	31	10	18	39	1.85
23939463--23939648	27	6.9	27	87	2	212	40	5	22	30	1.78
23939384--23939497	54	2.1	54	80	3	122	35	7	18	37	1.80
23939465--23939675	54	3.9	53	81	6	210	39	6	22	31	1.80
23939654--23939743	27	3.3	27	82	3	110	33	10	16	40	1.82
23939654--23939758	27	3.9	27	76	9	81	35	9	16	39	1.81
23941941--23942019	31	2.5	30	80	8	95	25	25	17	31	1.97
23942043--23942134	42	2.2	42	90	0	139	33	22	14	29	1.93
23942279--23942375	26	3.8	26	89	2	153	25	22	23	27	2.00
23942273--23942375	51	2.0	50	94	5	181	26	21	22	30	1.99
23943196--23943265	27	2.6	27	90	0	104	18	28	17	35	1.93
23943319--23943601	27	10.4	27	78	3	138	34	10	18	36	1.85
23943412--23943548	54	2.5	54	83	4	177	32	8	18	40	1.82
23943536--23943728	54	3.6	54	90	2	273	42	8	21	26	1.82
23943527--23943720	81	2.4	80	88	2	273	41	8	22	27	1.83
23943528--23943728	27	7.5	27	89	2	246	41	8	21	28	1.82
23943742--23943831	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
23943742--23943847	27	3.9	27	79	9	92	33	9	16	39	1.81
23950004--23950040	14	2.7	14	87	4	58	48	13	2	35	1.57
23951115--23951140	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
23951129--23951482	40	8.8	40	84	4	239	35	18	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23951166--23951482	40	7.8	40	85	3	393	34	19	23	22	1.96
23951166--23951482	81	3.9	80	86	3	386	34	19	23	22	1.96
23951482--23951612	48	2.8	47	86	3	183	48	32	2	16	1.59
23952184--23952221	19	2.0	20	94	5	69	65	2	5	26	1.27
23953156--23953218	8	8.4	7	92	5	72	68	3	3	25	1.19
23953170--23953218	8	6.2	8	92	4	73	71	4	0	24	1.03
23953163--23953220	23	2.5	22	88	2	80	67	3	1	27	1.17
23953345--23953485	41	3.5	40	75	8	115	43	10	18	26	1.82
23953377--23953485	41	2.7	41	81	1	130	39	11	19	29	1.87
23958114--23958165	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
23958007--23958520	120	4.3	120	97	1	946	42	2	5	50	1.37
23958123--23958520	59	6.7	59	68	18	252	42	1	5	50	1.36
23958234--23958285	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
23958354--23958405	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
23958482--23958523	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
23958476--23958514	15	2.7	15	88	7	55	46	0	0	53	1.00
23958624--23958658	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23958458--23958764	155	2.0	156	94	1	546	47	4	2	45	1.37
23958823--23958913	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
23958894--23958962	16	4.2	16	92	3	120	37	36	0	26	1.57
23958897--23958960	33	2.0	32	96	3	119	37	35	0	26	1.57
23959785--23959861	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23959801--23959840	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
23959789--23959855	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
23964388--23964423	17	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
23964427--23964515	43	2.0	44	83	10	112	21	14	31	32	1.93
23964426--23964527	43	2.4	42	80	11	109	20	15	29	34	1.94
23968711--23968837	9	14.1	9	71	17	77	33	1	18	45	1.59
23968728--23968826	38	2.5	40	85	11	139	34	1	17	47	1.54
23968774--23968877	51	2.1	47	82	7	118	34	0	20	44	1.58
23969244--23969302	27	2.2	26	80	11	66	47	0	1	50	1.11
23970127--23970192	31	2.2	30	84	10	82	39	1	3	56	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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