genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20812483--20812697	94	2.3	93	82	3	270	25	28	18	27	1.98
20815016--20815142	39	3.3	39	86	1	175	22	24	20	32	1.98
20823018--20823146	39	3.3	39	87	1	188	21	26	20	31	1.98
20832520--20832657	24	5.9	24	80	10	119	33	16	21	28	1.95
20840643--20840676	16	2.1	17	88	5	52	5	0	17	76	0.98
20848046--20848085	21	2.0	20	95	5	71	12	40	30	17	1.86
20850619--20850858	68	3.7	64	75	8	180	28	17	29	24	1.97
20852988--20853263	40	6.9	41	83	9	148	32	21	16	29	1.95
20853068--20853263	40	4.9	40	90	2	279	31	19	17	31	1.95
20853037--20853263	80	2.8	80	88	2	294	32	21	16	29	1.95
20855682--20855722	15	2.6	16	84	11	57	24	0	7	68	1.15
20859310--20859360	17	3.2	17	68	21	56	31	19	9	39	1.84
20859308--20859367	30	2.0	30	96	0	111	30	21	11	36	1.89
20863163--20863334	93	1.8	93	92	0	290	27	27	22	22	1.99
20863156--20863330	46	3.8	45	80	10	210	29	26	21	22	1.99
20863206--20863349	46	3.1	46	74	10	141	31	25	20	22	1.98
20868126--20868192	32	2.1	32	94	0	116	47	16	16	19	1.82
20871082--20871299	47	4.7	46	82	8	230	26	20	30	22	1.99
20871082--20871299	94	2.4	91	84	6	262	26	20	30	22	1.99
20872224--20872273	20	2.5	20	83	0	73	20	34	32	14	1.92
20875715--20875887	46	3.7	46	75	13	174	21	20	27	30	1.98
20875712--20875882	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20877772--20877811	19	2.1	19	86	9	55	40	12	7	40	1.71
20885444--20885483	19	2.1	19	90	0	62	42	12	7	37	1.71
20888650--20888692	14	3.0	13	83	16	50	0	23	2	74	0.93
20891241--20891321	26	3.1	26	90	0	117	33	37	12	17	1.87
20892340--20892403	33	2.0	32	84	9	85	28	25	25	21	1.99
20899750--20899774	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
20900179--20900308	59	2.2	59	92	0	215	26	5	11	56	1.56
20901420--20901450	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
20901417--20901456	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
20901687--20901833	53	2.7	54	76	3	152	26	23	15	34	1.95
20901688--20901884	108	1.8	110	84	4	274	25	24	15	34	1.94
20904994--20905029	19	1.9	18	88	5	54	19	11	8	61	1.54
20911904--20912089	41	4.6	41	87	3	234	25	23	26	24	2.00
20919977--20920162	41	4.6	40	88	6	241	24	23	26	25	2.00
20919979--20920162	81	2.3	81	86	3	255	24	23	26	25	2.00
20930324--20930492	46	3.7	46	74	13	175	23	20	26	29	1.99
20932629--20932760	40	3.3	39	80	5	149	23	21	27	28	1.99
20937618--20937696	38	2.1	38	82	0	95	43	13	12	30	1.82
20940100--20940308	41	5.1	40	87	5	251	38	22	21	18	1.94
20940465--20940558	14	6.7	14	69	18	52	27	1	26	44	1.61
20940613--20940724	7	15.7	7	71	17	63	19	0	41	37	1.58
20946494--20946524	10	3.1	10	100	0	62	38	19	9	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20947240--20947268	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
20948000--20948044	15	2.9	15	87	9	56	44	0	0	55	0.99
20953972--20954221	50	5.0	50	74	9	213	30	24	17	28	1.97
20958608--20958646	20	2.0	20	89	0	60	33	12	2	51	1.54
20961129--20961339	40	5.3	40	88	4	239	23	20	26	28	1.99
20969251--20969402	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
20969251--20969422	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
20970800--20970841	15	2.8	15	82	10	50	61	7	2	28	1.35
20974669--20974727	31	1.9	31	96	0	109	47	1	5	45	1.34
20976722--20976801	40	2.0	40	95	0	142	20	27	15	37	1.92
20981021--20981114	28	3.4	28	88	2	118	26	12	27	32	1.93
20981049--20981130	27	3.0	27	85	5	76	30	12	24	32	1.92
21006592--21006661	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
21013189--21013318	66	1.9	67	83	10	165	34	16	29	20	1.94
21020642--21020791	64	2.3	66	86	11	222	32	13	32	22	1.93
21027411--21027678	46	5.7	47	76	9	237	22	29	20	27	1.98
21027408--21027679	94	2.9	96	80	9	330	23	29	19	27	1.98
21029101--21029215	43	2.7	43	77	11	128	34	26	14	23	1.94
21031144--21031189	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
21031151--21031195	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
21037880--21037925	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
21037887--21037931	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21039878--21040105	40	5.7	40	92	3	370	25	26	22	25	2.00
21041239--21041357	53	2.3	53	94	2	206	16	20	10	52	1.72
21047912--21048158	40	6.2	40	89	3	349	25	27	22	24	2.00
21049289--21049413	52	2.5	50	89	8	200	16	22	10	50	1.75
21071776--21071930	43	3.6	43	91	3	258	30	32	25	11	1.91
21071946--21072233	38	7.7	38	95	1	519	29	24	23	22	1.99
21071946--21072241	75	3.9	75	95	2	533	29	24	23	22	1.99
21075227--21075413	50	3.8	49	83	7	207	25	18	28	28	1.98
21078617--21078794	90	2.0	90	83	2	223	29	25	16	27	1.97
21082817--21083154	48	7.0	48	92	2	554	34	5	28	31	1.81
21085484--21085555	36	2.0	36	97	0	135	20	19	12	47	1.82
21097600--21097828	46	5.0	46	86	3	282	38	15	25	20	1.92
21097605--21097828	93	2.4	92	85	3	288	38	15	25	20	1.91
21102583--21102633	17	3.1	17	77	5	52	68	3	19	7	1.30
21108383--21108518	51	2.7	51	77	0	146	39	7	11	41	1.70
21110202--21110487	96	3.0	96	93	0	464	34	17	34	13	1.88
21117487--21117534	25	1.9	25	82	0	60	29	20	18	31	1.97
21118058--21118099	20	2.0	20	86	4	57	61	0	21	16	1.34
21118856--21118880	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
21119430--21119607	27	6.6	27	82	7	182	27	15	28	29	1.96
21119431--21119586	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
21119427--21119607	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21119512--21119618	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
21126089--21126134	20	2.3	20	85	10	60	65	0	17	17	1.28
21126848--21126872	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
21127414--21127590	27	6.6	27	81	6	180	28	15	27	28	1.96
21142102--21142127	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
21142568--21142665	27	3.5	28	88	5	128	27	13	27	31	1.94
21142596--21142678	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
21142568--21142679	28	4.0	27	83	6	98	29	12	25	33	1.92
21148698--21148731	18	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
21150068--21150188	47	2.6	46	78	15	133	27	19	29	23	1.98
21151121--21151146	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21153316--21153475	39	4.1	39	90	0	239	21	21	30	27	1.98
21165044--21165216	46	3.7	45	79	17	162	27	20	29	22	1.98
21165095--21165263	46	3.7	46	83	9	184	26	19	30	23	1.98
21169267--21169472	40	5.2	40	92	0	333	27	25	23	23	2.00
21170851--21170876	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
21175303--21175494	40	4.8	40	92	1	287	25	28	23	22	1.99
21177453--21177520	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
21177627--21177694	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
21177801--21177868	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
21177977--21178048	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
21177342--21178017	174	3.9	174	98	0	1298	30	24	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21183511--21183778	40	6.7	40	95	0	455	30	20	26	21	1.98
21190929--21191146	40	5.5	40	90	2	298	24	28	24	22	2.00
21195652--21195709	13	4.6	12	79	10	53	29	3	12	55	1.53
21196125--21196241	58	2.0	59	95	5	211	39	16	11	33	1.84
21202391--21202502	43	2.6	42	79	5	127	28	22	16	33	1.95
21204661--21204705	22	2.0	22	87	8	65	68	2	6	22	1.24
21208578--21208622	23	2.0	23	100	0	90	28	26	13	31	1.94
21216234--21216411	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
21216235--21216385	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
21229361--21229495	67	2.0	67	91	2	218	28	28	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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